DNAStar详细中文使用说明书

Sequence Analysis Software for Macintosh and Windows GETTING STARTED Introductory Tour of the LASERGENE System MAY 2001 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 2 DNASTAR Inc 1228 South Park Street Madison Wisconsin 53715 608 258 7420 Copyright 2001 by DNASTAR Inc All rights reserved Reproduction adaptation or translation without prior written permission is prohibited except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR Inc Sixth Edition May 2001 Printed in Madison Wisconsin USA Trademark Information DNASTAR Lasergene Lasergene99 SeqEasy SeqMan SeqMan II EditSeq MegAlign GeneMan Protean MapDraw PrimerSelect GeneQuest GeneFont and the Method Curtain are trademarks or registered trademarks of DNASTAR Inc Macintosh is a trademark of Apple Computers Inc Windows is a trademark of Microsoft Corp ABI Prism 373 377 and 3700 are registered trademarks of Applera Corp ALF is a registered trademark of Pharmacia Biotech A B MacVertor and GCG are registered 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of the possibility of such damages Because some states do not allow the exclusion or limitation of liability for consequential or incidental damages the above limitations may not apply to you DNASTAR Inc reserves the right to revise this publication and to make changes to it from time to time without obligation of DNASTAR Inc to notify any person or organization of such revision or changes The screen and other illustrations in this publication are meant to be representative of those that appear on your monitor or printer L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 3 目录 在苹果机 MacintoshMacintosh 上的安装与升级 05 通过因特网升级 0606 软件安装 0707 网络安装 0808 疑难解答 1212 在PC机 Windows 上安装与升级 1717 通过因特网升级 1818 软件安装 1919 从 EditSeqEditSeq 开始 21 从 GeneQuestGeneQuest 开始 31 从 MapDrawMapDraw 开始 44 从 MegAlignMegAlign 开始 54 从 PrimerSelectPrimerSelect开始 65 从 ProteanProtean 开始 78 从 SeqManSeqMan IIII 开始 89 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 4 L A S E R G E N E f o r Wi n d o w s M a c i n t o s h DNASTA R I n c 6 0 8 2 5 8 7 4 2 0 f a x 6 0 8 2 5 8 7 4 3 9 e m a i l s u p p o r t d n a s t a r c o m