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生物专业的软件介绍三维分子类RASMOL 2.7.5观看生物分子3D微观立体结构的软件。RasTop 2.2为RasMol的图形用户界面软件，免费，简化RASMOL的使用。DS Visualizer 3.03维分子浏览工具，30天试用版， 功能也十分强大。ICM-Browser 3.7 2a3维分子浏览工具，并具有序列比对显示功能，免费推出。ActiveICM 1.1.4可在Office软件和浏览器中显示查看三维ICM分子图片文件软件。VMD 1.9用来显示生物分子的微观立体结构，更棒的功能是可以利用内建的功能，做出动画效果。CN3D 4.1See in 3D的缩写。允许你在线作为客户端可视并交互地观察NCBI Entrez数据库的立体蛋白序列。WPDB 2.2美国国家计算机科学与工程学实验室开发的基于Windows的PDB文件查询与处理分析软件。DTMM 4.2 Demo是一个简单易用的3维分子模型显示、编辑与构建程序。gopenmol 3.0是一个显示并分析分子结构及其特性，计算分子轨道、电子势的软件包。POV-Ray 3.7b38是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具。MegaPov 1.2.1 r3 是Pov-Ray非官方编译版本，三维渲染效果更好。需要安装Pov-Ray。Mol2Mol 5.6.2 Demo主要用来进行各种分子文件的转换，支持30种主要分子格式，也可以用来进行3维分子的简单显示。MolPOV 2.0.8MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具。PovChem 2.1.1免费软件，注册码：APyUrblJnYZr，将PDB格式分子文件转化为POV格式，再使用POV-Ray v3.1g进行3D加工。ORTEP-III 2.02 用来生成分子的热椭圆形点图。PWT(PLATON for Windows Taskbar) 1.15PLATON是通用结晶学软件工具。Mage 6.47读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。Prekin 6.42将PDB格式文件转换为对应的kinemage格式的专用软件。KiNG 2.17(Kinemage, Next Generation)的缩写。三维分子Kinemage的显示软件。Swiss-PdbViewer 4.01是一个界面非常友好的同时分析几个蛋白PDB文件。StrukEd Demo化学分子编辑与三维模型生成软件StrukEd Demo。JMVC 4 041122版Java3D Molecular Visualisation System 的缩写，使用JAVA技术编写的三维分子查看器。Re_View 1.0 为读取及分析XYZ格式三维分子文件的软件。Oscail X 2010用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包。Moilin X 2010分子构建与观察软件，是Tinker软件的Windows界面程序。Tinker 5.1为DOS下的分子设计建模软件，可使用许多常用参数集。Biodesigner 0.75免费的分子建模与显示软件，支持多种三维分子格式。MoluCAD 1.034 Demo分子建模与显示工具软件演示版。Qmol 4.01含源代码。一个基于OpenGL的三维分子显示软件。Protein Explorer 2.80显示蛋白和核酸等大分子三维结构的免费浏览器插件，是RASMOL衍生出的软件，速度快。Chimera 1.5.3免费的交互式分子模型显示程序。Jmol 12.0.12java语言写成的开放源代码的免费三维分子显示程序。Ramachandran Plot Explorer 1.0 蛋白分子显示软件。ProteinScope LE 1.0.5免费PDB蛋白三维显示软件，需要系统支持 DirectX 9.0b。CHIME 2.6 SP8IE与NetScape浏览器插件,安装后,可以直接用浏览器观看PDB格式的文件。YASARA View 9.11.22是免费分子显示软。NOC 3.01免费的蛋白3维结构构建、显示、分析软件。3DNA 1.5分析、构建、显示核酸三维结构的软件。软件需要Cygwin环境。ArgusLab 4.0.1分子构型、绘图和药物设计软件。CueMol 1.1.0.196免费的分子结构显示和三维渲染软件。jimp 2 0.091显示三维分子软件。SweetMollyGrace 1.3三维分子渲染与动画软件。