XSHELL画骨架图.doc

ShelXTL画图ShelXTL画图非常灵活，可以画出很多类型的图。XP功能强大，灵活应用XP可以快速画出很多有用的简洁好看的图。1.在XSHELL里面画图，转换为ChemDraw图，XP画图。可以转化为ChemDraw格式，2.可以画出热椭球JPG图，XP输出PDF图。3.可以画配位环境骨架图，分子图，堆积图等等。以下我们介绍用ShelXTL画骨架图。我们首先用XSHELL画骨架图，这种画图方法是比较简单的。XSHELL画配位环境图如下图所示，为XSHELL画出来的分子中的金属原子Rh六配位配位环境图。1.右击和金属原子直接键连的原子“Cl4”，在出现的菜单里面选择“Bond With.”,鼠标指针会变成十字叉，同时拖出一根连接线。然后将十字叉移动到原子“Se2”上单击，连接Cl4和Se2。重复以上方法依次连接赤道上的各个原子，然后连接顶点和赤道上的原子，得到如图所示的四角双锥配位结构图。2.热椭球图。XSHELL输出图片必须是球形图或者热椭球图。右击XSHELL在菜单选择第三项的“Themal Ellipsoid”。XSHELL会变为如图所示的热椭球图的效果。3.输出JPG格式的图片。点击XSHELL的Rendor菜单。选择彩色“Colour”或者黑白“White and Black”，再选择“To High-Quality JPEG.”。在出现的输出控制面板上把输出文件目录“C:UserschendengfeiDesktop例子.jpg”是没有文件名的，我们要加上个文件名。Bond With.菜单。如图连接出来的赤道平面的四边形。如图是连接好的四角双锥Rh的配位环境。 热椭球图选项。热椭球图显示的结构分子图。Rendor菜单。选择“Colour”或“White and Black”，再选择“To High-Quality JPEG.”。“C:UserschendengfeiDesktop例子.jpg”是没有文件名的，我们要加上个文件名。XP画骨架图我们先约定：XP输入的命令我们用黑体标出。“”后面的内容是注释。FMOL LESS $Q $H读入非Q峰非H的数据；PROJXP看图KILL C25 CL1 TO CL3删除溶剂分子氯仿；MPLN/N显示重叠最小的分子图；PROJ产看效果，同时用右侧的按钮微调分子图；LINK CL4 SE2连接原子CL4和原子SE2，得到配位骨架图。下同；LINK SE2 C19LINK C19 SE3LINK SE3 CL4LINK SE1 CL4LINK SE1 SE2LINK SE1 C19LINK SE1 SE3LINK P1 CL4LINK P1 SE2LINK P1 C19LINK P1 SE3LABL 1 450元素符号的字号大小；TELP 0 -30 0.05输出Plotfile，为draw命令做准备；DRAW S画Plotfile为输出文件；ADRAW要求的输出文件的类型，A为Adobe的PS文件格式；S输出的PS文件的文件名，骨架Skeleton，所以是S；C或ENTER输出文件的颜色类型，回车时黑白，C是彩色。删除三苯基膦的三个苯环后的配位骨架图KILL C1 TO C18删除三个苯环；LABL 1 500TELP 0 -30 0.05DRAW S1ADRAW要求的输出文件的类型，A为Adobe的PS文件格式；S1输出的PS文件的文件名，骨架Skeleton，S1为了区别S；C或ENTER输出文件的颜色类型，回车时黑白，C是彩色。删除非配位原子后的骨架图KILL $C LESS C19删除非配位的C原子；KILL N1 N2删除非配位的N原子；LABL 1 550TELP 0 -30 0.05DRAW S2ADRAW要求的输出文件的类型，A为Adobe的PS文件格式；S2输出的PS文件的文件名，骨架Skeleton，S2为了区别；C或ENTER输出文件的颜色类型，回车时黑白，C是彩色。个性化的XP图我们可以用LINK命令的参数改变键的类型来实现个性化的配位环境图。我们选择赤道平面上的原子用OPEN,FULL LINE类型的线连接，即参数2，和极轴原子相连的用默认参数如上图所示。HELP LINK 说明：输出如下内容1: solid (TELP and PERS), full line (DIAG and PROJ)实心粗线，XP默认的原子间的键；2: open (TELP and PERS), full line (DIAG and PROJ)空心粗线，没有填充颜色的键；3: dashed solid (TELP and PERS), dashes (DIAG, PROJ)间断实心粗线；4: dashed open (TELP and PERS), dashes (DIAG, PROJ)间断空心粗线，线的类型同2；5: full line (DIAG, TELP, POLP and PERS), dashes (PROJ)直线；6: dashes (all)虚线，命令LINK默认；7: dashes (PROJ), dots (DIAG, TELP, PERS and POLP)点；LINK 2所以原子的键连类型均为“空心粗线”；LINK 6 P1与P1键连的键的类型均为LINK默认值6；LINK 6 SE1与SE1键连的键的类型均为LINK默认值6；LINK 1 RH1与RH1键连的键的类型均为LINK默认值6；LABL 1 600XP画图原子标号为600；TELP 0 -30 0.05命令要求为输出文件Plotfile命名，我们输入S3；DRAW S3画