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文档简介
样本重复性判断目录 数据评估 问题原因分析 数据修正小组讨论 在这几天的学习中，我们评估一份 RNA-seq数据是否合理，会有几种方法；个人实操 请修改两个脚本，绘制重复性散点图、PCA图，对样本进行评估预期输出的图片聚类结果说明说明问题？注意样本的重复性。相关性散点图A组 B组参考脚本： replicate.new.r备注：在已有散点脚本的基础上，加入了相关系数的计算小组讨论 哪些样本有问题； 问题的潜在原因是什么？目录 数据评估 问题原因分析 数据修正提示 注意 PCA图的聚类方式； 注意散点图中的点分布，并打开表达量数据的表（建议使用 excel打开），查找原因。目录 数据评估 问题原因分析 数据修正修正并重新评估 将问题数据修正，重新画图，会看到什么现象；小结 异常数值点对聚类或重复性的影响。 异常高表达的基因可能为：未去除干净的核糖体 RNA、外源污染、一些特异的基因等，可以将其剔除以消除影响；谢谢大家！谢 谢14
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