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实用生物信息技术课程第 1 次作业网络书籍、文档和文献资源检索和应用一、 分子月报（Molecular of the Month） ：1) 按功能分类，网站的生物大分子分为哪几大类？1、DNA, RNA, and Protein Synthesis - building the molecules of life2、Enzymes - the cells chemists 3、Molecular Infrastructure - supporting cells, tissues and organisms 4、Transport - delivering the cells resources 5、Biological Energy - capturing and converting sources of power 6、Molecules and the Environment - proteins with global impact 7、Photosynthesis - capturing energy from the sun 8、Molecular Motors - directed motion at the molecular level 9、Cellular Signaling - sending and receiving molecular message二、2000 年 12 篇月报中描述的蛋白质分子，你熟悉的有哪些？ Pepsin胃蛋白酶)Nucleosome 核小体DNA PolymeraseMyoglobin 肌红蛋白三、有关 DNA、rRNA、tRNA 的月报有哪几篇？1、 DNA2、 Transfer Ribonucleic Acid (tRNA)3、 Transfer-Messenger RNA四、该网站中和 DNA 复制相关的蛋白质分子有哪些？1、DNA Helicase 解旋酶2、DNA Polymerase 聚合酶3、Sliding Clamps4、DNA ligase 连接酶五、 该网站中介绍的病毒有哪些？HIVAdenovirus腺病毒Ebola Virus Proteins 埃博拉病毒Bacteriophage phiX174 噬菌体病毒Dengue Virus 登革病毒HIV艾滋病毒Poliovirus and Rhinovirus脊髓灰质炎病毒 Simian Virus 40Tobacco Mosaic Virus烟草花叶病毒六、 该网站中你熟悉的酶分子有哪些？DNA PolymeraseRNA PolymerasecAMP-dependent Protein Kinase (PKA)Acetylcholinesterase乙酰胆碱酯酶Pepsin胃蛋白酶Topoisomerases拓扑异构酶Aminoacyl-tRNA Synthetases氨酰tRNA合成酶DNA Ligase连接酶七、阅读该网站关于血红蛋白的短文， 说明其结合和释放氧气时不同亚基之间如何协同作用。血红蛋白是一个别构蛋白质，别构效应为第1个亚基与O2结合后其他亚基与O2的相继结合越来越容易，第4个亚基的氧结合常数可比第1个的大数百倍。这是因为第1个亚基结合O2后引起血红蛋白分子的构象变化，促使其他亚基与O2结合，释放氧的过程也是这样8、 阅读该网站关于流感病毒神经氨酸酶（Influenza Neuraminidase）的短文，说明其结构特征和作用机制。H1N1指代指覆盖病毒表面的两个分子：血凝素和神经氨酸酶。 在一起，这两个分子控制病毒的感染性。 血凝素在病毒接近细胞时起主要作用，与细胞表面上的多糖链结合，然后将病毒基因组注射入细胞中。 另一方面，神经氨酸酶在病毒离开感染的细胞后起主要作用。 它确保病毒不会卡在这些多糖链的末端阻止在细胞表面上。神经氨酸酶，由排列在正方形中的四个相同的亚基组成。 它通常通过长的蛋白质茎（未示出）连接到病毒表面。 活性位点在上表面上的深凹陷中。 它们结合多糖链并在末端剪除糖。 神经氨酸酶的表面由几个多糖链修饰（在这个结构中看向上和向下延伸），其类似于装饰我们自己的细胞表面蛋白的多糖链九、 列举该网站中与你研究方向相关的生物大分子 AntibodiescAMP-dependent Protein Kinase G Proteins Glucose Oxidase十、阅读你最感兴趣的生物大分子，阐述该分子的结构、功能特点。 Antibodies抗体是我们的分子监督者，等待和观察病毒，细菌和其他不受欢迎的访客。 抗体在血液中循环，仔细检查它们接触的每个物体。 当他们发现一个陌生的外来物体时，它们紧紧地粘在其表面上。 在病毒如鼻病毒或脊髓灰质炎病毒的情况下，结合的抗体的涂层可能足以阻断感染。 然而，单独的抗体与细菌不匹配。 当抗体结合细菌表面时，它们作为标志物警告免疫系统中可用的其他强大的防御机制。抗体和许多在免疫系统中使用的其他分子具有独特的形状。 通常，它们由几个柔性臂组成，在每个臂的末端具有结合位点。 这是完全有道理的：因为抗体不提前知道他们可能会战斗的攻击者，他们保持他们的选择开放。 柔性臂允许结合位点一起工作，用两个臂抓在具有不同总体形状的目标上。 这里显示的抗体，从PDB条目1igt，有两个结合位点，两个臂的顶端向右和左顶部延伸。 注意，将这些臂连接到底部中心区域的薄的柔性链。 一些抗体具有将臂连接在一起的更长的柔性接头，使得当在表面上发现购买时它们甚至更加宽容。 其他抗体具有四个或十个结合位点，因此每个接触可以更弱，并且仍然允许整个抗体牢固结合。十一、蛋白质分子精选（Protein Spotlight）和分子月报（Molecule of the Month）相比，该网站在文章内容、写作风格、数据库链接、文献引用等方面有什么特点？蛋白质分子精选中是通过一个个小故事和与该蛋白质相关的人物故事的介绍贯穿的，而分子月报是以百科形式，有PDB的链接和参考文献。十二、阅读该网站关于胰岛素分子的短文，说明作者将其称作“20 世纪蛋白质分子的代表”的原因。