如何使用pubmed检索生物医学文献

如何使用pubmed检索外文生物医学文献,广州中医药大学图书PUBMED,1、PUBMED简介2、PUBMED的基本检索功能3、PUBMED的高级检索功能4、PUBMED的结果的处理,1.1 什么是Pubmed？1.2 Pubmed的发展过程1.3 Pubmed的收录范围1.4 Pubmed的记录来源1.5 Pubmed的常用字段1.6 Pubmed检索的特点1.7 Pubmed界面,1、PUBMED简介,创建机构：美国国立医学图书馆（NLM）下设的美国生物技术信息中心（NCBI）摘要型(Abstract)的数据库, 提供文献的线索特色：免费、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备、文摘库、部分文献可以免费获得全文整合在NCBI的统一检索平台Entrez上，与该平台其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索,1.1 什么是PubMed？,1.2 PubMed的发展历程,1997-,1983-,1971-,1879-,PubMed网络数据库,Medline光盘数据库,Medline联机检索系统,Index Medlcus（IM）检索期刊,收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的文摘及题录数据，涉及40多个语种 English 4806 （约占85%) Chinese 69 French Japanese绝大部分可回溯至1948年，最早回溯至1865年内容涉及基础医学、临床医学、护理学、口腔医学、兽医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社会医学等领域,1.3 PubMed的收录范围,期刊论文发表时所用的语言,部分文献可直接获取全文，包括Pubmed Central（PMC，收录期刊780余种）；NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库开放获取（Open Acess，OA）期刊部分出版商提供的免费文献,1.3 PubMed的收录范围,MEDLINE Indexed1966年以来的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，标记：PubMed-indexed for MEDLINE,1.4 PubMed的记录来源,OLDMEDLINE1948-1965年间发表的200万篇生物医学文献未标引，无MeSH字段，标记：PubMed-OLDMEDLINE,1.4 PubMed的记录来源,MEDLINE Inprocess由MEDLINE的期刊出版商提供的尚未标引的数据只有简单的书目及文摘信息，无MeSH字段标引后，获得MeSH词后，再加入MEDLINE Indexed标记：PubMed-in process,1.4 PubMed的记录来源,Publisher-Supplied出版商提供的电子文献题录包括MEDLINE未收录的部分记录标记：PubMed-as supplied by publisher,1.4 PubMed的记录来源,1.5 PubMed的常用字段,PubMed中供显示和限定检索用的字段共有60多个,1.5 PubMed的常用字段,系统特点： 主题加工规范 检索方式灵活多样 免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词自动转换匹配,1.6 PubMed的检索特点,检索词输入框,使用帮助,常用工具,更多服务,1.7 PubMed界面,PubMed题录,作者AU,题名TI,来源SO,PubMed记录类型（状态）,2.1 自动词语匹配检索2.2 著者检索2.3 期刊检索2.4 短语精确检索2.5 截词检索2.6 布尔逻辑检索2.7 限定检索2.8 日期或日期范围检索,2、PUBMED基本检索功能,输入有实际意义的检索词，点击“Search”，系统按照自动词语匹配的原理进行检索Pubmed最具特色的检索功能之一智能化的检索过程基本原理：对输入的检索词，首先在多个索引词表进行搜索、比对，并自动转换为相应的MeSH主题词、著者或刊名，再将检索词在all fields（所有字段）中检索，并执行“OR”逻辑运算。如有多个检索词或短语词组，则继续将其拆分为单词后分别在all fields中检索，单词之间的逻辑关系为“AND”,2.1 自动词语匹配检索,Search Details框详细显示自动词语匹配的实际检索有较好的查全率，同时保证一定的查准率例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文献，最简单的方法是在检索框中直接输入Heart attack aspirin三个词,2.1 自动词语匹配检索,转换后的检索式可进行修改,三种方法：一.在检索框中输入著者姓名，Pubmed自动执行著者检索一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母 例如，输入Smith SR可检索出姓为Smith，名的首字母为SR的所有著者的文献2002年以后的文献，Pubmed可实现对姓名全称的检索，而且姓名排列顺序不限 例如，输入Smith SR的姓名全称Steven R Smith，可检索出2002年以来该著者被Pubmed收录的文献。