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-,1,Lammps计算与VMD显示简介,-,2,1.模型格式转化（data文件）,2.编辑输入文件（in文件）,3.使用Lammps开始计算,4.VMD实时显示,-,3,Lammps,Lammps-Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator大规模原子分子并行模拟器一套分子动力学模拟编码系统，C+语言可以模拟各种液体，晶体以及高聚物的微观系统在Linux环境下运行的，它本身没有可视化后的图形界面模拟计算的过程都是在Linux终端执行,-,4,Car格式模型结构：由MS导出,Lammps工具包中msi2lmp.exe工具,Cvff力场文件,计算开始分子建模（1）MS建立所需模型，通过Discover指定力场（2）导出.car和.mdf文件（3）使用msi2lmp.exe工具转化,-,5,打开终端terminal,-,6,打开终端terminal,-,7,msi2lmp.exe转换data文件格式,-,8,得到lammps计算所需结构模型data文件：data-NaCl.lammps05,-,9,Lammps计算结构模型data文件,-,10,此处为势函数参数系数计算中通常在in文件内设置此处删除！然后保存得到data文件,Lammps计算结构模型data文件,-,11,输入文件：in文件,Lammps执行程序,复制输入in文件和lammps执行程序到计算目录中,-,12,Lammps计算输入文件in文件,周期性边界条件,势函数设置,读入模型数据,势函数参数设置,-,13,同种类型原子定义为一个group，便于数据后处理,终端实时输出热力学信息数据,设置imd接口，与vmd实时通讯，显示结构变化,-,14,输出轨迹到文件,选择系综NVT开始模拟,-,15,指定in文件，使用lammps开始模拟,-,16,指定in文件，使用lammps开始模拟,等待VMD接口连接,-,17,打开VMD,-,18,加载初始模型结构,-,19,-,20,-,21,-,22,-,23,-,24,-,25,-,26,-,27,-,28,-,29,-,30,等待VMD接口连接,-,31,-,32,设置VMD接口连接,-,33,imd连接成功,-,34,计算开始,-,35,计算开始,-,36,-,37,-,38,-,39,-,40,Lammps自带例子演示,-,41,Lammps自带例子演示,-,42,Lammps自带例子演示,-,43,Lammps自带例子演示,-,
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