基因测序开启临床诊断新时代.pdf

基因测序 开启临床诊断新时代基因测序 开启临床诊断新时代 助力临床的诊断 鉴别诊断及伴随治疗助力临床的诊断 鉴别诊断及伴随治疗 New Era of Clinical Diagnosis with Gene Sequencing 叶锋 研究员叶锋 研究员 北京鑫诺美迪基因检测技术有限公司北京鑫诺美迪基因检测技术有限公司 DNA序列含有全部遗传信息DNA序列含有全部遗传信息 人体的23对染色体人体的23对染色体 DNA是生命和人体构造的基础DNA是生命和人体构造的基础 基因测序 新型基因检测技术 通过血液 唾液 组织等临床样本 分析患者的一条DNA中四个碱基 A T C G 对的顺序 通过大规模的计算分析 辨认基因序列 从而获取遗传信息 在生育健康 肿瘤个体化诊断和治疗 遗传病 传染病 移植分型等临床领域 发挥着举足轻重的作用 新型基因检测技术 通过血液 唾液 组织等临床样本 分析患者的一条DNA中四个碱基 A T C G 对的顺序 通过大规模的计算分析 辨认基因序列 从而获取遗传信息 在生育健康 肿瘤个体化诊断和治疗 遗传病 传染病 移植分型等临床领域 发挥着举足轻重的作用 全球基因测序市场总量从2007年794 1万美元增至2013年的45亿美元全球基因测序市场总量从2007年794 1万美元增至2013年的45亿美元 预计2018年达到117亿美元 CAGR维持21 2 预计2018年达到117亿美元 CAGR维持21 2 并且 测序成本不断降低 基因测序技术已发展至第三代 并且 测序成本不断降低 基因测序技术已发展至第三代 切实可临床应用的主流测序仪器切实可临床应用的主流测序仪器 公司公司仪器平台仪器平台 测序方 法 测序方 法 优点优点缺点缺点 第一代Life Tech 3130XL 3730XL 3500DX BeckmanGeXP遗传分析 Sanger 毛细管电泳 高读长 精度高 有效处理多聚 重复序列 配套试剂多 有收费 临床应用成熟 有CFDA证 通量低 成本高 操作相对复杂 第二代IlluminaHiSeq miSeq 可逆 合成 Ion TorrentPGM Proton合成测序 ABI Solid5500 xlSOLID连接测序 Roche 454FLX 2016年退出 焦磷酸 高通量 开机成本高 机器昂贵 读长短 无CFDA证 无收费 配套KIT少 临床应用不成熟 第三代离临床应用还有距离 DNA测序属于分子诊断技术之一DNA测序属于分子诊断技术之一 第一代测序技术第一代测序技术尽管测序成 本较高 测序速度有限 但 因其测序片段长 1000bp 具有超高精度 99 999 并 且可从头测序 从头组装 因 此 以毛细管电泳为基础的第 一代测序技术尤其在肿瘤的个 体化诊断及治疗 药物基因组 学 及遗传多态性等特定领域 有着不可取代的地位 尽管测序成 本较高 测序速度有限 但 因其测序片段长 1000bp 具有超高精度 99 999 并 且可从头测序 从头组装 因 此 以毛细管电泳为基础的第 一代测序技术尤其在肿瘤的个 体化诊断及治疗 药物基因组 学 及遗传多态性等特定领域 有着不可取代的地位 历经30多年的不断发展及完善 第一代Sanger测序法已经成为分子诊断领域的 金标准 历经30多年的不断发展及完善 第一代Sanger测序法已经成为分子诊断领域的 金标准 Sanger测序原理图Sanger测序原理图 ABI 3500DxABI 3130贝克曼贝克曼 GeXP 灵活性灵活性 2种毛细管可选 8 24道毛细管配置 高分子聚合分离胶 毛细管无需拆卸 4种毛细管可选 4 16道毛细管配置 3种分离胶 毛细管无需拆卸 2种毛细管可选 8道毛细管配置 1种分离胶 毛细管需拆卸 耗材耗材有证 便宜 可替代便宜 国产替代品多进口 昂贵 分离胶分离胶10 