LOINC与SNOMEDCT简介.ppt

LOINC与SNOMEDCT简介,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心河北石家庄2009年,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,讲义提纲,前言LOINC概述IHTSDO及其SNOMEDCT概述LOINC与SNOMED的联合运用致谢,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,前言,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,卫生信息标准之目标,互操作性在组织机构之间交换和使用信息的能力可比性确定不同来源数据之间等价关系的能力数据质量关于完整性、准确性和精确性的衡量指标,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,互操作性之层次,基础层次使消息在计算机系统之间得以交换字处理文档,电子表格功能层次描述的是消息的标准语法（格式）文档模板、表单、数据结构消息标准语义层次需要在消息之中采用标准词表,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,可比性,当在不同的参与方之间共享之时，数据的含义协调一致需要共同的术语集公共术语集应当在幕后发挥作用不仅仅是字词，还包括：代码对术语加以唯一的标识分类对相关的术语加以分组词表精确的专业化术语，旨在消除歧义,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,卫生数据的潜在用途受到数据质量因素的制约,数据质量问题对于客户通讯与分析来说，有所不同常常受到外力的制约例如，诊断标准往往有别于报告标准数据合并的单向作用详细概括概括详细,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,问题之所在,“在试图获知真相的过程中，我为信息资料而到处求索，但却很少能够获得适合于任何比较用途的医院记录。假如能够获得这些记录，那将使我们能够解决许多其他的问题它们将会向订购者表明他们的钱究竟是如何花掉的以及究竟这些钱实际上带来了多大的好处”,南丁格尔，弗洛伦斯-关于某家医院的笔记,1873年,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,为何要采用LOINC和SNOMEDCT？,“在实验室内部，也许可以用本地行话，同事们通常都心知肚明；但是，对于和外部的沟通交流而言，这些行话就不是那么广为人知了。”Source:U.Forsumetal.,PureAppl.Chem72:555-745,2000PropertiesandUnitsintheClinicalLaboratorySciencesPartVII.PropertiesandUnitsinClinicalMicrobiology,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,检验项目比较,实验室A试验名称:莱姆病血清学检查受检成分:B.burgdorferiAbIgG试验方法:ELISA检测精度:定量例如:滴度1:40,实验室B试验名称:莱姆病抗体受检成分:B.burgdorferiAbIgM试验方法:免疫印记检测精度:定性例如:阳性,LOINC代码=5062-5,LOINC代码=6321-4,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,映射的代价：N*(N-1)/2vsN,节点映射（无共同标准）21334651061572182893610451155126613781491151051612017136181531917120190,缺乏统一标准,采用统一标准,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,巴别通天塔,英文：TheTowerofBabel又称为巴别塔、巴贝尔塔、巴比伦塔据圣经创世记第11章记载，是当时人类联合起来兴建，希望能通往天堂的高塔。为了阻止人类的计划，上帝让人类说不同的语言，使人类相互之间不能沟通，计划因此失败，人类自此各奔东西。,TheTowerofBabelbyPieterBruegheltheElder(1563).,/wiki/Tower_of_Babel/wiki/巴别塔,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,LOINC概述,LogicalObservationIdentifiersNamesandCodes观测指标标识符逻辑命名与编码系统,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,什么是LOINC,LOINC是个首字母缩略语LogicalObservationIdentifiersNamesandCodes观测指标标识符逻辑命名与编码系统LOINC是一套通用的代码和名称，用于标识医学检验项目及其他的临床观测指标LOINC旨在促进临床结果的交换与汇集，使其更好地服务于临床医疗护理、患者结局管理以及科学研究工作,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,LOINC的过去和现在,LOINC最初是由Regenstrief研究院的研究人员们所发起的（1994年）如今，他们依然还在与LOINC委员会协作，继续担负着LOINC数据库及其支持文档和RELMA映射程序的开发、编制与维护工作,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,5193-8:HepatitisBvirussurfaceAb:ACnc:Pt:Ser:Qn:EIA,5193-8,LOINC代码,HepatitisBvirussurfaceAb,ACnc,Pt,Ser,Qn,EIA,成分Component,受检属性PropertyMeasured,时间特征Timing,体系System,标尺精度Scale,方法Method,LOINC术语剖析,其中，包括六个主要的LOINC轴,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,并非LOINC名称组成部分的内容？