L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 5 在苹果机 MacintoshMacintosh 上的安装与升级 通过因特网升级通过因特网升级 必备条件必备条件 6 6 下载升级程序下载升级程序 6 6 软件安装软件安装 必备条件必备条件 7 7 从从CD安装安装Lasergene 7 7 网络安装网络安装 必备条件必备条件 8 8 定义定义 8 8 DongleDongle安装安装 1010 服务器安装服务器安装 1010 终端机安装终端机安装 1111 疑难解答疑难解答 系统配置冲突及网络问题系统配置冲突及网络问题 1212 解决网络问题的其他工具解决网络问题的其他工具 1313 授权错误报告授权错误报告 1414 程序使用及更多的授权信息程序使用及更多的授权信息 1515 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 6 通过英特网升级 如果您以前已经安装了如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系 您而且目前有升级和服务联系 您 就可以通过英特网来升级您现有的版本 各种模块就可以通过英特网来升级您现有的版本 各种模块 module 都是都是 以自解压形式存储的 你可以选择性的下载安装 以自解压形式存储的 你可以选择性的下载安装 必备条件必备条件 您的用户名和会员号是必需的 可以在安装盘上找到 您的用户名和会员号是必需的 可以在安装盘上找到 程序升级程序升级 备份您已有的备份您已有的Lasergene 找到您要升级的程序 并把它转移到备份 找到您要升级的程序 并把它转移到备份 的文件夹中 连接到的文件夹中 连接到DNAstar网站的主页网站的主页 从菜单中的从菜单中的Customers中点击中点击Lasergene Updates点 安提示输入密点 安提示输入密 码和用户名 与会员名相同 这样就会打开下载页面 找到码和用户名 与会员名相同 这样就会打开下载页面 找到 Macintosh软件 软件 Macintosh Software 就可以下载您想要的模块 就可以下载您想要的模块 了 了 模块下载完毕以后 双击文件将其解压缩到已经安装的模块下载完毕以后 双击文件将其解压缩到已经安装的DNAstar文件文件 夹中替换旧的模块文件 夹中替换旧的模块文件 用用Macintosh Finder打开打开Lasergene浏览器 找到浏览器 找到DNAstar文件文件 夹 从夹 从FILE MENU选择选择Update Applications 然后插入安装盘 等 然后插入安装盘 等 待升级完毕 待升级完毕 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 7 软件安装 本节介绍若何从本节介绍若何从CD在苹果机 在苹果机 Macintosh 上安装 上安装Lasergene 注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行 注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行 必备条件必备条件 一张个人的一张个人的Lasergene安装盘 安装盘 一张一张Lasergene软件光碟 软件光碟 足够的硬盘空间和内存 至少足够的硬盘空间和内存 至少3030Mb的硬盘 的硬盘 32Mb的的RAM 从光盘安装从光盘安装Lasergene 插入安装盘和安装光盘 双击图标 插入安装盘和安装光盘 双击图标 则出现下面的窗口 点击则出现下面的窗口 点击 继续则出现安装窗口 继续则出现安装窗口 窗口中有两种安装选择 窗口中有两种安装选择 简易安装和一般安装 简易安装和一般安装 简易安装可以运行于简易安装可以运行于68K 68K familyfamily andand PowerPower MacintoshesMacintoshes 而一般安装可以安装工作站文件 执行文件和样品资料 我们推荐使而一般安装可以安装工作站文件 执行文件和样品资料 我们推荐使 用简易安装 如果使用一般安装可以节省用简易安装 如果使用一般安装可以节省5 5Mb的空间 的空间 注意安装完毕后 要重新启动计算机 注意安装完毕后 要重新启动计算机 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 8 网络安装 Lasergene网络系统是可以运行于局域网计算机上的软件 他有两部网络系统是可以运行于局域网计算机上的软件 他有两部 分组成 一是资料服务器 服务器要有较大的硬盘和较高的运行速度 分组成 一是资料服务器 服务器要有较大的硬盘和较高的运行速度 二是与服务器相连的终端机 后者通过一个称为二是与服务器相连的终端机 后者通过一个称为dongle的的 Lasergene硬盘设备相连进行管理 硬盘设备相连进行管理 必备条件必备条件 安装磁盘 服务器版 安装磁盘 服务器版 客户端磁盘 