蛋白质工具Rasmol使用简介.ppt

1、PDB 文件和 Rasmol,/,3/2/2010 63776个结构,/,PDB File,PDB 文件的每一行记录也是80个字符 第一到六列是记录类型标志符 第7到70列存放数据,对于RasMol来说，它所涉及的PDB文件内容只包括ATOM 和 HETATM记录. ATOM/HETATM records contain standard 原子名，残基名, 肽链标记, 三维坐标, 热动力学参数等信息,PDB File ATOM,HETATM,Rasmol Windows,有两个窗口： 主要的画板窗口X 一个命令行窗口Y,

2、x,y,鼠标控制,RasMol 的尺度 在RASMOL里，分子的尺度，例如距离，半径等，可以有两种坐标表示， RasMol 单位 或者标准的”埃” (). 一个RasMol 单位代表一埃的1/250; 如果RasMol接受的距离数值不带小数点的话，默认它是用的RasMoL单位。 例如, 命令 spacefill 300 设定的外接圆的半径为300Rasmol 单位，或者说 1.2 . 如果加了小数点，则表示的是埃 例如，命令 spacefill 1.2 设定的外接圆半径为 1.2 .,Background Syntax: background ,Translate 语法: translate

3、,Translate x 20,x,y,Rotate 简单语法: rotate ,roate y 10 roate x 120,Reset,使画面恢复到初始状态,Zoom zoom 设置图像大小为缺省的百分比。最小值是10： zoom 200,Ribbon,Strand,Cartoon,球棍,Stick,backbone,Space fill,Surface,显示氢键,hbonds on|off hbond 40 color hbond green color hbond type,Colour,Syntax: colour color ,按需要上不同的颜色是做图中最有用的功能之一,当没有写明

4、的时候，命令给选定的原子上色,Object 可以是: atoms bonds backboneribbons labels dots hbonds ssbonds,Alt - 按不同构象上色 Amino- Chain - 每一条链给一种颜色 Charge - 按原子带的电荷(红负，蓝正) Cpk- Group - N端到C端颜色渐变从红到蓝 Model - 不同的NMR model 用不同的颜色 Shapely - Structure - 按二级结构作图 Temperature - PDB 文件中的temperature (beta) value user - PDB 文件中的 COLO 记录

5、,如果Atom是color的对象，那么程序内置有一些预设的着色方案,Amino 配色方案,CPK 着色方案,Shapely 着色方案,Colour Schemes,当没有写明的时候，命令给选定的原子上色,当打开一个PDB文件时，缺省选定的是PDB文件中的全部原子 所以上色命令作用在所有的原子上。 我们可以通过select命令来特定的挑选一部分原子作为处理对象,Select 语法: select ,在运行select，确定一部分原子之后，其它的操作都只作用预这一部分 原子上面。Expression也就是rasmol的原子表达式,例如 Select all Select cys,Atom Expr

6、essions RasMol 的 atom expressions 表示分子中的一组原子. 原子表达式包括: 基本表达式( primitive expressions) 预设集（ predefined sets ） 比较操作（comparison operators） within 表达式 logical (boolean) 运算符,基本表达式: 1.残基编号或者用残基的编号范围 例如: select 5,6,7,8 select 5-8 2.三字符氨基酸名残基编号肽链编号.原子名 例如: SER70A SER70:1 SER70.CA 肽链编号如果也是数字的话，要用:隔开 *可以匹配多个字符

7、，？匹配单个字符,Select 可选的预设集,核酸Nucleic AT CG Purine Pyrimidine 蛋白Protein Helix Sheet Turn Buried Surface 氨基酸 Acidic Basic Neutral Charged Polar Hydrophobic Acyclic Cyclic Aliphatic Aromatic Backbone Sidechain Alpha Large Medium Small Cystine,比较运算符 = != = 可以用比较运算符进行选择的性质有: Atomno - 原子编号 Elemno - 原子序数(周期表)

8、Resno - 残基编号 Radius - 原子半径 Temperature - PDB的温度系数 Examples: resno = 900 atomno = 487,Within(距离, 原子表达式) 如果“距离”使整数的话，表示的是RASMOL距离单位。实数的话是埃 例如: select within(3.2,backbone),Within Expressions,logical (boolean) combinations of expression types,protein and backbone backbone and not helix within( 8.0, ser7

9、0 ) not (hydrogen or hetero) not *.FE and hetero 8, 12, 16, 20-28 arg, his, lys,例子,cys.sg Sulphur atoms in cysteine residues ser70.c? Carbon atoms in serine-70 hem*p.fe Iron atoms in the Heme groups of chain P *.*;A All atoms in alternate conformation A */4 All atoms in model 4,Label,The RasMol labe

10、l command allows an arbitrary formatted text string to be associated with each currently selected atom.,Set fontsize Colour label,%a Atom Name %b %t B-factor/Temperature %c %s Chain Identifier %e Element Atomic Symbol %i Atom Serial Number %n Residue Name %r Residue Number,脚本,Syntax: script The RasM

11、ol script command reads a set of RasMol commands sequentially from a text file and executes them. This allows sequences of commonly used commands to be stored and performed by single command. A RasMol script file may contain a further script command up to a maximum depth of 10, allowing complicated

12、sequences of actions to be executed. RasMol ignores all characters after the first # character on each line allowing the scripts to be annotated. Script files are often also annotated using the RasMol echo command. The most common way to generate a RasMol script file is to use the write script or write rasmol commands to output the sequence of commands that are needed to regenerate the