L 样品7 L 样品100 L 样品 样品盘样品盘96 384孔96 384孔96孔 读长及准确度读长及准确度1000bp 98 5 1000bp 98 5 700bp 98 完成时间完成时间40min 24样本35min100min 配套试剂配套试剂成熟的大量临床产品成熟的大量临床产品无 临床应用临床应用 肿瘤的个体化诊断及治疗 药物基因组学 传染性疾病 遗传性疾病 基因多态性 SNP 分析 亲子鉴定 染色体整倍体分析等 无 备注备注有证 主流停产 2008年 年 Applied Biosystems 3130 3130 XL基因分析仪已获得中国食品 药品监督管理局 基因分析仪已获得中国食品 药品监督管理局 CFDA 的批准 可用于临床诊断 的批准 可用于临床诊断 主要性能特点 主要性能特点 3130 xl 采用采用 16 道毛细管 道毛细管 3130 系统采用系统采用 4道毛细管道毛细管 24 小时无人监控操作小时无人监控操作 仪器设置更方便更简单仪器设置更方便更简单 新型自动灌胶系统进行灌胶新型自动灌胶系统进行灌胶 检测池加热器改进了温度控制检测池加热器改进了温度控制 通过通过 96 孔和孔和 384 孔板自动进样孔板自动进样 3130 POP 7 POP 6 和和 POP 4 分离胶分离胶 多色荧光检测多色荧光检测 一种分离胶一种毛细管用于多种应用一种分离胶一种毛细管用于多种应用 2011年 年 Applied Biosystems 3500 Dx基因分析仪已获得中国食品药品 监督管理局 基因分析仪已获得中国食品药品 监督管理局 CFDA 的批准 可用于临床诊断 的批准 可用于临床诊断 1 高质量测序结果高质量测序结果 新型新型Pop 7分离胶 可测分离胶 可测900 1100碱基测序长度碱基测序长度 新型碱基识别与质量评分软件 提高测序准确性新型碱基识别与质量评分软件 提高测序准确性 2 最高灵敏度的光路系统最高灵敏度的光路系统 毛细管内荧光检测毛细管内荧光检测 荧光信号强度高度均一荧光信号强度高度均一 高灵敏度检测高灵敏度检测DNA的浓度范围的浓度范围 3 快捷低成本的测序平台 简单的安装 操作和维护 迄 今为止最容易拥有 最方便运行的 快捷低成本的测序平台 简单的安装 操作和维护 迄 今为止最容易拥有 最方便运行的DNA测序仪测序仪 关于常规测序关于常规测序 分子生物学检测技术的金标准分子生物学检测技术的金标准 几乎所有靶向药物初始临床验证都采用测序几乎所有靶向药物初始临床验证都采用测序 所有国内外分子靶标突变检测指南都将测序列在首位所有国内外分子靶标突变检测指南都将测序列在首位 FDA CFDA 测序平台的优势 K ras野生型K ras野生型 K ras突变型K ras突变型 检测基因的本质检测基因的本质 一步到位 一目了然一步到位 一目了然 一次检测 所有位点变异与否一次检测 所有位点变异与否 一目了然一目了然 测序平台的优势 EGFR exon20 D770 N771 常见突变模式 常见突变模式 insNPGinsSVQinsG 新发突变模式 新发突变模式 insV 传统方法只能检测已知位点 造成漏检 传统方法只能检测已知位点 造成漏检 新突变 新机会 新突变 新机会 突变型突变型 野生型野生型 测序平台的优势 横向扩展 横向扩展 更多的肿瘤个体化诊断靶点更多的肿瘤个体化诊断靶点 纵向扩展 纵向扩展 作为兼容性好的基础性平台 结合其他技术或分析作为兼容性好的基础性平台 结合其他技术或分析 软件 可以检测扩增 表达 重复序列 片段分析软件 可以检测扩增 表达 重复序列 片段分析 甚至基因重排 以减少技术平台的复杂性甚至基因重排 以减少技术平台的复杂性 测序平台的优势 Sanger测序技术改进的方向 Sanger测序技术改进的方向 DNA模板 引物 测序试剂 PCR仪 