包括安装盘 终端版 和客户端磁盘 包括安装盘 终端版 和Disk 1 终端版 终端版 Lasergene软件光盘软件光盘 DNAstar网络用网络用dongle 盘足够的硬盘空间和内存 服务器至少盘足够的硬盘空间和内存 服务器至少3030Mb的硬盘 的硬盘 8Mb的的RAM 终端机至少终端机至少1 1Mb的硬盘 的硬盘 32Mb的的RAM 定义定义 在安装在安装Lasergene网络系统之前要熟悉以下术语 网络系统之前要熟悉以下术语 应用程序 指应用程序 指EditSeq GeneMan GeneQuest MapDraw MegAlign PrimerSelect Protean and SeqMan II 应用程序服务器 是指存储应用程序的电脑 通常与应用程序服务器 是指存储应用程序的电脑 通常与dongle服务服务 器是同一个服务器 但也可以不同 当在局部硬盘上安装网络程序器是同一个服务器 但也可以不同 当在局部硬盘上安装网络程序 时 也可以在同一个网络系统中同时存在多个不同的应用程序服务时 也可以在同一个网络系统中同时存在多个不同的应用程序服务 器 而且应用程序服务器不一定是苹果机 储存应用程序的机器也器 而且应用程序服务器不一定是苹果机 储存应用程序的机器也 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 9 不一定必须能够运行该程序 仅仅是储存而已 不一定必须能够运行该程序 仅仅是储存而已 终端机安装 又称工作站安装 安装网络版本终端机安装 又称工作站安装 安装网络版本LasergeneLasergene运行的运行的 最小软件部分 它包括以下在内 最小软件部分 它包括以下在内 LicenseKeeperLicenseKeeper NavigatorNavigator 和 和 系统资源 系统资源 终端机 这可以是任何不作为终端机 这可以是任何不作为DongleDongle ServerServer的网络上的机器 终的网络上的机器 终 端机是任何最少穿过终端机安装的机器 这样是使得端机是任何最少穿过终端机安装的机器 这样是使得LasergeneLasergene应应 用程序运行需要的最少 最低限度的软件 用程序运行需要的最少 最低限度的软件 DongleDongle DongleDongle是网络版是网络版LasergeneLasergene需要的硬件装置 每个网络系需要的硬件装置 每个网络系 统都需要单独的统都需要单独的DongleDongle dongledongle是末端上带是末端上带1 1个短的电缆的小的矩个短的电缆的小的矩 形的装置 有形的装置 有2 2不同的种类的不同的种类的donglesdongles 一种是在计算机背后可与调 一种是在计算机背后可与调 制解调器端口连起来 有制解调器端口连起来 有9 9个个pinpin插头 另一种有插头 另一种有4 4个别针阳插头 个别针阳插头 连接鼠标和键盘 连接鼠标和键盘 DongleDongle服务器 这是装有服务器 这是装有DongleDongle的机器 它肯定是最少穿过终端机的机器 它肯定是最少穿过终端机 安装的苹果计算机 这机器应该始终保持运行 安装的苹果计算机 这机器应该始终保持运行 NavigatorNavigator 是为了更简单的进行 是为了更简单的进行LasergeneLasergene应用设计的工具 在必应用设计的工具 在必 要的情况下 要的情况下 NavigatorNavigator将自动安装网络组件 而且为网络安装诊将自动安装网络组件 而且为网络安装诊 断工具 断工具 LicenseKeeperLicenseKeeper 和 和DongleDongle交流的持有人的系统扩展部分 它告诉交流的持有人的系统扩展部分 它告诉 dongledongle哪个应用被开始 这样 哪个应用被开始 这样 dongledongle才允许末个机器程序运行 才允许末个机器程序运行 服务器安装 服务器安装 指指LasergeneLasergene软件的完整安装 包括应用程序 软件的完整安装 包括应用程序 LicenseKeeperLicenseKeeper NavigatorNavigator和系统资源 和系统资源 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 10 Dongle安装安装 使使LasergeneLasergene网络版能够运行的第一个操作就是安装网络版能够运行的第一个操作就是安装dongledongle 在你安装 在你安装 之前 请检查你的之前 请检查你的dongledongle是否有是否有9 9 别针连接器 别针连接器 connector connector 或或4 4 别针别针 连接器 连接器 connector connector 关闭你打算装关闭你打算装dongledongle服务器那台苹果计算机的电源 服务器那台苹果计算机的电源 如果你的如果你的dongledongle有有9 9 别针连接器 别针连接器 connector