可读取各种三维格式的文件。Facio 14.3.1三维分子建模、显示与量子化学计算程序。VEGA ZZ 2.3.2支持多种三维格式并可进行显示、计算、分析的免费软件。GDIS 0.90三维分子显示软件。PDBlib 2.2显示PDB文件的C+库，可用于编程。Ascalaph 1.7.7 Demo 三维分子显示软件 和分子设计建模软件。QuteMol 0.4.1开源的三维分子显示软件。BALLView 2.0-r1分子三维建模、显示软件bioeditor 1.6.1BioViewer 1.5.7三维分子结构编辑软件和三维分子结构显示软件ProteinShader beta 0.9.4蛋白三维分子显示渲染工具 PDB Editor 090203界面友好的PDB文件编辑器Zodiac 0.65用于药物设计的分子三维建模软件包mmPDBViewer 2009.3.20.4 PDB分子三维显示软件 Avogadro 1.0.1免费三维分子编辑器 。 Bioclipse 2.4.0生物信息学分子显示平台。 ANTHEPROT 3D 1.0.162蛋白三维结构查看软件 。 Chemis3D 2.89b三维分子网页显示Java小程序。 Chemitorium 3.0三维分子分析与现实工具软件。 LigandScout 3.01用三维模型高分子 / 配合物构建药效团模型结构数据工具软件。 AutoDock 4.2.3小分子三维建模软件 。 Benchware 3D Explorer 2.6三维分子显示分析软件。 PyRx 0.7三维分子药物辅助设计软件。 VisProt3DS 2.0观察蛋白质和DNA分子PDB结构软件 。 OpenAstexViewer 3.0三维显示Java插件。COSMOS 5.0 PRO trial COSMOS Viewer 3.0三维分子分析、建模、显示软件。免费的三维显示软件。MOIL 11.0.478免费分子模型建模软件。MMV 2.0.0免费跨平台三维分子显示软件。OpenMM 2.0分子三维建模程序库。DNA分析类jambw 1.1 一个分子生物学软件包。AnnHyb v.4.943DNA工具软件。ChromasPro 2.33可打开ABI格式序列文件。DnaSP 5.10.01基因多态性分析软件，输入比对后的DNA序列文件，进行基因多态性分析。DFW 2.51 trailDNA for Windows的缩写，是一个易于使用的DNA分析软件，主要用于小规模序列分析。注册费50英镑。Artemis R12Artemis是a DNA sequence viewer and annotation tool的缩写，为一个免费的DNA序列查看器与注释工具。ACT R9.05是Artemis Comparison Tool的缩写，DNA序列比较查看器。GDA 1.1GDA为(Genetic Data Analysis)的缩写，用来进行不连续基因数据的统计分析。Sequencher 4.10.1 Demo序列拼接软件，还具有ORF分析、蛋白翻译、酶切位点作图、杂合子识别等分析功能。价格单机版3350美元。MeltCalc 免费简易版MeltCalc 2.0 6天限时专业版自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件。注册费140欧元。GenomePixelizer 2003.10.1版显示基因组中重复基因与基因簇成员之间的相互关系的软件。GenescanView1.2 4GenescanView1.2 8查看基因扫描（genescan）格式.fsa文件并计算峰大小的小软件。Sequin 10.00S用来向三大核酸数据库GenBank, EMBL, DDBJ 查询与提交序列数据。Gene Construction Kit 3.0.4 Demo管理并显示克隆策略中的分子构建过程，包括分子构建，电泳条带。另外，还可以质粒作图（有序列没序列均可）。GenomeComp 1.3中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具。Apollo 1.11.6Java语言开发的基因组注释显示编辑软件。SNPHunter 1.75SNP（单核苷酸多态性）查找软件。SSRHunter 1.3SSR（Simple Sequence Repeat，即简单序列重复，又称微卫星DNA）位点查找软件。iCE 3.5Java语言编写的显示基因指纹图及相关数据的软件。MB6.84免费的DNA分析软件。FinchTV 1.4免费的DNA图谱分析软件。Sequence Scanner v1.0显示分析ABI基因分析仪DNA图谱数据软件。