,检测当中所使用的设备关于标本的具体细节优先级别（如急诊）检测地点完成检测的人员（检验者）试验项目解释并非结果名称之固有组成部分的任何信息下列结构之中所携带的其他信息：OBX区段第3版HL7观察指标对象,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,所测量、评价或观测（观察）的物质或实体,成分/分析物,-钠-葡萄糖微生物：布鲁氏菌属甲型流感病毒抗原巨细胞病毒抗体脂类.总计,5193-8:HepatitisBvirussurfaceAb:ACnc:Pt:Ser:Qn:EIA,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,成分/分析物结构,分析物的正式名称（如钙）必须指明任何的“子分析物”例如，冠状病毒抗原可能具有某一子类采用园点“.”隔开例如，钙.游离型刺激-例如，口服100mg葡萄糖之后1小时两个子部分之间采用“post”分隔post调整/校正例如，调整至pH7.4,分析物名称刺激调整,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,质量:在报告观测指标结果时，计量单位的分子为质量（毫克、克等等）物质的量:在报告观测指标结果时，计量单位的分子为摩尔或毫当量催化活性:报告的是酶活性的那些观测指标结果任意类（人工类）:在报告结果时，计量单位的分子为任意型单位（人工类单位）数量:计数,属性,5193-8:HepatitisBvirussurfaceAb:ACnc:Pt:Ser:Qn:EIA,所测量、评价或观测（观察）的分析物的特性、品质、特征或属性,最为困难的LOINC轴,主要类别,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,MCnc质量浓度（质量/单位体积）MCnt质量含量（质量/单位质量）NCnc数量浓度（数量/单位体积）TmStp时间戳：时间CCnc催化浓度（活性）Prid存在与否或身份标识Imp印象/解释Find发现（所见）：主观或客观观测结果Type类型：“是一种”,属性,5193-8:HepatitisBvirussurfaceAb:ACnc:Pt:Ser:Qn:EIA,最为困难的LOINC轴,主要类别与子类型共同构成完整的属性,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,与LOINC属性有关的常见问题,分数=部分/整体数量分数(NFr):%嗜酸性粒细胞物质的量分数(SFr):%血红蛋白A2比率=源自同一体系的测量指标质量浓度比率-MCrto例如，同一尿标本之中的尿素氮与肌酐之比物质的量比率-SCrto采用SI国际单位mmol/L表示的尿素氮与肌酐之比相对比率=源自同一体系的测量指标RelRto中位数之倍数RlTm实际测量时间与正常对照时间之比,分数（比例）与比率（比值，比）a/a+b与a/b,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,Pt时间点（pointintime，时刻，随机）12H12小时收集物24H24小时收集物,时间特征*,*非时间点型的时间特征通常与比率类属性相关联,用于完成当前观测或测量的时间间隔（时段）,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,体系/标本,当前观测所针对的体系（背景环境）或标本类型,超体系（超级体系）,第二个子部分()。在不包括超体系的情况下，缺省的超体系为“病人”。超体系用于表示血液制品单位（BPU）、骨髓捐献者或胎儿。,血清全血尿液动脉全血肝脏体液，未详细说明,胃液/胃内容物食物或饲料组织XXX将在当前消息的其他组成部分之中加以详细说明,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,标尺（精度）,Qn定量型连续数值（实数、整数、比率）可选运算符（、）Ord等级型经过分级的一套可能取值（1+、2+、3+）Nom名义型未经分级的一套可能取值分类法（如细菌列表）Nar叙述型自由文本叙述（如就诊或访视记录）,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,标尺（特殊情况）,OrdQn等级型或定量型主要用于抗菌类观测结果，如报告成耐药、中介或敏感，或报告成抑菌圈直径毫米数的MIC不鼓励使用Multi多样型：结构化文本“块”例如，色谱输出不鼓励使用Doc文档型：临床文档Set集合型：临床信息附件（标头）,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,观测方法,只有当影响解释时才需要方法信息不同的正常值范围试验的灵敏度不同仅仅在总称层次上加以列出凝集试验免疫测定采用靶向扩增的探针,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,将本地术语映射至LOINC需要记住的事情,医嘱所下达的事情并不总是所检测的事情：血培养经过鉴定的一种或多种活体生物VDRL（性病研究实验室）苍白螺旋体抗体尿液分析许许多多不同的事情问题（我在检测什么？）并非其答案（如阳性）我们所映射的是问题，而不是答案！我们必须晓得所检测的那种成分的具体细节（该试验实际上检测的究竟是什么？）