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网上生物医学信息介绍网上生物医学信息介绍 北京万方数据股份有限公司北京万方数据股份有限公司 20022002年年5 5月月 系列培训教程（二）系列培训教程（二） 张秀梅张秀梅 杨春红杨春红 1. 1. 网上生物医学文献类型网上生物医学文献类型 文摘型数据库文摘型数据库 全文型数据库全文型数据库 事实型数据库事实型数据库 生物医学专业网站生物医学专业网站 生物医学整合知识平台生物医学整合知识平台 2. 2. 文摘型生物医学数据库文摘型生物医学数据库 pubMedpubMed数据库数据库 TOXNETTOXNET数据库数据库 EMBaseEMBase荷兰医学文摘荷兰医学文摘 CBMdiscCBMdisc中国生物医学文献光盘数据库中国生物医学文献光盘数据库 OCLC OCLC FirstSearchFirstSearch检索系统检索系统 BA&BPBA&BP美国生物学文摘美国生物学文摘 CACA化学文摘化学文摘 ISI ChemistryISI Chemistry MedlineMedline 1996 1996今今 70 70多国家多国家 4500 4500余种生物医学期刊余种生物医学期刊 43 43种语言种语言 90% 90%英文英文 78% 78%有英文摘要有英文摘要 数据周更新数据周更新 37 37万条万条/ /年年 PremedlinePremedline 未标引记录未标引记录 MedlineMedline Publisher Supplied CitationsPublisher Supplied Citations 出出 版版 商商 PubmedPubmed 2.1 2.1 PubMedPubMed数据库数据库(1)(1) ( (http:/www.http:/www.ncbincbi. .nlmnlm. .nihnih. .govgov/ /PubMedPubMed) ) 免费免费 MeshMesh 标引标引 美国美国NCBI(National Center of Biological Information) NCBI(National Center of Biological Information) 研制研制, ,截止截止20012001年年2 2月月2828日日, ,已与已与17241724种期刊连接种期刊连接. . 2.1 2.1 PubMedPubMed数据库数据库(2)(2) 能指引检索者使用医学主题词表中规范的能指引检索者使用医学主题词表中规范的 术语进行有效检索。术语进行有效检索。MeSHMeSH(Medical Subject (Medical Subject HeadlingsHeadlings) )由美国国立医学图书馆编制，是对生物由美国国立医学图书馆编制，是对生物 医学文献进行主题分析、标引和检索时使用的权威医学文献进行主题分析、标引和检索时使用的权威 性词表。它以标准的术语描述生物医学概念，共收性词表。它以标准的术语描述生物医学概念，共收 录录1800018000个主题词，通过注释，参照系统和树状结构个主题词，通过注释，参照系统和树状结构 ，表达了，表达了MeSHMeSH词的历史演变，揭示了词的历史演变，揭示了MeSHMeSH词间的语词间的语 义关系，成为指引检索者使用规范化生物医学术语义关系，成为指引检索者使用规范化生物医学术语 进行有效检索的工具。进行有效检索的工具。 MeSHMeSH Browser: Browser: 2.2 2.2 TOXNETTOXNET数据库数据库(1)(1) ( (http:/www.http:/www.toxnettoxnet. .nlmnlm. .nihnih. .govgov) ) 毒理学数据库毒理学数据库 毒理学文献毒理学文献 有毒化学制品释放系统有毒化学制品释放系统 化学信息（术语、标识与结构）化学信息（术语、标识与结构） 11 11种种 事实型事实型 书目型书目型 DBDB 美国国立图书馆创建美国国立图书馆创建 2.2 2.2 TOXNETTOXNET数据库数据库(2)(2) 表格内容后续表格内容后续 2.2 2.2 TOXNETTOXNET数据库数据库(2)(2) 2.3 2.3 荷兰医学文摘荷兰医学文摘( (1 1) ) EmbaseEmbase是荷兰是荷兰ElsevierElsevier Science B.V. Science B.V.出版出版 商建立的书目文献数据库商建立的书目文献数据库. . 