纯化方法 SioMDgene 改进型 荧光定量PCR 毛细管电泳法 SioMDgene 改进型 荧光定量PCR 毛细管电泳法 采用荧光定量PCR代替普通PCR及电泳检测 有效避免PCR 产物的气溶胶污染 更加快捷 精确与敏感 在PCR及测序过程 针对关键步骤及过程创新性改良 使 得突变位点的敏感度提高10 100 倍 由常规25 左右的敏感 度上升到1 10 而且是非特定位点的改进 采用酶解的方法代替切胶或过膜抽滤的纯化方法 针对测序试剂的构成 进行每一组分的质控和验证 保证 性能的高度稳定 并且处于标准化及质控品的质量控制下 配套的软件及数据库网络平台 便于自动化判断和管理 采用荧光定量PCR代替普通PCR及电泳检测 有效避免PCR 产物的气溶胶污染 更加快捷 精确与敏感 在PCR及测序过程 针对关键步骤及过程创新性改良 使 得突变位点的敏感度提高10 100 倍 由常规25 左右的敏感 度上升到1 10 而且是非特定位点的改进 采用酶解的方法代替切胶或过膜抽滤的纯化方法 针对测序试剂的构成 进行每一组分的质控和验证 保证 性能的高度稳定 并且处于标准化及质控品的质量控制下 配套的软件及数据库网络平台 便于自动化判断和管理 解决传统解决传统Sanger测序技术缺点测序技术缺点 传统测序技术缺点1 操作复杂 可能存在污染 我们的改进 将测序前PCR由普通定性改为实时荧光定量PCR 不通过电泳进行分离和纯化 大部分闭管操作 减少污染机会 通过实时荧光定量PCR 设定进入测序步骤的阈值 减少了操作步骤 解决传统解决传统Sanger测序技术缺点测序技术缺点 传统测序技术缺点2 突变检测灵敏度较低 25 我们的改进 采用独特的技术 将灵敏度从20 提高到1 5 灵敏度可根据检测需要进行调节 这种灵敏度的提高 不是特定突变富集技术 而是全序列 性的非特定位点的敏感度提高 对传统测序技术临床应用进行革命性提高 不完全统计 医疗应用 也即是临床应用 不完全统计 医疗应用 也即是临床应用 是未来最主要的应用增长点 是未来最主要的应用增长点 全球基因测序市场 2012年 全球基因测序市场 2017年 全球基因测序市场 2012年 全球基因测序市场 2017年 基因测序临床应用范围基因测序临床应用范围 三大最重要的临床应用领域 三大最重要的临床应用领域 肿瘤个性化诊断及治疗 药物基因组学 感染性疾病 这三大领域里 第一代Sanger测序技术最为成熟 这三大领域里 第一代Sanger测序技术最为成熟 测序测序 感染疾病感染疾病 药物基因组学药物基因组学 恶性肿瘤恶性肿瘤 肝炎个体化 肝炎个体化 HBV P C S区耐药 分型 区耐药 分型 IL 28b 其它 其它 CYP2D6 他莫昔芬他莫昔芬 HLA B OPRM1 UGT2B7 HLA B OPRM1 UGT2B7 基因突变 基因突变 EGFR KRAS BRAF C KIT BRCA SNP UGT1A1 6 28 MTHFR C677T A1298C 基因重排 基因重排 IGH IGK IGL TCRB TCRD TCRG 心血管 心血管 CYP2C9 2 3 VKORC1 CYP2C19 2 3 关于 肿瘤个性化诊断及治疗 关于 肿瘤个性化诊断及治疗 肿瘤内科发展历史肿瘤内科发展历史 Right Time Right Patients Right Drug Treatment 有效有效 无害无害 有效有效 有害有害 无效 无害 无效 无害 无效 有害 无效 有害 标准化治疗 个体化治疗 标准化治疗 个体化治疗 一 肿瘤分子生物学检验一 肿瘤分子生物学检验 1 1 人类EGFR基因突变检测人类EGFR基因突变检测 2 2 人类K ras基因突变检测人类K ras基因突变检测 3 3 人类B raf基因V600E突变检测人类B raf基因V600E突变检测 4 4 