蒙药冷蒿的遗传多样性随机引物多态性分析.doc

蒙药冷蒿的遗传多样性随机引物多态性分析 作者：刘越 潘宁，黄怡鹤，温婧，周廉【摘要】 目的研究内蒙古通辽地区蒙药冷蒿的遗传特异性及通辽、呼和浩特、锡林郭勒3个不同地区蒙药冷蒿的遗传多样性。方法采用随机引物多态性(RAPD)方法，从17组RAPD引物中筛选出13组条带清晰、多态性明显并且重复性好的引物用于实验，并利用Popgen32和NTSYS软件进行数据计算与聚类分析。结果13组引物共产生的209条带中，有201条多态性带，多态位点百分率达96.17%。 3个地区蒙药冷蒿Ht=0.238 1， Hs=0.187 4， Dst=0.050 7，地区间的Gst=0.212 9。通过UPGMA分析，呼和浩特与锡林郭勒盟冷蒿聚为一类，通辽冷蒿单独聚为一类。结论冷蒿具有较高的遗传多样性且不同地区差异明显。冷蒿居群总的遗传多样性来自于居群内(78.71%)，且居群间有基因的交流。 【关键词】 冷蒿种群; 改进CTAB; RAPD; 遗传多样性Abstract：ObjectiveTo study the genetic diversity of Atremisia frigida in Tongliao population and three different regions of Inner Mongolia (Tongliao, Hohhot, Xilingol). Methods13 groups of primers with clear, obviously polymorphic and reproducible bands were screened from the 17 groups of primers by random amplified polymorphic DNA (RAPD) method. The bands produced by the 13 groups of primers were calculated and analyzed through Popgen32 and NTSYS software. Results 13 groups of primers generated 209 bands, including 201 polymorphic bands. The percentage of polymorphic loci was up to 96.17%. The Neis genetic diversity and Shannons information were different in the three different regions. Total genetic diversity (Ht) of three Atremisia frigida population was 0.238 1. Genetic diversity within three populations (Hs) was 0.187 4. Genetic diversity among populations (Dst) was 0.050 7. Genetic differentiation coefficient among populations (Gst) was 0.212 9. In accordance with UPGMA based on genetic distance analysis, A. frigida of Hohhot and Xilingol clustered into one category, A. frigida of Tongliao clustered into a separate category.Conclusion A. frigida has a high genetic diversity, and the genetic diversities of A. frigida in three regions are different. The total genetic diversity is from the genetic variation within A. frigida populations (78.71%). Meanwhile, there are genetic exchanges among populations.Key words：Artemisia frigid population; Improved CTAB; RAPD; Genetic diversity蒙药冷蒿Atremisia frigida(蒙语：阿给)，又名小白蒿、菟毛蒿，菊科蒿属的小灌木，是蒙医的常用药，主要分布在内蒙古13。