




已阅读5页,还剩7页未读, 继续免费阅读
版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领
文档简介
如何构造分子内坐标,在分子内坐标系中,分子中每个原子的相对位置是用与它成键的另一原子间键长、该键与另一化学键间的键角,以及后者与和它有一条公共边的另一键角所成的二面角来确定。 因此,原子的内坐标一般需借助于称之为“参考原子”的3个其它原子来定义。每个原子的内坐标占一个输入行。例如,定义原子A 内坐标的输入行的格式为:,A (元素标记), 原子1, 键长, 原子2, 键角, 原子3, 二面角,其中: A (元素标记)可采用元素符号或原子序数; 原子1、原子2和原子3一般可采用这3个参考原子在输入流中的序列号(显然,它们的系列号必须小于原子A。亦即,它们在原子A 之前已经定义)。 需注意: 键长的默认单位为; 0 键角180。 二面角的定义为包含原子A、1、2 的平面与包含原子1、2、3 的平面所成的夹角,其取值区间为-180, 180。 二面角所取的正负符号由“右旋法则”确定。,需注意: 键长的默认单位为; 0键角180。 二面角的定义为包含原子A、1、2 的平面与包含原子1、2、3 的平面所成的夹角,其取值区间为-180, 180。 二面角所取的正负符号由“右旋法则”确定。,为方便说明,以H2O2 的两种旋光异构体为例:,图中构型a 与构型b 互为镜像,它们所有对应的键长、键角均相等。按原子定义和输入的顺序,H(1)无参考原子,O(2)和O(3)分别有1 个和2 个参考原子。从第4个原子开始,必须在已输入的原子中取3 个来定义。故H(4)的参考原子1、2、3 分别为O(3)、O(2)和H(1)。,用“右旋法则”确定二面角的正负时,取包含参考3个原子的平面为基准面、参考原子2指向参考原子1的位矢方向为基转轴的正方向。若被定义的原子A与参考原子1、2构成的平面位于基准面的逆时针方位,则其二面角参量为正号,否则为负号。 根据这一规则,原子H(4)的二面角参量在构型a中为+120;在构型b中则为-120。,右旋法则,按输入流排列的全部原子内坐标总称为“Z-矩阵”(Z-matrix)。在各种量子化学计算软件中,Z-矩阵的列顺序略有不同,但内坐标参量的定义均是统一的。H2O2 的Z-矩阵中的原子代号还可采用以下方式:,当用户手头没有构建分子的图像软件可用时,与采用直角坐标相比,取内坐标来编辑分子的几何特性参数要容易和方便得多。在具有较高对称性的分子的几何优化计算中,输入内坐标Z-矩阵还可约减优化变量、节省计算时间并保证优化结果与分子的对称性严格相符。,交错式乙烷分子的Z-矩阵(作业),A4纸上交,写上专业、姓名和学号。 上交时间:下次上课时。,C1 C2 C1 1.54 H3 C1 1.08 C2 111.2 H4 C1 1.08 C2 111.2 H3 _ H5 C1 1.08 C2 111.2 H3 _ H6 C2 1.08 C1
温馨提示
- 1. 本站所有资源如无特殊说明,都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
- 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等,如果需要附件,请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
- 3. 本站RAR压缩包中若带图纸,网页内容里面会有图纸预览,若没有图纸预览就没有图纸。
- 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
- 5. 人人文库网仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑,并不能对任何下载内容负责。
- 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容,请与我们联系,我们立即纠正。
- 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。
最新文档
- 合伙贷款买货车协议书
- 农产品帮扶采购协议书
- smt合作开厂协议书
- 茶叶企业订购协议书
- 采矿劳务施工协议书
- 餐厅设施移交协议书
- 道路开挖押金协议书
- 被迫堕胎补偿协议书
- Brand KPIs for second-hand apparel online shops Kleinanzeigen (eBay-Kleinanzeigen) in Germany-外文版培训课件(2025.2)
- 集镇房屋置换协议书
- 跨文化交流中的语言适应性研究
- 第5.2课 《飞向太空的航程》同步练习 (原卷版)
- 新概念英语第二册Lesson8课件
- 地摊市集活动策划方案
- 劳务外包与劳务派遣课件
- 白酒行业财务知识培训课件
- 智慧仓储配送机器人案例
- 中医护理-生活起居的护理内容
- 《商标权授权与侵权》课件
- 预应力锚索基本试验方案
- 舞蹈艺术与舞蹈编导技巧
评论
0/150
提交评论