生物信息学实验报告.doc

实验项目名称：核酸和蛋白质序列数据的使用实验目的：了解常用的序列数据库，掌握基本的序列数据信息的查询方法。教学基本要求：了解和熟悉NCBI核酸和蛋白质序列数据库，可以使用BLAST进行序列搜索，解读BLAST搜索结果，可以利用PHI-BLAST等工具进行蛋白质序列的结构域搜索，解读蛋白质序列信息，可以在蛋白质三维数据库中查询相关结构信息并进行显示。实验内容提要：对于给定的一条未知功能的部分基因序列，通过相关一系列数据库的搜索比对与结果解释，回答以下问题：1.这属于哪个基因？2.编码的蛋白质序列是怎样的？3.该蛋白质有没有保守的功能结构域(NCBI CD-search)？4.该蛋白质的功能是怎样的？5.该蛋白质的三级结构是什么？如果没有的话，和它最相似的同源物的结构是什么样子的？给出示意图。搜索的内容：LOCUS CAA47654 103 aa linear MAM 18-JAN-1995DEFINITION adrenergic receptor beta 3, partial Bos taurus.ACCESSION CAA47654VERSION CAA47654.1 GI:64DBSOURCE embl accession X67214.1KEYWORDS .SOURCE Bos taurus (cattle) ORGANISM Bos taurus Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia; Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos.REFERENCE 1 (residues 1 to 103) AUTHORS Stoffel,B. and Meyer,H.H.D. TITLE Bovine beta3-adrenergic receptor, partial genomic sequence JOURNAL UnpublishedREFERENCE 2 (residues 1 to 103) AUTHORS Stoffel,B. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (11-JUN-1992) B. Stoffel, Institut f Physiologie, TU-Muenchen-Weihenstephan, Voettingerstr 45a, 8050 Freising-Weihenstephan, FRGFEATURES Location/Qualifiers source 1.103 /organism=Bos taurus /db_xref=taxon:9913 /tissue_type=muscle Protein 103 /product=adrenergic receptor beta 3 Region 57.103 /region_name=7tm_1 /note=7 transmembrane receptor (rhodopsin family); pfam00001 /db_xref=CDD:200918 CDS 1.103 /coded_by=X67214.1:308 /note=comprising n-terminus and putative transmembrane segments I and II. /db_xref=GOA:P46626 /db_xref=InterPro:IPR000276 /db_xref=InterPro:IPR000681 /db_xref=InterPro:IPR002233 /db_xref=InterPro:IPR017452 /db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P46626ORIGIN 1 wphenssltp wpdiptlapn tanasglpgv pwavalagal lalavlatvg gnllvivaia 61 rtprlqtmtn vfvtslatad lvvgllvvpp gatlaltghw plg/问题解答：1.这属于哪个基因？ adrenergic receptor beta 3, partial Bos taurus肾上腺素能受体3部分牛2.编码的蛋白质序列是怎样的？（1）蛋白质序列： 1 wphenssltp wpdiptlapn tanasglpgv pwavalagal lalavlatvg gnllvivaia 61 rtprlqtmtn vfvtslatad lvvgllvvpp gatlaltghw plg属于G蛋白偶联受体家族。肾上腺素受体家族。ADRB3子，亚科。（2）蛋白质属性：Sequence length 405 AA.Sequence status Complete.3.该蛋白质有没有保守的功能结构域(NCBI CD-search)？7 transmembrane receptor (rhodopsin family)This family contains, amongst other G-protein-coupled receptors (GCPRs), members of the opsin family, which have been considered to be typical members of the rhodopsin superfamily. They share several motifs, mainly the seven transmembrane helices, GCPRs of the rhodopsin superfamily. All opsins bind a chromophore, such as 11-cis-retinal. The function of most opsins other than the photoisomerases is split into two steps: light absorption and G-protein activation. Photoisomerases, on the other hand, are not coupled to G-proteins - they are thought to generate and supply the chromophore that is used by visual opsins. 7跨膜受体（视紫红质的家庭）这个家庭包含，其他G-蛋白偶联受体（GCPRs），视蛋白家族的成员，这已被认为是典型的视紫红质家族的成员之一。他们分享几个主题，主要的7个跨膜螺旋，视紫红质家族GCPRs。所有的视蛋白结合生色，如11 -顺视黄醛的。大多数的视蛋白以外的其他photoisomerases的功能分为两个步骤：光吸收和G蛋白激活。photoisomerases，另一方面，不再加G蛋白-它们被认为是生成和提供的，由视觉的视蛋白生色。4.该蛋白质的功能是怎样的？Beta-adrenergic receptors mediate the catecholamine-induced activation of adenylate cyclase through the action of G proteins. Beta-3 is involved in the regulation of lipolysis and thermogenesis.-肾上腺素受体介导儿茶酚胺诱导激活腺苷酸环化酶，通过G蛋白的作用。-3参与调控脂肪分解和产热。5.该蛋白质的三级结构是什么？如果没有的话，和它最相似的同源物的结构是什么样子的？给出示意图。Show filtere