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毕业设计外文资料翻译题 目 山东省统计学会官方网站的设计与实现 学 院 XX 专 业 XX 班 级 XX 学 生 XX 学 号 XX 指导教师 XX 二一年 六 月 五 日- 6 -可扩展的开放源码内容管理系统和框架：一组生物信息学解决方案Sean D. Mooney and Peter H 摘要A common challenge for bioinformaticians, in either academic 这是一个为生物信息学家的学术或行业实验室环境提出的共同的挑战，它提供了一套基于B/S的解决方案。近日，开源社区开始开发建设和维护Web应用程序的许多学科的工具。这些内容管理系统（CMS）提供的一组信息学的许多基本需要，无论是小公司，在一个更大的组织或一个学术实验室小组。这些管理软件开发，网站开发，文档开发，课程开发，数据集，协作和客户工具的帮助。由于这些工具有不少是扩展的，他们可以开发，以支持诸如处理大型数据集或部署bioanalytic生物医学等研究工具的具体活动。在这个开放源码的审查网站管理工具，内容管理系统的基本特征进行了讨论随着常用的开源软件。此外，他们在生物医学研究中使用的一些实例。Keywords: content management system, CMS, laboratory information management system, LIMS, website design, data management, open source software 关键词：内容管理系统，CMS，实验室信息管理系统，LIMS，网站设计，数据管理，开放源码软件 INTRODUCTION 引言 In general, content一般而言，用内容管理系统（CMS）的软件工具来管理网页和网站。我们的社会的对CMS工具的想法，他们往往认为，如维基的mediawiki。事实上，社区驱动的数据库注释的使用已吸引了许多科学的兴趣。但是，也有许多开源工具，交换内容，发展社区推动知识和维护网站。这些系统提供了一个有用的工具和插件，可以解决几乎所有的管理任务繁多。选择其他的许多此前已书面审查，在这里我们提供一个在内容管理系统如何可用于促进生物医学研究人员的最新审查工作的重点。 The content in CMS is defined rather loosely;在CMS内容的界定比较松散，但是，大部分系统作为例子，考虑以下各项内容：传统的网页，维基，论坛，社交网络，项目管理，文档管理和组（表1）。一个特别有用的流行的开源CMS的工具方面是他们的可扩展和模块化设计，新内容的能力的发展允许。这种特性使网络编程知识群体与发展，而不必维持基本的网络架构，其群体定制应用。 Table 1: Types of CMS 表1：CMS类型 Description 描述 Document management systems 文件管理系统 Management of documents, often includes version control 文件管理，通常包括版本控制 Groupware 群件 Tools for managing collaborative projects in groups or teams. 工具管理或团队的协作项目组。 Can include mailing lists, calendars, contact lists and group-based content access control 可以包括邮件列表，日历，联系人名单和基于组的内容访问控制 Blogs 博客 Published text that commonly becomes the root of a discussion thread 发布的文本通常成为线程根讨论 Forums 论坛 Discussion thread management 线程管理的探讨 e-Commerce 电子商务 Management of online sales and customers 在线销售管理和客户 e-Learning 电子学习 Management of curriculum materials and courses, often called learning management systems (LMS) 课程管理和课程材料，通常被称为学习管理系统（LMS） Image galleries 图像画廊 Management of image galleries 管理图像画廊 Wikis 维基 Collaboratively developed webpages and related content 合作开发的网页和相关内容 Portals 门户网站 Traditional CMS tools that manage basic web portals, and often support some of the features above 传统合作医疗管理的基本工具，门户网站，并往往支持一些特点上述 This is a list of the most commonly used CMS applications or stand-alone tools One of the benefits of CMS tools is that they facilitate website CMS工具的好处之一是，他们的网站和内容维护方便，允许在发展集团放到实际的科学发展their needs更加努力，而不是在虚拟（认证，授权等）行政需要。