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文档简介

4: 线性共线性分析线性共线性有助于直观的反映物种之间的比对细节，已开发出的程序可针对核酸水平和氨基酸水平分别绘图。可绘制的情况有：一个参考序列和一个样品；一个参考序列和两个样品或两个参考序列一个样品。程序原理：首先基于mumer对待分析基因组的scaffold进行排序，然后做blast比对，最后用svg将blast比对结果以图片的形成呈现出来。4.1结果图4.1|氨基酸水平线性共线性分析（一个样品和一条参考序列）图4.2|核酸水平的线性共线性分析（一条参考序列和两个样品）图4.3|核酸水平的线性共线性分析（一条参考序列和一个样品）图中轴线中间区域连线蓝色表示反向互补比对，红色表示正向比对。两条轴氨基酸水平红色表示没有比对上，蓝色表示比对上的部分；核酸水平红色表示比对上，灰色表示没有比对上的部分。生物学意义的解释说明：从氨基酸或和核苷酸水平上分析测序基因组与参考基因组之间，由重组，转座等机制导致的遗传基因座位变化情况；与氨基酸水平共线性相比，核苷酸水平的共线性分析可以显示如插入、缺失等信息。通过共线性分析可以获得物种间基因组在进化过程中所发生结构变异的情况，共线性的高低在一定程度上反
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