connector 把它连接到你的计 把它连接到你的计 算机调制解调器的端口上 调制解调器端口是一个有算机调制解调器的端口上 调制解调器端口是一个有9 9个外置接口个外置接口 的设备 位于你的苹果计算机的后面的展示板上 电话听筒图标的的设备 位于你的苹果计算机的后面的展示板上 电话听筒图标的 附近 附近 如果你的如果你的dongledongle有有4 4 别针连接器 从键盘断开鼠标 把别针连接器 从键盘断开鼠标 把dongledongle接在接在 键盘上 接着 把你的鼠标接在键盘上 接着 把你的鼠标接在dongledongle上 上 重新启动苹果计算机 重新启动苹果计算机 如果你的如果你的dongledongle被接在苹果计算机上 你必须按照被接在苹果计算机上 你必须按照dongledongle服务器那服务器那 样进行软件安装 如果你打算将这机器作为文件服务器 请安服务样进行软件安装 如果你打算将这机器作为文件服务器 请安服务 器安装的方法安装 如果你不打算将这机器作为文件服务器 请安器安装的方法安装 如果你不打算将这机器作为文件服务器 请安 终端机安装的方法安装 在对终端机安装的方法安装 在对dongledongle服务器施行成功的软件安装之服务器施行成功的软件安装之 后 在启动时应该出现右面的服务器图标 后 在启动时应该出现右面的服务器图标 服务器安装 服务器安装 ServerServer InstallationInstallation 这个安装和在第这个安装和在第5 5页上所描述的软件安装过程基本相同的 由于大页上所描述的软件安装过程基本相同的 由于大 部分的网络包括机器很多的不同的种类的 部分的网络包括机器很多的不同的种类的 6868 K K 和 和PowerPower MacintoshMacintosh机器 所以我们推荐您选择机器 所以我们推荐您选择简易安装简易安装 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 11 在完成软件安装之后 如右图操作在完成软件安装之后 如右图操作 共享共享LasergeneLasergene应用程序文件夹 这应用程序文件夹 这 样 其他的网络用户才可以使用 样 其他的网络用户才可以使用 如果你不能确定怎样操作 请和你如果你不能确定怎样操作 请和你 的网络管理员联络 的网络管理员联络 终端机安装 终端机安装 ClientClient InstallationInstallation 终端机安装必须在全部需要对终端机安装必须在全部需要对LasergeneLasergene服务器操作的机器 但不服务器操作的机器 但不 是文件服务器的机器 是文件服务器的机器 插入安装磁盘终端机版本 然后按照在第插入安装磁盘终端机版本 然后按照在第5 5页上软件安装的方法安页上软件安装的方法安 装 装 随后通过苹果机菜单的选择命令将文件服务器和终端机相连 一些随后通过苹果机菜单的选择命令将文件服务器和终端机相连 一些 网络可以使用其他的方法进行相连 如果这步你有问题 请和你的网络可以使用其他的方法进行相连 如果这步你有问题 请和你的 网络管理员联络 网络管理员联络 从终端机上的从终端机上的DNASTARDNASTAR文件夹中运行浏览器 文件夹中运行浏览器 从文件菜单 选择寻找应用程序 你应该收到如下信息 全部应程从文件菜单 选择寻找应用程序 你应该收到如下信息 全部应程 序用都被浏览器找到了 序用都被浏览器找到了 现在就可以从文件服务器运行现在就可以从文件服务器运行LasergeneLasergene应用程序了 应用程序了 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 12 疑难解答 系统配置冲突系统配置冲突 一些系统配置可能会在安装过程冲突 如果你不能从一些系统配置可能会在安装过程冲突 如果你不能从LasergeneLasergene光盘成光盘成 功地安装 可以关上不必要的配置 功地安装 可以关上不必要的配置 用计算机控制板上的配置管理器关闭任何不必要的扩展程序 用计算机控制板上的配置管理器关闭任何不必要的扩展程序 或重新启动你的机器 继续安装 或重新启动你的机器 继续安装 网络疑难网络疑难 找不到找不到dongledongle服务器是网络问题中最常见的问题 当你开始运行服务器是网络问题中最常见的问题 当你开始运行 DNASTARDNASTAR应用程序时 你会遇到这问题 提示信息显示 应用程序时 你会遇到这问题 提示信息显示 DNASTARDNASTAR许可许可 服务器没有应答 请再试一次 可能有以下几个原因 服务器没有应答 请再试一次 可能有以下几个原因 是否装有是否装有dongledongle的计算机被关闭 如果是重启的计算机被关闭 如果是重启dongledongle机器即可 机器即可 是否是否dongledongle没有接在苹果计算机上 或者不在调制解调器端口或鼠没有接在苹果计算机上 或者不在调制解调器端口或鼠 标接口 按照第标接口 按照第8 8页页DongleDongle