MS中各种操作

X Y平面内平移选定的对象 SHIFT 鼠标中间拖动 X Y平面内平移选定的对象 SHIFT ALT 鼠标右键拖动 相对屏幕水平移动选定对象 SHIFT X 鼠标中间拖动 相对屏幕竖直移动选定对象 SHIFT Y 鼠标中间拖动 相对屏幕垂直移动选定对象 SHIFT Z 鼠标中间拖动 相对屏幕水平移动选定对象 SHIFT ALT 鼠标水平移动 相对屏幕竖直移动选定对象 SHIFT ALT 鼠标竖直移动 相对屏幕垂直移动选定对象 SHIFT ALT Z 鼠标移动 沿着XY轴旋转选定对象 SHIFT 鼠标右键在靠近窗口中央拖动 沿着Z轴旋转选定对象 SHIFT 鼠标右键窗口边缘拖动 绕X轴旋转选定对象 SHIFT X 鼠标右键拖动 Rotate selected objects about Y SHIFT Y 鼠标右键拖动 Rotate selected objects about Z SHIFT Z 鼠标右键拖动 开始添加原子 空白处单击鼠标 在已有原子上再加原子 在原子上单击 创建化学键 先后单击这两个原子 XY 方向平移原子 单击原子并拖动 合并两个原子 把一个拖到另一个上 移动已画原子 鼠标拖动它 前后移动已画的原子 ALT 鼠标左键拖动 改变已画化学键的长度 SHIFT ALT 鼠标左键拖动 添加原子并停止草画 左键双击 停止草画 ESC 停止草画 单击活动窗口以外地方 改变化学键的数目 单击化学键 在化学键中插入原子 ALT 单击化学键 替换元素 ALT 单击原子 画原子团片断 功能 按键 建立独立原子团 空白处单击 向原子上添加原子团 单击头上的原子 添加原子团并旋转 在头上原子单击并拖动 结合两个原子团片断 ALT 分别单击两个原子团头上的原子 改变原子团结合点 双击原子团头上的原子 建模时加入杂原子的方法 方法一 用鼠标点上将要被取代得原子 点上后原子颜色将变成黄色 在窗口的右边 属性栏中 将会显示这个原子的相关属性 并告诉你这个原子的元素种类 比方是Al 吧 然后点这个元素种类Al 将出现一个元素周期表 选择你要掺杂得原子 确定就可以了 方法二 建立完没有掺杂的晶胞后 选supercell 然后再选择要替换的原子 进行掺杂 如 果不把晶胞的对称性改为supercell就不能改变其中的一个原子 而是由于对称性把同一元 素的所以原子改变了 采用DMOL3建模的基本步骤 第一种情况 从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞打开MS 由 file import structures metals pure metals Fe导入Fe的晶胞 由build Surfaces cleave Surfaces打开对话框 在对话框中输入要建立的晶面 hkl 选择 position 其 中depth 控制晶面层数 进入build Supercell 输入A B C的值 得到想要的超晶胞 到该步骤 我们已经建立了一个周期性的超晶胞 如果要做周期性计算 则应选择 build Crystals build vaccum slab 其中真空层通常选择10 埃以上 如果建立团簇模型 则选择build Symmetry Non periodicStructure 去掉模型的周期性 并跟据自己的实际 需要删除部分原子 得到想要的团簇模型 在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标 添加即可 第二种情况 手动建模 优点是可控制晶格常数 首先从文献中查到晶体的晶格常数的 实验值 打开build Crystals buildcrystals 可见到对话框 在对话框中选择空间群与 点群 然后在Lattice Parameter中设置晶胞基矢的长度及夹角 然后打开build Add atom 从对话框中输入坐标 这里只需输入几个有代表性的原子的坐标 不必全部输入 在坐标输入前首先在option页面中选择coordinate system 或者分数坐标或者卡迪尔坐标 以下步骤重复2 5步 需要注意的是 采取什么样的团簇并不是任意的 原因是很多模型构 造出来后在优化过程中往往不收敛 要避免这个问题的办法是查阅文献 参考文献上模型 进行选取 因为它们的模型通常是经过试验证实收敛的 关于计算参数设置 1 主要有几个参数需要注意 对于Electronic 页面 需要注意的是Coretreatment 对于 过渡金属原子通常需要考虑相对论效应 因此一般不使用AllElectron方法 其他几种方法 任选 Basis set 应为DNP Setup下的Quality一般选fine 为了提高计算速度 一个较好 的办法是先用粗糙的Basis set 和Quality进行优化 然后再提高精度 2 还