CodonCode Aligner 3.7.1DNA测序trace图编辑、突变分析、contig编辑、序列拼接软件。WinGene 2.31分析核酸序列的多用工具软件。BioLign 4.0.6免费序列拼接软件。PIC_Calc 0.6多态信息含量计算程序。SequenceViewer 1.0DNA序列图形显示软件；SERIAL CLONER 2.1 DNA序列分析工具软件Xplorer 2.4.2DNA图谱查看分析软件DNA Counter v1.0.2统计DNA序列各核苷酸百分比软件。Chromatogram Explorer 3.0显示、处理序列层析图谱文件软件。NSA 3.3核酸序列分析软件YCDMA 3.1.1管理微卫星数据的软件。G-InforBIO V1.90基因组数据建库与分析软件IGB 6.3基因组显示软件goldMINER 2.0.27根据蛋白功能分类数据库对基因序列进行功能注释与分类软件DNA Master 5.1免费DNA编辑分析软件DNAPlotter 1.4 环形与线型DNA序列、基因组图形显示软件AssociationViewer 2.0 基因序列SNPs查看显示软件gbench 2.2.2NCBI开发的分析序列数据软件平台LocalMotif 1.0查找分析DNA序列Motif软件 RepeatAround 2.1在基因组中查找重复(同向、反向、镜像、互补重复)序列的工具软件DNAux 3.0DNA序列分析辅助软件 DNA Baser 2.91DNA序列装配、分析、格式转换软件Seqool 10.05.2008免费核酸序列分析工具。DNA Dragon 1.0.5DNA序列装配软件。CisGenome Browser 1.2基因组数据显示软件。PriorsEditor 1.0.10dna序列调控区和转录因子结合位点分析软件平台。Savant 1.3.2.2适用于高通量测序数据的基因组浏览器。BiQ Analyzer 2.0DNA甲基化分析软件。DNAmend 1.02A简单的对DNA序列进行操作的软件。BQGB 090528Berkeley定量基因组浏览器。RNA分析类RNA draw 1.1 bRNA draw 1.1b2 RNA二级结构分析软件。RNAstructure 5.2Unix平台软件mfold的for Windows版本。RnaViz 2.0界面友好的RNA二级结构图绘制程序。可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构。loopDloop 2.07bJava语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。Circles 0.1.1使用比较的方法分析RNA二级结构软件，并以标准格式输出预测的二级结构。SStructView 1.2用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件。Vienna RNA Package 1.8.1维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包。XRNA 1.2.0b基于java的生成、显示、注释RNA二级结构的软件，可很容易地编辑、修改、生成发表质量的RNA二级结构图。PseudoViewer 3 2.5RNA二级结构显示软件。OligoEngine 2.0 RNAi设计软件。KineViewer查看RNA折叠在线预测工具KineFold结果的软件。pknotsRG 1.3预测RNA二级结构软件，包括pseudoknots（假扭结）结构。RNAshapes 2.1.6分析RNA二级结构软件。miRanda 201008查找基因组中潜在的RNA位点软件。软件运行需要安装JAVA运行环境。RNAz 1.0 预测结构保守热稳定RNA结构，可用于基因组中筛查功能RNA结构等等。RnaFamilyjava编写的用于显示一个RNA分子族的所有二级结构小软件。RNApasta 1.6Java语言所写的比对和结构注释RNA序列统计分析工具。CLC RNA Workbench 4.4分析RNA序列的综合工具。RnaDv 1_0RNA二级结构显示软件RNA Baser2.77.2RNA序列分析工具软件Assemble 1.0构建和研究RNA结构的图形软件VARNA 3.6RNA二级结构显示插件nocoRNAc 1.2非编码RNA鉴定软件 以上软件，除特别注明外，均在生物软件DVD光盘1中。在线工具siDirect 2.0 siRNA在线设计软件。tRNAscan-SE 1.21 在基因组数据中寻找tRNA基因的在线工具。蛋白质分析类AnthePro 6.0 蛋白序列分析软件包。PSAAM蛋白质序列分析软件包。