第06章蛋白质分子设计

第六章 蛋白质分子设计本章主要内容：1. 蛋白质分子设计的目的；2. 蛋白质分子设计原理；3. 蛋白质分子设计的主要途径；4. 蛋白质分子设计的主要步骤。 左为 PrPC； 右为 PrPSC 一、蛋白质分子设计的目的1.探索蛋白质结构层次之间的相互关系；2.探索蛋白质结构，特别是立体 结构的形成规律；3.探索蛋白质折叠的分子机理；4.为蛋白质结构 与功能的关系研究提供手段；5.改造天然蛋白质的结构，获得符合需要的蛋白质；6.为创造全新的蛋白质奠定基础。二、蛋白质分子设计原理1. 内核假设：蛋白质内核中侧链的相互作用决定其独特的折叠形式。内核是指蛋白质在进化中保守的内部区域。在通常情况下 ,内核由氢键连接的二级结构单元组成。2. 所有蛋白质内部都是密堆积（很少有空穴大到可以结合 1个水分子或惰性气体），并且没有重叠。因为：分子是从内部排出的；原子间的伦敦色散力。3. 所有内部氢键都是最大满足的，包括主链和侧链。4. 疏水及亲水基团需要合理地分布在溶剂可及与不可及的表面。5. 在金属蛋白质中，配位残基的替换要求满足金属配 位几何。在金属周围放置适当数目的蛋白质侧链或溶剂分子，并符合正确的键长、键角及整体几何。6. 对于金属蛋白质，围绕金属中心的第二壳层的相互作用是重要的。因为大多数配基含有一个以上的基团，除与金属离子形成配位键以外的基团之间或与其他氨基酸侧链之间形成氢键。如组氨酸。7. 最佳的氨基酸侧链几何排列。包括排列顺序、优势构象。8. 结构及功能的专一性。这是蛋白质分子设计最困难的问题。蛋白质分子设计涉及到的重要技术：1. 在蛋白质设计开始之前，要对所要求的活性进行筛选。由于真菌与细胞相对容易处理，因此，它们是一个生物活性物质源。2. 由于基因工程的发展，真核基因表达技术的发展使动物蛋白质与植物蛋白质的数目迅速增长，又增加了新的生物活性物质源。即：目的基因表达方法的选择与确定。3. 蛋白质提取与纯化 后需要进行细致的表征，测定它们的序列、三维结构、稳定性、生物活性等。4. 专一性突变体 是蛋白质设计成败的关键。一些新 技术，如 PCR及自动化技术的发展使各种类型的基因工程变得快速、容易。5. 计算机模拟技术 在蛋白质设计循环中占有重要位 置。建立蛋白质三维结构模型，确立突变位点或区域以及预测突变后的蛋白质的结构与功能对蛋白质工程是至关重要的。但应注意， 在明确突变位点或蛋白质序列应改变的区域后，可以进行定位突变，但要得到具有预期结构与功能的蛋白质是 极其困难 的，可能需要经过几轮的循环。编码氨基酸 的分类：非极性氨基酸 （ 8种） ： Ala、 Val、 Leu、 Ile、 Phe、 Trp、 Met和 Pro极性氨基酸 （ 12种）：不带电极性氨基酸： Gly、 Ser、 Thr、 Cys、 Tyr、 Asn和 Gln带电极性氨基酸： 带正电荷极性氨基酸： Arg 、 His和 Lys带负电荷极性氨基酸： Asp和 Glu参考第二章中有关 20种氨基酸的结构（侧链的不同）！倾向于形成 -螺旋的氨基酸：对已知蛋白质结构进行大量的分析表明，氨基酸形成 -螺旋的倾向性不同。强烈倾向于形成 -螺旋的氨基酸有： Ala、 Glu、 Leu、Lys和 Met。非常不利于形成 -螺旋的氨基酸有： Pro、 Gly、 Tyr和Ser。举例： 抗菌肽的结构与功能三、蛋白质分子设计的主要途径包括 基于天然蛋白质结构的分子设计 、 蛋白质从头设计 及 计算蛋白质设计。计算机模拟 基因构建功能分析 突变蛋白产品蛋白质分子设计循环科研楼 （一）基于天然蛋白质结构的分子设计以天然蛋白质的分子结构及功能（稳定性）知识为基础。（ PDB及相关数据库可提供大量参考信息）首先对其进行不同方式的理论改造，并借助于计算机模拟技术，推测其可能的改造后的结构与功能。然后用基因工程技术或人工合成技术获得这种改造后的新蛋白质，并用实验的方法测定其结构及功能。如未达到要求，再重复上述过程，直至满足需要为止。设计目标 解决方法热稳定性 引入二硫键；增加氢键数目；改善内部疏水堆积；增加表面盐桥。对氧化的稳定性 将 Cys Ala、 Ser； Met Gln、 Val、 Ile及 LeuTrp Phe 、 Tyr。对重金属的稳定性 Cys Ala、 Ser； Met Gln、 Val、 Ile及 Leu替代表面羧基。