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外文摘要信息获取 南方医科大学医学情报学教研室 张政宝 Tel:E-mail: 南方医科大学医学情报学教研室 一、常用外文摘要数据库 二、认识PubMed文献 三、PubMed检索特点（重点） 四、PubMed基本检索功能（重点） 五、PubMed高级检索功能（重点） 六、PubMed检索结果的处理 七、PubMed主题词检索 八、MyNCBI个性化服务 外文摘要信息获取 南方医科大学医学情报学教研室 一、常用外文摘要数据库 南方医科大学医学情报学教研室 常用外文摘要数据库 PubMed EMBase Engineering Village 2 Web of Science Scopus BIOSIS Preview SciFinder Scholar 南方医科大学医学情报学教研室 PubMed概况 网址： (com; org; net) 由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine - NLM）国家生物技术信息中心（ National Center for Biotechnology Information - NCBI）向因特网用户提供免费MEDLINE检索 服务(自1997-6-26起) 南方医科大学医学情报学教研室 收录80多个国家5000多种生物医学期刊的题录与 文摘，是世界上最权威的医学数据库。 现有1865年以来的2000多万篇文献的记录(其中 MEDLINE记录1830多万条) 最近3年平均每年增加80余万条文献记录 在全部记录中有78%的文献为英文；在2000年以 来的记录中90%的文献为英文；收录中文刊60余 种（我校学报被收录） 。 PubMed概况 南方医科大学医学情报学教研室 PubMed的外部链接功能 提供NCBI开发的分子生物学数据库的链接，如 Nucleotide、Protein、Genome、OMIN、Structure、 Taxonomy等。 提供美国国立医学图书馆多种资源的链接 提供相关文献（RELATED ARTICLES）的链接 提供其它外部资源的链接，如生物医学期刊网 站全文链接、NCBI资源。 南方医科大学医学情报学教研室 外部链接 南方医科大学医学情报学教研室 二、认识PubMed文献 南方医科大学医学情报学教研室 检索练习与演示 问题：砒霜是什么？有什么特点与作用？ 砒霜（三氧化二砷，白砷）：arsenic trioxide, white arsenic，As2O3 利用PubMed数据库检索有关砒霜的文献 南方医科大学医学情报学教研室 作者AU 题名TI 来源SO PubMed记录 类型（状态） PubMed题录 南方医科大学医学情报学教研室 PubMed记录类型（状态） PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文献 记录按处理过程分4种类型（或状态） PubMed - as supplied by publisher PubMed - in process PubMed PubMed - indexed for MEDLINE 属于Medline收录范围，建立 ti、au、ab等基本书目信息。 不属于Medline收录 范围，但也建立ti、 au、ab等基本书目 信息。 赋予MeSH、PT等字段并被index。 南方医科大学医学情报学教研室 三、PubMed检索特点 南方医科大学医学情报学教研室 PubMed检索特点 检索运算符AND、NOT、OR必须大写。 (vitamin c OR zinc) AND common cold 支持截词检索（*），但对词组无效。 如bacter*, 可以检出以bacter为词干的单词 bacteria、bacterium等最多600个单词。 截词检索时，系统的自动词语匹配功能和 MeSH自动扩展功能将不再被执行，如： heart attack* 将不映射到 MeSH 词 Myocardial Infarction。 南方医科大学医学情报学教研室 PubMed检索特点 强制检索：双引号“ “或限定字段 “endocrine disruption“ endocrine disruption 注意：所有的 “ “ 、*、 ( )、- 都必须是英文 状态下输入。 