VHMPT螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件。MPEx 3.2研究膜蛋白拓扑学结构和其它特性的JAVA软件。Osprey 1.2.0蛋白质相互作用网络可视化系统。InterViewer 4.0显示和分析蛋白交互作用软件。Fiter 1.0本免费中文软件可以对蛋白质的MALDI-TOF分析结果数据（其它数据作者未做测试）进行角蛋白、牛胰蛋白和猪胰蛋白自切峰的滤除，也可对自定义任意数据进行滤除。角蛋白、牛胰蛋白和猪胰蛋白自切峰由NCBA提供。GPMAW 9.01 DEMO蛋白质质谱与序列分析软件。STORM 1.01可以同时对蛋白序列进行BLAST/FASTA/Pfam/ProtParam分析软件。PIVOT 2.0显示蛋白交互作用图的JAVA软件。WinPep 3.01分析蛋白序列的工具软件。PAT 0.9JAVA语言写成的蛋白序列比对工具。CLC Protein Workbench 5.3 Demo蛋白序列分析软件。ProTag 1.4Office软件的插件蛋白标签软件。SubMito 1.1蛋白质亚线粒体定位预测的软件。PCS v1.3.3873已鉴别蛋白序列残基片段覆盖率软件。ProteoWizard 2.0蛋白质组学数据分析软件 。HBAT 1.1蛋白序列氢键分析工具。ProteinVis 2.1.6人类基因组蛋白序列层次聚类(hierarchical clusterings)树显示软件。ProCope 1.2 蛋白复合物预测评价软件 。PRIDE Converter 2.4.9转换蛋白质谱数据为PRIDE XML格式软件。生物教学类mmp.zip本软件将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来。linpath线性酶反应模拟软件，免费软件。protlab 3.01 用软件模拟蛋白纯化过程。molmed.zip本软件包主要用于教学，以动画、图形与文字演示生物化学的基本概念。多媒体动画教学材料以动画的形式讲述了一些专业知识。Photo光合作用教学程序，演示光合作用过程。金排生物画板 6.2专门用于编写教学文档、电子备课，课件制作及生物多媒体教学的通用工具。Virtlab 2.0用于教学目的的虚拟的分子生物学实验室软件。GENUP 5.5定量遗传学辅助教学软件，用于掌握其概念和应用。hands on genetics 12个生物教学程序。辅助学习一些基本概念。ScienceMatrix Demo细胞结构和功能教育软件，Digital Frog 2.5a数字青蛙 教学软件。CTB 2.0细胞、组织、身体动画图解软件 Molecular Genetics 3.1教学软件演示版。OnScreen DNA三维DNA展示教学程序 SAT采用dynamic programming算法的序列比对教学程序TOUR OF THE BASICS遗传学基本知识教学动画GeneExplorer 1.3基因序列表达模拟教学程序Protein Investigator 3.0.2蛋白序列二维折叠结构显示教学软件Aipotu 1.2.3模拟遗传、生化化学、分子生物学教学软件VGLII 2.1.1虚拟遗传实验室教学软件生化工程类BRD 4.0 生物反应器（发酵罐）设计软件。BioStat 4.4BioStat B发酵罐控制程序。PenSim v2.0青霉素发酵模拟软件， 通过改动初始条件和控制参数，模拟出不同的发酵结果。安装有些麻烦，注意查看软件内的README.TXT。SuperPro Designer 8b06EF源自MIT的技术，用来进行计算机辅助设计的软件包。正式版年费用5,550美元，不过有简化版，价格稍低。PCR相关NoePrimer 2.03独特的引物设计软件Primer Premier 6.0 DEMO序列分析与引物设计，非常棒的一个软件。正式版885美元。Oligo 7.41 Demo引物设计分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件。正式版1250美元。代为购买及价格。Primer DSigner 1.1免费的引物设计辅助软件，专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体，简化引物设计工作。Array Designer 4.25 DemoDNA微阵列（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。正式版4885美元。Beacon Designer 7.90 Demo实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )及TaqMan探针设计软件。