神经再生相关疾病的遗传关联性研究类文章应具备的条件课件

神经再生相关疾病的遗传关联性研究类文章应具备的条件,中国神经再生研究（英文版） NRR部 李春会,研究应先陈述先验假设（priori hypotheses），并有足够的统计学等方面的数据验证这一假设。 样本量要足够大（等位基因频率最好5%，否则样本量需求过大），可参照下表确定样本量： （相对风险度粗略认为是OR值）,相对风险度（OR，95%CI）和归因危险度应说明，且值要大。 比值（odds）是指某事物发生的概率与不发生的概率之比。病例组和对照组有暴露史与无暴露史的概率分别为a/m1、c/m1、b/m0和d/m0 病例组的比值=a/m1/c/m1=a/c 对照组的比值=b/m0/d/m0=b/d 则比值比（odds ratio）=a/c/b/d=ad/bc 即 OR=ad/bc 当OR1时，说明病例组的暴露频率大于非病例组的，即暴露有较高的发病危险性；反之，当OR1时，说明病例组的暴露概率低于非病例组的，即暴露有保护作用。疾病与暴露联系愈密切，比值比的数值愈大。 归因危险度 attributable risk, AR 或率差rate difference: 指暴露组发病率与非暴露组发病率之差。反映发病归因于暴露因素的程度。,应纳入与文章十分相关的基因多态性方面研究成果（如基因多态性相同，或虽然基因多态性存在连锁不平衡，但该基因多态性来自既往相同病例或对照样本）。 病例及对照的选择：为了减少遗传异质性的影响，可使用隔离群体或分组的方法，以提高相关位点的检出率。 相关基线资料应提供。,遗传异质性(heterogeneity) 指表现型一致的个体或同种疾病临床表现相同，但可能具不同的基因型，称为遗传异质性。由于遗传基础不同，它们的遗传方式、发病年龄、病程进展、病情严重程度、预后以及复发风险等都可能不同。研究表明，遗传病病种增多的原因不仅是由于发现了新的疾病，而是从已知的综合征中分出了亚型，即遗传异质性的存在。遗传异质性几乎成为遗传的普通现象。例如视网膜色素变性（retinitis pigmentosa,RP）是最常见的致盲的单基因遗传眼病之一，主要表现为视网膜萎缩、夜盲和视野缩小，多为双眼发病，致中年或老年进完全失明。RP的遗传方式具有遗传异质性，即可以有AD、AR、XR连锁遗传，可能还有Y连锁遗传。遗传方式不同的RP，一般其遗传基础也不同，因而伴随的综合征的以及始发年龄、主要病情变化特征（XR常伴高度近视，AR和AD多为低度近视）、病程进展（AD快，AR慢）、预后情况（AD较轻，AR致盲）也有差异，甚至还可区分为其他不同亚型。）,隔离群体 在致病相关基因研究方面的优势主要在于祖先人数较少、人口流动性极小以及较少有种群混合。交配和生殖上的隔离使得这些群体的遗传多样性降低，减少了遗传的复杂性，因此可能具有较高同质性和诊断的一致性。由于祖先群体小，更有可能产生只有一个遗传学病因的特定性状群体。在这样的一个群体中，可以确定患者个体共享的一段染色体片段，这一片段可以作为疾病的候选片段来分析。但利用隔离群体也存在一些问题，如近亲繁殖水平可能较高，这将导致杂合性降低，因而传递不平衡(transmission disequilibrium test，TDT)效率随之降低；含不相关突变的染色体样本数量受到限制；相对短的种群历史，通常能提高LD所识别的距离，但也降低了连锁不平衡（LD）基因定位水平。,为排除群体分层的干扰，最常用手段是加大样本量，并尽可能选择一个遗传上相对均质的群体, 如出生地、年龄结构、种族、性别比例相同, 人口流动性小的隔离群体。 另外，同一种多基因疾病，不同的亚型，按不同的疾病亚型选择或收集样本，可降低遗传异质性； 许多多基因疾病患者往往合并其他疾病，为了减少这些疾病的影响，可以将其合并症的患者作为对照； 为了降低环境因素的影响，可利用患者家属作为对照。 按照临床症状的严重程度、临床生化和免疫等化验指标、病变累及程度等进行分组。,群体分层,在病例对照研究的实验设计中, 如果某遗传标记的等位频率在病例和对照组间存在显著差异, 但这个遗传标记并不与疾病表型相关, 则认为该研究中存在群体分层现象。群体分层往往是由于遗传背景不一的亚人群混合所致, 其产生机制复杂, 可能与各亚人群祖先的迁移模式、婚配习惯、生殖强弱及基因组的随机突变等因素有关。群体分层系不同种群混合所形成，以致关联研究中无法检测到疾病相关位点。群体分层对遗传关联分析的直接影响是可能导致结果偏倚, 产生假阳性或假阴性的结果。,最好选用病因学方面的国际相关标准（如针对脑卒中亚型分型的TOAST分类系统，该系统较OCSP分型更适于用于危险因素研究）对纳入对象进行临床亚型分类，以多中心研究为佳。所应用的临床证据应详细提供（CT、MRI、超声、照影等）。最好选择中间表型（亚型）进行研究，能降低遗传异质性和环境因素的混淆作用。中间（疾病）表型指疾病病理生理异常。 