南方医科大学医学情报学教研室 南方医科大学医学情报学教研室 PubMed常用字段 Affiliation AD （机构地址） Author AU（作者）：姚开泰（yao kai tai - yao kt, yao kaitai yao k）； tan jau 与 “tan j“au 不同 Language LA（文献语种）：chinese la 或 chi la （前3个字母） MeSH Terms MH（主题词）：自动扩展下 位主题词；如需关闭该功能，使用mh:noexp 南方医科大学医学情报学教研室 PubMed常用字段 Publication Date DP （出版日期）： 1998/03dp; 1998dp; 1996:1998dp; 1998/01:1998/04 dp Publication Type PT（文献类型）： reviewpt Title TI （文献题名） Text Words TW （文本词） ：包括Title, Abstract, MeSH Terms, MeSH Subheadings, Chemical Substance Names, Personal Name as Subject 等 字段 Title/Abstract TIAB （题名与摘要） 南方医科大学医学情报学教研室 检索练习 检索珠江医院医护人员发表的论文 （zhujiang hospital; zhu jiang hospital ） 检索珠江医院肝胆外科方驰华教授发表的论文 检索珠江医院医护人员2005年以来发表的英文 论文 南方医科大学医学情报学教研室 四、PubMed基本检索功能 南方医科大学医学情报学教研室 检索练习与演示 2000年10月4日美国食品药物管理局（FDA）批 准以砒霜（三氧化二砷）治疗某种类型的白血 病 用砒霜治疗的白血病名称是：acute promyelocytic leukemia（APL，急性早幼粒细胞白血病） 砒霜(三氧化二砷，白砷)：arsenic trioxide, white arsenic，As2O3 利用PubMed数据库检索有关砒霜治疗白血病的 文献 南方医科大学医学情报学教研室 自由词检索 在检索框中键入一到多个单词，如键入： vitamin c AND common cold hepatitis b AND (diagnosis OR therapy) 检索词可出现于PubMed各记录中的标题、摘要 等全部可检索字段。 南方医科大学医学情报学教研室 自由词检索 南方医科大学医学情报学教研室 自由词检索 南方医科大学医学情报学教研室 检索细节（Search Details） 南方医科大学医学情报学教研室 转换后的检索式 可进行修改 南方医科大学医学情报学教研室 常用过滤器（Filters） 用于对检索结果作进一步限定 文本获取（Text availability）、出版日期（ Publication dates）、物种（Species）、文献类 型（ Article types）、语种（Languages）、年龄 （Ages）、性别（Sex） 、文献子集限定（ Subsets）、期刊类别（Journal categories）、检 索字段（Search fields） 各种过滤器可以单独或组合使用 南方医科大学医学情报学教研室 南方医科大学医学情报学教研室 在左侧点击勾选 所需过滤器，检 索结果下方同时 提示已激活的过 滤器，检索结果 相应发生变化。 南方医科大学医学情报学教研室 每次检索可以选 择多个过滤器。 再次点击已勾选 的过滤器将取消该 过滤器；如需取消 全部过滤器，可点 击“Clear all”。如 不取消，将对后续 检索一直起作用。 南方医科大学医学情报学教研室 点击“Show additional filters”可选 择需要在左 侧显示的其 他过滤器。 南方医科大学医学情报学教研室 作者检索 检索时姓用全称，名用首字母。2002年以来 的文献可以用姓名全拼形式查找。 作者姓名书写格式 1. 西方人姓名书写格式：First name、Middle Name、Last name。 美国肯尼迪总统名为： John Frank Kenedy， Kenedy为Last name（姓）。 Frank为Middle name，比较少看到，多看到 John F. Kenedy，中间名缩写了。 如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定 是姓。如： Kenedy, John F. 南方医科大学医学情报学教研室 作者检索 作者姓名书写格式 2. 中国人姓名格式：Last name、First name。如 ：钟世镇，就有如下拼写形式可供检索： Shi-zhen Zhong； Shi zhen Zhong Zhong shi-zhen； Zhong，shi zhen Zhong，shi-zhen zhong sz Shizhen Zhong，zhong shizhenzhong s 南方医科大学医学情报学教研室 期刊检索 检索时可输入期刊全名，如：molecular biology of the cell，系统自动转换为”mol biol cell” Journal Name；也可输入期刊 标准缩写形式（如：mol biol cell）或期 刊的ISSN（国际标准出版物编号，如 ：1059-1524）。 如果期刊名是一个单词或恰好是MeSH 词表中的词，如Gene Therapy、Science 、Cell等，则必须在刊名后加ta（期刊 名称字段标识符），也可使用so。 南方医科大学医学情报学教研室 期刊检索 如果杂志全名中包括括弧或方括号，键 入时应该予以取消，例如杂志名为：J Hand Surg Am，检索时应转成：J Hand Surg Am。 