pubmed数据库

PubMed 检索系统,陈 萍2014.9,一、NCBI,NCBI:美国生物技术信息中心的缩写。（National Central for Biotechnology Information,NCBI) 网址：/NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。该中心创办了一个生物技术和生命科学的优秀网站，建立了一系列的生物信息事实数据库和文献数据库，提供网络的免费信息服务。Entrez是NCBI网站基于多种数据库的集成检索系统，也是网上最大的免费检索生物医学资源的网站。,二、Entrez资源整合系统,Entrez是NCBI为广大生物研究人员提供的一个基于文本的集成检索系统。通过该平台可以检索到NCBI提供的28个数据库，这些数据库包括文献数据库、DNA和蛋白质序列数据库、三维蛋白质结构数据库、种群研究库、表达库、完全人类基因组库、分类信息等。,二、Entrez资源整合系统,特点一：它把序列、结构、文献、基因组、系统分类等不同类型的数据库有机地结合在一起，通过超文本链接，用户可以从一个数据库直接转入另一个数据库。特点二：它把数据库和应用程序结合在一起。如通过“Related sequence”工具，可以直接找到与查询所得蛋白质序列同源的其它蛋白质。查询得到的蛋白质三维结构，可以通过在用户计算机上安装的Cn3D软件直接显示分子图形。,Entrez中集成的重要数据库,Books 出版社提供之数字生物医学图书与医生参考书籍数据库Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEO Profiles，基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学主题词NCBI Web Site，所有NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏目录Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）,Entrez中集成的重要数据库,Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，孟德尔人类遗传疾病相关文献数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChem Compound，小分子化学物质结构PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMed，生物医学文献题录数据库PubMed Central，科学文献数字全文免费数据库Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库,Entrez中各数据库的记录数,三、PubMed数据库简介,概况 PubMed检索系统由隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的国家生物信息中心（NCBI）于1997年推出的基于internet的免费生物医学文献检索系统，是检索生物医学期刊论文的重要工具，可免费检索MEDLINE、PREMEDLINE，部分记录还可链接到全文。特点 免费检索服务 检索词自动转换匹配 链接功能强大，部分记录能链接到全文登录入口 /,四、PubMed数据库收录范围,Medline 收录了1966年以来全世界包括美国在内的80多个国家的5000多种生物医学期刊，内容涉及医学的各个领域、牙科学、护理学、兽医学、保健系统和基础医学。数据库中大多数记录为英文或具有英文摘要。 PubMed-indexed for MEDLINEOLDMedline 收录1946-1965年的约200万条记录。没有摘要。 PubMed-OLDMEDLINE for Pro1966,四、PubMed数据库收录范围,In Process Citations（PreMedline）临时医学文献数据库 收录PubMed中未经标引的最新记录。经过主题词、文献类型、基因库存取号等加工索引后，添加到Medline数据库中，并从PreMedline库中删除。 PubMed-in processPublisher-Supplied Citations 出版商直接提供的文献，每条记录都标有 PubMed-as supplied by publisher。,Pubmed新界面,五、PubMed检索规则,数据库结构AB-Abstract LA-Language AD-Affiliation 第一责任者的工作单位、地址 AU-Author Name 著者姓名ALL-All Fields Pubmed可供检索的全部字段 CY-Country PT-Publication Type DP-Publication Date SO-SourceEDAT-Entrez Date TA-Journal Title Abbreviation GS-GeneSymbo TI-TitleIS-ISSN UID-Unique Identifiers备注：检索词字段标识符如：AB、TI、AD,五、PubMed基本检索规则,逻辑运算符支持逻辑运算符“AND”、“OR”、“NOT” （运算符不区分大小写且前后都要有一个空格） 如：common cold AND Vitamin C字段限定符 检索词字段标识符 如：cancerti,五、PubMed基本检索规则,词汇自动转换MeSH Translation table(MeSH转换表)Journals Translation table（刊名转换表） Phrase List（短语表）Author Index（著者索引）检索词自动对照上述四个表中进行词语的匹配查询，直到找到合适的词。 注：如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时，PubMed就将短语分开，再重复以上顺序单独分别查找，直到找到相匹配的词。如果仍找不到匹配词，则用AND 将短语中的单个词连接起来在全部字段中查找。,五、PubMed基本检索规则,如： single cell 系统会自动将其分成两个词：single和cell检索，其检索表达式为：“single AND cell ”。,五、PubMed基本检索规则,强制检索功能强迫短语检索，在检索词上加双引号，将不执行自动转换匹配和扩展检索. 如： “single cell”（单个细胞） “oxygen free radicals” （氧自由基） 系统将作为一个不可分割的词组进行检索，使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功能。