19741974年年今今 800 800多万条多万条 445000 445000条条/ /年增年增 70 70余个国家的余个国家的40004000多种期刊多种期刊 EMBaseEMBase突出药物文献和药物信息突出药物文献和药物信息40%40% 药物方面副主题词多药物方面副主题词多 药物信息字段多药物信息字段多 1 EMBaseEMBase( (Excerpta MedicaExcerpta Medica Database) Database) 2.3 2.3 荷兰医学文摘荷兰医学文摘(2)(2) 2 EMBaseEMBase与与MEDLINEMEDLINE数据库比较数据库比较 19801980今今 千种期刊、汇编、会议论文千种期刊、汇编、会议论文 总总18166231816623条条 20 20万条万条/ /年增年增 涵盖中文科技资料目录涵盖中文科技资料目录( (医药卫生医药卫生) ) CMCCCMCC中文生物医学期刊目次数据库中文生物医学期刊目次数据库 CBMdiscCBMdisc的词表的词表 Mesh Mesh 及中医药学主题词表及中医药学主题词表 中国分类法中国分类法 2.4 2.4 中国生物医学文献光盘数据库中国生物医学文献光盘数据库 ( (CBMdiscCBMdisc) ) 中国医学科学院医学信息研究所研制中国医学科学院医学信息研究所研制 19671967年创建年创建 ohioohio州州 19921992年推出年推出 FirstSearchFirstSearch 7070多个数据库多个数据库 30 30多个可检全文多个可检全文 7500 7500种期刊的联机全文种期刊的联机全文 3000 3000中期刊的电子版中期刊的电子版 900 900多万篇全文多万篇全文 2.5 2.5 OCLC OCLC FirstSearchFirstSearch检索系统检索系统( (CBMdiscCBMdisc) ) 图书馆联机计算机中心创建图书馆联机计算机中心创建 （Online Computer Library CenterOnline Computer Library Center） 19261926年两刊合并年两刊合并生物学文摘生物学文摘 美生物学会联合会负责编辑美生物学会联合会负责编辑 生物学文摘公司出版生物学文摘公司出版 19641964年年BABA的编辑出版机构为的编辑出版机构为“生物科学情报生物科学情报” （BioScience Informatiom BioScience Informatiom ServiceService） 简称简称BIOSISBIOSIS 主任：维特主任：维特BIOSIS BIOSIS Previes Previes 2.6 2.6 BA&BPBA&BP（1 1） BA BA 美国生物学文摘美国生物学文摘BiologocalBiologocal Abstracts Abstracts 前身是前身是美国细菌协会编辑出版社的细菌学文摘美国细菌协会编辑出版社的细菌学文摘 美国植物学会植物学文摘美国植物学会植物学文摘 2.6 2.6 BA&BPBA&BP（2 2） 包括包括 生物学文摘生物学文摘 Biological Abstracts,BABiological Abstracts,BA Biological Abstracts/RRM Biological Abstracts/RRM (Reports,Review,Meetings) (Reports,Review,Meetings) 收录收录 5500 5500种生命科学期刊及非期刊文献种生命科学期刊及非期刊文献 10000 10000条条/ /周更新周更新 BP BP BiosisBiosis Preview Preview 周刊，周刊，2 2卷卷/ /年，年，2626期期/ /卷卷 150150个国家个国家 14000 14000种科技期刊种科技期刊 1/4 1/4与生物医学相关与生物医学相关 26 26个国家个国家 2 2个国际组织的专利资料个国际组织的专利资料 学位论文、会议文献、科技报告、存档资料、图书学位论文、会议文献、科技报告、存档资料、图书 56 56种语言种语言 占世界化学化工文献总量的占世界化学化工文献总量的98%98% 2.7 2.7 化学文摘化学文摘( (Chemical Abstract)Chemical Abstract) “开启化学文献宝库的钥匙开启化学文献宝库的钥匙” 19071907年创刊，前身美国化学研究评论年创刊，前身美国化学研究评论 美国化学会志美国化学会志 2.8 2.8 ISI ChemistryISI Chemistry 该库收集了公布在全球核心化学期刊和国际专该库收集了公布在全球核心化学期刊和国际专 利出版物上所有最新发现和改进的有机合成方法，利出版物上所有最新发现和改进的有机合成方法， 提供翔实的化学反应综述和详尽的试验细节，以及提供翔实的化学反应综述和详尽的试验细节，以及 新化合物的化学结构和相关性质新化合物的化学结构和相关性质( (制备与合成方法、制备与合成方法、 化学反应与生物活性化学反应与生物活性) ) 两个子库两个子库 化学反应中心化学反应中心( (Reaction Center)Reaction Center) 1840 1840年年今今 60 60多种化学反应多种化学反应 2 2万多个专利反映万多个专利反映 42000 42000个个/ /年增年增 化合物中心化合物中心( (Compound Center)Compound Center) 1960 1960年年今今 530 530万种有机化合物万种有机化合物 20 20万种万种/ /年增年增 3. 