NetPrimerJAVA语言写成的免费引物设计软件，用IE打开运行。TGGE-STARDOS软件，PCR结合梯度凝胶电泳实验引物设计软件。e-PCR 2.3.9 电子克隆是一种电脑软件，用来识别DNA序列标签位点（STSs)。FastPCR 6.0.165b2快速设计各种类型PCR引物，还包括一些常用的DNA与蛋白序列软件工具；OligoMaster 1.0.164多用户寡核苷酸管理软件，可建立寡核苷酸数据库PerlPrimer v1.1.19一个免费的用来设计引物的开源软件。AmplifX 1.5.4设计与管理引物的软件。AutoDimer 1.0快速筛选二聚体引物软件。MutaPrimer 1.00用于定点突变的引物设计桌面工具软件ORFprimer 1.6.4.1JAVA语言设计的引物设计软件Primer Primer 5.6.0Flash制作的PCR引物设计软件。PCR Analyzer 1.0 实时RT-PCR反应中估算初始扩增子浓度软件Methyl Primer Express 1.0 甲基化研究引物设计软件在线工具DNAWorks 3.0 是一个帮助进行基因合成的设计寡核苷酸序列的免费程序。 程序仅需要输入一些简单的信息，比如，目标蛋白的氨基酸序列及合成核酸序列的温度。程序输出的为适合所选择生物表达的优化密码子的核酸序列。利用DNAWorks的帮助，用两步PCR法，可以成功合成长度达到3000碱基对的基因。原始网站。The Primer Generator在线引物设计程序。Primer 3比较有名的在线引物设计程序。Primo Pro 3.4在线PCR引物设计java系列软件。Web Primer斯坦福大学提供的在线引物设计软件。AutoPrime快速设计真核表达实时定量PCR引物在线软件。序列格式转换SeqCorator 2.03编辑各种可供发表文章用的序列展示格式软件。vised11.exeVisual Sequence Editor 1.1 序列输入分析和格式转换软件。ForCon 1.0核酸与蛋白质不同序列格式文件的转换软件，可双向转换各种常见的多序列格式文件。SeqVerter 2.0.4.3一个序列格式转换软件。GeneStudio Pro 2.1.2.4序列格式显示、编辑与转换工具软件，与上一个软件为同一个公司编制，可以免费使用60天。FASTA/BLAST SCAN 2.3FASTA/BLAST SCAN是一个补充程序，用来对FASTA与BLAST查询输出的文件进行处理，并以Pearson 格式输出序列文件。RevComp 2.4序列格式转换软件，获得DNA序列的互补序列并保存为文本格式。BioCocoa 2.2.2提供给软件开发者Objective-C语言的各种序列格式的读写支持模块，极大方便生物信息学软件开发。DNACompress免费的DNA序列压缩软件。Readseq 2.1.27序列编辑与格式转换软件，JAVA语言编写。ETSToolsEST数据库建立系统辅助软件。 大规模地将原始序列转换为 FASTA 格式，将 Blast 软件分析结果中大量的基因注释项提取出来，将目标序列从序列库中提取出来等功能的软件。XML2PDBXML格式3维分子文件转换为PDB格式文件的软件。DNAsmac 2.0.2.6序列管理与格式转换软件；DataConvert 1.0序列格式转换软件软件。Fasta2MultiFasta v08.10.31multi-FASTA to FASTA converter 1.0将多个单序列fasta格式文件合并为多序列fasta格式文件软件。将多序列FASTA格式文件转换为单序列fasta格式文件软件。abi2xml 1.2将ABI格式的DNA序列文件转化为XML格式文件的软件 。 ABI to FASTA converter 1.1.2ABI转换为FASTA格式软件。GenBank to FASTA converter 08.11.1将GenBank格式文件转换为FASTA格式文件软件。Convertrix 1.0DNA序列格式批量转换软件。专业电子书以下内容均加入到生物软件光盘中。美国化学文摘查阅法彭海卿1978年编，较老，但仍然有参考价值。化学工程手册生化工程/生物化工包括生物学概念、生物反应器、产物提取、过程模拟等。MIT的生物学超文本格式电子书MIT的英文生物学图文并茂的电子书。生物学教科书英文。又一本图文并茂的超文本生物学教科书。分子遗传学基础读本美国Human Genome Management Information System - Oak Ridge National Laboratory)所著。NetBiochem尤他大学编制的网上生物化学教材。