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如何判断序列的正反向 NCBI里的序列 mRNA CDS序列等等 都标注的很清楚 只是有的基因序列给的是反向互补的序列 需要大家在primer5等软件里转换一下 具体看是不是反向互补的序列 办法就是看在第一个CDS区的前三个碱基是不是ATG 如果是ATG 那么这个序列就是你要的了 如果不是 那八成就是你要得序列的反向互补序列了 1 目的 寻找promoter区域预测核心启动子区 2 寻找promoter区域 用NCBI http www ncbi nlm nih gov 用UCSC http www genome ucsc edu 用Ensembl http www ensembl org index html用公司信息 只包含公司拥有promoterclones的信息 3 NCBI数据库 4 寻找promoter区域 NCBIhttp www ncbi nlm nih gov pubmed 选择Gene 输入ankh 点击search选择第一项 以人类Homosapiens的ANKH为例 Chromosome5location14704909 14871887 complement 反义链 即 14871887到 14704909为基因范围此例中选取 14873887到 14871887约2000bp核苷酸序列作为启动子区域 5 选择Ensembl或者HGNC 进入ensembl分析 寻找promoter区域 6 寻找promoter区域 图形显示 FASTA格式显示的核苷酸序列 输入序列可以查询染色体位置 ANKHgene在反义链上 所以用负数表示 可以查询具体核苷酸序列 Genomiccontext点击Graphics Tools SequeceTextView 7 寻找promoter区域 点击GoToPosition 输入 14873887 点击PrevPage找到具体位置复制白底黑色区域即为promoter区域 白底黑字为启动子区域 紫底黑字为基因区域 粉底黑字为编码区 ATG为启示密码子 8 寻找promoter区域 在前两张幻灯片中选择FASTA在右边Changeregionshown输入14871887到14873887Displayoptions选择Showreversecomplement可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列 似乎有一个bp的差距 可以输入14871887到14873886 可以选择展示反向互补序列 9 1 选择基因示意图 1 向下查看 Genomicregions transcriptsandproducts 2 将鼠标放在Genes的 NR 示意图上 3 在弹出的窗口中点击2 点击 FASTAView 序列范围表示NR 的位置 出现该基因的实际序列 第一个序列的位置表示 起始位置 3 调整显示位置 将起始位点先前排1000bp 向后排1000bp 更改后的位置认为是启动子区 10 UCSC数据库 11 寻找promoter区域 UCSChttp www genome ucsc edu 选择左侧边栏的 TableBrowser 在clade选择Mammal genome选择Human assmebly选择最新的数据库 在position后面的搜索框内写入待查的基因名称 如actin 点击getoutput 方法一 12 寻找promoter区域 出现一系列候选序列 当搜索用词不特异的时候会出来太多的结果 只显示500条 13 寻找promoter区域 点击自己目的基因的结果链接 会出现该基因在染色体上的位置 有时候会直接跳到选择genome protein mRNA那一页面 可能是在搜索词比较特异的情况写 继续getoutput选择genome 14 寻找promoter区域 选择Promoter Upstreamby2000basesExonsinuppercase everythingelseinlowercase 外显子大写 其他小写 15 寻找promoter区域 小写字母为promoter区域 大写字母为基因区域 与NCBI结果相同 ATG为CDS区起始密码子 16 寻找promoter区域 promoter upstream前面的框中打勾 一般的启动子长度大约为2kb左右 这个数字可以修改 为便于观察 可继续修改下面的几个选项 这里选择CDS大写 点击getsequence即可得到结果 17 寻找promoter区域 UTR和upstream是分开的 CDS是大写的 可以看到起始码 CopyATG以前的序列进行启动子分析 PCR以genome为模板 18 寻找promoter区域 UCSChttp www genome ucsc edu 点击左侧边栏的 GenomeBrowser 方法二 19 寻找promoter区域 以大鼠 rattusorvegicus 的结缔组织生长因子 CTGF 为例 在Organism的下拉菜单中选择Rat 在assembly的下拉菜单中选择最新日期Nov 2004 在position框中键入CTGF imagewidth选择默认即可 如下图所示 点击Submit 20 寻找promoter区域 结果显示该基因的已知序列和相关mRNA序列 点击 KnownGene 中的第一个序列 21 寻找promoter区域 出现包含这序列的图解概要为了获得这个区域更清晰的图像 可以点击紧靠zoomout的1 5X按钮 如下图 对于KnownGenes 已知基因 和预测的基因路径来说 一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子 以短的垂直线或块状表示5 端和3 端非翻译区 起连接作用的内含子以非常细的线条表示 翻译的方向由沿着细线的箭头指示 22 寻找promoter区域 本例的搜寻目的来说 默认设置不是理想的设置 按照视图利用页面底部的TrackControls按钮 将一些路径设置为hide模式 即不显示 其他设置为dense模式 所有资料密集在一条直线上 另一些路径设置为full模式 每个特征有一个分开的线条 最多达300 23 寻找promoter区域 Ensembl基因通过许多方法来预测 