NTsys-pc2.02图解使用说明

NTsys pc2 02 图解使用说明图解使用说明 Edit by mycobio 2004 11 1 数据的录入方法 1 1 利用 Ntedit 直接录入数据 0 1 二元数据中的数据缺失记为 2 其中列标可以写为样品编号 在 No rows 栏中写入 0 1 数据总数 No cols 栏中写入样品总数 文件另存为 nts 格式 1 2 从 excel 表中直接读入数据 Excel 表中输入数据格式如下图 A1 必须为 1 B1 为 0 1 数据总数 C1 为样品总数 打开 Ntedit 程序 选择从 Excel 表输入 结果见上图 文件另存为 Nts 格式 1 3 Ntsys pc 可以直接运行 phy 格式的文件 由 phylip 和 phytool 产生 1 4 DNA 序列数据 Ntsys PC 也可以分析 但好像用的人较少 建议大家使用 phylip 或者其 他的软件 DNA 序列数据在 Excel 中输入格式如下 1 5 其他数据的 Excel 输入如下 2 聚类分析 Ntsys pc2 02 界面如下 以下以图中数据为例介绍聚类过程 2 1 首先用 similarity 程序组中的 SimQual 计算形似系数矩阵 Coefficient 通常选用 SM 或 DICE 结果输出到另一文件 2 2 以上步的结果作为 input file 利用 Clustering 程序组中的 SHAN 或者 Njoin 进行计算 聚类分法选用 UPGMA ties 选用 FIND Maximum no tied trees 至少大于样品数 Njoin 程序组界面如下 rooting method 可以选用 Outgroup 但需输入外元 2 3 将 SHAN 或 NJoin 方法得到的 tree file 文件输入到 Graphics 程序组中的 tree plot 程序中 计算 得到树图如下 利用 options 可以对树图进行描述与处理 在此略去 2 4 一致性分析 可以用 Clustering 中的 consens 程序进行 两个不同文件分别输入 同一文件中不同的进化 树之间的分析 则只输入到 input tree1 file 即可 通常多选用 MAJRUL 方法 2 5 其他数据的聚类方法与此类似 在此不再赘述 这是很久以前整理的 最早贴在这里 有兴趣的可以看看 NTSYSpc 软件的使用 软件的使用 1 利用利用 NTSYS 软件计算品种间遗传距离软件计算品种间遗传距离 1 将已赋值好的 将已赋值好的 Excel 文件放于桌面 假设命名为文件放于桌面 假设命名为 A xls 保存为 保存为 Microsoft office 5 0 95 工作薄形式 工作薄形式 Excel 文件格式设成软件识别的文件格式设成软件识别的 模式 即模式 即 A1 1 表示出现等位基因 表示出现等位基因 B1 132 表示等位基因数 表示等位基因数 C1 189 表示品种数 表示品种数 D1 0 表示不出现等位基因 从表示不出现等位基因 从 A3 开始 在开始 在 第一列标上所有的第一列标上所有的 SSR 引物 从引物 从 B2 开始 第二行标上所有的品种开始 第二行标上所有的品种 名 由此得到一个数据矩阵 名 由此得到一个数据矩阵 2 双击 双击 NTSYS 软件 选择软件 选择 file edit file 选择 选择 A xls 文件 将出现文件 将出现 NTedit1 2 编辑器 点击编辑器 点击 file sale file as 选项 将导入的选项 将导入的 Excel 文件文件 转换为软件识别的格式 命名为转换为软件识别的格式 命名为 A 1 NTS 文件 文件 3 点击 点击 Ntsyspc2 1 界面的界面的 Similarity 点击 点击 Genetic distance 在在 Input data file 中输入中输入 A 1 NTS 在 在 Output file 中输入中输入 A 2 NTS 点击 点击 Compute 则计算好的遗传距离放在 则计算好的遗传距离放在 A 2 NTS 文件中 文件中 4 点击 点击 Ntsyspc2 1 界面的界面的 output transf output Input file 选 选 择择 A 2 NTS 即可查看到品种间的遗传距离 即可查看到品种间的遗传距离 2 利用利用 NTSYS 软件构建树状图软件构建树状图 1 双击 双击 NTSYS PC 点击 点击 similarity Qualitative data Input data file 选择选择 A 1 NTS 文件 在文件 在 Output file 中输入中输入 B 2 文件 点击文件 点击 Compute 2 点击 点击 clustering SHAN input file 选择 选择 B 2 Output file 中输中输 入入 B 2 文件文件 In case of ties 改为改为 Find compute 计算完成 计算完成 3 点击 点击 Graphics tree plot input file 选择 选择 B 3 compute 即可 即可 出现聚类图 出现聚类图 4 点击点击 Tree Plot 界面上的界面上的 Options plot Options 会出现一个对 会出现一个对 话框 里面可对聚类图进行页面显示等相关操作 点击话框 里面可对聚类图进行页面显示等相关操作 点击 Tree Plot 界界 面上的面上的 Edit 项 可进行复制等操作项 可进行复制等操作 楼主的结果正是我想要的 我的问题就在于楼主的结果正是我想要的 我的问题就在于 最开始的最开始的 excel 数数 据怎么据怎么 input 的问题 总是提示我格式不对什么的 的问题 总是提示我格式不对什么的 我不知你是怎么做的 你按照以下的方法试试