InstallationInstallation命令在苹果计算机上重新命令在苹果计算机上重新 安装安装dongledongle 记住在除掉或者插入 记住在除掉或者插入dongledongle之前先关闭计算机 之前先关闭计算机 如果你的如果你的dongledongle被接在被接在IIfxIIfx QuadraQuadra 900900或或QuadraQuadra 950950等机子上 等机子上 你不仅需要重新安装 还要进行如下操作 你不仅需要重新安装 还要进行如下操作 从菜单中选择从菜单中选择Control Panels中的中的Serial Switch双击 就会出现右面的窗口 双击 就会出现右面的窗口 将将Faster 换成换成Compatible 然后重启计算然后重启计算 机 机 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 13 如果如果dongledongle已适当地被接在调制解调器端口上 但是计算机不识别 已适当地被接在调制解调器端口上 但是计算机不识别 那可能是你的计算机在那可能是你的计算机在 booting 期间里不是别调制解调器端口的期间里不是别调制解调器端口的 记号 用记号 用LicenseKeeperLicenseKeeper按下面的方法寻找调制解调器端口 按下面的方法寻找调制解调器端口 启动启动NavigatorNavigator 按按OptionOption NETWORKNETWORK MENUMENU SetSet LicenseKeeperLicenseKeeper的顺序打的顺序打 开右边的开右边的LicenseKeeperLicenseKeeper对话框 对话框 把把DongleDongle DelayDelay参数放到参数放到3 3秒上 秒上 单击单击LicenseKeeperLicenseKeeper 接着 接着DoneDone 重启苹果计算机 重启苹果计算机 如果问题还没解决 和如果问题还没解决 和DNASTARDNASTAR联络 联络 其他解决网络问题方法其他解决网络问题方法 要了解您的计算机和全部可通过网络运行要了解您的计算机和全部可通过网络运行DNASTARDNASTAR的的 dongledongle服务器 服务器 选择选择NETWORKNETWORK MENUMENU中的中的DiagnoseDiagnose LicenseKeeperLicenseKeeper 计算机将告诉您是 计算机将告诉您是 否否dongledongle被安装到你的计算被安装到你的计算 机上 是否存在机上 是否存在 LicenseKeeperLicenseKeeper系统配置 系统配置 同时显示同时显示LicenseKeeperLicenseKeeper站站 点识别和版本编号 无论你点识别和版本编号 无论你 的计算机的授权状态如何 的计算机的授权状态如何 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 14 NavigatorNavigator都会报告所有已连接的都会报告所有已连接的dongledongle服务器的状态 许可服务器报服务器的状态 许可服务器报 告在网络地带附近形成 可显示全部对你的网络应答的告在网络地带附近形成 可显示全部对你的网络应答的dongledongle服务器服务器 的用户名 站点识别和版本编号 通常 你的的用户名 站点识别和版本编号 通常 你的LANLAN包括单一的包括单一的dongledongle服服 务器 但是 大的网络上可以有几个 如果你的计算机被接在大的务器 但是 大的网络上可以有几个 如果你的计算机被接在大的LANLAN 上 打开这个报告可能会慢一些 确定全部上 打开这个报告可能会慢一些 确定全部LicenseKeeperLicenseKeeper服务器的地服务器的地 点要求点要求networknetwork requestrequest被送到在被送到在LANLAN上每个区 至少需要上每个区 至少需要1 1秒钟才能确秒钟才能确 定是否有回应 定是否有回应 LicenseKeeperLicenseKeeper错误报告错误报告 如果授权系统没有安装 或者和如果授权系统没有安装 或者和dongledongle服务器连接困难 服务器连接困难 NavigatorNavigator将将 会发现问题 报告错误信息 下面斜体为错误类型 其后是各自的原会发现问题 报告错误信息 下面斜体为错误类型 其后是各自的原 因 因 LicenseKeeperLicenseKeeper系统扩展没在系统文件夹或扩展文件夹中 重新安系统扩展没在系统文件夹或扩展文件夹中 重新安 装装LasergeneLasergene客户端软件 客户端软件 NavigatorNavigator不能和系统扩展连接 也没在不能和系统扩展连接 也没在 系统文件夹中发现 对于系统文件夹中发现 对于SystemSystem 7 7或较晚的或较晚的MacintoshesMacintoshes 如果你 如果你 重启计算机时按下重启计算机时按下ShiftShift键 