,2.2 著者检索,二.通过字段限定检索及组合检索也可实现更精确的著者检索例如，输入Smith SR1AU可检索出第一著者为Smith SR的文献三.通过“Advanced”中的“Author”限定，可以检索该作者的文献,2.2 著者检索,四种方法：一.利用PubMed自动词语匹配功能，其输入规则是：期刊全名、MEDLINE期刊缩写名、ISSN号（例如1671-3982）三种形式中的任何一种形式均可。 例如：Cancer RES。 如果期刊刊名正好与MeSH词相同， 例如cell、science等，PubMed将这些词作为MeSH词检索。,2.3 期刊检索,二是利用期刊字段限定检索，其输入规则是：在刊名之后加上刊名字段符。 例如：Cancer RESTA。三是通过“Advanced”中的“Journal”，可以检索该刊发表的文献。四是通过“Journals in NCBI Databases”，查找到该刊后，再选定该刊，发送到检索框进行期刊检索。,2.3 期刊检索,2.4 短语精确检索,对检索词加上双引号（英文状态）进行强制检索短语精确精确检索时，Pubmed关闭自动词语匹配功能例如：检索框中输入“traditional Chinese medicine”，PubMed将“traditional Chinese medicine”作为一个不可分割的短语在数据库的所有可检索字段中进行检索。,2.4 短语精确检索,2.4 短语精确检索,结果对比,2.5 截词检索,在检索词后加“*”可实现截词检索，以提高查全率，对词根或词尾略有变化的词进行检索时需要应用截词检索。截词检索时，Pubmed关闭自动词语匹配功能，PubMed允许使用“*”进行右边截词检索。 如： “viru*”，检索以viru开头的单词， immun*，可以检出immune、immunologic等词。如果单词数量大于600，则PubMed自动提示延长词干。截词功能只限于单词，对词组无效。,2.6 布尔逻辑检索,逻辑运算符号主要有“AND”、“OR”、“NOT” ，分别表示“逻辑与”，“逻辑或”，“逻辑非”。,A AND B,A OR B,A NOT B,2.6 布尔逻辑检索,直接输入几个检索词，系统默认词之间是AND的逻辑组配关系逻辑运算符号的顺序为从左至右，可以用全括号来改变其运算顺序。,2.7 限定检索,限定检索功能是对上一次检索操作结果进行限定。限定检索将限定在MEDLINE数据库中进行。限定检索结束后，需要将限定取消，点击“Clear all”。选择条件就是点击选中限定选项。PubMed可限定内容包括：字段、文献类型、语种、日期、子集（Subsets）限定等。,2.8 日期或日期范围检索,可以在检索框中键入日期或日期范围，系统会按日期段检索，并将符合条件的记录予以显示。日期的录入格式为YYYY/MM/DDDP,可以只写年 如：1999/09/08DP:出版日期为1999年9月08日期范围用冒号链接 如：2004/01:2004/06DP 日期字段有三个DP、EDAT、MHDA,3.1 检索史3.2 组合检索3.3 主题词检索3.4 期刊数据库检索3.5 其他检索服务,3、PUBMED高级检索功能,3.1 检索史,Search History检索史，包括检索式序号、检索提问式、检索时间及检索结果数单击检索式序号，显示Options选项，可执行AND、OR、NOT、Delete（删除检索式）、Save in my NCBI（把检索式保存在My NCBI）等不同操作检索史最多保留8小时,3.2 组合检索,组合检索可实现多个字段的逻辑组配检索在之前的检索基础上可以序号形式参与运算。 如：#1 AND #2、#3 OR #4等。,3.3 MESH主题词检索,PubMed记录中的医学主题词(MeSH, Medical Subject Headings)是由标引员为PubMed中的Medline文献所人工指定的词，主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范。PubMed能自动地为输入的检索词寻找相应的MeSH词用户利用一个MeSH词能找出所有有关该主题的文献 不同拼写：leukemia(s), leukaemia(s)leukemia同义词： cancer(s), tumor(s), tumour(s), neoplasm(s) neoplasms,3.3 MESH主题词检索,一篇文章可有多个MeSH词主题词可以组配相应的副主题词主题词的树状结构表：系统默认对含有下位概念的主题词进行扩展检索注意：MeSH主题词检索，只检索来源于MEDLINE的文献，不检索PubMed其他来源的文献(supplied by publisher)，且未经MeSH主题词标引的文献检索不到(inprocess、OLDMEDLINE),SubHeadings 副主题词,副主题词（subheadings）是用于对主题词做进一步限定的词语。 如某一疾病的诊断、治疗，某种药物的毒性、副作用等。目前有83个副主题词并非每个主题词都能和83个副主题词组配。