生物医学数据库检索方法与技巧

刘春艳 北京大学医学图书馆信息咨询部 PubMed生物医学数据库检索方法与技巧 主要内容 q PubMed概况 q PubMed数据来源 q PubMed检索机制 q PubMed检索运算符 q PubMed检索方法 q 结果的显示、打印、保存 q 其他辅助功能 1. PubMed概况 p 创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国 生物技术信息中心 (NCBI) n 1997年 6月开始向全球开放 p 特色：具有收录范围广、内容全、检索途径 多、检索体系完备等特点，部分文献还可在 网上直接免费获得全文。 2. PubMed数据来源 p MEDLINE： pubmed-indexed for medline p In Process Citations：每天收录，尚 未经规范处理的数据。 pubmed-in process p Publisher-Supplied Citations：由出 版商提供的电子文献，每条记录标有 PubMed-as supplied by Publisher。 3. PubMed检索机制 n 自动转换匹配功能 n (Automatic Term Mapping) n 对于输入的检索词， PubMed先按一定的词表顺序 进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转 换顺序是： n MeSH表 All Fields n 如果在以上 2个表中都找不到相匹配的词， PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重 复以上的过程，检索时各个词之间是 AND逻辑 关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词 在所有字段查找，各个词之间也是 AND逻辑关 系。 3.1 自动转换匹配功能 n Leukemia n “leukaemia“All Fields OR “leukemia“MeSH Terms OR “leukemia“All Fields 人重组三叶因子（ human recombinant trefoil factor） n (“humans“MeSH Terms OR “humans“All Fields OR “human“All Fields) AND recombinantAll Fields AND (“trefoil factor“Supplementary Concept OR “trefoil factor“All Fields) 4. PubMed检索运算符 n 逻辑运算符 逻辑运算符 n 逻辑 “与 ”运算 AND： 检索式写成 A and B， 表示文献中同时包含检索词 A和检索词 B 的文献才是命中文献。 AIDS and therapy n 逻辑 “或 ”运算 OR： 检索式写成 A or B， 表示包含检索词 A的文献或者包含检索词 B的文献或者同时包含检索词 A和 B的文献为命中文献。 AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome n 逻辑 “非 ”运算 NOT： 检索式写成 A not B， 表示包含检索词 A同时不包含检索词 B 的文献为命中文献。 Hepatitis not Animal n IP地址： PubMed 网址 基本检索 高级检索 主题检索 临床咨询 5. PubMed检索方法 n 5.1 基本检索 n 5.2 高级检索 n 5.3 主题检索 n 5.4 临床咨询 5.1 基本检索 默认检索字段 为主题、作者 、期刊 关键词、词 (词组 )或短语： 输入任意关键词： liver cancer、 Lung cancer； 带有双引号 ” ”作为短语检索： ”cancer therapy”； 带有连接号 ”-”作为一个词组检索： interleukin-6。 限制检索字段：如 liver cancerti 作者： Smith J 、 仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smithau 2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索 如： Joshua Lederberg 5.1 基本检索 期刊刊名： 可用期刊全称： GENE THERAPYTA； 可用期刊简称： JAMATA； (The Journal of the American Medical Association) 复杂表达式： liver cancer AND aflatoxin 带有摘要文献的检索 ： liver cancer AND hasabstract 5.1 基本检索 n 分析该检索课题，包含两个方面： n 肝癌： liver cancer； n 酒精： alcohol n 两个主题之间的逻辑关系是 AND，即 n liver cancer AND alcohol 基本检索举例：肝癌和酒精的关系 基本检索举例：肝癌和酒精的关系 输入： liver cancer AND alcohol “肝癌和酒精的关系 ”的基本检索结果 5.2 高级检索 高级检索 5.2 高级检索 n 分析该检索课题，包含两个方面： n 作者为：马大龙（ ma dl）； n 作者单位为： 北京大学（ peking university）。 高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献 高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献 输入： ma dl Peking university 高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献 5.3 主题检索 n 根据 medline数据主题标引的 规范性，利用主题词进行的研 究，对提高查全率、查准率会 有相当的帮助。 点击 MeSH Database打开主 题检索界面 高级检索 主题检索 基本检索 5.3 主题检索 主题词 (headings)： n 直接、准确表达主题概念的词或词组。 每个概念只能用一个主题词表达如：肿 瘤 n cancer n Carcinoma n Tumor n Neoplasm n Neoplasm n 副主题词：用于对主题词的某一特定方面加以限定，强调主题概 念的某些专指方面。 n 如：治疗（ therapy）、外科学（ surgery）、 n 代谢（ metabolism）、 诊断（ diagnosis） n 主题词与副主题词之间的组配检索，起到对主题词的限定作用， 是主题词具有更高的专指性，缩小检索范围，保证检索结果的准 确性。 n 如： 白血病 的 药物治疗 n leukemia/drug therapy n 但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用，每个副 主题词具有一定的专指性，其使用范围仅限于它后面括号内的类 目。 副主题词 (subheadings)： n TI - Bisoprolol: opportunities in the treatment of hypertension. n AB - Bisoprolol (bisoprolol fumarate) - -cardioselective blocker, does not possess n intrinsic sympathomimetic and membrane stabilizing activity. The main indications n for bisoprolol are arterial hypertension (AH) and heart failure. This article n provides an overview of the literature on the potential uses of bisoprolol in the n treatment of hypertension. The features of the pharmacokinetics of the drug. The n data on the effectiveness of bisoprolol in hypertension and tolerability in n patients with concomitant disorders. n AU - Minushkina LO n SO - Kardiologiia. 