近年来，随着中药材标准化进一步深入，为提高中药质量和临床效果，中药材的道地性的研究越来越受到重视46。但对民族药的道地性研究甚少。长期以来，蒙药冷蒿一直在民间用于出血疾病的治疗7。研究发现，不同产地来源的蒙药冷蒿制炭后止血效果差异显著，而且来自荒漠草原的蒙药冷蒿制炭后活性成分的含量偏高。目前，冷蒿药材来源为野生冷蒿，随着荒漠化的进程，以及药材的大量开采，将使冷蒿变成濒危物种。为了避免野生药用植物的枯竭，势必要进行药材的规范化栽培种植(GAP)，对冷蒿遗传背景的分析，不但可以从遗传学角度观察引起冷蒿质量变异的原因，也可以为冷蒿栽培种植提供理论指导。在PCR基础上建立起来的随机扩增多态性(random amplified polymorphic DNA，RAPD)分子标记技术，以其技术简单易行，分析速度快，成本低，不用进行DNA克隆、southern杂交等复杂程序的优点，特别适合于遗传背景不清楚的材料的研究，在中药材鉴定与遗传多样性研究中应用广泛810。本实验采用RAPD方法，考察冷蒿的遗传结构，探讨冷蒿止血活性成分变异的遗传学基础。1 材料2007-11分别在呼和浩特、锡林郭勒盟当地收集冷蒿干药材;2008-09在内蒙古通辽市奈曼旗采集冷蒿植株，并用冰块冷冻保存。3个冷蒿群体编号见表1，群体间空间距离大于500 km。2 方法2.1 基因组DNA的提取与测定基因组DNA采用改进的CTAB法11提取。DNA大小及其完整性采用标准浓度的DNA/Hind检测，采用SAM 3000微量紫外/可见分光光度计测定A260、A280 及A230，据此推知各样本总DNA的含量。2.2 RAPD引物的筛选参照王静12以及本实验室11的方法，优化PCR反应体系，对单一DNA样品多引物进行RAPD-PCR扩增。在Bio-RAD Gel Doc 2000凝胶成像系统上观察拍照。最后，筛选出可产生多态性且重复性好的引物组合。表1 材料来源Tongliao)E122.16 500350450沙地31株H呼和浩特 N40.82(Hohhot)E111.81580335534.6荒漠草原药材L锡林郭勒 N43.95(Xilingol)E115.46790295 典型草原药材2.3 数据处理与统计分析构建二元数据矩阵，RAPD为显性标记，同一引物的扩增产物在电泳中迁移率相同的条带被认为是同源性的，属于同一位点的条带按清晰可见的强带或反复出现的弱带记为1，无带记为0，形成二元数据矩阵。根据“0-1”原始矩阵，用Popgen32软件计算多态位点比率(P)、Nei s遗传多样性指数(h*)、Shannon信息指数(I*)、总群体的基因多样性(Ht)、群体内基因多样性(Hs)、群体间基因多样性(Dst)、基因分化系数(Gst)、遗传距离(D)和遗传一致度(I)。利用NTSYS软件进行各品种间UPGMA(unweighted pair group method with arithmetic mean)聚类分析，构建聚类树图。3 结果用来自不同种群的个体，从王静已经筛选的17个引物12中，选定适用于干药材扩增的13条(组)引物(见表2)。表2 RAPD扩增引物、序列及总扩增结果3.1 通辽居群内部遗传多样性分析本课题组采用通辽31株冷蒿样本的DNA作为通辽地区冷蒿居群内RAPD扩增的样本。DNA样品的RAPD-PCR扩增。结果见图1。3.1.1 居群内RAPD扩增带的多态性分析13个引物在通辽31株冷蒿样本中共扩增条带数为209，多态性条带数为180，多态位点比率为86.12%，平均每个引物扩增的DNA带数为13.8条，位点分子量范围均在2002 000 bp之间。