使用贝叶斯方法构建系统发育树mrbayes

用贝叶斯方法构建系统进化树MrBAyesmrBayes要求的比较文件的格式是nex。如果比较是选择并输出这种文件格式，那么可以在命令提示符下运行mtBayes，并在CMD中输入mrBayes。出现以下界面在界面中输入exe文件(或执行文件，其中file是序列文件名)以获得以下界面如果没有错误，数据文件格式是正确的。设置替换模型参数您可以使用帮助lset查看由lset设置的参数Nucmodel:是指核酸的类型。4by4指的是序列上没有区别的位点。密码子指密码子模型的使用。此时，序列中每个位点的置换率将从密码子模型中推断出来。双重序列通常用于具有共同进化效应的序列。一般来说，可以使用4by4。如果是编码序列，最好使用密码子：核酸替代模型。1是JC69模型，即单参数模型。2是F81型号。6是GTR模型。在mrBayes中，可以尝试分别运行三个模型来选择最佳结果。代码：指密码子编码规则。通用是指通用密码子的使用规则。如果线粒体中的基因被推测，Metmt是必需的，叶绿体需要支原体倍性：比率：指定序列中每个站点的替换比率。相等意味着替换率是一致的。伽马表示伽马用于确定序列的替换率。Ngammacat:使用上述参数，如果更换率设置为、和Adgamma，则需要设置该选项。同上。使用类似命令设置参数，如lset Nst=6 Rate=。设置模型的先验信息使用帮助文件查看相关参数及其描述一般来说，需要注意的参数是：过渡：指定过渡和横向的比例。固定可以用来指定，或者贝塔分布可以用来模拟生成。Revmatpr:在GTR模型中指定替换率的先验分布。Aamodelpr:指定氨基酸替代模型中参数的先验分布。状态频率：指定GTR模型中核苷酸平衡频率的先验概率。Shapepr:设置速率分布的比例参数。设置采样信息使用帮助mcmc查看相关参数Ngen:指总采样次数。Nruns:规定了独立分析的数量。如果为2，则表示程序从两个独立的树开始采样，并在分析完成后综合两个分析结果。Nchain:设置每次分析运行的链数。Samplefreq:从样本总数中指定采样频率。这通常与Ngen一起使用，以确保分析的最终样本量足够。例如，Samplefreq设置为100，000，nruns设置为1000。因此，从100，000个随机样本中的每一个中抽取一个样本，并且可以获得总共1000个样本。Burninfrac:该参数控制待分析样品的数量。MCMC采样开始时的数据通常不可靠，需要删除。Burninfrac控制移除的百分比。如果为0.25，则移除样本的前25%数据。因此，用于分析的样本总数为1000*(1-0.25)=750。使用类似的命令设置相关参数，如mcmcmcpgen=10000和Samplefreq=10。设置完成后，输入MCMC并输入，程序开始运行。最后一列中的时间表示程序完成所需的时间。当程序完成时，它将提示分析是否需要继续。这意味着如果采样不稳定，我可以继续增加样本数量。判断它是否稳定的依据是这一行提示的差异足够小。通常小于0.01可以被认为达到了平衡。上图显示方差变化为0.01，分析可视为稳定。因此，不需要更多的取样分析，输入“否”并进入车辆。在屏幕输出中查找链交换信息。如果由链交换信息显示的四个链之间的交换频率在0.1和0.8之间，则结果可以被认为是合理的，并且可以进行下一个分析。否则，必须重置参数：包括足够长的Ngen，并适当降低温度等。如果结果合理，输入sumburnin=250 (250是根据burnin=0.25计算的，samplefreq=10，Ngen=10000)主要与屏幕的输出结果有关。如果数字1和2在屏幕上没有明显的上升趋势，数据分析是合理的。如果输出是这样的这表明数据还没有达到稳定的水平。应该重新分析一下。需要添加Ngen。如果采样是稳定的，我们可以使用多芯片组件分析的结果。屏幕输出有以下结果这是所用替换模型中每个参数的估计值。使用sumt burnin=250查看树。节点上的数据代表了树的可靠性。越高越好。相关的树文件和参数保存在带有后缀的文件中。con，可以通过treeview等软件查看。mrBayes的高级功能。1)在序列文件中设置相关参数如果我们不想在屏幕上输入参数，但在输入序列文件后让程序自动运行，我们可以在序列文件中设置相关参数。格式如下：因为集水坑和集水坑具有诊断功能，所以不建议将这两个命令写入文件。2)使用划分函数如果分析的序列不一致，例如编码区和子编码区，或者如果要将编码分成密码子的第一、第二和第三个碱基，则需要使用划分函数。将以下内容添加到序列文件中字符集用于设置变量和赋值。1。3是指从第一个位置开始，从三个位置中的每一个位置取出一个值，并用变量pos1表示这些值。这代表第一个密码子。其他类比。“分区”和“设置”行用于提示程序，顺序分为三个部分。Prset线用于指定独立估计三个部分的参数。如果序列被分为编码区和非编码区