3. 全文型数据库全文型数据库 PMLPML数据库数据库 OVIDOVID数据库数据库 SDOSSDOS全文检索系统全文检索系统 EBSCOEBSCO数据库数据库 中国期刊网中国期刊网 3.1 3.1 网上获取医学文献全文的途径网上获取医学文献全文的途径 访问免费电子期刊网站访问免费电子期刊网站 http:/www. http:/www.health.library. http:/www.health.library.mcgillmcgill.ca/.ca/ejournalejournal/ / fulltext fulltext. .htmhtm/ / http:/www. http:/www. http:/www.stanfordstanford. .hirewirehirewire. .eduedu/lists/lists/freeartfreeart. .dtdt 通过作者的通过作者的EmailEmail直接索取直接索取 一些二次文献数据库提供原文连接服务一些二次文献数据库提供原文连接服务( (PubmedPubmed) ) 查全文数据库查全文数据库 机构代查机构代查 该公司该公司19381938年创建年创建 宗旨宗旨: :为图书馆、政府、院校师生提供高质量信息为图书馆、政府、院校师生提供高质量信息 业务范围业务范围: :连续出版物、新闻报纸、图书、学位论连续出版物、新闻报纸、图书、学位论 文、学术性收藏品文、学术性收藏品 文献量文献量:55:55亿条亿条 PMLPML光盘版光盘版 网络版网络版 3.2 3.2 ProQuest ProQuest Medical LibraryMedical Library数据库数据库 PMLPML由由Bell&Howell Information and LearningBell&Howell Information and Learning ( (原原UMIUMI公司公司) )出版出版 从从MEDLINEMEDLINE起家起家, ,目前包括人文、社会、科技近百目前包括人文、社会、科技近百DBDB 一半为生物医学一半为生物医学 Ovid Web GatewayOvid Web Gateway数据库检索数据库检索 400 400中期刊全文中期刊全文 100 100种电子期刊，回溯至种电子期刊，回溯至19931993年年 HTMLHTML，实现实现MedlineMedline、生物医学全生物医学全 文期刊和循证医学文期刊和循证医学DBDB之间的互链之间的互链 3.3 3.3 OVIDOVID数据库数据库 OVID Technologies.Inc OVID Technologies.Inc 由由Mark NelsonMark Nelson 1984 1984年创立年创立 SDOS SDOS 原名为原名为EES(EES(ElsevierElsevier Electronic Subscriptions Electronic Subscriptions ) ) SDOS SDOS 系统提供系统提供12001200多种电子期刊多种电子期刊( (包括包括Pergamon Pergamon NorthHollandNorthHolland出版物出版物) )的订阅服务的订阅服务 1200 1200种电子期刊分为种电子期刊分为1212类与生物医学相关的为类与生物医学相关的为 Agricultural and Biological SciencesAgricultural and Biological Sciences Clinical Medicine Clinical Medicine Life Science Life Science 3.4 3.4 Elsevier Elsevier ScienceScience公司公司 SDOSSDOS全文检索系统全文检索系统 Elsevier Elsevier ScienceScience是荷兰一家著名的出版公司是荷兰一家著名的出版公司 Science Direct Onsite(SDOS)Science Direct Onsite(SDOS)是该公司开发的系是该公司开发的系 统统, ,提供用户在本地访问其基于提供用户在本地访问其基于WebWeb的全文电子期刊的全文电子期刊 EBSCO