人类PIK3CA基因突变检测人类PIK3CA基因突变检测 5 5 人类EML4 ALK融合基因检测人类EML4 ALK融合基因检测 6 6 HER 2基因扩增检测HER 2基因扩增检测 7 7 基因表达水平对肿瘤药物敏感性 预后的判断基因表达水平对肿瘤药物敏感性 预后的判断 8 8 家族性乳腺癌基因突变检测家族性乳腺癌基因突变检测 卫生部 医疗机构临床检验目录 卫生部 医疗机构临床检验目录 目前临床主流筛查面板的主流覆盖基因目前临床主流筛查面板的主流覆盖基因 FDA批准的肿瘤个体化诊断及治疗方案FDA批准的肿瘤个体化诊断及治疗方案 检测靶标 内容检测靶标 内容技术平台技术平台相关疾病 药物相关疾病 药物临床意义临床意义 EGFR基因EGFR基因 外显子18 19 20 21体细胞突变 非小细胞肺癌 阿法替尼 厄洛替尼 吉非替尼 埃克替尼 1 EGFR基因突变状态是EGFR酪氨酸酶抑制剂 EGFR TKI 治疗晚期NSCLC最重要的疗效预测因子 KRAS基因KRAS基因 密码子12 13 61体 细胞突变 BRAF基因BRAF基因 外显子15 V600E体 细胞突变 PIK3CA基因PIK3CA基因 外显子9 20体细胞 突变 DNA测序法 或 ARMS PCR法 结直肠癌 西妥昔单抗 帕尼单抗尼 妥珠单抗 黑色素瘤 维罗非尼 达拉非尼 曲美替尼 1 KRAS BRAF PIK3CA野生型结直肠癌可以从西妥昔 帕尼单抗的 治疗中获得最大化的生存效益 2 BRAF V600E基因突变的恶性黑色素瘤患者可以从维罗非尼 达 拉非尼 曲美替尼的治疗中获得最大化生存效益 3 BRAF V600E基因突变与甲状腺乳头状癌患者死亡率显著相 关 是侵润性肿瘤临床表型和预后不佳的指标 4 BRAF V600E基因突变与脑胶质瘤密切相关 对毛细胞型星形 细胞瘤 PCA 和多形性黄色瘤型星形细胞瘤 PXA 诊断具有价值 5 60 的肺朗格汉斯细胞组织细胞增生症 PLCH 患者有BRAF V600E基因突变 受益于维罗非尼治疗 EML4 ALK基因EML4 ALK基因融合 ALK基因ALK基因断裂 荧光PCR法 FISH法 ROS1基因ROS1基因融合荧光PCR法 C MET基因C MET基因扩增荧光PCR法 非小细胞肺癌 克唑替尼 色瑞替尼 Ceritinib 1 EML4 ALK基因融合或ALK基因断裂呈阳性的患者可以从克唑替 尼 色瑞替尼的治疗中获得最大化的生存效益 2 CD74 ROS1是ROS1基因最常见的融合类型 基因融合阳性患者 受益于克唑替尼 色瑞替尼的治疗 3 EGFR野生型NSCLC患者 建议行ALK ROS1 C MET检测 中国临床主流的肿瘤个体化诊断及治疗方案中国临床主流的肿瘤个体化诊断及治疗方案 检测靶标 内容检测靶标 内容技术平台技术平台相关疾病 药物相关疾病 药物临床意义临床意义 C KIT基因C KIT基因 外显子9 11 12 13 14 17 18体细胞突 变 PDGFR 基因PDGFR 基因 外显子12 14 18体细胞突 变 DNA测序法 胃肠道间质瘤 伊马替尼 舒尼替尼 1 C KIT PDGFR 基因突变检测结果结合CD117 DOG1 免疫组化检测结果对GIST的诊断具有极其重要的临床 应用价值 2 C KIT PDGFR 基因突变类型可以预测伊马替尼 舒 尼替尼的剂量 疗效 原发性耐药等 3 C KIT基因突变是粘膜型 肢端型黑色素瘤的独立 预后不良因素 而且 C KIT基因突变的晚期黑色素瘤 患者可以最大化受益于伊马替尼的治疗 HER 2基因HER 2基因扩增 TOP2A基因TOP2A基因扩增 FISH法 乳腺癌 曲妥珠单抗 蒽环类 1 HER 2基因扩增阳性的乳腺癌患者可以从曲妥珠单 抗 赫赛汀 的治疗中获得最大化的生存效益 2 TOP2A基因扩增 表达是蒽环类药物选择及疗效预测 