生物学工具箱.doc

计算生物学工具箱TOOL BOX FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY综合数据库：最权威的生物信息学网址链接：http:/www.bioinformatics.vg/index.shtml 生物信息学网址链接：http:/www.bioinformatics.ca/links_directory/ Nucleic Acid Research Database Issue: /content/vol32/suppl_2/ 一、蛋白相关数据库蛋白质结构域预测工具Esignal /esignal/ 评：信号传导系统蛋白的结构域预测工具，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳。SignalP http:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 评：信号肽预测工具，适合定位于非胞质位置的蛋白质Emotif /emotif-search/ 评：结构域预测工具，由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型，故预测效果比Prosite好。Ematrix /ematrix/ 评：是用Matrix的方法创建的结构域数据库，可与emotif互相印证。其速度快，可快速搜索整个基因组。InterPro http:/www.ebi.ac.uk/InterProScan/ 评：EBI提供的服务，用图形的形式表示出搜索的结构域结果TRRD http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ 评：转录因子结构域预测的最好数据库。但不会用。Protscale /cgi-bin/protscale.pl 评：可分析该序列的各种性状如活动度,亲水性(Kyte & Doolittle),抗原性（Hopp&Woods)等通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断，其概念比Domain小。PROSITE：/tools/scanprosite/ 是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息B. Domain：若干motif可形成一个Domain，每个Domain形成一个球形结构，Domain与Domain之间通常像串珠一样相连。Pfam: http:/www.sanger.ac.uk 可以搜索某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。这个数据库非常重要。用法：在搜索栏中输入蛋白的swissprot的序列号。CDD: NCBI搜索时在每个蛋白质Link旁都有Blink，Domains两个链接。Domains可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。如果要在CDD数据库寻找Domain信息，则可进入Blink链接，再进行CDD搜索，就可以了。看Domain的详细信息可以到：http:/www.ebi.ac.uk/interpro/ 上进行搜索查看。蛋白跨膜序列分析kyte-Doolittle疏水性分析：每个等于或高于1.8的峰都可能是跨膜结构域。蛋白质结构预测工具PREDATOR: http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html 蛋白质二级结构预测工具。蛋白质糖基化位点的预测http:/bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982L1222670.html 这是个综合连接。包括：DictyOGlyc prediction server，NetOGlyc prediction server，YinOYang server，META II PredictProtein server，O-GLYCBASE，GlycoMod tool蛋白质结构数据库MMDB: /Structure/MMDB/mmdb.shtml NCBI的蛋白质结构数据库，要使用Cn3D v4.1软件观看。PDB: /pdb/ Protein Data Bank, 要使用Swiss PDB viewer软件观看。蛋白质综合数据库PIR: /Uniprot /二、核酸相关数据库RNA二级结构及非编码区功能预测：RNA二级结构预测：http:/www.genebee.msu.su/services/rna2_reduced.html ，速度快，生成图像。最好的RNA二级结构预测软件：mfoldUTR功能区预测：r.it/BIG/UTRHome/ 预测mRNA翻译能力的在线工具：http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/programs/acts2/ma_mRNA.htm 其说明书在：http:/wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/kochetov/bioinf/RegRNA:.tw/RegRNA2/website/ RFAM: http:/www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/index.shtmlRNA world: http:/www.imb-jena.de/RNA.html RNA resource Links: .tw/RegRNA2/website/references/ 基因转录调控相关数据库EPD http:/www.epd.isb-sib.ch/ 评：真核生物启动子，好用.TRRD: Transcription Regulatory Regions Database 评：可搜索某一基因的调控区及相关转录因子。TRANSFAC: http:/www.generegulation.de/ 评：可搜索所有转录因子的数据。好用。启动子数据库：http:/www.epi.isb-sib.ch 转录因子结合位点 /content/vol3/issue3/full/2/bip/电子延伸相关在线软件意大利CAP3软件：http:/bio.ifom-firc.it/ASSEMBLY/assemble.html 强烈推荐使用，使用时只需将整个Unigene全部序列文件输入就可以了。