Publishing50EBSCO Publishing50多个电子文献数据库多个电子文献数据库 近近30003000种期刊全文种期刊全文+ +文摘索引期刊文摘索引期刊 4000 4000种种 学术期刊全文数据库学术期刊全文数据库( (Academic Search Academic Search FullteztFulltezt Elite,ASFE)Elite,ASFE) 15301530种期刊全文种期刊全文+ +近近27002700种期刊索引和文摘种期刊索引和文摘 其中其中SCISCI收录的核心刊收录的核心刊993993种种( (含全文含全文350350种种) ) 生物医学期刊生物医学期刊554554种种 检索系统检索系统 EBSCO hostEBSCO host 3.5 3.5 EBSCOEBSCO数据库数据库 EBSCOEBSCO公司是世界上最大的提供文献服务的专业公司是世界上最大的提供文献服务的专业 公司之一公司之一 国内核心期刊国内核心期刊 1994 1994年年今今 全文全文400400多万篇多万篇 专业特色期刊专业特色期刊 题录题录10001000万余条万余条 网上数据日更新网上数据日更新 理工理工(3)(3)、 农业、医药卫生、文史哲、经济政农业、医药卫生、文史哲、经济政 治与法律、教育与社科、电子技术与信息科学治与法律、教育与社科、电子技术与信息科学 9 9个专辑、个专辑、126126个数据库，其中医药卫生个数据库，其中医药卫生747747种种 题录数据库题录数据库 摘要数据库摘要数据库 全文数据库全文数据库 专题数据库专题数据库 3.6 3.6 中国期刊网中国期刊网 清华同方光盘股份有限公司清华同方光盘股份有限公司 光盘国家研究中心光盘国家研究中心 共同创建共同创建 中国学术期刊中国学术期刊( (光盘版光盘版) )电子杂志社电子杂志社 1999 1999年年6 6月起上网月起上网 53005300种种 4. 4. 事实型数据库事实型数据库 分子生物数据库分子生物数据库 药物三维结构数据库药物三维结构数据库 医学图谱医学图谱 病理切片库病理切片库 专利信息资源专利信息资源 4.14.1 分子生物数据库分子生物数据库 基因序列数据库基因序列数据库 NCBINCBI的的GenBankGenBank 蛋白序列数据库蛋白序列数据库( (Pro.Pro.aaaa.) .) 日内瓦大学日内瓦大学SwissProt SwissProt (6 (6万余种万余种Pro.2200Pro.2200个个aaaa.).) 结构数据库结构数据库: :小分子结构数据库小分子结构数据库( (Cambridge Structural DB)Cambridge Structural DB) 大分子结构数据库大分子结构数据库( (ProteinProtein DataBank DataBank,PDB),PDB) 分子疾病数据库分子疾病数据库OMIMOMIM (Online(Online Mendelian Mendelian Inheritance in Man) Inheritance in Man) 生物信息学算法生物信息学算法 基于基于WebWeb的信息储存、查找与检索的信息储存、查找与检索 如：如：NCBINCBI建立的建立的EntrezEntrez系统系统 欧洲分子生物实验室欧洲分子生物实验室SRSSRS系统系统 分子可视化分子可视化 PubMedPubMed生物医学文献生物医学文献 NeccleotideNeccleotide核苷酸序列数据库核苷酸序列数据库 ProteinProtein蛋白质序列数据库蛋白质序列数据库 StructureStructure大分子三维结构大分子三维结构 GenomeGenome完整的基因组汇编完整的基因组汇编 PopsetPopset以以DNADNA和和Pro.Pro.分析生物间的进化关系分析生物间的进化关系 TaxonomyTaxonomy分类学数据库分类学数据库 OMIMOMIM孟德尔人类遗传学数据库孟德尔人类遗传学数据库 BooksBooks生物医学网络版书生物医学网络版书 ProbesetProbeset基因表达选集基因表达选集 3 3D DomainD Domain特定功能域三维结构特定功能域三维结构 4.2 4.2 EntrezEntrez系统包含系统包含 4.3 4.3 药物三维结构数据库药物三维结构数据库 美国国立癌症研究所药物信息系统三维数据库美国国立癌症研究所药物信息系统三维数据库 ( (NCI Drug Information System 3D Database)NCI Drug Information System 3D Database) 40 40多万种药物三维结构多万种药物三维结构 美国国立癌症研究所美国国立癌症研究所三维数据库三维数据库( (NCI3D)NCI3D) 