的独立指标 3 BRCA1 2基因突变与家族性乳腺癌及卵巢癌的发生 密切相关 对乳腺癌的预防和早期诊断具有重要意 义 BRCA1 2基因BRCA1 2基因 BRCA1外显子 2 BRCA2外显子 20体细胞突变 DNA测序法 中国临床主流的肿瘤个体化诊断及治疗方案中国临床主流的肿瘤个体化诊断及治疗方案 标志物标志物检测方法检测方法药物药物临床意义临床意义 ERCC1 表达 118测序法铂类 负相关 表达高 疗效差 CC药敏 CT TT药敏 RRM1 表达 37测序法吉西他滨 负相关 表达高 疗效差 AA药敏 AC CC药敏 GSTP1 105测序法铂类II药敏 IV VV药敏 ERCC2 XPD 312测序法铂类GG药敏 GA AA药敏 XRCC1 194 399测序法铂类CC药敏 CT TT药敏 GG药敏 GA AA药敏 MTHFR 677 1298测序法氟类 叶酸 甲氨蝶呤CC药敏 CT TT药敏 AA药敏 AC CC药敏 TS 3 UTR 5 UTR测序法氟类 培美曲塞 6 16 6 6药敏 6 6药敏 DPYD 2A 5A 9A测序法氟类 卡培他滨 培美曲塞GG药敏 GA AA药敏 毒副 UGT1A1 6 28测序法伊立替康GG毒副 GA AA毒副 66毒副 67 77毒副 MDR1 2677 3435测序法紫杉醇 多西他赛 长春碱类AT AA TT药敏 GG GT GA药敏 TPMT 460 719测序法巯嘌呤类GG毒副 GA AA毒副 AA毒副 AG GG毒副 NQO1 465 609测序法丝裂霉素CC药敏 CT TT药敏 CC药敏 CT TT药敏 中国临床主流的肿瘤个体化诊断及治疗方案中国临床主流的肿瘤个体化诊断及治疗方案 方法方法灵敏度灵敏度特点特点适用范围适用范围 TaqMan PCRTaqMan PCR5 10 灵敏度较高灵敏度较高 操作简单 已知突变序列 突变比例较低 ARMS PCRARMS PCR 0 5 1 灵敏度高灵敏度高 特异性好特异性好 反应条件苛刻 已知突变序列 突变比例低 DNA测序DNA测序 金标准金标准 20 25 灵敏度较低 操作流程长 分析片段长 未知突变序列未知突变序列 突变情况复杂 突变含量较高 FISHFISH金标准金标准 HER 2首选 分子诊断主流技术对比分子诊断主流技术对比 有的放矢使用不同的突变检测技术有的放矢使用不同的突变检测技术 特定位点突变分析技术特定位点突变分析技术 筛查式突变分析技术筛查式突变分析技术 迄今为止 突变丰度与靶向药物正向迄今为止 突变丰度与靶向药物正向 反向指导 作用并无明确阈值 现行检测技术对敏感度也无 数值上的指示 所以两类技术都有存在的意义 反向指导 作用并无明确阈值 现行检测技术对敏感度也无 数值上的指示 所以两类技术都有存在的意义 特定位点突变分析技术 特定位点突变分析技术 ARMS PNA LNA ASO等等 PCR技术为基础 操作简单技术为基础 操作简单 价格较低廉 结果判断直观价格较低廉 结果判断直观 不能发现非热点突变 也不能发现新的突变不能发现非热点突变 也不能发现新的突变 结果易受扩增区域本身及上下游序列改变的影响结果易受扩增区域本身及上下游序列改变的影响 同样存在假阳性和假阴性 后者与突变丰度不一定相关同样存在假阳性和假阴性 后者与突变丰度不一定相关 反应管数多 适合于单个位点突变的检测反应管数多 适合于单个位点突变的检测 更适用于中小医院更适用于中小医院 筛查式突变分析技术 测序法筛查式突变分析技术 测序法 价格较高价格较高 操作相对复杂操作相对复杂 普通测序法敏感度较低 普通测序法敏感度较低 20 25 存在一定漏检 存在一定漏检 可以检测所有碱基序列 包括非热点突变和新的突变可以检测所有碱基序列 包括非热点突变和新的突变 扩增区域选择性强 不易受序列改变影响检测结果扩增区域选择性强 