,二.PUBMED使用指南,主题词（MeSH）检索的具体方法和步骤如下：,副主题词,主要主题词（加权）,扩展检索,树状结构,二.PUBMED使用指南,检 索 结 果：,主题词检索注意问题,当课题含有多个主题词时，在MeSH Database中的操作往往需要重复多次。进入到主题词细节页面时，要多注意主题词的上位词和下位词情况，看看是否有更加合适的主题词。同时选多个副主题词时，其间的逻辑关系是OR。系统默认对下位主题词进行扩检，若不需要，可勾选。,3.4 期刊数据库检索,期刊数据库检索可查询PubMed及Entrez平台其他数据库所收录的期刊信息提供Topic、刊名全称、Medline刊名缩写、ISSN等检索途径，也可以按学科（Subject Terms）进行浏览,可以看到刊名、刊名缩写、出版社、语种、ISSN等期刊详细信息哦！,检出该刊的文献信息,3.4 期刊数据库检索,按学科浏览数据库期刊,在Journals in NCBI Databases检索页面用户还可以获得包括PubMed收录期刊一览表在内的Entrez Journals以及PubMed链接全文网址的电子期刊一览表。,护理学，点击可看到数据库收录的这一学科相关的所有期刊,（1）Journals in NCBI Databases（期刊数据库）（2）Mesh Database（医学主题词数据库）（3）Citation Matcher（引文匹配器）（4）Clinical Queries（临床查询）（5）Topic-Special Queries（特定查询）（6）LinkOut（外部链接）（7）My NCBI（我的NCBI）,3.5 其他检索服务,Clinical Queries（临床查询）是专门为临床医生设计的搜索引擎。包括Clinical Study Category（临床问题目录）、Systematic Reviews（系统评价）和Medical Genetics(医学遗传学)三类检索功能。,Clinical Queries（临床查询）, Clinical Study Category列有临床医生常用的类目，如therapy（治疗）、diagnosis（诊断）、etiology（病因）和prognosis（预后）等。在检索框内输入检索词，然后选择上述类目即可，同时可以根据需要选择强调查全率（ “broad，sensitive search”）还是查准率（ “narrow，specific search”）。 Systematic Reviews （系统评价）功能专门用来检索经专家评价过的质量高的循证医学文献;提供检索疾病的Systematic Reviews（系统评价）、meta-analysis（meta分析）、Reviews of clinical（临床试验评论）和evidence-based medicine（循证医学）等方面的文献。 Medical Genetics：供检索医学遗传学方面的文献。,Clinical Queries（临床查询）,Clinical Queries利用内在的过滤器使其检索结果更加贴近临床的需要。如果用户需要查阅的并不仅仅局限于临床，也包括基础研究，则不应该使用这个检索引擎。,Clinical Queries（临床查询）,是针对不同的用户，不同的学科专题以及不同类型的期刊而设立的专项信息的检索服务。例如特设了AIDS（艾滋病）、Bioethics（生物伦理）、Cancer（癌症）、Complementary Medicine（替代医学）、health literacy（健康素养）等专题检索。,Topic-Special Queries（特定查询）,提供个性化服务，非常实用的文献管理工具，可以对存储的检索策略进行自动更新检索并将检索结果发送到指定的E-mail邮箱，还可以对检索结果设定Filter（过滤器）和LinkOut等。进入My NCBI，首先免费注册，获得用户名和密码，可以管理在NCBI所有数据库的检索过程及检索结果，追踪了解所在研究领域的最新进展,My NCBI（我的NCBI）,首页,登录,注册,保存检索策略及Email定期自动更新检索结果保存检索结果过滤检索结果 My MCBI的过滤器（Flite）提供了个性化的检索结果过滤功能建立个人书目记录（My Bibliography）及其他感兴趣著者的文献记录（Other Citations）My NCBI页面的Recent Activity可以显示最近6个月用户的检索记录，包括检索时间、检索的数据库、检索结果、浏览的文献等,My NCBI（我的NCBI）,检索结果的处理：点击命中的记录数可以进入检索结果显示页面，默认显示全部文献。显示格式 (Display Settings)结果排序 (Display Settings - Sort by)保存为本地文件（最多10000篇）(Send to File)临时存放至剪贴板 (Send to Clipboard)保存为个人资料集 (Send to Collections)发送至电子邮箱 (Send to E-mail),4、检索结果的处理,可以通过改变Display Setting后的下拉菜单中的选项来改变题录的显示方式，主要有如下几方面的选项。,4、检索结果的处理,可以通过改变Display Sett