序列比对在线软件Multialin: http:/prodes.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html 最好的多序列比对在线工具FASTA: http:/www.ebi.ac.uk/fasta/; / BLAST: /BLAST Motif的发现与利用Motif发现新的功能基因MEME: /meme/website/intro.html 可以发现几个序列所共有的motif以及根据已知的motif搜索est数据库以发现新的基因。此软件输出结果不好读懂。BLOCK Maker: / in which Block maker is Very Good http:/bioinformatics.weizmann.ac.il/blocks/blockmkr/www/make_blocks.html 可通过蛋白多序列比对寻找其中的保守区域，非常好用，易学。IRES及其他UTR功能序列的预测UTRscan r.it/BIG/UTRScan/，r.it/BIG/UTRScan/ 需要先注册email.三、表达数据库EST聚类表达数据资源Unigene: /unigene 评：不用说了，老牌的EST聚类程序，数据库质量很好，但毛病也不少。不过我常用它。TIGR：/tdb/tgi/ 评：按独一无二的剪接体对EST进行聚类，并从中得出独一无二的共有的序列，每个Cluster的EST都有图形排列显示。Allgenes: /index.html 评：其EST聚类要求比较严格，但每个Cluster都有一个质量极高的mRNA序列，可轻松定位到基因组上。MIPS: http:/mips.gsf.de/proj/human/ 评：MIPS的EST聚类数据库。其中有个工具特别好，就是在BLAST服务中有个可以得到与BLAST基因相近EST的组织分布的程序。特殊的表达数据库：前列腺表达数据库：/ 膀胱癌EST数据库：.tw/index.htm Microarray和SAGE表达数据库及其分析工具全身正常组织microarray数据（U133A,U133B）: / 较全的全身正常组织microarray数据库，推荐,要搜索表达数据需在search中数据探针名称（U133A,B），注意必须安装Adobe SVG Viewer。得到的数据需要用photoshop颠倒过来才能观看。斯坦福大学生物芯片数据库：/ 最好的生物芯片数据库，不仅数据源丰富，而且数据搜索软件功能齐全。但要学会也需要点时间。CleanEX: http:/www.cleanex.isb-sib.ch/ 评：用于分析比较来源于不同技术平台的表达数据EBI array database: http:/www.ebi.ac.uk/arrayexpress 评：欧洲生物信息学会主办的基因芯片数据库RAD： /RAD/php/index.php 评：功能与CleanEX近似，推荐使用！Gene Expression Db: 提供60多个肿瘤细胞系的基因芯片数据NIAID: / ONCOMINE: 0/oncomine/main/index.jsp AWR1Uko AND MY EMAIL 非常好的肿瘤microarray数据库GENEHOPPER: http:/genehopper.lumc.nl/db/ 利用accession num将microarray数据与Genebank进行连接的软件。NetAffx: /analysis/netaffx/index.affx Microarray Anotation Database:探针注释数据库四、其它数据库免疫学相关数据库MHCI结合表型预测：/molbio/hla_bind 评：已经试过，非常好用。SYFPEITHI：www.uni-tuebingen.de/uni/kxi，评：MHCI表型预测与蛋白酶体降解分析。SYFPEITHI的MHCI表型预测工具：/Scripts/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htmSEREX数据库: /CancerImmunomeDB/ CT抗原数据库：/CTdatabase/ Immunology相关工具综合：/ 特殊数据库McGill: http:/ww2.mcgill.ca/androgendb/ 评：雄激素受体数据库肿瘤数据库 染色体突变数据库：biogen.fr/services/chromcancer/index.html 内源性逆转录病毒数据库：/ 包含100多个内源性逆转录病毒家族，每个家族都给出了共有序列。基因注释数据库ensemble: /Homo_sapiens/ 评：综合各种基因注释的平台OE: /Projects.html 评：基因功能注释的重要工具，提供每个注释的生物学意义的评分。 GENMAPP:评：将基因芯片数据综合在各种生物通路上，帮助分析表达数据的生物学意义。GeneCard: http:/bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/ 很全的基因卡片！突变数据库HGMD突变数据库：http:/archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html 评：包含各种疾病和基因的突变数据肿瘤基因数据库：/ermb/tgdb/tgdb.html 评：搜索起来不是很方便比较基因组学数据库VISTA: /vista/index.shtml 最重要的比较基因组学在线软件，强烈推荐使用PCR相关网站PCR相关网站大全引物数据库：/primerbank/ 含180000条mRNA特异引物。非常好用。方便的实验室运算软件MOLBIOL.RU: http:/molbiol.ru/eng/scripts/index.html 可以进行随机核酸序列的产生，PCR条件优化运算等。密码子使用频度数据库 http:/www.kazusa.or.jp/codon/ sciencedirect杂志数据库免费入口科研实用网站集锦生物通（) 里面提供不少的科研信息，特别是中国科学家最新的成就等；里面也有不少实用的技术介绍，个人觉得是个不错的网站。其次是丁香园，里面也有科研动态板块（),里面提供大量的外文摘要，在丁香园里被翻译，供大家方便阅读。然后就是新科学（,总所周知，新科学虽然以文献管理，文献讨论为主攻方向，不过还是提供了一个科研咨询的平台，与众不同的是，新科学直接将科研咨询和文献相关联，对于阅读到好的咨询，需要进一步深入学习，非常简单。生物技术讨论咨询类：发现我转来转去，还是转不出上面几个