则可能发生这问题 键 则可能发生这问题 当计算机起动的时候 按下了鼠标按钮或当计算机起动的时候 按下了鼠标按钮或ShiftShift键键 重启你的机器重启你的机器 因为系统扩展在启动时被失活了 所以因为系统扩展在启动时被失活了 所以NavigatorNavigator不能和系统扩展不能和系统扩展 交流 交流 你的机器上安装了较老版本的你的机器上安装了较老版本的MacMac机网络协议 安装机网络协议 安装5353或更新版本的或更新版本的 MacMac机网络协议 机网络协议 安装的安装的MacMac机网络协议不支持系统扩展 在小的网络机网络协议不支持系统扩展 在小的网络 或或closely knitclosely knit的安装上 这将不是问题 因为的安装上 这将不是问题 因为dongledongle服务器与其他服务器与其他 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 15 的客户机在同一个区 如果必要 的客户机在同一个区 如果必要 DNASTARDNASTAR能为较新版本的能为较新版本的MacMac机网络机网络 协议 协议 AppleTalkAppleTalk 提供驱动和 提供驱动和installationinstallation scriptscript 不能在网上注册不能在网上注册LicenseKeeperLicenseKeeper 和 和DNASTARDNASTAR联络联络 由于你的计算机 由于你的计算机 上有太多的其他的网络处理 系统扩展不能进行网络操作 这种情上有太多的其他的网络处理 系统扩展不能进行网络操作 这种情 况很少见 但如果您的计算机是网络中介的话 有时也会发生 况很少见 但如果您的计算机是网络中介的话 有时也会发生 LicenseKeeperLicenseKeeper系统扩展所需的内存不够 关闭不必要的系统扩展 系统扩展所需的内存不够 关闭不必要的系统扩展 如果你的操作系统在你的计算机上使用了全部的内存 这也会发生 如果你的操作系统在你的计算机上使用了全部的内存 这也会发生 系统文件夹被保护 去除系统文件夹保护 重启计算机系统文件夹被保护 去除系统文件夹保护 重启计算机 系统文件 系统文件 夹里的文件和已经使用的文件不能够保存 磁盘压缩和口令保护的夹里的文件和已经使用的文件不能够保存 磁盘压缩和口令保护的 扩展时会发生这些问题 扩展时会发生这些问题 重新安装重新安装LasergeneLasergene工作站软件 工作站软件 系统扩展使用的系统文件夹里的系统扩展使用的系统文件夹里的 文件不存在了 文件不存在了 应用程序的使用应用程序的使用 为了了解已连接的用户的数目 用户使用了什末程序 程序使用的时为了了解已连接的用户的数目 用户使用了什末程序 程序使用的时 间 可以从间 可以从NETWORKNETWORK MENUMENU打开打开ApplicationApplication UsageUsage 窗口中还会显示有 窗口中还会显示有 关诸如客户关诸如客户 服务器状态 站点识别和服务器状态 站点识别和LicenseKeeperLicenseKeeper系统扩展的版本系统扩展的版本 编号等一般信息 当这窗口打开时 编号等一般信息 当这窗口打开时 NavigatorNavigator将没将没1010秒钟更新一次应秒钟更新一次应 用程序的使用信息 用程序的使用信息 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 16 更多的更多的LicenseKeeperLicenseKeeper信息信息 计算机启动时 计算机启动时 LicenseKeeperLicenseKeeper将自动寻找网络的区信息和每个区的将自动寻找网络的区信息和每个区的 dongledongle服务器 只有标识号与服务器 只有标识号与LicenseKeeperLicenseKeeper系统扩展相符的系统扩展相符的dongledongle服服 务器才能够被识别 这允许务器才能够被识别 这允许1 1台以上台以上dongledongle服务器在相同的网络的范围服务器在相同的网络的范围 内操作 如果网络管理员改变了有内操作 如果网络管理员改变了有dongledongle服务器的区名并重新启动服务器的区名并重新启动 dongledongle服务器 那末区外的所有终端机也必须重新启动 服务器 那末区外的所有终端机也必须重新启动 系统扩展作为系统扩展作为DongleDongle ServerServer成功启动时 在启动期间会出现成功启动时 在启动期间会出现 这个图标 这个图标 系统扩展作为终端机成功启动时 在启动期间会出现这个图标 系统扩展作为终端机成功启动时 在启动期间会出现这个图标 系统扩展被安装 但是由于较少的内存或失活 启动时按下了系统扩展被安装 但是由于较少的内存或失活 启动时按下了 鼠标 而不能启动时会出现这个图标 鼠标 而不能启动时会出现这个图标 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 