例：脑卒中中间表型：颈动脉内膜-中膜厚度与MRI白质高信号等。 酒精中毒的中间表型: low voltage alpha EEG and low P300 ERP amplitude 理想的中间表型应该具备如下特点：与疾病相关。高度遗传。高度外显率。在患者后代中表现较早。与疾病的发病机制有因果关系。能提示可供检测的候选基因。可操作性。 中间表型的优点：代表了疾病病理过程的中间阶段，相关的基因型少，研究不复杂。相对来说，获得比较简单，可以准确的检测。定量研究方面可以应用更强大的统计分析。从群体中获得样本，可以更容易的获得大的样本量。可以克服亚临床疾病比例的对照。,选择适当的研究方法（连锁分析，关联分析），实验方法（最好选用单核苷酸多态性标记）。连锁分析适用于单基因疾病的研究(如:如伴有皮质下梗死和白质脑病的常染色体显性遗传性脑动脉病 )；关联研究适用于多基因疾病的研究，因为其有更强大的统计学处理方法检测微效基因。 关联分析是在群体水平上研究某种疾病与某个特定等位基因的频率相关性, 最常见的实验设计方法是病例对照研究(Case control study)。它以某人群内一组患有某种疾病的人群(称为病例组)和同一人群内未患该病但在与患病有关的某些已知因素(包括社会人口学因素和环境暴露)方面与病例组相似的人群(称为对照组)作为研究对象, 通过比较病例和对照组间遗传标记频率的差异, 从而推断该标记与该疾病易感性的相关关系; 如果遗传标记的等位频率在病例组和对照组间具有显著的统计学差异, 则可认为该等位型与疾病存在统计学关联, 并可推断该标记存在于疾病易感基因座内, 或者与疾病易感基因间存在连锁不平衡关系。,在控制危险因素的研究中，用于检测一种危险因素的存在与否的定义和方法应详细说明。基因-环境相互作用的因素应考虑（cox比例风险模型）。 参与基因分型研究的研究者应对基因表型盲。最好有经验，控制分型的误差。 病例组及对照组均应符合遗传平衡定律（Hardy Weinberg定律），以说明研究群体达到了遗传平衡。各亚组均应分析基因型频率和等位基因频率。 Hardy Weinberg定律：表型、基因型和等位基因频率之间关系的一个重要原则就是基因型的比例在世代传递中不会改变。因此，群体中个体的等位基因频率的分布比例和基因型的分布比例（频率）世代维持恒定。这是群体遗传学的一个基本原则，是Hardy和Weinberg于1908年应用数学方法探讨群体中基因频率变化所得出的结论，即遗传平衡定律(又称Hardy Weinberg定律)。意即一个群体符合这种状况，即达到了遗传平衡。当我们实验结果不符合Hardy Weinberg平衡，就应该考虑一下基因型鉴定的准确性。,疾病的主要亚型数据应尽可多的提供。 未进行校正的P值应在文中加以说明，以利于Meta分析，但仍需进行关联分析中多重检验的P值校正（adjustment for multiple testing）, 包括Bonferroni、递减的Bonferroni校正法、和控制错误发现率等。 对隐性遗传模式非常有效的遗传统计方法包括传递不平衡(transmission disequilibrium test，TDT)，以及患者家系对照者分析(affected family-based controls，AFBAC)、单倍型相对风险率分析(haplotyperelativerisk，HRR)等。,注意实验在1个独立群体中的可重复性（出现假阳性、假阴性结果主要是由样本量不足，群体分层，错误分型及不恰当的统计学方法造成）。 基因剂量效应最好说明。如果没有这种效应，应该讨论是否这种基因的显性或隐性作用机制可从生物学角度阐释。 一个细胞核中某一基因的数目称为基因剂量。研究的基因位点突变的剂量（数目）效应。,应以清单形式体现所有基因表型、单标记和单倍型。 基因在一条染色体上的组合称单元型 (haplotype ，又称单倍型 ) ，在体细胞两条染色体上的组合称基因型，其表达的特异性别称表型。单倍体分析 ：一条染色体上若干个点的等位基因的组合称为1个单倍体型。 对多基因疾病（如脑卒中），同时受环境和传统危险因素的影响，除对其中主效致病基因进行研究外，还有必要对其微效候选基因及环境和传统危险因素进行调查研究。,对于发病率存在性别差异的疾病，在研究中可把患者组和对照组按性别分层分析，以减少性别的影响。 纳入病例应说明是住院系统登记病例，还是临床上偶遇病例。 应具体描述病例与对照组样本是如何获得的。,病例对照研究文章的20条评价原则,是否对既往相关研究进行了详细的阐述； 是否说明对照组的来源和确定方法； 是否说明病例的来源和确定方法； 是否对从资料所得的结论进行了详细的分析阐述； 是否说明病例的排除条件； 是否对无应答情况进行了客观的分析； 是否说明了对照组的排除条件； 如果利用了配对，是否有有关匹配程序的信息； 是否有有关资料收集方法的信息，如是采用调查员，还