常用生物信息学信息库

常用生物信息学信息库Tag内容描述：<p>1、生物信息学方法与实践BioinformaticsMethodandPractice,1,一级数据库数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释。二级数据库对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。,生物信息学常用数据库,2,（1）美国生物技术信息中心的GenBankhttp:/www.ncbi.nl。</p><p>2、生物信息学网站EMBL biocomputing tutorialshttp:/www.bio.cam.ac.uk/Embnetut/Gcg/index.htmlPlant genome dababase tutorialhttp:/www.nal.usda.gov/pgdic生物信息学机构NCBIhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/International Nucleotide Sequence Database Collaboration.http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/EBIhttp:/www.ebi.ac.uk/USDAhttp:/www.nal.usda.gov/Sanger Centrehttp:/genomic.sanger.ac.uk/北京大学生物信息学中心http:/www.cbi.pku.edu.cn数据库信息发布及其它GenBank Rele。</p><p>3、园友接待园友接待 规章 你问我答 新手资源 宣传 活动 资源超市 检索 代理 国内 国外 精品精品 VIP 初级 中级 学术嘉宾 群英 会 版主 区版 管委 版主申请 科研经验 投稿 基金基金 课题 课件 科软 会议 教学 精品馆 互助互助 硕博 标准求助 |共享 书籍 S 考研 考博 英语 资 格 公务员 考试精品 工作 留学 交友 数学 物理 化学化工 生命 地学 环境 机械 力学 能源 材料。</p><p>4、31复旦大学图书馆文献检索教室复旦大学图书馆文献检索教室生物信息学数据库生物信息学数据库biinformationsdatabasebiinformationdatabase生物系列-专注于生物！ w w w . b b i o o . c o m 2006-3-31复旦大学图书馆文献检索教室复旦大学图书馆文献检索教室一、概要一、概要一、概要一、生物信息学的定义生物信息学的定义生物信息学是交叉科学。</p><p>5、1、对该段序列进行同源性搜索 首先进入www.espasy.ory 点击进入Resources A.Z 点击如下图点击BLAST 输入蛋白质序列 搜索得到同源性分析 如下3图示：Score分值越大，相似性越高。E值越小，匹配度越好。所以蛋白序列应与p04626相似性高匹配度好二、对该段序列进行基本性质分析： 蛋白质的氨基酸组成、 等电点、相对分子质量、亲水性、 疏水性、消光系数、信号肽、跨膜区域等。氨基酸组成等电点、相对分子质量消光系数亲水性、疏水性打开http:/web.expasy.org/protscale如下图（网速慢，读图等好久都读不出来）TMPred 跨膜区结构预测，打开ht。</p><p>6、一、DNA序列片断拼接（电子基因克隆）,获得感兴趣的EST，在dbEST数据库中找出EST的最有途径是寻找同源序列，标准：长度100bp，同源性50%以上、85%以下。然后将检出序列组装为重叠群（contig），以此重叠群为被检序列，重复进行BLAST检索与序列组装，延伸重叠样系列，重复以上过程，直到没有更多的重叠EST检出或者说重叠群序列不能继续延伸，有时可获得全长的基因编码序列。再与Gene。</p><p>7、王双双 2015年9月16日,生物信息常用软件,为什么要学软件 生物学研究的目的 = 解释生物学现象及意义 拿到的数据 = 不直观的字符 从数据到形成理论，需要软件来帮助实现,常用软件类型,基因组序列分析、序列比对软件（GCG、BLAST、CLUSTAL等） 系统发育树构造软件（PHYLIP、PALM、MEGA4等） 分子动力学模拟软件（GROMACS、NAMD等） ,怎。</p><p>8、常用生物信息学软件及在线分析,文奇根 2008-1-13,EMBOSS,EMBOSS (The European Molecular Biology Open Software Suite) all the common sequence formats, such as EMBL, Genbank, Fasta, SwissProt, PIR, GCG, MSF, Clustal and raw。</p><p>9、生物信息学数据库信息检索教研室薛晓芳2010年 11月 2日生物信息学概念 生物信息学是对生物学数据进行收集、处理、存储、检索和分析的一门交叉学科 研究生物信息的采集、处理、存储、传布、分析和解释等各个方面，通过综合数学、计算机科学和生物学的工具与技术来揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘 研究目标是发展和利用先进计算技术解决生物学难题生物信息学数据库 大量生物学数据的存储和利用离不开数据库 用于结构化存储生物数据，以便进一步对数据进行分析和利用数据库的数据来源 两大主要来源经典的生物医学研究：大量生物。</p><p>10、生物信息学课件,吴晓龙,讲述内容,一、生物信息学和我的实验室 二、NCBI数据库,一、生物信息学和我的实验室,生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两。</p><p>11、综合数据库 INSD,国际核酸序列数据库（ International Nucleotide Sequence Databank） 。由日本的 DDBJ、欧洲的 EMBL 和美国的 GenBank 三家各自建立和共同维护。 EMBL 库，欧洲分子生物学实验室的 DNA 和 RNA 序列库。http:/www.ebi.ac.uk/embl.html GenBank ，美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的 DNA 序列的总数据库。http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/ DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。http:/www.ddbj.nig.ac.jp/ GSDB 是由美国国家基因组资源中心（ NCGR）维护的 DNA 序列。</p><p>12、生物信息学课件,吴晓龙,讲述内容,一、生物信息学和我的实验室二、NCBI数据库,一、生物信息学和我的实验室,生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。,1、生物信息学介绍,具体而言，生物信息学作为一门新的学科领域，它是把基。</p><p>13、生物信息学数据库列表 美国生物技术信息中心(NCBI)GenBank （http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/index.html） 欧洲分子生物学实验室（EMBL）EMBL-Bank(http:/www.ebi.ac.uk/embl/index.html) 日本遗传研究所DDBJ(http:/www.ddbj.nig.ac.jp/) 基因组数据库：。</p><p>14、生物信息学常用算法简介 北京大学生物信息中心北京基因组研究所李松岗lsg 010 62756803 常用算法1 动态规划 动态规划算法是一种优化算法 它本质上是一种有效的穷举法 它的基本想法是最优路径上的每一段都应该是局部的最优路径 动态规划算法的典型应用 序列比对 序列比对应用举例 序列组装进化分析保守区发现蛋白质结构与功能预测cDNA的基因组定位基因结构与功能分析 序列比对模型 类型 全局比对。</p><p>15、常用生物学软件简介 1 Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件 除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外 还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能 a 已知一个PCR引物的序列 搜寻和设计另一个引物的序列 b 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物 c 对环型DNA片段 设计反向PCR引物 d 设计多重PCR引物 e 为LCR反应设计探针 以检测某个突变是否出现 f 分析。</p><p>16、常用生物信息学数据库和分析工具网址数据库因特网网址网上生物信息学教程EBI自修课程http:/www.ebi.ac.uk/2canNCBI自修课程http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Education自修课程http:/lectures.molgen.mpg.de/online_lectures.html生物信息学常问的问。</p>