17 WINDOWSWINDOWS上的安装与升级上的安装与升级 通过因特网升级通过因特网升级 必备条件必备条件 1818 下载升级程序下载升级程序 1818 软件安装软件安装 必备条件必备条件 1919 从从CD安装安装Lasergene 1919 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 18 通过英特网升级 如果您以前已经安装了如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系 您而且目前有升级和服务联系 您 就可以通过英特网来升级您现有的版本 各种模块就可以通过英特网来升级您现有的版本 各种模块 module 都是都是 以自解压形式存储的 你可以选择性的下载安装 以自解压形式存储的 你可以选择性的下载安装 必备条件必备条件 您的用户名和会员号是必需的 可以在安装盘上找到 您的用户名和会员号是必需的 可以在安装盘上找到 程序升级程序升级 备份您已有的备份您已有的Lasergene 找到您要升级的执行程序 并把它转移到 找到您要升级的执行程序 并把它转移到 备份的文件夹中 备份的文件夹中 连接到连接到DNAstar网站的主页网站的主页 从菜单中的从菜单中的 Customers中点击中点击Lasergene Updates点 安提示输入密码和用户名点 安提示输入密码和用户名 与会员名相同 这样就会打开下载页面 与会员名相同 这样就会打开下载页面 找到找到windows软件 软件 Windows 95 98 NT Software 就可以下载 就可以下载 您想要的模块了 您想要的模块了 模块下载完毕以后 双击文件将其解压缩完毕 模块下载完毕以后 双击文件将其解压缩完毕 看到看到 Application Application name name hashas beenbeen updated updated 说明升级完毕 说明升级完毕 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 19 软件安装 本节介绍若何从本节介绍若何从CD在在PC机 机 Windows 上安装 上安装Lasergene 注意注意 安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行 安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行 必备条件必备条件 一张个人的一张个人的Lasergene安装盘 安装盘 一张一张Lasergene软件光碟 软件光碟 足够的硬盘空间和内存 至少足够的硬盘空间和内存 至少3030Mb的硬盘 的硬盘 32Mb的的RAM 从光盘安装从光盘安装Lasergene 插入安装盘和安装光盘 双击安装图标 则出现下面的窗口 点击继插入安装盘和安装光盘 双击安装图标 则出现下面的窗口 点击继 续则出现安装窗口 续则出现安装窗口 随后一次出现下面窗口 请随后一次出现下面窗口 请 按照提示做出选择然后点击按照提示做出选择然后点击 Next 直至完成安装 直至完成安装 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 20 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 21 从从EditSeqEditSeq开始开始 EditSeqEditSeq 是能够迅速 正确地输入 并且修改是能够迅速 正确地输入 并且修改 DNADNA 或蛋白质序列工或蛋白质序列工 具 每个具 每个 EditSeqEditSeq 文件都可以分为三个可编辑的部分 上边的一部分文件都可以分为三个可编辑的部分 上边的一部分 为序列文件 中间的一部分里是评论 底部是序列的注释 为序列文件 中间的一部分里是评论 底部是序列的注释 EditSeqEditSeq 能读取大部分的序列格式能读取大部分的序列格式 包括包括 FASTAFASTA GenBankGenBank ABIABI GCGGCG 和和 ASCIIASCII 格式 你可以使用菜单命令或拖格式 你可以使用菜单命令或拖 拽方式输入序列文件 另外 拽方式输入序列文件 另外 序列也许通过使用键盘输入 或者从其序列也许通过使用键盘输入 或者从其 他地方复制 粘贴得到 经他地方复制 粘贴得到 经 EntrezEntrez 或或 BLASTBLAST 检索得到的序列可以直接检索得到的序列可以直接 从因特网或企业内部互联网服务器下载 从因特网或企业内部互联网服务器下载 序列被打开后 序列被打开后 EditSeqEditSeq 能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译 能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译 或者反翻译 寻找开放读框 还可以进行阅读校对 另外 或者反翻译 寻找开放读框 