高通量测序在医学中的应用百迈客.ppt

高通量测序在医学研究中的应用 传统研究思路的局限 猜想式的研究 需要大量先期知识只能研究已知位点结果评估容易受预判影响 高通量测序技术带来新的思路 基因变异 基因 基因变异 全基因组重测序 检测全基因组范围内所有突变类型 基因突变 外显子组测序 Whole exomesequencingofgallbladdercarcinomaidentifiesrecurrentmutationsintheErbBpathway 材料与方法 57对胆囊癌患者的癌组织和相应的癌旁正常组织 外显子组测序 Illumina测序平台 案例分析 胆囊癌相关基因变异及其致病机理 TP53 ERBB3基因在胆囊癌病人中出现C T碱基的高频颠换 颠换率分别为47 1 11 8 胆囊癌ErbB信号通路 Loss of FunctionMutationsinAPOC3 Triglycerides andCoronaryDisease 材料与方法 57对胆囊癌患者的癌组织和相应的癌旁正常组织 外显子组测序 Illumina测序平台 案例分析 胆囊癌相关基因变异及其致病机理 甲基化测序 DNA甲基化过程会将甲基 CH3 添加到DNA分子的胞嘧啶环的5 碳上 甲基化能在不改变DNA序列的前提下 使甲基化的基因沉默化 DecodingtheregulatorylandscapeofMedulloblastomausingDNAmethylationsequencing 材料与方法 34个人成神经管细胞瘤组织及8个正常组织对照 Illumina测序平台 案例分析 成神经管细胞瘤是一种高度恶性原发性脑肿瘤 整体甲基化水平 CpGs甲基化水平 Non CpGs甲基化水平 甲基化抑制基因表达 差异甲基化基因 甲基化水平的改变影响很多成神经管细胞瘤相关基因 如RUNX2 及一些新发现的基因 如LIN28b 这些甲基化水平的改变与相应基因表达水平相关 可能是肿瘤发生发展的重要原因 染色质免疫共沉淀测序 筛选调控蛋白靶位点 分析内容 靶基因注释 分析内容 High resolutionchromatinimmunoprecipitation ChIP sequencingrevealsnovelbindingtargetsandprognosticroleforSOX11inmantlecelllymphoma 材料与方法 套细胞淋巴瘤细胞株Granta 519等 套细胞淋巴瘤病人组织 正常细胞系 染色质免疫共沉淀测序 Illumina测序平台 案例分析 套细胞淋巴瘤SOX11蛋白作用 非编码RNA测序 Braveheart aLongNoncodingRNARequiredforCardiovascularLineageCommitment 研究目的 探究LongNoncodingRNA对于心血管功能的调控作用 材料与方法 对小鼠多分化阶段的胚胎干细胞与成年小鼠大脑 肝脏和骨骼肌肉组织进行长链非编码RNA测序 Illumina测序平台 案例分析 研究结果 鉴定出了47个在ESCs中高表达但在其他三种组织中中等表达的lncRNA 一种lncRNA在心脏组织中表现出高表达的现象 将其命名Braveheart 经分析bvht AK143260 是一种包含三个外显子的590nt长的转录本 Bvht在心血管基因共表达网络的激活中不可缺少 与对照组比较 沉默bvht之后0 3 6 9天后组织中表达量改变3X以上基因转录本热图 差异表达基因KEGG信号通路注释 转录组测序 具体医学研究中解决方案的选择 IlluminaHiseq2500大型测序平台 Biom