运用mega5构建系统发生进化树

1 准备序列文件 准备 fasta 格式序列文件 fasta 格式 大于号 后紧跟序列名 换行后是 序列 举例如下 每条序列可以单独为一个文件 也可以把所有序列放在同 一文件内 核酸序列 sequence1 name CCTGGCTCAGGATGAACGCT 氨基酸序列 sequence2 name MQSPINSFKKALAEGRTQIGF 2 多序列比对 打开 MEGA 5 点击 Align 选择 Edit Build Alignment 选择 Create a new alignment 点击 OK 这时需要选择序列类型 核酸 DNA 或氨基酸 Protein 选择之后 在弹出的窗口中直接 Ctrl V 粘贴序列 如果所有序列在同一个文 件中 即可全选序列 复制 也可以 点击 Edit 选择 Insert Sequence From File 选择序列文件 可多选 序列文件加载之后 呈蓝色背景 为选中状态 点击按钮 选择 Align DNA 如果是氨基酸序列 则会出现 Align Protein 弹出的窗口中设置比对 参数 一般都是采用默认参数即可 点击 OK 开始多序列比对 比对完成后 呈现以下状态 这时需要截齐两端含有 的序列 选中含有 的序列 按键 Delete 删除 注 意 两端都需要截齐 截齐之后 保存文件为 filename mas 3 构建系统进化树 多序列比对窗口 点击 Data 选择 Phylogenetic Analysis 弹出窗口询问 所用序列是否编码蛋白质 根据实际情况选择 Yes 或 No 此时 多序列比对文 件就激活了 可以返回 MEGA 5 主界面建树了 MEGA 5 主界面 点击 Phylogeny 选择 Construct Test Neighbor Joining Tree 弹出的对话框询问 是否使用当前激活的数据 选择 Yes 这时弹出建 树参数设置对话框 更改 No of Bootstrap Replications 为 1000 其他参数 默认即可 点击 Compute 这里解释一下 Construct Test Maximum Likelihood Tree ML 或 Construct Test Neighbor Joining Tree NJ 或 Construct Test Minimum Evolution Tree ME 为三种不同的建树方法 NJ 方法最常用 建树完成 效果如下所示 注意 要点击 Bootstrap consensus tree 查看树形 保存文件为 filename mts 可以用 MEGA 5 打开 4 后期修改 为了美观 也是为了满足发表文章的要求 需要对进化树进行树形 字体 字 号的修改 点击 View 选择 Options 弹出窗口中 在 Tree 标签中可以修改枝 与枝之间的距离 Taxon Separation 枝长 Branch Length 和树宽 Tree Width 调整至美观即可 Branch 标签中 可以选择勾选 Hide values lower than 一般隐藏 50 以下的数值 其他的参数可以自行研究 一般 默认即可 文字字体 字号的修改 方法 1 点击 Image 选择 Save as PDF file 保存至 filename pdf 打开软 件 Adobe Illustrator CS6 文件 打开 选择刚刚保存的 PDF 文件 修改好 之后 文件 导出 可以导出很多种类型的文件 一般选择保存成 TIFF tif 文件 颜色模式选择 RGB 勾选 LZW 压缩 其他默认 方法 2 点击 Image 选择 Copy to Clipboard 粘贴到 Word 中 右击进化 树图片 编辑图片 即可更改字体字号 修改好可以了 或者进一步