Flow3D软件初学者使用指南.doc

FLOW-3D软件初学者使用指南一、安装运行FLOW-3D客户端软件1. 用户下载FLOW-3D客户端软件，即FLOW-3D应用模型设置、前处理、结果分析软件。2. 下载地址：中国矿业大学主页之现代分析与计算中心网站，注册后，常用下载栏目之“FLOW-3D_V9.4.5_030911.iso”及“FLOW-3D_V10.0_RELEASE_071911.iso”3. 在用户的PC机的windows操作系统中安装下载的FLOW-3D客户端软件：FLOW-3D_V9.4.5及10.04. 运行FLOW-3D客户端软件：第一次运行FLOW-3D软件需用户进行license认证设置，软件会出现如下图：注意：此时应确认你的PC机与互联网是连接状态。另外当你安装了二个不同版本的FLOW-3D客户端软件时，每一个版本都需要进行license认证设置。二、在FLOW-3D客户端软件进行前处理工作1.建立模型设置参数等，保存，会产生一个.stl文件和一个.inp文件。如示例Dam.stl和prepin.inp2.编辑作业脚本：使用纯文本编辑软件（如记事本）编辑脚本文件，FLOW-3D一个计算作业任务需要二个脚本文件，如示例adt_script.sh和solver_script.sh。可以做一个范本，以后要计算不同的任务的时候，只需拷贝到对应目录，稍作修改即可。adt_script.sh具体内容如下：#!/bin/bash#PBS -q low#PBS -l nodes=1:ppn=4#PBS -j oeecho running job#Add FLOW-3D executables to path e.g.source /public/software/flow3d/local/flow3dvars.sh source /public/software/intel/impi/4.0.3.008/intel64/bin/mpivars.sh#Change to simulation directorycd $PBS_O_WORKDIRrm machinesawk NR=1 $PBS_NODEFILE machinesawk NR=5 $PBS_NODEFILE machines#Write the node information to machines filecat $PBS_NODEFILE machines#This loop may be required only for some clusters#for node in cat $PBS_NODEFILE#do# ssh $node -e PBS_NODEFILE & rm /tmp/mpd2.console_$USER#donenpp=cat machines|sort -u|wc -l |cut -d -f 1#Start mpd ring on nodes which will run simulationmpdboot -n echo $npp -f machines -r sshmpdtrace machines_temp#If input file is prepin.inprunpre_par -9 4#If input file is prepin.#runpre_par -9 4 #Exits the mpd ringMpdallexitsolver_script.sh具体内容如下：#!/bin/bash#PBS -q low#PBS -l nodes=1:ppn=4#PBS -j oeecho running job#Add FLOW-3D executables to path e.g.source /public/software/flow3d/local/flow3dvars.sh source /public/software/intel/impi/4.0.3.008/intel64/bin/mpivars.sh#Change to simulation directorycd $PBS_O_WORKDIRrm machinesawk NR=1 $PBS_NODEFILE machinesawk NR=5 $PBS_NODEFILE machines#Write the node information to machines filecat $PBS_NODEFILE machines#This loop may be required only for some clusters#for node in cat $PBS_NODEFILE#do# ssh $node -e PBS_NODEFILE & rm /tmp/mpd2.console_$USER#donenpp=cat machines|sort -u|wc -l |cut -d -f 1#Start mpd ring on nodes which will run simulationmpdboot -n echo $npp -f machines -r sshmpdtrace machines_temp#If input file is prepin.inp#runhyd_par#If input file is prepin.runhyd_par inp_4#Exits the mpd ringmpdallexit切记：脚本文件必须是纯文本文件，并且不可以有中文字符、中文标点符号。