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刘芳2015 12 11 系统发育分析方法 系统发育分析常用方法 一 基于距离方法Distancebased Algorithmic methods 二 基于特征符方法Characterbased Treesearching methods Maximumparsimony MP Maximumlikelihood ML Bayesianinference BI unweightedpairgroupmethodwitharithmeticmean UPGMA Neighbor JoiningMethod NJ MinimumEvolution ME Fitch MargoliashMethod FM http evolution genetics washington edu phylip software html 系统发育树构建的软件 常见软件 系统发育树构建的过程 多序列比对 MAFFT 进化模型的选择 ModelTest 系统发育树的构建 RAxML MrBayes PAUP 系统发育树显示和编辑 FigTree AdobeIllustrator 序列拼接 Mega 序列拼接 BioEditMegaSeqmanContigSequencer 多序列比对 http mafft cbrc jp alignment server 速度 Muscle MAFFT Clustal 比对准确性 MAFFT Muscle Clustal 比对前 MAFFT7 0onlinealignmenthttp mafft cbrc jp alignment server index html PAUP软件使用流程 系统树构建 1 将比对后的fasta格式文件转换成Nexus格式2 将paup命令粘贴到Nexus文件下方 在命令程序中指定外群 保存 beginpaup logfile p buffer txt psetcollapse minbrlen ctype1 5 1 all setmaxtrees 5000increase no outgroup setcriterion parsimony hsearchaddseq randomnreps 1000 roottreesoutroot monophyl savetreesbrlens yesfile MP tre pscoresALL ci yestl yeshi yesrc yesri yeskhtest yes bootstrapnreps 1000Keepall yes AddSeq randomnreps 10 roottreesoutroot monophyl savetreesfile BT trefrom 1to 1savebootp bothmaxdec 0 end 转换文件格式 3 打开paup软件 打开Nexus文件然后运行即可 4 运行界面 MP树运行完后 点击 Stop 继续运行BT树 运行结果文件 MP树 BT树 P buffer文件 RAxML建树 Page 26 程序自带的文件 raxmlHPC raxmlHPC PTHREADS run三个准备文件两个 phy格式的比对好的序列 txt格式的partition文件 Run文件 基因的名字和序列所在位置 跑多少次 比对好序列的文件名字 输出结果的的名字 Partition文件的名字 Partition文件 MrBayes建树 Mrmodeltest2 3和Mrbayes3 2 2 mrbayes x86 exefor32bitsystem mrbayes x64 exefor64bitsystem 操作步骤 1 Fasta文件转换成Nexus格式的文件2 把Mrmodelblock文件夹中对应的MrModelblock loci文件中的内容粘贴到Nexus文件最下方 几个基因即对应几个loci的文件 比如4个基因 则需要复制MrModelblock4loci中的内容 3 修改刚刚粘贴的命令参看文件 红色框中是要修改的地方 4 Paup运行刚刚修改好的Nexus文件 得到SCORES文件5 将SCORES文件复制到MrModeltest2 3文件夹中 此时该文件夹包含以下文件 6 运行cmd 得到txt文件 7 打开刚刚得到的txt文件 从每一个txt文件中找到如下Bayes的模型 8 把得到的models复制到一个text文本中9 打开之前的NEXUS文件 删掉mrmodeltest命令 粘贴bayes命令 beginmrbayes Thisblocksetsupseveraldifferentpartitionsthatcouldbeusedintheanalysisofthisdataset outgroupM infuscans CBS 869 96 replacefungusXwithyouroutgrouptaxon Whendefiningyourcharsetsbelow thecharactersmustfolloweachotherdirectly e g 1 300 301 500 501 600andnot5 300 325 500 530 600 Youwillexcludedeverythingyoudonotwanttoincludeintheanalysis e g 1 4 301 324and501 529inthecharsetexcludedcharactersline charsetlocus1 1 286 replacethexx swithnumbersreflectingthecharacterspanningofyourgene1 charsetlocus2 287 605 replacethexx swithnumbersreflectingthecharacterspanningofyourgene2 charsetlocus3 606 1159 replacethexx swithnumbersreflectingthecharacterspanningofyourgene3 charsetlocus4 1160 1678 replacethexx swithnumbersreflectingthecharacterspanningofyourgene4 charsetexcludedchars 282 286601 6051155 11591674 1678 listhereallofthecharactersthatyoudonotwanttoinclude e g thebitsbetweentheloci excludeexcludedchars partitionAllLoci 4 locus1 locus2 locus3 locus4 logstartfilename mydata log end beginmrbayes outgroupM infuscans CBS 869 96 setpartition AllLoci prsetapplyto 1 2 4 statefreqpr dirichlet 1 1 1 1 Thismeanslocus1andlocus3aresame prsetapplyto 3 statefreqpr fixed equal Thisisthemodeloflocus2 lsetapplyto 1 2 nst 2rates gamma lsetapplyto 3 4 nst 2rates propinv unlinkshape all pinvar all statefreq all revmat all mcmcpngen 10000000relburnin yesburninfrac 0 25printfreq 1000samplefreq 1000nchains 4savebrlens yesstoprule yesstopval 0 01 mcmc sumt conformat simple usingMrbayes3 2 1shouldadd conformat simple end 红色字体文字是需要修改的地方 蓝色字体视情况修改 也可不修改 10 把修改好的NEXUS文件放在Mrbayes文件夹中 打开Mrbayes 输入命定 exeNEXUS的文件名 nex11 Over CIPRES在线建树 CIPRES在线建ML树 RAxML http www phylo org portal2 login input action Createnewfolder Uploaddata Createnewtask Selecttools Setparameters 最开始可以先输入 0 5 Result CIPRES在线建贝叶斯树 如果上传的NEXUS文件中不包含贝叶斯的命令 按照上图红色方框的内容设置 点击 AdvanceParameters 然后设置其他的命令 类似我们用的贝叶斯命令 只是将命令程序改成了选项 即选择题 Setparameters 根据情况设定时间 可以先设 0 5试一下 Setparameter