环境管理_环境科学高级建模方法之gaussian计算法讲义

第6节 Gaussian计算法讲义,内 容 提 要,绘制构型 高斯计算 数据查找 Cp计算 建模,数据查找,以1，2-PCPT为例，用GaussView程序打开高斯输出文件12.out,查看有无异常，如图5。防止优化过程中，因初始构型不正确，变化成为其它结构。,一.查错,数据查找,A. 用记事本打开12.out,查找，关键词exact,看图6所示数据是否大于零，否则需重新优化计算。 因为优化稳定构型时，不应该出现负频。,二.查找数据,数据查找,B. 查找关键词freq三次后,查找关键词scf,得到E值，如图7，复制数据填入表格相应位置，见图8。,二.查找数据,数据查找,往下拖动页面，应次得到： Ehomo: 位于Alpha occ行最后一个数据，见图9。 Elumo：位于Alpha virt行第一个数据，见图10. 在Mulliken atomic charges下面，找取最负电荷，即q-,和氢电荷中最正的，即qH+,见图11 u:Dipole moment行，选tot值，如图12 :Exact polarizability行选第1、第3和第6个数据，取平均值,如图13,二.查找数据,数据查找,C. 查找关键词zero, 如图14所示，即为ZPE值。 如图15， Sum of electronic and thermal Enthalpies后为H值，Sum of electronic and thermal Free Energies后为G值。 如图16所示，tot行对应着Eth、Cv、S值。,二.查找数据,数据查找,D. 查找关键词Mol, 区分大小写，如图17所示，取cm*3/mol为单位的数值，类似查找10，取平均值，即为V.,二.查找数据,Cp计算,将高斯计算得到的输出文件(如12.out) opt freq至freq之间的内容删除后保存即可。,一.输入文件制作,Cp计算,把C P计算程序Thermo3.exe放在与刚才保存的文件同一目录下，而后打开所有程序附件命令提示符，输入DOS指令CD 来更改目录至C P计算程序Thermo3.exe所在目录下 ，输入：thermo3 12.out, 确认后出现“scale factor for frequency=?”,输入0.95，确认后得到C P计算输出文件THERMO.OUT ，更改文件名为12THERMO.OUT即可。,二. C P计算,建模,用SPSS 12.0 for windows打开前面数据查找所得的Excel表格，得到如图18所示界面。在工具栏中选择AnalyzeRegressionlinear,如图19，选择相应的自变量和因变量，采用Stepwise方法即可得到相关方程，如图20和图21。,2D-QSAR方法,活性数据,分子结构、热力学参数,实验方法,Gaussian 03W,DFT方法,建立模型,预测相关活性,SPSS 12.0 for Windows,交叉验证,F检验,VIF 评价,2D-QSAR基本原理,课程作业内容及要求：,1、查找文献，选择一个系列的化合物及相关性质。化合物的个数尽量在15-20个以上，但不能少于10个。 2、根据化合物分子的大小确定计算的基组和方法。通常，计算方法采用B3LYP。 3、首先用Chemdraw 程序绘制化合物分子的平面构型，保存上述文件格式为*.cdx。采用Chem3D 程序打开*.cdx文件，得到化合物分子的立体构型，保存上述文件格式为*.gjc，用记事本方式打开文件*.gjc,得到化合物的空间坐标，加上Link 0部分、限定多核计算、计算执行路径部分。 4、采用Gaussian03程序分别优化计算系列化合物各分子，查找分子的结构、热力学参数数据。 5、采用SPSS程序建模，并对模型进行验证。 6、再采用上述计算方法，计算与本系列结构相近的、但没有实验数据的5个分子的结构，采用步骤5中得到的模型预测这5个分子的性质。,课程作业时间及格式要求：,1、12月1日布置。 2、12月8日检查查找的系列化合物和性质。 3、12月15日计算中遇到的问题答疑。 4、12月29日-元月5日提交作业。 5、作业的文件名：姓名-学号-建模课程作业 6、作业的内容，参照科技论文的写作格式：前言（研究的