注意：其中红色字的内容，用户自己根据自己不同的作业修改为相应的内容。建议：我校购买的FLOW-3D软件的求解器数目为1，即系统在同一时间只能为一个作业进行求解，当有第二个作业提交时，作业进入排队状态，当第一个作业计算完成，第二个作业会自动投入运行。我校购买的FLOW-3D软件最多可以使用32个计算核。所以建议用户在投放作业前查看一下pang队列是否有作业，如果没有作业在运行，可将作业投放pang队列，并在二个脚本中设置nodes=2:ppn=16；如果没有作业在运行，可将作业投放到low或hige队列,并在二个脚本中设置nodes=2:ppn=12；计算的刀片节点，每节点为2个CPU每个CPU有6个计算核，用户在申请计算资源时，最好为6或12的整数倍。并行计算并不是使用越多的核越快，对于同一类应用的作业，用户可以先依次申请6，12，24核计算同一作业，并分别记下作业运行的用时，从中确定一个计算效率最佳的核数，以后同类作业即可申请这个核数去提交作业。三、在HPC上进行求解1.登陆到高性能计算集群：远程登陆软件：SSH Client输入用户账号名和密码即可2.在HPC用户的账号(如示例用户名为test)上建立专门文件夹用于存放计算过程中产生的暂时文件，这个文件夹的名字必须是FLOW-3D（对于一个用户的所有作业只需建立这一个暂时文件夹，并且必须是大写字母）；要求用户必须为每一个作业建立专用文件夹，如示例test可使用SSH Client 软件之New Files transfer windows 之右侧窗体上的新建文件夹也可使用linux命令建立文件夹，如：testnode75:md FLOW-3Dtestnode75:md test3.上传你的FLOW-3D作业任务模型参数文件（一个.stl文件和一个.inp文件，如示例中的Dam.stl和prepin.inp）与PBS脚本文件（如示例中的adt_script.sh和solver_script.sh）至该作业专用文件夹（如示例之test）。使用SSH Client 软件之New Files transfer windows 将左边的本地WINDOWS文件拖到右边用户在高性能集群的账号里的某个文件夹内即完成上传。4. 利用 dos2unix 命令将脚本文件由 windows 格式转为 unix 格式testnode75: dos2unix *.inptestnode75:dos2unix *.pbs检查adf_test.pbs是否有需要修改的地方，如有调整申请计算核数或作业投放队列可以使用vi命令对原脚本进行编辑。5.利用chmod命令为作业任务的PBS脚本文件（如示例之adt_script.sh和solver_script.sh）赋予文件可执行权限。# chmod +x adt_script.sh# chmod +x solver_script.sh5. 提交你的作业1）testnode75:source /public/software/flow3d/local/flow3dvars.sh回车后，系统没有任何反馈信息，出现提示符：testnode75:然后，执行第一个脚本提交命令2）testnode75:qsub adt_script.sh回车后，会在下一行给出一个作业号，如：70127012.node75testnode75:这个脚本会很快就执行完了，一般只要几秒钟。可以使用下面的命令看一下这个脚本运行是否正常完成。testnode75: ll（二个小写的字母L）如列出的内容有如下图的“分解文件”，说明第一个脚本运行正常，可以提交第二个作业脚本啦。如果没有这个“分解文件”，请使用less命令查看作业7012的adt_script.sh.o7012文件的内容。找到问题修正调整后，重新执行这第一个脚本。3）testnode75: qsub solver_script.sh回车后，会在下一行给出一个作业号，如：70137013.node75至此，你的作业开始正式的进行求解计算。7.监视及控制作业状况通过linux命令可以观察你的作业的运行情况，常用的命令有：1） testnode75:qstat a （其中R为运行，Q为排队）2） testnode75:qstat f 7013 （这个命令可看到你的作业被分配到哪个节点在计算，如node63、node64）3） testnode75:ssh node63testnode75:top如果作业正常运行，top命令可以看到用户test运行程序的进程，如下图中的hydr3d。 PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND 11086 test 25 0 354m 261m 22m R 100 1.1 5:00.23 hydr3d 11087 test 25 0 353m 261m 21m R 100 1.1 5:00.68 hydr3d 11088 test 25 0 336m 254m 15m R 100 1.1 4:58.31 hydr3d 11089 test 25 0 354m 261m 20m R 100 1.1 5:00.34 hydr3d 如果没有相关作业的进程在运行或者运行的进程数与你作业申请在这个节点上的核数不相符合，请终止该作业：如终止7013号作业。testnode75:qdel 7013如果作业