改版PubMed的检索方法.ppt

新版PubMed搜索，浙江中医药大学图书馆刘春金，新版PubMed搜索，PubMed与NCBI相关数据库PubMed数据范围了解新版PubMedPubMed搜索方法PubMedRSS主题跟踪，PubMed与NCBI相关数据库(国家生物技术信息中心)是世界上几个重要的分子生物学信息网站之一。其成立的原因是为了发现计算信息处理方法对已故参议员克劳德佩珀的生物医学研究的重要性。因此，NCBI于1988年11月4日成立。NCBI是国立卫生研究院下属的NLM国立医学图书馆的一个部门。因为NLM在建立和维护生物医学数据库方面有经验，而且因为它是国家卫生研究院的单位，所以它可以执行计算分子生物学程序。国立卫生研究院是目前世界上最大的生物医学研究单位。NCBI的主要任务是：提供生物医学分析和计算工具，帮助研究人员理解生物语言脱氧核糖核酸在健康和疾病中的作用，开发新技术，帮助理解调节健康和疾病的基本分子和遗传过程，包括建立自动系统，储存和分析分子生物学、生物化学和遗传知识；促进研究和医学界对数据库和软件的使用；协调生物技术信息的传递和管理；执行基于计算机的高级信息分析过程，以分析重要生物分子的结构和功能。NCBI组织结构，计算机生物学分支(CBB)信息工程分支(IEB)信息资源分支(IRB)，NCBI组织结构，计算操作基础与应用研究，数学与分子生物学，生物与遗传学理论问题，计算机生物学分支(CBB生物学(CBB)，包括基因体分析，序列比对，序列搜索方法，大分子结构，动力学与相互作用，结构/功能预测等。在国立卫生研究院实验室、政府机构、学术机构和生物学家、化学家、数学家和计算机科学家之间建立一个计算分子生物学的合作研究项目。为分子生物学分析工具的研究提供建议。通过计算和理论方法与分子生物群落相互作用，提高实验研究的质量。NCBI组织结构，信息工程分会(IEB)进行数据表示和分析的应用研究，包括分子生物学、遗传学和生物化学中的计算机存储、管理和检索系统。设计显示分子生物学信息的各种数据库结构和规格，包括核酸、蛋白质和结构信息。设计和开发分布式软件系统，为研究人员提供本地和远程计算服务。协调序列、遗传、结构和目录信息的披露，建立管理和整合数据库或与外部数据库的链接。建立NIH内部和外部学术单位的信息学合作研究计划。提供软件和数据库设计咨询和建议。制定并倡导数据库、数据交换和生物命名的标准。NCBI信息资源处的组织结构规划、监督和管理NCBI的计算机技术业务，包括用于研究、开发和访问公共数据库的计算机系统。为NCBI人员和外部用户提供技术支持。为NCBI服务提供网络运营指导。利用NCBI资源规划教育、培训和研讨会。计划、开发和管理政府合同和合作协议，并获得支持NCBI信息职能的设备和服务。作为基因库项目用户和服务办公室之间的联络人。开展应用研究和开发，提供技术支持和指导，并确定用户需求；管理生物用户社区的问卷调查，以评估NCBI开发的软件使用情况。协调其他政府部门和生物信息资源，促进NCBI数据存储的发展。在NCBI的组织结构中，NCBI也有一个基础研究的多学科小组，由计算机科学家、分子生物学家、数学家、生物化学家和物理学家组成，共同致力于计算分子生物学的基础和应用研究。他们一起研究如何使用数学和计算机方法在分子水平上解决基本的生物医学问题。这些问题包括基因结构检测和分析、序列分析、立体结构预测、重复序列模式、建立基因体图、艾滋病毒感染动力学的数学模型、分析序列错误对数据库搜索的影响、开发数据库搜索和多序列比对的新算法、建立非重复序列数据库、使用数学模型评估序列相似性在统计学中的重要性、建立文献检索的矢量模型等。此外，这些研究人员仍与国家卫生研究院研究所、学术机构的研究实验室和政府机构的研究实验室保持合作关系，一些研究项目仍在进行中。NCBI资源生物信息资源目前由NCBI提供，主要分为生物数据库生物信息工具、NCBI资源生物数据库生物数据库是一个大型的永久性数据组织，通常与计算机软件相结合来执行数据的更新、查询和访问功能。