Entrez-检索系统的简介

1、一、Entrez 检索系统的简介Entrez 检索系统是储存和分析关于分子生物学、生物化学和遗传学知识的自动化系统, 是美国国家生物技术信息中心(National Center for Bio technology Information, NCBI) 网站http:/ www. Ncbi. nlm. nih. gov/建立的最受欢迎的检索系统之一，它允许用户从NCBI 整合的多个数据库中同时检索文献题录和分子生物学数据。Entrez系统中的数据库均有同样的检索界面, 遵循相同的检索规则。这些数据库包含: PubMed: 生物医学文献数据库Nucleotide: 核酸序列数据库, 包括GenB

2、ank, RefSeq,和PDB中的序列数据Protein sequence database: 蛋白质序列数据库, 包括来自SwissProt, PIR, PRF, PDB, 以及自GenBank and RefSeq 解码转译的数据Structure: 大分子三维结构数据库Genome: 完整的基因组数据, 包括已经完成基因组测序和正在进行基因组测序的800 多种生物体;PopSet: 人口研究数据集, 指已搜集到的分析人类进化关联的DNA序列集OMIM: 人类孟德尔遗传数据库Taxonomy: GenBank中的物种分类学数据库Books: 在线生物医学图书ProbeSet: 基因表达和

3、微阵列数据集3D Domains: Entrez Structure中特定功能域的三维结构UniSTS: 标记物和遗传学图谱数据(mapping data)SNP: 单核苷酸多肽性数据库1Entrez系统的检索1.1 Entrez 检索的基本原理 PubMed用查询词自动映射(Automatic Term Mapping)功能将检索词与主题词转换表(MesH Translation Table)、期刊刊名转换表、短语表、作者索引表进行对照、匹配和转换.检索词被作为主题词和文本词分别检索，并自动形成相应的检索式。1. 1.1 基本检索:是文献检索查全率的基本方法 自由词检索:进人PubMed检索

4、主页面.检索字段为所有字段，在检索框内键人一个或多个检索词语，按Enter或点击co按钮。 截词检索:也是在所有字段检索的方便方法，它只适用于单词，检索格式是“X*”, X表示一个词的开始部分。如:immunoglob*”就会检索出immunoglobulin ,immunoglobulins, immunoglobin, and immunoglobins等。1.1. 2高级检索:主要用于提高文献的查准率 逻辑组配检索:逻辑组配使用大写的布尔逻辑运算符AND,OR,NOT将检索词连接形成检索式进行检索。 预览/索引检索:在预览/索引页面的文本框进行多个词语的添加，再点击运算符，就可组配检索。

5、点击预览/索引的预览选择历史记录将显示最新连续检索的三个结果，提供观察检索策略的相互影响。 限定检索如果检索结果过多，可采用限定检索范围。Entrez的不同数据库因记录内容不同，各限定检索的条件也将随之而变。PubMed的限定(Limits)检索页面中，提供了字段、文献类型、年龄、出版年份、语种、物质名称、人或动物、性别、子库及分类数据库等多种限定方向的检索形式。常用的字段主要有文章题目T1、主题词MeSH、MH、副主题词SH、文本词语TW、作者姓名AU、期刊号IP、期刊名称TA、出版卷号VI、页码PG、出版日期DP、出版类型PT.在默认状态下为所有字段ALL。字段英文简称大小1. 2 Ent

6、rez 系统的基本检索用户可通过/Entrez 直接访问Entrez系统或登录NCBI网站主页的”Entrez”按钮进入Entrez 系统。Entrez允许两种检索方式，一种是指定的识别号（unique identifier, UID）,一种是按自由词（text term）检索。也支持通过e-mail进行检索，如检索MEDLINE, 获得关于“angiostatin”的文献，显示20条记录，若前面path设置了e-mail,结果可以自动发送到邮箱中。1. 3 特征栏介绍在检索框下提供了四项选择: Limits, Preview/Index, Hist

7、ory, Clipboard。 Limits(条件限定): 允许用户根据不同的数据库, 进行特定字段的检索。 Preview/Index(预览/索引): 提供用户预览检索结果和索引检索、修改检索式的方便; History(检索史): 点击History 可浏览检索史, 并能进行组配检索; Clipboard（剪贴版）: 因为Entrez 系统检索结果输出时只输出显示界面的结果, 因此, 可将多次检索结果分别粘贴到Clipboard, 一并打印或存盘; Clipboard 中允许存放的检索结果最多是500 条; 如果不用, 1 小时后就自动清除。因此应及时存盘或打印。1. 4结果输出Entrez

8、 系统提供了三种输出途径, 即显示(display) , 存盘(save)和打印(print)。 (1) 显示(Display) Show 在检索结果的display下, 选择限定每屏显示的记录数, 从每屏5 条到500 条。因为系统默认的存盘或打印均以每屏为单位, 因此以设定500 为宜。 Clipboard 因为Entrez 系统检索结果输出时只输出显示界面的结果, 因此, 可将检索结果粘贴到Clipboard, 一并打印或存盘; 另外, Clipboard 还允许将不同检索式中获得的检索结果, 一起放在Clipboard 中, 存盘或打印。Clipboard 存放的检索结果最多是500

9、条,如果不用, 1 小时后就自动清除。 Sort (排序) 系统可将PubMed 的检出结果, 按作者姓名、杂志名称或出版日期排序, 方便阅读。 Text (文本) 点击“Display”框右侧的“text”按钮, 则显示全文。 (2) 存盘(save) 点击save 存盘, 存盘记录与设定的显示记录格式相同。(3) 打印(print) 通过浏览器的print 功能, 可以打印页面显示的检索结果, 也可以打印存放在“Clipboard”中的记录。二、 SRS检索系统简介SRS（Sequence Retrieval System）由位于英国的欧洲生物信息学研究所开发，是目前生物信息学领域中最常用

10、的数据库检索系统之一。 该研究所的SRS系统建于1997年，目前共整合了100多个各类数据库。核酸序列数据库EMBL和蛋白质三维结构数据库PDB进行每日同步更新。连接方式：华工主页网格计算华南理工大学生物信息网格平台特色服务SRS点击进入或者登陆网站http:/srs.ebi.ac.uk/实用功能：具多种数据库, 提供关键词查询序列信息 可以通过检索号码为索引 提供分析应用程序(BLAST, FASTA) 整合 EMBOSS (2003) 1 SRS系统的检索Quick Searches：可进行核算序列或蛋白序列的快速搜索，或根据已有的序列搜索相类似或者是同源的序列Select Databan

11、ks: 确定搜索的数据库。Tools：提供序列比对(Alignment Tools)、显示(Display Tools)、编辑(Edit Tools)、进化分析(Phylogeny Tools)等工具。Result:有显示搜索历史记录、显示搜索结果排列方式、删除或保存搜索结果、限制搜索条件等功能。三、 DBGET/LinkDB检索工具DBGET/LinkDB检索工具是日本京都大学化学研究所建立的GenomeNet数据库服务主页(http:/www.genome.ad.jp)，包括KEGG（京都基因和基因组百科全书）和DBGET/DB(http:/www.genome.ad.jp/deget/dbget_manual.html)两套主要系统。前者注重代谢途径(metabolic and regulatory pathway)，后者处理数据库检索。而且，该服务器提供了对有关资源进行整合后的综合信息检索界面，包括