不易受序列改变影响检测结果 反应管数少 特别适合于多位点复杂型突变反应管数少 特别适合于多位点复杂型突变 适用于大型医院及结果验证 金标准 适用于大型医院及结果验证 金标准 EGFR突变状态的检测必须依赖基于肿瘤细胞的检测样本 EGFR突变状态的检测必须依赖基于肿瘤细胞的检测样本 利用DNA直接测序技术 Sanger 对EGFR外显子18 19 20 21 或19 21 进行突变检测是一种更为合理可靠的方法 利用DNA直接测序技术 Sanger 对EGFR外显子18 19 20 21 或19 21 进行突变检测是一种更为合理可靠的方法 其它更为灵敏的方法也可以适当采用 其它更为灵敏的方法也可以适当采用 美国NCCN指南 2014年版 非小细胞肺癌EGFR检测美国NCCN指南 2014年版 非小细胞肺癌EGFR检测 病理医师需充分考虑现有仪器 设备及各种EGFR突变检测技术 的利弊 尤其是灵敏度与检测 时间 病理医师需充分考虑现有仪器 设备及各种EGFR突变检测技术 的利弊 尤其是灵敏度与检测 时间 DNA直接测序技术 Sanger 是 EGFR突变检测的 DNA直接测序技术 Sanger 是 EGFR突变检测的 金标准金标准 韩国大多数病理实验室都采用 直接测序技术对石蜡包埋的肿 瘤组织进行EGFR基因突变检测 50肿瘤细胞 韩国大多数病理实验室都采用 直接测序技术对石蜡包埋的肿 瘤组织进行EGFR基因突变检测 50肿瘤细胞 韩国心肺病理指南 2013年版 EGFR检测韩国心肺病理指南 2013年版 EGFR检测 肿瘤部位的新鲜组织 活检组织 手术切除标本和细胞学标本均可用于EGFR KRAS基因突变检测 肿瘤部位的新鲜组织 活检组织 手术切除标本和细胞学标本均可用于EGFR KRAS基因突变检测 血液标本检测仍处于研究阶段 不建议作为常规检测项目 血液标本检测仍处于研究阶段 不建议作为常规检测项目 直接测序法 主要是Sanger测序法 是EGFR KRAS基因突变检测临床应用最多 最直接 既可检测已知突变 也可检测未知突变的 金标准 检测法 直接测序法 主要是Sanger测序法 是EGFR KRAS基因突变检测临床应用最多 最直接 既可检测已知突变 也可检测未知突变的 金标准 检测法 目前EGFR KRAS突变检测方法较多 主要为Sanger测序与ARMS法 哪种方法更具 优势尚未达成共识 传统Sanger测序法应用较广 可检测未知突变 但相对较为 费时 ARMS法较传统Sanger测序法具有更高的灵敏度 但是只能检测已知突变 目前EGFR KRAS突变检测方法较多 主要为Sanger测序与ARMS法 哪种方法更具 优势尚未达成共识 传统Sanger测序法应用较广 可检测未知突变 但相对较为 费时 ARMS法较传统Sanger测序法具有更高的灵敏度 但是只能检测已知突变 中国非小细胞肺癌患者EGFR基因突变检测专家共识 中国非小细胞肺癌患者EGFR基因突变检测专家共识 中华病理学杂志2011年10月第40卷第10期 页码 700 702中华病理学杂志2011年10月第40卷第10期 页码 700 702 中国结直肠癌KRAS基因突变检测专家共识 中国结直肠癌KRAS基因突变检测专家共识 中华病理学杂志2012年9月第41卷第9期 页码 635 636中华病理学杂志2012年9月第41卷第9期 页码 635 636 中国专家共识 2013年版 EGFR KRAS检测中国专家共识 2013年版 EGFR KRAS检测 关于 药物基因组学 关于 药物基因组学 Absorption 吸收吸收 Metabolism 代谢代谢 Distribution 分布分布 Excretion排泄排泄 不良代谢型不良代谢型患者采用无差别药物剂量与给药周期 会患者采用无差别药物剂量与给药周期 