生物物理学在线读本包括生物能学与光合作用、通道、受体与运输体、等章。分子生物学实验室实验手册澳大利亚墨尔本大学的分子生物学实验室实验手册。分子生物学网书图文并茂，内容全面。Biocomputing德国University of Bielefeld生物计算超文本教科书。Gene TherapyPrinciples and Applications 99年版的Gene TherapyPrinciples and Applications 基因治疗原理与应用。分子克隆实验指南（第二版）1062页的经典图书，需要安装超星图书阅览器才能查看。生物学思想发展的历史译自THE GROWTH OF BIOLOGICAL THOUGHT DIVERSITY EVOLUTION AND INHERITANCE。物种起源达尔文的惊世名著中译本。Origin of SpeciesCHARLES DARWIN英文原著，PDF格式。Alkami Quick Guide for PCRPCR实验的实验室参考手册，共计158页，PDF格式，可供实验室参考。Monoclonal Antibody Production单克隆抗体的生产，1999年出版,共计60余页，GIF格式。生物统计学作者：李春喜 王文林 页数：264 。生物化学第二版作者：沈同 王镜岩 赵邦悌等。自私的基因Win98的CHM帮助格式，R.道金斯所著，中译本。解密生命作者：周祥，生物科普读物，从细胞到基因直到基因芯片。基因的革命作者：白玄等。A Guide to Structure Prediction 蛋白质三维结构预测指导书第二版。understanding gene testing基因测试的理解。Genome基因组，1999出版的新书，388页，17美元。分子生物学理论西安四军大编著的中文电子书，附图。基因21世纪21世纪可以说是基因的世纪。细胞生物学考研常用的参考书（汪堃仁 薛绍白 柳惠图）。工业微生物全面地论述了工业微生物学的基本理论、方法及其在工业上的应用。Cracking the GRE Biology3rd editionGIF格式，包括重点复习、例题、模拟试卷与讲解。Serial Analysis of Gene Expression Detailed Protocol均为讲述基因表达连续分析的文章。To Know Ourselves (1996)人类基因组计划基础科学概述，PDF格式。Your Genes, Your Choices描述了人类基因组计划。ISMB 2000 Tutorial on Protein Evolution and Protein Sequence ComparisonPDF格式，蛋白序列比较与蛋白进化教程。基因工程概论包括一 概述 二 DNA体外重组 三 载体 四 转化与扩增 五 筛选与鉴定 六 构建与开发 七 高等植物基因工程 八 高等动物基因工程 九 蛋白质工程。医学生实习指南奉献给广大实习医生的一部专门的指导性资料。高等学校教材 微生物学教程 高等教育出版社（93年） 周德庆，PDF格式。409页。Molecular Biology in Marine Science(海洋科学中的分子生物学)，GIF格式。Genetics - The Future of Medicine （遗传学药学的未来）。Blotting, Hybridization & Detection: An S&S Laboratory Manual免疫印迹、杂交和检测实验手册。细胞叛逆者说明癌症的发生是人体内外多因素共同作用的低概率事件法。生命问题 现代生物学思想评价作者：路德维希冯贝塔朗菲 吴小江 译 金吾伦 校 。APPLIED MOLECULAR BIOLOGY BEGINNING LABORATORY MANUAL分子生物学实验室手册。Exploring the Cell细胞探索，探索细胞内的奥秘。生命大解密“人类基因组计划”。GUIDELINES FOR SAFE LABORATORY PRACTICES 耶鲁大学化学实验室安全手册，PDF格式。Laboratory Safety Manual德克萨斯大学实验室安全手册，PDF格式。Unbounding the Future: the Nanotechnology Revolution 纳米技术革命，WORD格式，ZIP压缩。Engines of Creation:The Coming Era of Nanotechnology即将来临的纳米技术时代。Cell Biology细胞生物学网书，可以用来作教学参考。生物信息学- 基因和蛋白质分析的实用指南该书原名Bioinformatics-A Practical Guide to the Analysis of Genes & Prot