寻找启动子区域和预测转录因子结合位点ppt课件

.,目的：寻找promoter区域预测Transcriptionfactorbindingsite,举例：预测人基因ANKH上游2000bp启动子区域中NF-kB的结合位点,.,寻找promoter区域,用NCBI：/用UCSC：/用Ensembl：/index.html用公司信息（只包含公司拥有promoterclones的信息）：,.,寻找promoter区域,NCBIttp://pubmed/选择Gene,输入ankh,点击search选择第一项，人类Homosapiens的ANKHChromosome5location14704909-14871887,complement(反义链)即-14871887到-14704909为基因范围此例中选取-14873887到-14871887约2000bp核苷酸序列作为启动子区域,.,寻找promoter区域,图形显示,FASTA格式显示的核苷酸序列,输入序列可以查询染色体位置,ANKHgene在反义链上，所以用负数表示,可以查询具体核苷酸序列,点击Graphics-Tools-SequeceTextView,.,寻找promoter区域,点击GoToPosition,输入-14873887，点击PrevPage找到具体位置复制白底黑色区域即为promoter区域。,白底黑字为启动子区域,紫底黑字为基因区域,粉底黑字为编码区，ATG为启示密码子,.,寻找promoter区域,在前两张幻灯片中选择FASTA在右边Changeregionshown输入14871887到14873887Displayoptions选择Showreversecomplement可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距，可以输入14871887到14873886）,.,寻找promoter区域,/选择genomes在clade选择Mammal，genome选择Human，assmebly选择最新的数据库，gene中输入ANKH点击Tables在track中选择RefSeqGenes，在outputformat中选择sequence点击getoutput。选择genomic。,.,寻找promoter区域,选择Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase外显子大写，其他小写,.,寻找promoter区域,选择Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase外显子大写，其他小写,.,寻找promoter区域,小写字母为promoter区域,大写字母为基因区域，与NCBI结果相同,ATG为CDS区起始密码子,.,寻找promoter区域,/index.html选择human输入ankh选择Gene，点击GeneIDENSG00000154122点击左边的Exportdata,.,寻找promoter区域,5Flankingsequence输入2000OptionsforFASTAsequence中Genomic选5Flankingsequence，deselectall点击Next（不管正反此法都适用）,.,寻找promoter区域,得到2000bases的核苷酸序列,.,寻找promoter区域,.,寻找promoter区域,点击clickheretoviewthepromotersequence得到promoter信息,.,丁香园网友给出的方法,链接：,.,预测Transcriptionfactorbindingsite,用Jaspar,.,预测Transcriptionfactorbindingsite,NF-kappaB，右边输入ANKH启动子区域，点击SCAN结果得到5个Transcriptionfactorbindingsite，其中Strand-1没有特殊意义，另外三个GGGAAATACC得分最高,.,预测Transcriptionfactorbindingsite,http:/alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3Step1selectspecies选择humanStep1SelectFactors选择NF-kappaBT00590Step2SearchSites输入ANKH的promoter区域结果中有一个位点TGGGAAATACCT，与JASPAR结果中得分最高的相同,.,预测Transcriptionfactorbindingsite,http:/www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.htmlEnteralabelforth