还可以进行阅读校对 另外 EditSeqEditSeq 能以能以 GenBankGenBank FASTAFASTA 和和 GCGGCG 格式输出序列 格式输出序列 如果在使用这软件中需要帮助 可以和如果在使用这软件中需要帮助 可以和 DNASTARDNASTAR 联络 电话 联络 电话 608608 258 7420258 7420 传真 传真 608608 258 7439258 7439 电子信件 电子信件 support support 或者经 或者经 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 22 内容 打开已有序列打开已有序列 2323 寻找开放读框寻找开放读框 2424 DNADNA序列翻译序列翻译 2424 遗传密码选择使用遗传密码选择使用 2525 遗传密码修改遗传密码修改 2525 序列的反向互补及反向转换序列的反向互补及反向转换 2626 BLASTBLAST检索检索 2727 序列信息查看序列信息查看 2828 序列校读序列校读 2929 序列的保存与输出序列的保存与输出 2929 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 23 打开已有序列打开已有序列 我们从用苹果计算机打开我们从用苹果计算机打开 TETHIS21MA TETHIS21MA 和用和用 WindowsWindows 打开打开 tethis21 seq tethis21 seq 开始 开始 假设序列的末尾有载体序列污染 我们在用假设序列的末尾有载体序列污染 我们在用 EditSeqEditSeq 打开序列的同时 打开序列的同时 用用 SetSet EndsEnds 命令去除命令去除 5 5 和和 3 3 污染序列 污染序列 从文件菜单 从文件菜单 FILEFILE MENUMENU 选择 选择 OpenOpen 打开文件夹打开文件夹 Demo Demo Sequences Sequences 单击选定序列单击选定序列 TETHIS21 TETHIS21 单击位于对话框右下角的单击位于对话框右下角的 SetSet EndsEnds 按按 钮 钮 SetSet EndsEnds 被打开 如右 被打开 如右 在在 5 5 框和框和 3 3 框中键入框中键入 5050 和和 850850 点 点 击击 OKOK 单击 单击 OpenOpen 打开序列 打开序列 当当 EditSeqEditSeq 窗口打开时 序列长度显示在右上角 通过窗口打开时 序列长度显示在右上角 通过 setting setting ends ends 现在你只有最初序列中的现在你只有最初序列中的 801801 bpbp 的片段 的片段 SetSet EndsEnds 选择在全选择在全 部部 LasergeneLasergene 应用程序中都可以使用 应用程序中都可以使用 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 24 寻找开放读框寻找开放读框 在这入门的一部分中 我们将确定序列中最大的在这入门的一部分中 我们将确定序列中最大的 ORFORF 并翻译它 并翻译它 从从 SEARCHSEARCH MENUMENU 找到找到 ORFORF 点 点 击打开会出现右边的对话框 击打开会出现右边的对话框 单击单击 FindFind NextNext 寻找第一个寻找第一个 ORFORF 的位置 的位置 继续点击继续点击 FindFind NextNext 直到你把直到你把 ORFORF 的位置选定在位置的位置选定在位置 183 183 455455 ORFORF 的坐标会出现在的坐标会出现在 EditSeqEditSeq 窗口的顶端附近 窗口的顶端附近 DNADNA 序列翻译序列翻译 这一节中我们介绍如何翻译我们的这一节中我们介绍如何翻译我们的 ORFORF 不过任何序列中的读框内部分 不过任何序列中的读框内部分 都可以用下面的方法进行翻译 如果你的选择是在三联码的读框内 都可以用下面的方法进行翻译 如果你的选择是在三联码的读框内 三联码指示棒显示为实心黑线 如左图 三联码指示棒显示为实心黑线 如左图 如 如 果你的选择是不在三联码的读框内 左边的果你的选择是不在三联码的读框内 左边的 箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个 bpbp 以使所选序列成为三的倍数 以使所选序列成为三的倍数 选定选定 ORFORF 从 从 GOODIESGOODIES MENUMENU 菜单中选菜单中选 择翻译 择翻译 TranslateTranslate 翻译的蛋白质序列出现在一个新的未翻译的蛋白质序列出现在一个新的未 命名窗口中 如右图 命名窗口中 如右图 它是使用标 它是使用标 准的遗传密码翻译的 准的遗传密码翻译的 L A S E R G E N E f o r W i n d o w s M a c i n t o s h 25 使用其它遗传密码