中文期刊，用汉语拼音： Nan fang yi ke da xue xue bao Beijing da xue xue bao Zhonghua nei ke xue za zhi 南方医科大学医学情报学教研室 五、 PubMed高级检索功能 南方医科大学医学情报学教研室 高级检索 南方医科大学医学情报学教研室 高级检索 检索史中的检索式序号可 代替检索式参与逻辑运算 南方医科大学医学情报学教研室 检索举例 姚开泰院士2001年以前发表的有关鼻咽 癌（nasopharyngeal cancer）方面的文献 分析 姚开泰， 2001年以前， nasopharyngeal cancer 南方医科大学医学情报学教研室 六、PubMed检索结果的处理 南方医科大学医学情报学教研室 检索结果的处理 显示格式 (Display Settings) 结果排序 (Display Settings - Sort by) 保存为本地文件（最多10000篇）(Send to File) 临时存放至剪贴板 (Send to Clipboard) 保存为个人资料集 (Send to Collections) 发送至电子邮箱 (Send to E-mail) 南方医科大学医学情报学教研室 （一）显示格式设置（Display Settings） 南方医科大学医学情报学教研室 显示格式Abstract格式 南方医科大学医学情报学教研室 显示格式MEDLINE格式 导入NoteExpress等文献 管理软件的必选格式 南方医科大学医学情报学教研室 （二）将检索结果保存为本地文件 南方医科大学医学情报学教研室 （三）检索结果临时存放至剪贴板(Clipboard) 将每次选中的检索结果暂时保存至此 最后集中处理（下载存盘或发E-mail） 最多500条记录 断开连接后仍可保存8小时 南方医科大学医学情报学教研室 选取记录，将记录发送到Clipboard 南方医科大学医学情报学教研室 记录保存到Clipboard后有提示信息 南方医科大学医学情报学教研室 在Clipboard中查看保存的记录 南方医科大学医学情报学教研室 在检索历史中显示Clipboard操作历史 南方医科大学医学情报学教研室 （四）将检索结果发送到邮箱 南方医科大学医学情报学教研室 七、PubMed主题词检索 南方医科大学医学情报学教研室 MeSH (Medical Subject Headings) PubMed记录中的医学主题词(MeSH)是由标引 员为PubMed中的Medline文献所人工指定的词 。 例：ascorbic acid是MeSH Terms，而vitamin c则 不是。 标引员使用能恰当描述文章内容的最相关 MeSH词。通常一篇文章可有多个MeSH词。 南方医科大学医学情报学教研室 PubMed能自动地为输入的检索词寻找相应 的MeSH词 用户利用一个MeSH词能找出所有有关该主 题的文献 不同拼写：leukemia(s), leukaemia(s)leukemia 同义词：tumor(s), tumour(s), cancer(s),neoplasm(s) neoplasms MeSH (Medical Subject Headings) 南方医科大学医学情报学教研室 MeSH词独有特征 主要MeSH词(MAJOR TOPIC): MeSH term as main subject of the article (*) 次要MeSH词 扩展(EXPLODE)：chosen MeSH term and all more specific underlying MeSH terms 副主题词(SUBHEADINGS) 南方医科大学医学情报学教研室 SubHeadings 副主题词 对一个主题词的多个方面进行修饰限定 的词，又称限定词。 目前有83个副主题词 并非每个主题词都能和83个副主题词组 配。 南方医科大学医学情报学教研室 南方医科大学医学情报学教研室 主题词等级排列， 检索时可以将包含 其下位词的文献都 检索出来。 一个主题词可以同 时处在不同类目下 。 南方医科大学医学情报学教研室 可选用的副主题词 南方医科大学医学情报学教研室 检索有关糖尿病（Diabetes ） 流行病学方面的文献。 第一步：输入检索词。 南方医科大学医学情报学教研室 第二步：确定主题词 南方医科大学医学情报学教研室 第三步：确定副主题词 南方医科大学医学情报学教研室 第四步：发送到检索框 并检索 南方医科大学医学情报学教研室 检索结束 南方医科大学医学情报学教研室 八、MyNCBI个性化服务 南方医科大学医学情报学教研室 MyNCBI个性化服务 1.存储检索式，定期发送最新相关文献。 2.设定检索过滤器，使检索结果更加个性 化。 3.存储检索结果文献。 南方医科大学医学情报学教研室 注册My NCBI账号 南方医科大学医学情报学教研室 南方医科大学医学情报学教研室 注意大小写 南方医科大学医学情报学教研室 南方医科大学医学情报学教研室 1. 存储检索式 南方医科大学医学情报学教研室 南方医科大学医学情报学教研室 南方医科大学医学情报学教研室 南方医科大学医学情报学教研室 南方医科大学医学情报学教研室 2. 设定检索过滤器 南方医科大学医学情