2012;52(6):80-5. n MH - Adrenergic beta-1 Receptor Antagonists/administration & dosage/adverse n effects/pharmacokinetics n MH - Biological Availability n MH - *Bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics n MH - Comorbidity n MH - *Coronary Disease/complications/drug therapy/physiopathology n MH - *Drugs, Generic/economics/pharmacokinetics n MH - *Heart Failure/complications/drug therapy/physiopathology n MH - Humans n MH - *Hypertension/complications/drug therapy/physiopathology n MH - Perioperative Care/methods n MH - Therapeutic Equivalency n MH - Treatment Outcome n MH - Adrenergic beta-1 Receptor Antagonists/administration & dosage/adverse n effects/pharmacokinetics n MH - Biological Availability n MH - *Bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokinetics n MH - Comorbidity n MH - *Coronary Disease/complications/drug therapy/physiopathology n MH - *Drugs, Generic/economics/pharmacokinetics n MH - *Heart Failure/complications/drug therapy/physiopathology n MH - Humans n MH - *Hypertension/complications/drug therapy/physiopathology n MH - Perioperative Care/methods n MH - Therapeutic Equivalency n MH - Treatment Outcome 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ） 治疗白血病（ leukemia）的文献 n 分析该检索课题，有 2个概念：长春新碱（ Vincristine ） 、白血病 （ leukemia）： n 对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应 组配副主题词 “治疗应用（ therapeutic use） ”； n 对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组 配副主题词 “药物疗法（ drug therapy） ”。 n 同时这两个概念之间是 AND的关系。 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ）治疗白血病（ leukemia）的文献 第 1步：检索长春新碱 /治疗应用 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ）治疗白血病（ leukemia）的文献 第 1步：检索长春新碱 /治疗应用 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ）治疗白血病（ leukemia）的文献 第 1步：检索长春新碱 /治疗应用 副主题词 主要主题词 不扩展下位树 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ）治疗白血病（ leukemia）的文献 第 1步：检索长春新碱 /治疗应用 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ）治疗白血病（ leukemia）的文献 第 1步：检索长春新碱 /治疗应用 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ）治疗白血病（ leukemia）的文献 第 2步：检索白血病 /药物疗法 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ）治疗白血病（ leukemia）的文献 第 2步：检索白血病 /药物疗法 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ）治疗白血病（ leukemia）的文献 第 2步：检索白血病 /药物疗法 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ）治疗白血病（ leukemia）的文献 第 2步：检索白血病 /药物疗法 主题检索举例： 长春新碱 （ Vincristine ）治疗白血病（ leukemia）的文献 5.4 临床咨询和系统评价 n 可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临 床疾病的诊断、治疗、病因和预后等； n 也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题， 如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导 以及有关遗传学方面的问题等。 5.4 临床咨询和系统评价 临床咨询 系统评价 检索医学遗传 学研究方面的 文献 6. 结果的显示、打印、保存 n 显示 n 保存、打印 6.1 结果的显示 n 显示格式：系统提供的显示格式很多， 一般较常用的有以下 4种： n （ 1） Summary：为默认显示格式。显 示的信息包括文献的标题、著者、出 处、 PMID、综述出版类型、非英文文 献的原文语种等。 n （ 2） Abstract：显示信息除了文献标 题、著者、出处等基本信息外，还包 括摘要信息，以便用户了解文献详细 内容。 n （ 3） MEDLINE：以 MEDLINE数据库的记录格 式来显示检索结果。字段内容主要包括 PMID 、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出 版类型、出处、 MeSH、文献 ID、出版状态等 。 6.1 结果的显示 6.1 结果的显示 n 保存记录 n 在 “send to”下拉菜单中选择 “File”，可完成 将记录保存为文件。 n 选择 “E-mail”，则可将结果发送至邮箱。 n 在检索结果显示页面可将某一次检索的全部 记录或标记记录保存；而 “Clipboard”页面可 用于保存一次或多次检索的结果记录。 6.2 检索结果的保存 6.2 检索结果的保存 7 其他辅助功能 n 7.1 检索策略的存储和调用 n 7.2 全文链接 n 7.3 相关文献链接 7.1 检索策略的存储和调用 n 使用 My NCBI(Cubby) n 首先要登记注册 n 保存检索策略 n 定期浏览新的检索结果 7.2 全文链接 -摘要格式显示 7.2 全文链接 -打开单篇详细页面 7.3 相关文献链接 7.3 相关文献链接 综合检索实例 n 腹痛的并发症 n 检索课题中包含两个主要概念： 腹痛 、 并发症 n 采用 主题词途径和基本途径相结合方法 进行检索。 第一步，输入相应的 主题词 “Abdominal P