126554 126554个化合物的三维结构信息个化合物的三维结构信息 艾滋病药物结构艾滋病药物结构 http:/chem.sis.http:/chem.sis.nlmnlm. .nihnih. .govgov/aidsdrg4./aidsdrg4.htmhtm/ / 三维药物结构数据库三维药物结构数据库( (日本日本) ) 具有药物活性的化学物质三维结构具有药物活性的化学物质三维结构DBDB 4.4 4.4 医学图谱医学图谱 可视人计划可视人计划( (The Visible Human Project)The Visible Human Project) http:/www.http:/www.nlmnlm. .nihnih. .govgov/research/visible/research/visible/ 19861986年年NLMNLM发起发起 男女尸体详尽三维精细解剖图男女尸体详尽三维精细解剖图 CTCT、MRIMRI、冷冻切片三种技术冷冻切片三种技术 目标：创造一个知识结构体系，可以方便地实现将目标：创造一个知识结构体系，可以方便地实现将 可视的图像知识与文本知识链接成一个整体可视的图像知识与文本知识链接成一个整体 全脑图谱全脑图谱( (the Whole Brain Atlas)the Whole Brain Atlas) 哈佛医学院哈佛医学院 Keith A.JohnsonKeith A.Johnson 麻省理工麻省理工 J.Alex BeckerJ.Alex Becker 将人脑正常和病理结构图像与临床医学信息整合将人脑正常和病理结构图像与临床医学信息整合 合作开发合作开发 19001900多幅病理切片多幅病理切片 http:/http:/medstatmedstat.medmed.utahutah. .eduedu/ / WebPath WebPath/ /WebPathWebPath. .hlmhlm/ / 4.5 4.5 病理切片库病理切片库 WebPathWebPath 美美 UtahUtah大学医学院大学医学院 病理科病理科Edward C.Edward C.KlattKlatt博士创建博士创建 5. 5. 生物医学专业网站介绍生物医学专业网站介绍(1)(1) 美国国立卫生研究院美国国立卫生研究院( (National Institutes of Health,NIH)National Institutes of Health,NIH) http:/www. http:/www.nihnih. .govgov 健康信息健康信息( (出版物、数据库出版物、数据库) ) 科研基金申请情况科研基金申请情况 美国国立医学图书馆美国国立医学图书馆( (National Library of Medicine,NLM)National Library of Medicine,NLM) http:/www. http:/www.nlmnlm. .nihnih. .govgov 健康信息健康信息 图书馆服务图书馆服务 Health A to Z Health A to Z 专业搜索引擎专业搜索引擎 http:/www. 美国医学会网站美国医学会网站( (American Medical Association)American Medical Association) http:/www. 5. 5. 生物医学专业网站介绍生物医学专业网站介绍(2)(2) Health A to Z Health A to Z 搜索引擎搜索引擎 http:/www. 美国国立癌症研究所美国国立癌症研究所( (National Cancer Institute,NCI)National Cancer Institute,NCI) http:/www. http:/www.ncinci. .nihnih. .govgov 美国疾病预防与控制中心美国疾病预防与控制中心 ( (Centers for Disease Control and Prevention,CDC)Centers for Disease Control and Prevention,CDC) http:/www. http:/www.cdccdc. .govgov 世界卫生组织世界卫生组织( (World Health Organization,WHO)World Health Organization,WHO) http:/www.who. int Drug Drug InfoNetInfoNet http:/www.http:/www.drugInfoNetdrugInfoN First Data Drug DatabaseFirst Data Drug Database http:/www./.com/miscmisc/