虽然内容管理系统提供了简化行政和系统的一些任务的免维护发展水平，他们不是没有警告和多种选择可以选择一个CMS困难。这进一步复杂化，这些系统的安全性并不总是最多的生物医学研究组组所需的信息，以便选择之前必须先了解一个系统的安全水平。 These tools are increasingly being used in biomedical research 这些工具越来越多地被用在生物医学研究环境作为这两个应用程序来管理数据和科研实验室管理公司内网系统，如会议和文件的需要。生物信息学服务提供者可以发现，合作医疗可以提供一个有吸引力的替代种植自己在家中或使用昂贵的网络基础设施的实验室信息管理系统（LIMS系统）。Popular open source CMS programming languages and software流行的开源CMS的编程语言和软件这里讨论的最低级的解决方案是内容管理框架（CMF）。这些通常是一个扩展的编程语言和网站开发一个应用程序编程接口（API）。 CMF一般是数据库驱动，可以提供任何CMS的功能高效发展。 CMF的是一个常用的Zope（/），例如成立一个开源的Python编程语言和Zope的公共许可证的基础。 Zope提供了强大的API，它已被作为完整的CMS应用，包括Plone中（如下所述）的基础。 Ruby on Rails的（/）是另一种工具，像Zope的，是一个开放源码（在MIT许可和红宝石许可证计算）的网络门户和内容管理应用的开发CMF的。另一个框架，Struts2的（/），是得益于前两个框架的合并，现在最近由Apache软件基金会管理。这个Java为基础的框架汇集了其前辈最好的：WebWork和Struts的。 CakePHP的（/）是另一种选择是为PHP开发人员有用。有许多可用的Web框架，一个比较可以在维基百科（/wiki/Comparison_of_web_application_frameworks）。A higher level approach appropriate for non-developers and those 较高水平的方法是针对非开发适当和那些愿意延长现有的全面的系统是一个CMS应用程序。这些都是一般的全功能，并易于使用的基于Web的安装程序。与现有的Apache Web服务器，MySQL数据库和超级用户访问，提交人可以安装这些系统的几个，每个不到一小时的时间。最简单的CMS应用是单一的，完整的和基于网络的，如维基和博客。这些工具是非常科学和学术环境有益的，但可能与其他内容管理系统的应用缺乏互操作性。这些应用的一个重要群体是文档管理系统（DMS），提供基于Web的文档管理。 KnowledgeTree（韩国电信，/）是一个文件管理工具，具有版本控制功能类似CVS的代码管理工具（/cvs/）和易于使用的网络接口。根据KnowledgeTree牌照许可，它是开源的，但对于网络的布局，包括强制性的使用和标识及版权声明几个位置的要求。 KT公司的最有用的功能之一是它能够申请的工作流程。这些工作流程能够对文件和转换文件，确定如何通过创建国家移动状态。国家可以控制的权限和行动可以被定义适用于外部开发插件。工作流程可以用来方便地对文件的审查，出版的地位，甚至同一个外部应用程序的帮助下，数据分析。另一个非常流行的开源工具的mediawiki（/wiki/MediaWiki），是仅次于著名的维基百科（/）基于PHP的软件。的mediawiki提供了易于管理的，社区驱动的网页内容。的mediawiki网站不一定要公开的信息;与插件，组级访问控制可用。这些工具都很受欢迎，值得如此受欢迎。内容管理系统新一轮的发展都集中在可扩展性提供了基础，提供了互操作性框架的工具的功能上面。对于用户来说，这意味着维基网页，博客帖子，和组日历可以紧密集成。几种常用的工具是这里描述的，这些都为2006年年底Packt开源CMS大奖（/award决赛）。一般来说，这些工具各有半自动化安装脚本，使得安装非常容易。要安装下列工具之一，压缩的源文件到一个网页上的活树目录压缩，权限设置，使这些页面由Web浏览器写入浏览器后，引导到目录您按照说明操作。网页的权限可能需要重新设置和安装材料可能需要被删除。Drupal的（/）是目前最流行的开源CMS的工具之一。经常为社区驱动的网站使用，它运行网站等大众媒体作为的洋葱（/）和不是它酷新闻（/） 。像许多其他项目，Drupal是建立在Apache，MySQL和PHP和可扩展使用模块。独特的和有用的模块，可数百，使它非常灵活。树是一个模块在Drupal网站（/project/Modules可用）。的Xoops（/）Drupal的一样，是建基于PHP和MySQL的GPL许可下。它的名字是一个缩写，代表可扩展的面向对象门户系统。 XOOPS的很好的支持，但也有少比为Drupal模块可用。 e107（）是另一个开源CMS的授权下在PHP的GPL和发展。模块被称为插件，这似乎已经对这里讨论的所有工具插件最少数目。 Plone中（/）是建立在前面描述的CMF的，Zope的。 Plone中有许多插件，是衍生工具，包括几个开放式的教育课件管理系统，eduCommons（/projects/educommons/）的基础。 Joomla（/），在2006年年底Packt不育系奖得主，是另一个开源CMS的后裔：曼波。 Joomla支持模块，叫做插件，可以在PHP开发，并已自动化元件，模块和软件包安装脚本，使合作医疗管理的网页完全驱动。根据我们的经验，有良好的Drupal和Joomla是一个值得支持和解决方案，一组用PHP的经验，同时具有良好的Plone适合Python的经验群体。