,五、PubMed基本检索规则,截词检索功能输入bacter *，检出bacteria、bacterium等不执行转换功能截词检索只限于单词，对词组无效 如输入“infection *”，能检出“infections”，但不包括“infection control”等,六、PubMed检索途径和方法,基本检索主题词检索其他检索,基本检索,基本检索框,自由词检索 在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特有的“词汇自动转换功能”。例如：检索肺肿瘤 (lung cancer)方面的文章。 在检索框中输入：“lung cancer”，再点击“Go”按钮。 PubMed将自动地利用它的“词汇自动匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索，比如，检索“lung cancer” 将自动转换为： lung neoplasmsMeSH Terms OR (lungAll Fields AND neoplasmsAll Fields) OR lung neoplasmsAll Fields OR (lungAll Fields AND cancerAll Fields) OR lung cancerAll Fields,输入检索词,检索结果,检索结果显示方式设置,检索结果按年度分析,相关检查,在题目中检索的结果,在PubMed Central中免费获取全文,在其他数据库中查询相关数据,详细检索表达式,最近操作记录,检索结果概览页面,检索结果的过滤与限定,文献类型,文本选项,出版日期,物 种,语 种,性 别,子 集,期刊类别,年龄组,检索字段标签,检索结果显示方式设置,检索结果保存方式,检索构建器,检索历史,高级检索界面,检索式编号,清楚历史检索式,检索出的篇数,检索时间,Details,匹配过程,检索词转换明细,系统经词汇自动转后的详细检索式,检索式,基本检索举例,1、查找转基因动物（Transgenic Animal）的基因（genetics）的临床试验、meta分析和随机对照试验方面的文献。2、查找南京医科大学（NANJING MEDICAL UNIVERSITY）流行病学教研室沈洪兵在Cancer Letters上发表的文章。,医学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的主题标引和检索达到统一和一致，并指导用户高质量地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用，显示主题词之间的相互关系。,主题检索,基本概念 主题词表：PubMed采用的主题词表是美国国立医学图书馆的医学主题词表(Medical Subject Headings，简称MeSH) 。MeSH ：是美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表。它是一部规范化的可扩充的动态性叙词表。美国国立医学图书馆以它作为生物医学标引的依据，编制医学索引（Index Medicus）及建立计算机文献联机检索系统MEDLINE数据库。MeSH汇集约24，357多个医学主题词(2007年)。,副主题词：又称限定词(Qualifiers)，与主题词进行组配，对某一主题词的概念进行限定或复分，使主题词具有更高的专指性。如诊断（Diagnosis，DI）、药物治疗（Drug Theray，DT）、血液供给（Blood Supply，BS）等。正确选择副主题词也很关键。例如肺发育不全，输入主题词“肺”后，在副主题词菜单中选择“畸形”表示发育不全；再例如，双子宫 用 子宫/畸形 检索。,主题检索,优势 准确性（准确揭示文献内容的主题）和专指性。标引（对文献进行主题分析，从自然语言转换成规范化检索语言的过程）人员将信息输入检索系统以及检索者(用户)利用系统内信息情报这两个过程中，以主题词作为标准用语，使标引和检索之间用语一致，达到最佳检索效果。,医学主题词表数据库(MeSH Database) 利用主题词进行检索方法:1、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面；2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词；3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；4、选择合适的主题词与副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览窗口；5、点击Search PubMed将显示检索结果。,检索框,主题词轮排表,主题词,主题词注解,所有可选副主题词,限定作为主要主题词检索,不扩展检索,该主题词所替代的非规范词形式,树状结构表,主题词树形结构表：显示该词的学科隶属关系,1、选择副主题词,2、选择和组配方式,点击Search Pubmed完成检索,检索结果页面（默认为题录格式),主题检索举例查找醛糖还原酶抑制剂（aldose reductase inhibitor）预防糖尿病肾病（Diabetic Kidney Diseases）的方面文献。,其它检索,引文匹配器（Citation Matcher）已知一篇文献的简单题录信息，可通过引文匹配器“Single Citation Matcher”查找到详细的信息。输入题录信息，查找特定文献进行补缺。刊名要准确，缩写也要标准。姓名为姓的全称加名字的首字母缩写。例：查找南京医科大学（NANJING MEDICAL UNIVERSITY）流行病学教研室沈洪兵在Cancer Letters上发表的文章。,期刊名输入框,作者名输入框,篇名,执行检索,期刊数据库（Journals in NCBI Database）查找某一期刊上发表的文章。通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文献。提供电子原文的超链键。,1: Scott JA, Horner TG, Leipzig TJ.Retrograde suction decompression of an ophthalmic artery aneurysm using balloonocclusion. Technical note.J Neurosurg. 1991 Jul;75(1):146-7.PMID: 2045901 PubMed - indexed for MEDLINE,已知期刊缩写：J Neurosurg 要求查找出其全称及出版情况,查找刊名中包含immunology的所有期刊,浏览全部期刊 点击屏幕中部的LinkOut jourals lists，可获得PubMed收录的全部期刊列表，按英文字母顺排列。依据此列表可以了解Pubmed的收刊情况以及录入这些期刊的电子出版商的网址。,浏览全部期刊列表,七、检索结果输出,五种方式进行输出保存到文件中（file）保