生物信息学分析方法.pptx

常用的生物信息学常用的生物信息学 分析方法分析方法 第十组组 生物信息学是一门在生命科学的研究中，以计算机为工具 对生物信息进行储存、检索和分析的科学。 生物信息学Bioinformatics 生物信息学基本上是分子生物 学与信息技术的结合体。 研究材料和结果是各种各样 的生物学数据 研究工具是计算机 研究方法包括对生物学数据的 搜索（收集和筛选）、处理（ 编辑、整理、管理和显示）及 利用（计算、模拟） 节节律基因Timeless 数据库库 MGI / 数据库库 NCBI /Blast.cgi 数据库库 TAIR / / 多序列比对对 MEGA / 系统发育树 MEGA /tools/meme 保守基序分析 MEME / 基因结构 GSDS http:/bioinformatics.psb.ugent.be/web tools/plantcare/html/ 启动子分析 PlantCARE 基序名称位置序列特征功能 TATA-box254TATAAcore promoter element CAAT-box260CCAATcommon cis-acting element in promoter and enhancer regions 3-AF1 binding site50AAGAGATAT TT light responsive element CCAAT-box1051CAACGGMYBHv1 binding site CGTCA-motif1294CGTCAMeJA-responsiveness GA-motif1252ATAGATAAlight responsive element HSE28AAAAAATTT C heat stress responsiveness LTR414CCGAAAlow-temperature responsiveness MSA-like568CCCAACGGTcell cycle regulation TGA-element289AACGACauxin-responsive element / 转录因子结合位点分析 JASPAR Matrix IDNameScore Relativ e score StartEndStrand Predicted sequence MA0940.1 AP112.57 0.9011628+ acaaaaatga aat MA0934.1 AHL25 12.516 9 1328335+aattaatt MA0951.1 ATHB-16 12.242 3 0.964352359+taatgatt MA0933.1 AHL2012.006 0.979328335+aattaatt MA0943.1 ARF5 11.844 9 0.9741017 1024+ GCCGACA G MA0947.1 ARR14 11.813 2 0.965707714+ AGATCCG C MA0934.1 AHL25 11.812 6 0.984333340+atttaatt http:/bar.utoronto.ca/ 可视视化基因组组学 BAR http:/suba.live 亚细胞定位 SUBA AGISUBAconPredictions AT5G52910.1nucleusnucleus cytosol mitochondrion http:/www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre/ 三级结构预测 Phyre 16-464 replication643-747 protein binding http:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 信号肽预测 SignalP AT5G52910AT1G01070 http:/www.cbs.dtu.dk/services/TMHM M-2.0/ 跨膜结构域预测 TMHMM http:/string.embl.de 蛋白互作网络 STRING DNA repair polymerase helicase 序列分析 双序列比对MEGA-/ Bioedit-/bioedit/bioedit.html NCBI/GenBank-/ MEME-/tools/meme 多序列比对（系统进 化树、保守基序） 基因分析 ORF(Open Reading Frame)分析 NBCI- /orffinder/ 基因结构分析（外显子、内含子） GSDS-/ 启动子分析 PlantCARE- http:/bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ PLACE-https:/sogo.dna.affrc.go.jp/cgi- bin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newpl ace 转录 因子结合位点分析 TFSEARCH-http:/diyhpl.us/bryan/irc/protocol- online/protocol-cache/TFSEARCH.html JASPAR-/ 表达模式分析 bar- http:/bar.utoronto.ca/ 蛋白分析 结构分析 二级 PredictProtein- / PSIPRED-http:/bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred 三级 Phyre-http:/www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre/ SWISS-MODEL-/ 亚细 胞定位 PSORT- SUBA- http:/suba.live 信号肽预测 SignalP-http:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 跨膜结构预测 TMHMM-http:/www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ 蛋白互作及功能分