电子学习或学习管理系统（LMS）的工具的开发和课程的教学。学习管理系统的应用管理，课程管理，所有相关课程的内容。一种流行的开源工具，用于这个目的是Moodle（/），一GPL授权的课程管理系统在Linux，Apache和PHP的基础。 Moodle支持活动单元和资源来建设课程。活动包括论坛和聊天室，作业，测验，问卷调查等。资源是内容对象的一门课程，包括文本或网页和外部的联系。 Moodle是很好的支持与（根据他们的网站），超过150万名注册用户，2200多万个和160个国家75种语言的网站。另一个常用的，显着工具的ATutor（http:/www.atutor.ca/），一GPL授权的LMS即再次，基于PHP和MySQL。顺便说，值得注意的是，它的主要工具企业提供的LMS，黑板，对许多方面的LMS工具专利。他们最近承诺不执行其专利对开源项目的LMS（/）。有这么多的选择等许多独特的问题需要解决，这是很难选择一个应用程序，尤其是当多个选项中的首选编程语言存在不育系恰当。表2总结了开放源码的内容描述在这里系统。表2：常用开源网站和内容管理工具列出其网页工具类型的网址工具类型网址ZopeCMF/Ruby on RailsCMF/CakePHPCMF/MediaWikiWiki/wiki/MediaWikiKnowledgeTreeDMS/DrupalCMS/JoomlaCMS/e107CMS/XoopsCMS/PloneCMS/Moodlee-Learning/ATutore-Learninghttp:/www.atutor.ca/eduCommonse-Learning/projects/educommons/CMS越来越广泛地使用在管理网页内容。这些工具提供了基于网络的工具，更易于管理，更可扩展平台的建设，超过传统的家庭建造的网络工具灵活。这是难以作出建议，其工具是最好的，或某个应用的最有用的。一个用户的开发语言和平台的偏好通常是最大的决定因素，其中的工具来使用。如果组是在Python编程语言的经验，Zope的似乎是一个从头开发一个应用程序很好的选择，而Plone的将是扩展现有不育系有用。如果组是在PHP中，经验丰富的Drupal或Joomla是很好的支持，并积极的社区。此外，Ruby on Rails是一个很好的支持，并活跃的社区。对于具体的应用，KnowledgeTree是一个杰出的管理事务司，MediaWiki是一个优秀，良好支持维基工具，Moodle是一个互相支持的电子学习工具。所有这些都是建立在PHP中。我们希望，这引进提供了最流行的CMS工具有用的概述，描述了他们的共同特点，并提出了一些的CMS可以在生物医学研究的应用途径。如果我们的社会将支持研究人员的一个或几个良好支持CMS的工具，以造福社会的发展将是很大的扩展，并降低成本和开发Web应用程序所需的时间。B y x yu li yu gungfn d shyng zi gunl wngy nirng. Zhxi gngj tgng le jy wnglu de gngj, gng yy gunl, gng k kuzhn pngti de jinsh, chogu chuntng de jitng jinzo de wnglu gngj lnghu. Zh sh nny zuch jiny, q gngj sh zu ho de, hu mu g yngyng de zu yuyng de. Yg yngh de kif yyn h pngti de pinho tngchng sh zud de judng yns, qzhng de gngj li shyng. Rgu z sh zi Python binchng yyn de jngyn,Zope de sh sh yg cngtu kif yg yngyng chngx hn ho de xunz, r Plone de jing sh kuzhn xin yu b y x yuyng. Rgu z sh zi PHP zhng, jngyn fngf de Drupal hu Joomla sh hn ho de zhch, bng jj de shq. Cwi,Ruby on Rails sh yg hn ho de zhch, bng huyu de shq. Duy jt de yngyng,KnowledgeTree sh yg jich de gunl shw s,MediaWiki sh yg yuxi, lingho zhch wij gngj,Moodle sh yg hxing zhch de dinz xux gngj. Suyu zhxi du sh jinl zi PHP zhng. Wmen xwng, zh ynjn tgng le zu lixng de CMS gngj yuyng de gish, miosh le tmen de gngtng tdin, bng tch le yxi de CMS ky zi shngw yxu ynji de yngyng tjng. Rgu wmen de shhu jing zhch ynji rnyun de yg hu j g lingho zhch CMS de gngj, y zof shhu de f zhn jing sh hn d de kuzhn, bng jingd chngbn h kif Web yngyng chngx su x de shjin.致谢肖恩四穆尼，是医学博士和分子遗传学的计算生物学和生物信息学中心助理教授，印第安纳大学医学院。他的研究兴趣集中于发展生物信息学方法对了解人类疾病的分子原因。 张学良Bae