pH稳定性 替换表面荷电基团；分子内 His、 Cys及 Tyr的置换；内离子对的置换。提高酶学性质 专一性改变；增加逆转数；改变酸碱度。 设计目标与解决方法以天然蛋白质结构为基础进行分子设计的具体步骤：1. 从天然蛋白质的三维结构出发，利用计算机模拟技术确定突变位点及替换的氨基酸。注意的问题：1）应确定对蛋白质折叠敏感的区域，这些区域包括：带特殊扭角的氨基酸、盐桥和密堆积区等。 内核！2）应确定对功能非常重要的位置，这些可以从结构与功能的关系、生物化学或蛋白质工程实验及结构上考虑。3）应考察其余位置对所希望改变的影响。4）当进行互换或插入 /删除残基时，应考虑它们对结构特征及功能的影响。 应遵循以下原则： 氨基酸侧链的改变不影响该主链的折叠，插入删除某些部分不影响表面区域，侧链交换遵守蛋白质结构保守原则。 2. 利用能量优化及蛋白质动力学方法预测修饰后的蛋白质结构。3. 预测的结构与原始蛋白质结构比较，利用蛋白质结构与功能、结构与稳定性的相关知识及理论，预测新蛋白质可能具有的性质。4. 人工合成新设计蛋白或利用基因工程技术表达该蛋白质，经分离纯化后，进行系统地鉴定（表征）。（二）蛋白质从头设计或蛋白质全新设计以天然蛋白质结构为基础进行的分子设计 ，可以优化蛋白质的活性，改善其药效动力学性质。那么，人们能否根据自己意愿，设计合成具有全新的结构与功能的蛋白质呢？例如：离子通道纳米管， 血红素结合蛋白 ，氧化还原活性蛋白， DNA结合蛋白等。全新蛋白质分子设计 是另外一种蛋白质工程，即合成具有新的更优良的结构与功能的蛋白质。全新蛋白质分子设计： 从头结构设计 和 从头功能设计。1. 蛋白质的从头结构设计设计合成一个全新的蛋白质结构，其 中心问题 是设计一个具有稳定和独特的三维结构的氨基酸序列。要使一个序列能够折叠成稳定的三维结构，就必须使设计的 相互作用能 大于 构象熵。全面了解蛋白质的结构及稳定性的规律是进行蛋白质全新分子设计的关键。特别是二级结构的形成规律。目前，许多蛋白质的分子设计都是基于对二级结构的认识进行的。 （ 熵 是一个表示物质系统的有序或无序的物理量。系统的熵越大，反映了它的无序程度越大，所处的状态越稳定。物质系统自发的变化过程总是向熵增大的方向进行。 ）蛋白质的超二级结构示意图a.组合 b.组合 c.组合A:； B:x； C: ； D、 E: 单双向 -折叠； F： -迂回； G： 回型拓扑结构。左为 PrPC； 右为 PrPSC具体方法有： 1.二级结构单元的自组装优点： 设计简单；容易合成。问题： 稳定性差；结构的简单重复。2.配体诱导组装可利用与配体如金属离子结合的特点，诱导多个二级结构如双亲 -螺旋自组装。3.通过共价交叉连接实现肽的自组装利用二硫键或其他方式将几个二级结构进行预连接，以降低构象熵。4. 基于组合库的全新蛋白质分子设计利用组合库技术已在如下方面取得成功： -螺旋； -折叠片；单体；自组装为有序的排列；堆积为天然类蛋白；超热稳定性；结合辅因子的能力；催化活性。5. 在合成模板上肽的组装6. 线性多肽折叠为球状结构2. 蛋白质功能的从头设计1） 通过反向拟合天然蛋白质设计新的功能；在以下方面已取得成功： DNA结合专一性；改变辅因子的专一性；改变底物的专一性（抗体酶）2） 键合及催化的从头设计；3） 在全新蛋白质中引入结合位点；4） 催化活性蛋白质的设计；5） 膜蛋白及离子通道的设计；6） 新材料的设计。（三）计算蛋白质设计蛋白质设计是一个理论与实验之间的循环。这个循环已经在蛋白质的合理设计中得到了许多重要进展。计算蛋白质设计包括能量表达、能量优化、侧链构象的离散化、残基分类 (内核、表面、边界 )、功能位点设计、专一性、稳定性及序列空间的稳健性预测等方面内容。四、蛋白质分子设计中的结构与功能关系研究1. 根据结构信息确定突变的残基利用 NMR或 X-ray技术解析蛋白质的空间结构信息，据此确定突变的碱基。2. 功能残基的鉴定方法1） 随机突变法2） 插入或删除分析法3） 接头 (linker)扫描突变法4） 利用蛋白质同源性鉴定功能残基结构与功能的容忍度蛋白质结构及功能对残基的替换有一定的容忍度，即结构与功能的关系有一定的稳健度。例如： Fersht等替换了 Barnase的所有内核残基。结果表明， 23的突变体保留了酶的活性。Mathews等在溶菌酶内核中替换多至 10个残基。实验证明多重取