会累积药物毒性累积药物毒性 也即是 血药浓度超过人体最大承受浓度 也即是 血药浓度超过人体最大承受浓度 http www fda gov Drugs ScienceResearch ResearchAreas Pharmacogenetics ucm083378 htm 全国医疗服务价格项目规范全国医疗服务价格项目规范全国医疗服务价格项目规范全国医疗服务价格项目规范 2012 2012 2012 2012年版年版年版年版 医疗机构临床检验项目目录医疗机构临床检验项目目录医疗机构临床检验项目目录医疗机构临床检验项目目录 2013 2013 2013 2013年版年版年版年版 国家发展和改革委员会国家发展和改革委员会国家发展和改革委员会国家发展和改革委员会 卫卫卫卫生生生生部部部部 国家中医药管理局国家中医药管理局国家中医药管理局国家中医药管理局 药物名称药物名称检测靶标 内容检测靶标 内容技术平台技术平台临床意义临床意义 氯吡格雷 波立维 CYP2C19 2CYP2C19 2 G681A CYP2C19 3CYP2C19 3 G636A 荧光PCR法 或 DNA测序法 氯吡格雷是前药 本身无活性 需经CYP2C19代谢后释 放活性产物 CYP2C19 2与 3等位基因发生突变后会导 致代谢酶活性降低 血小板抑制作用减弱 心血管不良 事件风险增加 CYP 2C19 2 2 2 3 3 3基因型 患者 建议增加给药剂量或更换为普拉格雷或替卡格 雷 CYP2C9 2CYP2C9 2 C430T CYP2C9 3CYP2C9 3 A1075C 华法林 VKORC1VKORC1 1639G A 荧光PCR法 或 DNA测序法 活性异构体S 华法林经CYP2C9代谢 VKORC1是华法林类 抗凝药物作用靶点 CYP2C9 2 CYP2C9 3和VKORC1基因 发生T型 C型 A型等位基因突变会降低代谢酶活性 给药剂量相应减少 卡马西平HLA B 1502DNA测序法 评估卡马西平在高风险人群中引起史蒂芬琼森症候群 SJS 和毒性上皮溶解 TEN 阿巴卡韦HLA B 5701DNA测序法 评估阿巴卡韦在高风险人群中引起胃肠道及呼吸道致命 的过敏反应 别嘌呤醇HLA B 5801DNA测序法 评估别嘌呤醇在高风险人群中引起皮肤的严重药物不良 过敏反应 中国临床主流的药物基因组学应用中国临床主流的药物基因组学应用 关于 感染性疾病 关于 感染性疾病 肝炎 综合解决方案 肝炎 综合解决方案 HBV S区 基因变异 HBV S区 基因变异 HBV DNA 核酸定量 HBV DNA 核酸定量 HCV RNA 核酸定量 HCV RNA 核酸定量 HBV P区 耐药突变 HBV P区 耐药突变 HBV cccDNA 核酸定量 HBV cccDNA 核酸定量 HBV C区 基因突变 HBV C区 基因突变 HBV 基因分型 HBV 基因分型 IL 28b IL 28b 基因多态性基因多态性 HCV 基因分型 HCV 基因分型 丙型肝炎病毒 HCV Sofosbuvir PSI 7977 Simeprevir TMC 435 耐药检测试剂盒即将上市 Sofosbuvir 丙型肝炎病毒 HCV Sofosbuvir PSI 7977 Simeprevir TMC 435 耐药检测试剂盒即将上市 Sofosbuvir III期临床药物 首例纯口服抗丙肝药物 HCV耐药位点 若S282T突变 HCV 1a和1b型 聚合酶活性降低90 EC50增加9 5倍 另外 I434M突变也与Sofosbuvir的耐药密切相关 III期临床药物 首例纯口服抗丙肝药物 HCV耐药位点 若S282T突变 HCV 1a和1b型 聚合酶活性降低90 EC50增加9 5倍 另外 I434M突变也与Sofosbuvir的耐药密切相关 Simeprevir Simeprev