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文档简介
.,系统发育树构建,赵慧,.,16SrRNA片段获取,DNA提取,基因组DNA,PCR扩增,16SrRNA,细菌培养液,测序,.,序列比对,1.使用DNAstar中的SeqMan对未知菌测序得到的两条序列进行组装连接SeqMan使用方法:1.打开软件如图,.,2.点击AddSequence然后选择侧得的序列(带有图的),.,3.点击Assemble得到如下图,然后双击Contig1,.,4.得到下图,减掉两端不好的序列,点击Contig,再点击saveconsensus,保存。,.,NCBI比对,5.将得到的序列输入到NCBI上进行比对,.,6.BlastDAN,.,7.输入组装的DNA序列,.,8.选择相似的菌种,.,9.下载FASTA格式,.,10.MEGA7比对,1.打开软件点击Align-Edit/BuildAlignment然后OK-DNA再然后是Edit-insertsequencefromfile-选择序列(相似菌和目的菌,fasta格式)-选中序列-点击Alignment-AlignbyclustalW-保存(mas格式),.,构建发育树,再点击phylogency-construct/testneighbor-jioningtree-然后选择上述保存的文件.mas然后参数选择Bootstrapmethod10
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