包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较 若查询启动子区域 我们需要将EnsemblGenes选择为dense或full模式 点击Refresh 即刷新 出现下图 图中多出了EnsemblGenes的预测路径 我们在红框中圈出 点击用于表达该序列的任何方块出现以下页面 24 寻找promoter区域 点击红框中的条形深色方块 不是EnsemblGenes文字 25 寻找promoter区域 选择并点击Linktosequence中的GenomicSequence 即显示基因组序列 26 寻找promoter区域 将promoter改为2000bp 具体多少bp合适 可根据文献资料和实验目的获取 有的基因可能在其上游戏几百bp就可以了 其他的几个选项分别为5 端非编码区 编码区外显子 3 端非编码区 内含子 内含子用绿框圈了起来 等 SequenceFormattingOptions序列显示方式 选择上图红框里的内容 即外显子大写 其余的小写 也就是说mRNA的外显子大写 其余上下游非编码区以及内含子均为小写 27 寻找promoter区域 第一个大写字母以后就是mRNA序列 之前的小写字母序列即为启动子区域了 28 第一个大写字母以后就是mRNA序列 但该序列包含外显子和内含子 是未经剪切修饰的mRNA 图中两段大写字母中间的小写字母便为内含了序列 寻找promoter区域 29 Ensemble数据库 30 寻找promoter区域 Ensembl http www ensembl org index html选择human输入ankh选择Gene 点击GeneIDENSG00000154122点击左边的Exportdata 方法一 31 寻找promoter区域 5Flankingsequence输入2000OptionsforFASTAsequence中Genomic选5Flankingsequence deselectall点击Next 不管正反此法都适用 32 寻找promoter区域 得到2000bases的核苷酸序列 33 寻找promoter区域 Ensembl http www ensembl org index html在 SearchEnsembl 标题下search后的下拉框中选中物种名homosapiens 人 for框中输入基因名ankh 点击Go 方法二 34 寻找promoter区域 找到所需要的gene 点击出来2个结果 本例中貌似是同一个 点击相应链接进入新页面 35 寻找promoter区域 貌似有2个不同的转录本 点击ExonInfo 36 寻找promoter区域 新页面中即可看到5 upstreamsequence 可以在Flankingsequenceateitherendoftranscript后面的框中修改期望显示的序列长度 一般启动子最好选 2kb 然后copy所显示的上游序列进行分析 37 Genecopoeia公司 38 寻找promoter区域 39 寻找promoter区域 点击clickheretoviewthepromotersequence得到promoter信息 40 EPD数据库 41 寻找promoter区域 SIB EPD网址 http www epd isb sib ch 具体使用方法大同小异 就是输入物种名 基因名 限定启动子序列区域 42 预测核心启动子区 43 Transcriptstartsite TSS 附近 60bp到 40bp是核心启动子区 是精确转录必须的最小单元 CpG岛是一段200bp或更长的DNA序列 核苷酸G C的含量较高 并且CpG双核苷酸的出现频率占G C含量的50 以上 许多脊椎动物的启动子区都与CpG岛的位置重合 44 常见的在线预测工具有 真核启动子数据库第85版 TheEukaryoticPromoterDatabaseCurrentRelease85 EPD http www epd isb sib ch http epd vital it ch 转录起始位点数据库 http dbtss hgc jp 该数据库主要包括人 小鼠等常见生物的基因转录起始位点及该基因启动子的可能情况 Promoterscan http bimas dcrt nih gov molbio proscan Promoter2 0PredictionServer http www cbs dtu dk services promoter 神经网络启动子预测器NNPP http www fruitfly org seq tools promoter html SoftBerry DragonPromoterFinder http research i2r a star edu sg promoter 好像不能用了 45 FirstEF http rulai cshl edu tools FirstEF UROGENE http www urogene org methprimer 可用于位点甲基化的预测CpGPlot CpGReport Isochore http www ebi ac uk emboss cpgplot CpGProD http pbil univ lyon1 fr software cpgprod query html CpGIslandSearcher CpGPrediction http www ualberta ca stothard jaascript cpg islands html CpG岛预测软件 46 1 获取目的基因的mRNA序列 并且在NCBI的数据库中查获转录起始点 2 截取转录起始点为中心 上下约各1000bp 若在此范围内出现CDS 可到翻译起始点终止 3 利用在线软件进行分析 PromoterInspectorhttp www genomatix de software services online access free accounts htmlPromoterScanhttp bimas dcrt nih gov molbio proscanPromoter2 0http www cbs dtu dk services PromoterNNPPhttp www fruitfly org seq tools promoter htmlEMBOSSCpgplothttp www e