生物信息学教学计划——重庆邮电大学

序号周次授课内容摘要(含授课内容,参考书,自学提纲,学习方法等)课内学时重点及要求课外作业11第一章 绪论1.1 引言1.2 生物信息学发展历史1.3 人类基因组计划和基因组信息学1.4 蛋白质结构与功能关系的研究生物信息学的主要研究内容2基本要求：理解生物学与生物信息学的关系重点及难点：生物信息学的定义及研究对象。211.1 生物信息学所用的方法和技术1.2 生物信息学目前的发展概况2基本要求：学会英文环境下学习与工作重点：生物信息学学习方法32第一章 生物信息学中的计算机技术2.1解决生物问题一些计算机方法2.2 如何建立生物信息学研究平台2基本要求：了解生物领域中的计算机方法； 重点及难点：计算机模型的理解 432.3 Linux的安装与配置2.4 Linux的文件与目录2基本要求： 了解Linux的安装配置、文件目录结构等重点及难点：掌握Linux与Windows的区别532.5 在：Linux系统上工作2.6 shell、处理文件等介绍2基本要求：了解Linux上文档编辑等基本操作重点及难点：熟悉shell概念及编程完成布置的作业64第一章 序列比较3.1 序列的相似性3.2 两两比对算法12基本要求：了解序列相似性基本概念重点及难点：两两比对思想及算法、序列相似性的打分矩阵753.2 两两比对算法23.3 序列多重比对12基本要求：掌握两两比对基本算法，多重比对模型重点难点：多重比对动态规划算法853.3 序列多重比对23.4 DNA片段组装2基本要求：了解优化计算方法、片段组装概念重点难点：组装模型、贪婪算法完成布置的作业96第一章 生物分子数据库4.1 引言4.2 核酸序列数据库4.3 蛋白质序列数据库2基本要求： 熟悉几大核酸数据库和蛋白质数据库重点及难点：重点掌握GenBank、PIR、SWISS-PROT数据库特点1074.4 生物大分子结构数据库4.5其他生物分子数据库4.6 数据库搜索4.7数据库集成 2基本要求：熟悉各种数据库 重点及难点：掌握数据库搜索和集成基本思想完成布置的作业117第一章 基因组信息分析5.1 关于遗传语言5.2 原核基因组特点5.3 真核基因组特点2基本要求： 了解遗传语言概念重点及难点：掌握原核基因组和真核基因组的特点及区别1285.4 基因组序列分析5.5 基因识别方法(最长ORFs法；基于密码子出现频率的预测方法)2基本要求： 了解基因组序列基本分析方法重点及难点：熟悉两种方法的算法思想1395.5 基因识别方法(同源性方法、神经网络方法 隐马尔可夫模型法 )2基本要求： 掌握三种方法思想重点及难点1495.5 基因识别方法(模式判别分析法；基于动态规划的基因结构预测法；2基本要求：掌握三种方法思想重点及难点：15105.5 基于剪切比对的基因识别、其它基因识别方法5.6 非编码区域分析和调控元件识别2基本要求：了解非编码区与分析和元件调控识别的概念重点及难点：建模及得分函数完成布置的作业1611第一章 系统发生分析6.1 分子系统发生与系统发生树6.2 基于距离的系统发生树构建方法6.3 基于特征的系统发生树构建方法2基本要求： 了解系统发生与发生树概念重点及难点：两种构建方法17116.4 最大似然法6.5系统发生树的可靠性6.6 全基因组系统发生分析2基本要求：最大似然法和可靠性基本概念重点及难点：最大似然法完成布置的作业1812第一章 蛋白质结构预测7.1 引言7.2 蛋白质二级结构预测2基本要求：熟悉蛋白质二级结构预测基本概念重点及难点：蛋白质二级结构预测基本概念18137.3 RNA二级结构的预测7.4 蛋白质空间结构预测7.5 蛋白质空间结构比较2基本要求：熟悉RNA二级结构预测、蛋白质空间结构预测与比较基本概念重点及难点：预测与比较的基本思想完成布置的作业2013第一章 基因表达数据分析8.1 基因表达数据的获取8.2 基因表达数据预处理8.3 基因表达差异的显著性分析12基本要求：了解基因表达数据获取、预处理重点及难点：基因表达显著性分析思想21158.3 基因表达差异的显著性分析28.4 基因表达谱聚类分析2基本要求：熟悉倍数分析、t检验思想重点及难点：贝叶斯分析22158.5 基因表达数据的分类分析2基本要求：