,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,RELMA,RegenstriefLOINCMappingAssistantRegenstriefLOINC映射辅助程序,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,RELMA的功能,手工和自动映射的助手像LOINC一样免费使用（参见许可协议）配备有LOINC文件和索引采用VisualBasic开发（无API）RELMA可转换本地文件之中的本地词汇用户负责创建由本地术语/名称及其代码所构成的文件为本地检验项目/组套代码指定LOINC术语,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,版权窗口(RELMA4.0版),张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,主菜单/欢迎窗口,单击File,设置首选语言,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,选择语种形式,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,搜索结果：血常规,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,术语详情,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,术语详情,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,LOINCInternational,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,LOINCInternational,目前，LOINC还同时备有来自于非英语国家的多个语种的数据库及相关支持文档，包括:简体中文（中国大陆）、德语（德国、瑞士）、法语、爱沙尼亚语、法语（法国、瑞士）、朝鲜语（韩国）、葡萄牙语（巴西）、西班牙语（阿根廷、墨西哥、西班牙）；其中，目前可采用RELMA加以搜索和映射的语种包括（中国大陆）、朝鲜语（韩国）、西班牙语（阿根廷、西班牙）。另外，我国的香港和台湾则已经在实际工作中采纳和使用了LOINC标准。,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,LOINCInternational,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,RegenstriefInstitute和LOINC,有关Regenstrief研究院和LOINC的详情，可分别参见其网站,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,IHTSDO及其SNOMEDCT概述,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,IHTSDO概述,国际卫生术语标准制定组织InternationalHealthTerminologyStandardsDevelopmentOrganisation,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,IHTSDO,国际卫生术语标准制定组织英文全称：InternationalHealthTerminologyStandardsDevelopmentOrganisation非营利组织：总部设在丹麦成员国为协同编制与发布术语产品提供资源拥有和管理着SNOMEDCT及其既往成果的版权,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,IHTSDO,IHTSDO致力于通过开发编制SNOMEDCT和促进其使用，来支持安全有效的卫生信息交换。旨在开发和维护其术语集产品（术语学产品），并促进和授权全球范围内卫生系统、服务和产品当中对于其术语集产品的采纳和正确使用，并且承担着任何或所有符合成员利益，有利于实现该协会目标的附带活动。,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,IHTSDO,IHTSDO及其各成员国努力寻求的是通过促进开发编制和运用合乎实际需求的标准化临床术语集，尤其是SNOMED临床术语集（SNOMEDClinicalTerms，SNOMEDCT），以便为安全、准确而又有效地交换临床信息及相关卫生信息提供支持，从而改善全人类的健康。,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,IHTSDO,其关注焦点则是:成就语义上准确的，具有互操作性的健康档案的实施。IHTSDO在全球范围内提供对于其协会成员（AssociationMembers）和许可证持有者（Licensees）的支持，从而通过集中各种资源，实现共享利益。,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,IHTSDO的组织结构,SNOMEDCT：背景历史目的,会员大会,协调委员会,管理委员会,会员论坛,内容委员会,若干工作组,技术委员会,若干工作组,研究与创新委员会,研究团队,质量保证委员会,若干工作组,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,IHTSDO的企业模型：组织结构关系,SNOMEDCT：背景历史目的,地方/国家级的卫生实体:组织/机构/团体,成员国可获得和使用国际版国家之间开展合作原则：公平公正透明/公开,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,SNOMEDClinicalTerms概述,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,何谓SNOMEDCT？,全称：SystematizedNomenclatureofMedicine-ClinicalTerms医学术语系统命名法临床术语SNOMEDCTSCT描述：是临床术语学的一项重要成果是一部临床术语集（clinicalterminology）目前公认是世界范围内最为全面的多语种医疗保健术语集主要目的：对卫生信息之中所用种种含义的编码表达,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,SNOMEDCT,作为标准化术语集，SNOMEDCT将为电子健康档案及其他应用（应用程序）的建立和发展奠定语义方面的基础。