生物信息学示例

GW-analysis:an introductionYong-Xiang LinGW 基本流程1. 获得相同基因家族的序列2. 获得保守 domain3. 建库并使用已获得的保守 domain进行同源 性搜索4. 根据搜索结果提取相应序列5. 使用 pfam和 smart进行验证并剔除不保守序列6. 剔除重复序列7. 相似性比对构建进化树OsIBCD003925 MMGSGMPHMYFASSSHGTGAHYQSPGGAPITMAVPDMGFLVAGIGMAPSSFVMPEGALAASYSAMATVPVGVVVPQQQSSRFGGNNGNPGSFKGAWTRQEDEVLKQMVILHGDRKWATIAKSLPGRIGKQCRERWTNHLRPDIKKDVWTEEDDRMLIEAHKTYGNRWSVIARCLPGRSENAVKNHWNATKRSLKSKRRMKKKSVQVVNSPPGQLSPLEEYIRSQYPSAVETTPLPPAVPAPPSDVIVHGAGSVSAGPTVATQEPTGTNPSEMGIYLGLGNPAGPTTQQLAAMNLNMSLAPDLNAYNDQREGYYLPFVPQGNLHYGMHVPAPPVQQQQQQGISVDQGLHSSCLSLYHPFPGTHPVSLDFGCQSSNHANAGGYYSEAGPSSGSGSGDPDDVD VIQMASRQFLMPSEAEVTLDLTRFK 如何获得相同基因家族的序列？1.查文献，例如找做水稻或拟南芥相同家族 的文献，使用文献中列出的序列2. 查网站，例如某网站已列出水稻或拟南芥相应家族的序列，便可下载使用如何获得保守 domain序列？查 pfam（ http:/pfam.sanger.ac.uk/）复制保守domain序列保守 domain名称搜索结果如何构建数据库？dnatools 软件的应用 构建蛋白数据库 构建核酸数据库粘贴 pfam得到的保守 domain序列，并且格式化格式化如何进行同源性比对搜索？参数设置获得比对结果1. 保存比对结果3. 如果所有得到的基 因数目数目是 80且都 有保守 domain，则要 删除这 80个基因重新建库，再次搜索以穷尽所有可能基因2. 抽提相应的基因 序列，进一步验证是否含有保守 domain如何根据得到的 gene名获得相应的序列？UltraEdit 软件的使用使用 UltraEdit 打开库文件使用搜索功能并复制基因名将得到的每个序列分别存入文本文档如何验证搜到的基因是否具有保守 domain？1.Search pfam database （ http:/pfam.sanger.ac.uk/）2. Search smart database （ http:/smart.embl-heidelberg.de/）如何将候选基因进行基因组定位？染色体 起始位置 结束位置定位作图软件 MapInspect的使用文件格式染色体长度（ Mb）基因在染色体上的位置（ Mb）几号染色体如何剔除重复序列？重复序列定位在基因组中相同的位置 ，并且序列同源性很高看这些基因的起始和结束位置可一样（相差一百 bp以内），使用同源性比对软件（ Mega、 ClusterX等）对所有序列进行比对， 保留较长的并且 domain保守的序列，剔除较短的序列 。如何构建进化树？Mega 4.0 软件的使用首先进行序列比对ClusterW 同源性比对NJ法构建进化树如果同源性差不能用