3.1.2 居群内样本的聚类分析遗传相似度在0.220.76之间，其能够在一定程度上反应个体间DNA的差异，根据相似度计算遗传距离(本研究中各个体间遗传距离未列出)，从而利用UPMGA法进行聚类分析，得到个体间亲缘关系分枝树系图。结果见图2。图2 通辽地区居群内的聚类分析图3.2 居群间遗传多样性分析呼和浩特、锡林郭勒冷蒿干药材混合均匀，随机取样进行DNA的提取，选取DNA完整性好、含盐量少，RAPD扩增结果稳定的3个不同批次的DNA样本，代表其所在居群进行遗传多样性检测和分析。鉴于居群遗传多样性指数与居群样本数相关，随机从通辽31个DNA样本中选取5个样本，进行居群间遗传多样性分析。通过对通辽居群5个样本的Nei s指数、Shannon指数两个准确反映遗传多样性的数据进行t检验，所得到的t值均小于2.78(df=4,=0.05双尾检测)，说明随机选取的样本和总样本无差异，能代表通辽地区的遗传多样性。3.2.1 居群间RAPD产物的多态位点分析通辽5个样本、呼和浩特3个混合样本、锡林郭勒3个混合样本共11个样本通过13对引物扩增产生209条带，其中201条带有多态性，平均每对引物产生15.5条;整体多态位点百分率达96.17%，通辽、呼和浩特、锡林郭勒3个居群具有不同的遗传多样性。其中，通辽居群内多态性带为159条，多态位点百分比为76.08%，呼和浩特多态性条带为78条，多态位点百分比为37.32%，锡林郭勒多态性条带为110条，多态位点百分比为52.63%。见表3。表3 不同地区冷蒿居群的遗传多样性3.2.2 遗传多样性分析从表3可以看出，冷蒿居群总的Nei遗传多样性指数、Shannon信息指数为0.246 2和0.394 4。各独立居群的遗传多样性均低于总体冷蒿的遗传多样性。其中不同居群基因多样性指数(Nei s)范围在0.134 40.239 5，Shannon指数的范围在0.202 40.369 9，基因多样性与Shannon指数的结果完全相符。可以看出，通辽、锡林郭勒、呼和浩特3个地区，冷蒿的遗传多样性依次降低。3.2.3 冷蒿的遗传结构和基因流表4显示，在3个地区冷蒿居群总的基因多样度Ht=0.238 1，其中存在于居群内的基因多样度Hs=0.187 4，居群间的基因多样度Dst(HtHs)=0.050 7。不同地区居群间的基因分化系数Gst=0.212 9，即居群间遗传变异占居群总的遗传多样性的21.29%，说明冷蒿居群的遗传差异大部分存在于居群内。许多因子(包括时间、空间等方面，如居群大小、繁殖系统、性比、世代长、世代重叠、基因流等)影响着自然植物的遗传变异程度，其中考虑较多的关键因子之一是基因流。根据Gst，计算出3个地区的基因流Nm*=1.848 1，Wright13指出，如果Nm*<1，则由于遗传漂变可以导致居群间明显的遗传分化。那么，不同地区冷蒿居群的基因流的数值(>1)说明居群间有基因的交流，且遗传分化不是由于遗传漂变产生的。表4 不同地区冷蒿居群的Ht、Hs、Gst、Nm*3.2.4 居群间的遗传距离居群间的遗传距离可以进一步说明居群间的遗传分化程度。从表5中可以看到3个地区冷蒿居群的遗传距离很小，说明不同地区的冷蒿具有相近的遗传背景。图3是根据遗传距离，用UPMGA方法得到的不同地区冷蒿的聚类图，图中冷蒿的3个居群中呼和浩特(H)与锡林郭勒(L)聚为一类，通辽(T)单独聚为一类。表5 不同地区冷蒿居群遗传距离和遗传一致度4 讨论本实验是在前人对不同地区冷蒿药效差异分析的基础上，利用RAPD，探究冷蒿的遗传多样性。根据邹喻苹等14对165属499种植物等位酶数据统计的结果，物种水平的多态性应在50%左右，居群水平的多样性应为40%左右，Gst应在0.17左右。崔光红等15在药用肉苁蓉的遗传多样性RAPD分析中根据肉苁蓉平均多态位点百分率47.37%，2个居群多态位点分别为39.47%，35.53%，Gst=0.2545，得出荒漠肉苁蓉和管花肉苁蓉的遗传多样性降低，已经处于极度低下状态的结论。而本研究中物种水平的多态性在96.17%，居群水平所得多态性水平通辽(T)为76.08%、锡林郭勒(L)为52.63%、呼和浩特(H)为37.32%，Gst为0.212 9均高于这些平均值，所以，冷蒿在物种水平和居群水平上都有着丰富的遗传多样性。冷蒿在北温带广泛分布;多年生小半灌木;风媒异花受粉;存在于演替的各个阶段。冷蒿有如此广泛的分布，所面