胰岛素是20世纪第一个实现化学合成，纯化结晶出来的蛋白通过生化的方式制造的蛋白，所以称为“20 世纪蛋白质分子的代表”13、 阅读该网站关于绿色荧光蛋白（GFP）短文（The greenest of us all）以及相关文献，说明该蛋白质分子的结构功能特点。纯净的GFP的解决方案在典型的室内灯光下看起来黄色，但是当在户外在阳光下拍摄时，它们以明亮的绿色发光。蛋白质吸收来自太阳光的紫外光，然后将其作为低能绿光发射。GFP是一种现成的荧光蛋白，具有内置的所有自己的光处理机器，仅使用氨基酸构建。它具有三个氨基酸的特殊序列：丝氨酸 - 酪氨酸 - 甘氨酸（有时，丝氨酸被相似的苏氨酸替代）。当蛋白质链折叠时，该短段被埋在蛋白质深处。然后，发生几种化学转化：甘氨酸与丝氨酸形成化学键，形成新的闭合环，其然后自发脱水。最后，在一小时左右的时间内，来自周围环境的氧攻击酪氨酸中的键，形成新的双键并产生荧光发色团。该网站中与你研究方向相关的蛋白质分子有哪些？简述它们的生物学功能。抗体是我们的分子监督者，等待和观察病毒，细菌和其他不受欢迎的访客。 抗体在血液中循环，仔细检查它们接触的每个物体。 当他们发现一个陌生的外来物体时，它们紧紧地粘在其表面上。 在病毒如鼻病毒或脊髓灰质炎病毒的情况下，结合的抗体的涂层可能足以阻断感染。 然而，单独的抗体与细菌不匹配。 当抗体结合细菌表面时，它们作为标志物警告免疫系统中可用的其他强大的防御机制。 NCBI 免费书籍（Bookshelf）1) 浏览该免费书籍目录，与你研究方向最相关的书有哪几本？GeneReviews庐 Internet.Pagon RA, Adam MP, Ardinger HH, et al., editors.Seattle (WA): University of Washington, Seattle; 1993-2017Molecular Imaging and Contrast Agent Database (MICAD) Internet.Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2004-2013.浏览该免费书籍目录，其中生物化学、分子生物学、细胞生物学和遗传学相关书籍有哪些？列出你最感兴趣的书名和作者。 Griffiths AJF, Gelbart WM, Miller JH, et al. Modern Genetic Analysis. New York:W. H. Freeman; 1999.Dean L, McEntyre J. The Genetic Landscape of Diabetes Internet. Bethesda(MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2004.Strachan T, Read AP. Human Molecular Genetics. 2nd edition. New York:Wiley-Liss; 1999. Mapping Protein/DNA Interactions by Cross-Linking Internet. Paris: Institutnational de la sant et de la recherche mdicale; 2001.Molecular Biology of the Cell. 4th edition.Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al.采用限制检索条件策略（Limits），分别检索生物化学（Biochemistry）、分子生物学（Molecular Biology）和疾病（Disease）三类书籍中血红蛋白（Hemoglobin），比较检索结果。Biochemistry Biochemistry. 5th edition.Basic Neurochemistry: Molecular, Cellular and Medical Aspects. 6th edition.Molecular BiologyMolecular Biology of the Cell. 4th edition.Molecular Cell Biology. 4th edition.Human Molecular Genetics. 2nd edition.The Cell: A Molecular Approach. 2nd edition.Disease GeneReviews Guidelines for the Clinical Management of ThalassaemiaInternet. 2ndRevised edition.Defining and Defeating the Intolerable Burden of Malaria III: Progress andPerspectives: Supplement to Volume 77(6) of American Journal of TropicalMedicine and Hygiene.Expert Panel Report 3: Guidelines for the Diagnosis and Management of Asthma.Jaspers Basic Mechanisms of the Epilepsies Internet. 4th edition.Imitators of Epilepsy. 2nd edition.Parkinsons Disease: Diagnosis and Clinical Management.列举 3-5 个与你研究课题相关的关键词（英文） ；以上述关键词检索相关类别的书籍，可在哪几本书中检索到相关信Examining a Developmental Approach to Childhood Obesity: The Fetal and Early Childhood Years: Workshop Summary.Food and Nutrition Board; Institute of Medicine.Washington (DC): National Academies Press (US); 2015 Sep 8根据以上检索信息，简述与你研究领与你课题相关的方面，已有哪些研究基础Fiaf基因表达与甘油三酯合成及脂肪贮存有关。