第十章微生物的分类与鉴定

Chap.10 微生物的分类和鉴定微生物的分类和鉴定.1 通用分类单元通用分类单元.2 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位.3 各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要.4 微生物的鉴定微生物的鉴定Chap.11 微生物的分类和鉴定微生物分类学（ microbial taxonomy） 分类 :在研究微生物相似性的基础上，把每一微生物编排在一定的分类单元中，制定出检索表。鉴定：运用现代分类系统，通过具体菌株描述，给未知物一个具体的分类位置。命名 ： 按照国际命名法规，给每个新的分类群一个新的学名。（一）种的概念种 (species)： 微生物的基本分类单位，具有许多共同特征的菌株的集合。 典型菌株（ type strain）模式种（ type species）亚种型、菌株.1 通用分类单元细菌新种发表的要求1）在 IJSB上发表2）国内发表应送副本给 IJSB编辑，以获有效目录公布3）提供模式种4）符合命名法规要求5）符合优先律菌种保藏中心与菌种目录ATCC： 美国典型菌种保藏中心CCTCC： 中国典型菌种保藏中心：-下设： CCGMC、 ACCC、 CICC、CMCC等 6个中心-菌种目录及菌种保藏和购买二、学名的命名及有关法规双名法： Bacillus subtilis三名 法：Acetobacter pasteurianus subsp. pasteurianus 名字的应用： Bacillus subtilis CMCC 63501Bacillus subtilis Cohn 1874Bacillus sp. Bacillus spp.缩写： B . subtilis.2 微生物在生物界的地位五界系统： 三域学说真核生物起源的内共生学说 古细菌生物学特征： .3 各大类微生物的分类系统纲要一、细菌、古生菌分类系统纲要 Bergeys Manual of Systematic Bacterialogy 1,2版 Bergeys Manual of Determinative Bacterialogy 19版1.古生菌：系统手册 （二 版）原核生物 -古生菌界（ 2门 63属 208种）-泉古生菌门-广古生菌门-细菌界2.细菌的分类系统手册 （ 一版， 19841989年，共 4卷）卷 类型 群（ Section） 主要代表Vol. 1 G- 111 section 肠杆菌，假单孢 菌，Vol. 2 G+ 1217 section 芽孢杆菌，梭菌，Vol. 3 古生菌等 1825 section 甲烷菌，嗜盐菌，光合细菌 Vol. 4 产孢放线菌 2633 section 链霉菌 Bergeys Manual of Systematic Bacteriology ( 2 ed)Vol .1: The Archaea & the Deeply Branching & Phototrophic Bacteria, ( 2001) Vol. 2: Proteobacteria( 2004) Vol.3: The Low G+C Gram Positives ( 2000) Vol.4: The High G+C Gram Positives( 2000) Vol. 5 The Planctomycetes, Spirochetes, Fibrobacters, Bacteriods & Fusobacteria ( 2001) 3.真菌（ Fungi） 的分类系统Ainsworth系统 The fungi , Ainsworth, 1973 Ainsworth and Bisbys Dictionary of the Fungi-7版， 1983年， Hawksworth-8版， 1995年， Hawksworth书 355一、经典分类鉴定方法 （生理生化为主，形态为辅）通常指长期以来，在常规鉴定中普遍采用的（形态、生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标） 传统分类的细菌鉴定程序细菌自动鉴定系统API数值鉴定系统BBL鉴定系统Biolog鉴定系统程序：1、 辅助特征2、培养 菌悬液 加入生化反应板 培养 自动扫描自动鉴定 打印结果二、现代分类鉴定方法细菌化石二、现代分类鉴定方法1微生物遗传型的鉴定（ 1） DNA碱基比例的测定 （ G+C） mol% ：(G+C)mol% 值只能做否定判断；（ G+C） mol% 值差别 5，属不同的种； 差别 10，属不同的属。（ 2） 核酸分子杂交法 DNA-DNA分子杂交原理： DNA分子解链的可逆性和碱基配对的专一性。 DNA-DNA杂交（固相杂交法）单链 DNA（ 待测菌株）转 硝酸纤维素膜 加入放射性标志参照菌 DNA（ 单链） 洗去未 杂交 DNA闪烁计数器计数测定放射强度结论：1. DNA同源性 60% （同种）2. DNA同源性 70% （同亚种）3. DNA同源性 60 70% （不同亚种）4. DNA同源性 20 60% （同属）16s rRNA作为细菌进化的 计时器生物共有的一定的信息量（ 1542个核苷酸）一定的保守性便于比较研究（ 4） 16s rRNA核苷酸序列分析 DN