对研究人员来说，数据库必须符合两个功能：方便获取信息和获取只回答特定生物学问题的信息。NCBI的数据库搜索和访问系统Entrez可用于从一个或多个数据库中获取综合数据。例如，Entrez蛋白质数据库可以查询蛋白质信息，也可以链接到生物分类数据库来查询生物分类信息。目前，NCBI提供的开放存取数据库包括以下内容：Entrez和BLAST，Entrez是NCBI的搜索和检索系统，为用户提供综合的存取顺序、位置、分类和结构数据。Entrez还提供序列和染色体图的图形视图。Entrez是一个搜索和检索工具，用于整合NCBI数据库中的信息。这些数据库包括核酸序列、蛋白质序列、大分子结构、全基因组和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez强大而独特的功能之一是它能够检索相关的序列、结构和引用。PubMed是一个网络搜索界面，提供了对MEDLINE上900万份杂志参考的访问，包括链接到参与出版商网站的全文文章。BLAST是NCBI开发的一个序列相似性搜索程序，它也可以作为一种手段来识别基因和遗传特征。BLAST可以在不到15秒的时间内对整个DNA数据库进行序列搜索。NCBI提供的其他软件工具包括：开放阅读框架查找器、电子聚合酶链反应和序列提交工具、亮片和银行信息。所有NCBI的数据库和软件工具都可以从HTTP或FTP获得。Entrez可以检索的数据库，由图书出版社提供的数字生物医学图书和医生参考书数据库，美国国家癌症研究所的癌症染色体数据库，整合了细胞遗传学，临床和文献相关的数据保存域数据库(CDD)，蛋白质功能区保留序列数据库三维域，蛋白质功能区立体结构数据基因，包含许多物种的基因数据库，包含800多个物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表达图谱地理数据集， 基因表达实验和生物芯片数值结果数据地理分布图、基因表达图谱同源基因、同源基因注释数据库期刊、期刊文献(包括PubMed)MeSH、医学主题词数据库NCBI网站、全NCBI网页NLMCatalog、美国国家医学图书馆的书目、期刊和视听资料目录是核苷酸序列数据库、核酸序列数据库(包括GenBank、RefSeq和PDB等。 )，Entrez可以检索的数据库，在线孟德尔遗传研究所(OMIM)，人类遗传病相关文献数据库PopSet，群体进化分析相关研究数据蛋白质序列数据库，蛋白质序列数据库(包括瑞士Prot，PIR，PRF，PDB等数据库和从GenBank和RefSeq核酸序列翻译的蛋白质序列数据)PubChemBioAssay，化学成分PubChemCompound的生物活性筛选数据，小分子化学物质PubChemBioAssay的结构，生物活性筛选数据PubMed，科学文献报告数据库PubMedCentral单点核酸多样性数据库(dbSNP)结构、分子模型数据(MMDB)分类学、基于核酸或蛋白质的分类学信息单基因、人类独特基因序列数据库单基因、独特序列标签地址数据库、PubMed数据范围、数据类型：期刊论文、评论和与其他数据资源的链接。特点：免费主题记录和摘要，链接到原始网站(部分免费获得)，自动转换和匹配的搜索条件，简单快速的操作，PubMed数据范围，MEDLINE4800种生物医学期刊，涵盖医学，护理，牙科，兽医，医疗保健系统，临床前医学等学科。这些期刊来自美国和世界上70多个国家和地区。自1966年以来，文献数量达到了1200多万条。该记录用PubMed-indexedForedLine标记，表示截至2006年3月15日PubMed发布的数据。过程引用提供了MEDLINE尚未标准化的数据。在获得MeSH单词后添加MEDLINE。该记录标有PubMed-inprocess。