Fiaf作为强大的内分泌信号,激活 Tie2受体 ,起始胞内信号转导 ,抑制脂蛋白脂肪酶活性和甘油三酯在脂肪细胞的沉积。肠道微生物能抑制 Fiaf在肠道上皮细胞中表达。肠道微生物区系对 Fiaf表达的抑制 ,或者 Fiaf基因的缺失突变都能导致肠道上皮细胞中 Fiaf表达量的降低 ,减弱 Fi2af对 LPL活性的抑制 ,促进甘油三酯在脂肪细胞中的贮存。而无菌饲养的 Fiaf + / +小鼠的 Fiaf表达量较高 ,有效抑制了LPL活性和脂肪贮存 ,同时还能促进脂肪酸氧化和体内的无效循环 ,减少脂肪贮积 ,降低了产生肥胖的风险PubMed 文献摘要数据库PubMed 生物医学文献摘要数据库和 PubMed Central 全文数据库有哪些主要区别？PubMed 不提供文献全文；PubMed Central 全文数据库提供文献全文。生物信息学（Bioinformatics）在 MeSH 数据库中归哪个主题词？其研究方向和范围包括哪些？Computational Biology 研究方向和范围包括：Genomics11Metabolomics H01.158.273.180.599Systems Biology H01.158.273.180.800何谓 PubMed 检索时的 Stop 词？常见 Stop 词有哪些？Stop 词即为“禁用词” ，是检索中的无效词汇常见 Stop 词有 a, about,all, almost, also, although, always, among, an, and,another, any, are, as, at, be, 简述 PubMed 高级检索的用法。PubMed 高级检索可限定检索范围，作者、通讯地址、发表日期、杂志。以作者单位（Affiliation）分别检索农科院和你所在研究所，共检索到多少文献？其中 2013 年以来发表的有多少篇？列出与你研究方向相关的前 10 篇论文目录。9) 以你研究方向和课题相关的关键词，检索 PubMed，共检索到多少篇相关文献？检索你导师或你所在实验室 2000 年以来发表的论文，列出与你研究方向相关的前 10篇论文目录。Isolated exopolysaccharides from Lactobacillus rhamnosus GG alleviated adipogenesis mediated by TLR2 in mice.Zhang Z, Zhou Z, Li Y, Zhou L, Ding Q, Xu L.Sci Rep. 2016 Oct 27;6:36083. doi: 10.1038/srep36083.PMID:27786292Secretory expression of a heterologous protein, Aiio-AIO6BS, in Bacillus subtilis via a non-classical secretion pathway.Pan X, Yang Y, Liu X, Li D, Li J, Guo X, Zhou Z.Biochem Biophys Res Commun. 2016 Sep 16;478(2):881-6. doi: 10.1016/j.bbrc.2016.08.045.PMID: 27514447 Similar articles Select item 274879406.Hexagonal NiS nanobelts as advanced cathode materials for rechargeable Al-ion batteries.Yu Z, Kang Z, Hu Z, Lu J, Zhou Z, Jiao S.Chem Commun (Camb). 2016 Aug 16;52(68):10427-30. doi: 10.1039/c6cc05974k.PMID: 27487940 Similar articles Select item 273932377.Effects of dietary live and heat-inactive bakers yeast on growth, gut health, and disease resistance of Nile tilapia under high rearing density.Ran C, Huang L, Hu J, Tacon P, He S, Li Z, Wang Y, Liu Z, Xu L, Yang Y, Zhou Z.Fish Shellfish Immunol. 2016 Sep;56:263-71. doi: 10.1016/j.fsi.2016.07.001.PMID: 27393237 Similar articles Select item 270981178.Effects of dietary Lactobacillus plantarum and AHL lactonase on the control of Aeromonas hydrophila infection in tilapia.Liu W, Ran C, Liu Z, Gao Q, Xu S, Ring E, Myklebust R, Gu Z, Zhou Z.Microbiologyopen. 2016 Aug;5(4):687-99. doi: 10.1002/mbo3.362.PMID: 27098117 Free PMC ArticleSimilar articles Select item 270804199.Dietary microbial phytase exerts mixed effects on the gut health of tilapia: a possible reason for the null