癌症研究新工具ptmscan

癌症研究新工具癌症研究新工具 PTMScan PTMScanPTMScan 技术应用案例：技术应用案例： CST 的科学家使用 PTMScan技术和一个酪氨酸磷酸化基序抗体（#9411），对酪氨酸激酶信号通 路进行分析，发现了非小细胞肺癌细胞系和组织样本中的 disease drivers。这项研究在非小 细胞肺癌样本中发现了 ALK（间变性淋巴瘤激酶）-EML4 和 ROS1（c-ros 致癌基因 1）融合蛋白， 为诊断对 ALK 抑制剂 crizotinib【1】有反应的病人奠定了基础。在此基础上，CST 开发了创新 的高敏 ALK、ROS1 单克隆抗体【2,3】。 PTMScanPTMScan 技术平台介绍：技术平台介绍： PTMScan是一项创新的蛋白质组学技术，结合高度特异性基序抗体、免疫沉淀和质谱分析，提 供服务和试剂盒以支持信号调控新机制的发现，如靶点验证、生物标志物发现等。该技术可以 鉴定和量化样本中大范围的翻译后修饰，包括乙酰化、甲基化、泛素化，磷酸化酪氨酸和丝氨 酸/苏氨酸磷酸化。 根据所使用的抗体是否对肽段序列具有靶向性，PTMScan分为 PTMScanDiscovery 和 PTMScan Direct 两大类：其中 Discovery 是在蛋白质组整体水平上对某一种翻译后修饰进行特异性亲 和，所检测到的修饰肽段和样品本身有很大关系，即相对含量越高的修饰肽段越容易被检测到； 而在 Direct 实验中使用的抗体针对的是目标蛋白上特定位点的修饰，即不仅对特定的翻译后 修饰有亲和力，另外修饰位点左右的氨基酸序列同样决定着这种亲和作用。 1.1. PTMScanPTMScan 发现服务发现服务(Discovery)(Discovery) 此项服务可以鉴定并定量已知或未知蛋白的翻译后修饰，包括磷酸化、泛素化、甲基化和乙酰 化修饰。利用 CST 专有抗体进行亲和免疫纯化，再结合串联质谱技术，可以分析细胞系和组织 样本中数以千计的翻译后修饰。此项服务可对不同的生物模式系统和疾病状态蛋白质组的翻译 后修饰进行研究。 针对不同蛋白的翻译后修饰，PTMScanDiscovery 提供 4 种不同的服务项目： 1. PhosphoScan(磷酸化)； 2. AcetylScan(赖氨酸乙酰化)； 3. UbiScan(赖氨酸泛素化); 4. MethylScan(赖氨酸、精氨酸甲基化。 其中，由于磷酸化修饰的复杂性，PhosphoScan 根据各种磷酸激酶识别底物的序列特异性，提 供 16 种不同的单克隆基序抗体(Motif antibody)和 9 种试剂盒供选择。 PTMScanPTMScan MotifMotif 抗体及试剂盒一览抗体及试剂盒一览 KinomeView and Serine/Threonine PhosphoScanProducts DescriptionAntlbodyKitConsenus Site LCMS Data and Output Results Phospho-Akt Substrate96145561RXX(S*/T*) Mouse Liver XLS RAW Phospho-Akt Substrate100015563RXRXX(S*/T*) Mouse Liver XLS RAW Phospho-(Ser/Thr) AMPK Substrate 57595564 (L/M)XRXX(S*/T*), RXX(S*/T*) Mouse Liver XLS RAW Phospho-(Ser) ATM/ATR Substrate 960712267S*Q Mouse Liver XLS RAW Phospho-(Ser/Thr) ATM/ATR Substrate 669612267(S*/T*)QG, (S*/T*)Q Mouse Liver XLS RAW Phospho-(Ser) CDKs Substrate 9477 (K/H)S*P Phospho-(Ser/Thr) CK II Substrate 873812170(S*/T*)DXE Phospho-MAPK/CDK Substrates23254652PXS*P, S*PX(K/R) Mouse Liver XLS RAW Phospho-(Ser/Thr) PDK1 Docking Motif 9634 (F/K)XX(F/Y)(S*/T*)(F/Y) Mouse Liver XLS RAW Phospho-(Ser) PKC Substrate6967(K/R)(K/R)X(S*/T*) Mouse Liver XLS RAW Phospho-(Thr) PLK Binding Motif 52435566 ST*P Mouse Liver XLS RAW Phospho-Thr-Pro Motif3003T*P, T*PP Mouse Liver XLS RAW Phospho-Thr-Pro-Glu Motif3004T*PE, T*P Mouse Liver XLS RAW Phospho-Thr-X-Arg Motif2351T*X(K/R) Mouse Liver XLS RAW 2.PTMScan2.PTMScan 针对性服务针对性服务(Direct)(Direct) CST PTMScan Direct PTMScanDirect PTMScan: PTMScan ; PTMScan PI3K/Akt ; PTMScan Apoptosis/Autophagy PTMScan /DNA PTMScan / PTMScan PTMScanPTMScan 服务操作流程服务操作流程 参考文献： 1.Rikova, K. et al. (2007) Cell 131, 1190120