,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,什么是临床术语集,术语集(一般含义)：结构化的一套术语或者说，结构化的术语集合临床术语集SNOMEDCT是一部术语集由卫生及医疗保健领域之中所使用的术语构成术语配有概念代码，且每条代码可有多条术语按照含义的逻辑表达方法而实现了结构化,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,采用有向无环图组织概念代码,在DAG之中，每个节点代表一条代码每个箭头代表一条关系不存在环路一条代码可以拥有不止一个外向型箭头如果只有一个，就会得到一棵树状结构不过，在计算机科学当中：树状结构正好倒过来更像是树根,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,SNOMEDCT的历史渊源,SNOMEDCT乃是联袂的成果英国的第三版临床术语（ClinicalTermsVersion3，CTV3，又称为ReadCodes）美国的医学术语系统命名法参考术语集（SystematizedNomenclatureofMedicine-ReferenceTerms，SNOMEDRT）真正的联袂SCT之中收录了SNOMEDRT和CTV3的全部代码,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,SNOMEDCT的历史渊源,美国病理学家协会（CollegeofAmericanPathologists，CAP）SNOMED2(1979)*全球病理学信息系统之中采用最为广泛的版本SNOMED3International(1993)SNOMEDRTReferenceTerminology(2000)英国国家卫生服务部（NationalHealthService，NHS）ReadCodes4-byte(1984)ReadCodes25-byte(1988)*目前仍是英国GP信息系统之中采用最为广泛的代码ClinicalTermsVersion3CTV3(ReadCodes)(1999),SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,SNOMEDCT的构成要素,构成要素（Components）核心构成要素概念代码描述(术语)关系其他构成要素参考集(RefSets)、参考集成员交叉映射集、交叉映射、交叉映射靶向,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,概念代码,每种含义一条代码，每条代码一种含义若干位的数字串，位数为618(8或9位最常见)22298006指的是“心肌梗塞”399211009指的是“心肌梗塞既往史”富有实际意义，但代码本身之中并未内置任何含义概念代码实际事物概念存在于人们的头脑之中代码位于术语集之中代码指称的是现实世界当中的实际事物,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,术语与描述,术语字符串是指由一串可读字符构成的序列比如，“immunosuppression”“描述”是指附属于某一概念的术语如下两条“描述”互不相同，但却具有相同的术语字符串：Immunosuppressionimmunosuppressivetherapy(procedure)DescriptionID=507152014Immunosuppressionimmunosuppression(finding)DescriptionID=63394015,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,关系,分为几种类型：定义型：就相应概念而言，必然正确Necessarilytrue限定成分：可用来特化相应的概念Specialization历史型：为退役概念提供指向现行概念的指针退役概念现行概念附加型：用于配置非定义型信息,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,SNOMEDCT,目前，SNOMEDCT采用了基于描述逻辑的形式化语言来定义和描述形形色色的医学概念；截至目前，其中收录了310,000多个唯一性概念（独特概念）及其之间的130多万条链接或关系；这些概念及关系则可以确保，能够在整个卫生体系范围内对卫生信息加以协调一致、准确无误而又安全可靠的采集和保存。,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,大小规模,283,000条现行概念代码732,000条现行术语(描述)923,000条现行的定义型关系如果阅读每条描述花费1分钟，每周工作40小时(2400分钟/周),那么，读完全部现行描述将会花费305周(6年)时间规模乃是编制、使用和维护工作中的一个主要问题,SNOMEDCT：背景历史目的,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,IHTSDO与SNOMEDCT,有关IHTSDO与SNOMEDCT的详情，可参见其网站：/,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,LOINC与SNOMED的联合运用,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,究竟何处适合使用LOINC和SNOMED？,LOINC代表的是问题：我的标本之中是否有任何的肉毒杆菌毒素呢？(33708-9)标本之中鉴定出了哪些生物？(634-6)SNOMED代表的是答案：阴性：Negative(SCTID260385009)大肠埃希氏菌：E.coliO157:H7(SCTID103429008),别忘了：,张林白求恩国际和平医院核医学科/PET中心,究竟何处适合使用LOINC和SNOMED？,在HL7消息之中，LOINC可能用在：OBR-4（通用服务标识符）之中OBX-3（观察指标标识符）之中SNOMED则可能用在：OBX-5（需要名