出版商直接向PubMed提供电子记录，包括一些不包括在MEDLINE中的记录，这些记录标有PubMed-assuppliedbypublisher。在1950年至1965年间，旧Medline发表的200多万篇文章没有MeSH字段，并在摘要记录中标记为Pubmed-旧Medline1950-1965。PubMednotMedlinePubMed包括未包含在Medline中的文档。该记录标有PubMed。PubMed和MEDLINE之间的差异范围很广：一些生命科学(物理、天文学、化学等)文章的新记录。MEDLINE在非医学期刊中收集的)是：在MEDLINE数据索引之前的最新标题在类型上是完整的：提供电子原始链接(一些是免费的)，并且PubMed的新版本是已知的。PubMed主页PubMed搜索结果页面PubMed搜索结果显示PubMed摘要显示新版本PubMed的功能：简洁、新鲜、快速的搜索速度、/pubmed、常用工具、WelcometoPubMed、使用帮助、更多服务、搜索词输入框、源SO、标题TI、作者AU、文档类型(状态)、摘要、结果筛选、检索提示、新版本pubmed的知识、新版本PubMed的知识、调整显示设置可以改变显示模式、显示数量和检索排名在摘要显示模式下可以看到详细的文档信息、作者地址、文档摘要、文档作者、文档标题、全文链接、文档类型。文档的主题标题、出版社出版的PubMed新版知识、PRE MEDLINE、PubMed、Medline、PubMed数据库(主要是Medline)中包含的文档状态、相关数据库检索、检索细节、PubMed新版知识、标题带有方括号并标有语言的非英语文档、英语文档、土耳其语、title、英语文档、理解PubMed新版、e-priority是最新文献，通常比印刷出版提前三个月以上，e-priority，2009年5月。 2008年9月，了解PubMed的新版本，PubMed搜索方法，PubMed基本搜索PubMed高级搜索PubMed有限搜索PubMed主题搜索临床查询搜索PubMed全文访问，PubMed基本搜索，在搜索框中键入一个或多个英文单词(大写或小写)，单击“执行”按钮，PubMed系统将自动查询与词库、期刊名称表、短语表和作者索引中的输入单词相匹配的表单，这是其独特的“自动单词匹配功能”。 例如：搜索关于癌症的文章。在搜索框中输入“癌症”，然后单击“开始”按钮。PubMed将自动使用其“自动单词匹配”功能将重要单词组合在一起，并将非标准单词转换为MeSH词汇表中的标准单词进行检索，例如，检索“癌症”将自动转换为：“肿瘤”Mesh术语或“肿瘤”所有字段或“癌症”所有字段，自动转换匹配：PubMed智能地校对输入到检索框中的检索词，并逐渐将它们与数据库中的各种术语进行匹配。网络翻译表关键字注释表，日记翻译表日记注释表，常用短语列表表，授权索引表作者索引表，映射表，搜索词拆分与，搜索自由词时，PubMed自动将非标准词转换为标准词进行搜索，自动词转换，PubMed基本搜索，布尔逻辑组合搜索，常用逻辑关系词包括与，或，非等。逻辑与)-检测到的记录包含搜索词A和搜索词B。例如，逻辑非)-在包含搜索词A的记录中，包含搜索词B的记录被移除。例如：ANOTB，逻辑OR) -在记录中检测到带有搜索项A或B或两者的文档。例如：AORB，PubMed基本搜索，作者姓名搜索根据姓氏首字母(不带标点符号)格式键入作者姓名，如smithja或jonesk，系统会自动在作者字段中搜索。名称的第一个字母可以是大写或小写。名字后面跟着姓氏。姓氏是全名，名字通常缩写。考虑到作者姓名的不同形式，PubMed使用自动转换功能来搜索作者姓名，例如，smithj将搜索到smithja、smithjb、smithjr等。准确检索：作者姓名可以用双引号括起来，作者字段限于AU，如： smithjau，从而避免自动PubMed转换，实现准确搜索。，PubMed基本搜索，作者姓名搜索按姓氏