系统进化树的构建ppt课件

。实验3。系统发育分析软件的使用，分子系统发育分析和系统发育分析研究是研究物种进化和系统分类的一种方法。研究对象是携带遗传信息的生物大分子序列，并使用特定的数学统计算法来计算生物之间的进化关系。系统进化树，即树形图，被用来总结生物之间的亲缘关系。分子系统发育树使用一个类似于树枝的图表来总结各种生物之间的遗传关系。系统进化树的主要组成部分是节点：每个节点代表一个分类单元(属，种群)。Clade:指从同一有机体进化而来的单一系统群。实体被抽象为节点，实体间的进化关系被抽象为联系，分子系统发育的核心是构建系统进化树。人类，猩猩，狒狒，外婚制，分支长度，根，进化分支，节点，系统进化树(1)，系统进化树例子，进化拓扑：系统进化树中不同分支的拓扑图。根：所有分类的共同祖先。节点：表示分类单位。进化分支：由两个或多个生物体(脱氧核糖核酸序列)及其祖先组成的分支。进化分支：进化关系图表示进化分支的长度：用数值表示的进化分支的变化程度(遗传距离)距离尺度：生物或序列之间差异的数值尺度。输出组：与分析序列相关且具有远缘亲缘关系的生物序列、距离尺度、一个单位、节点、多序列比对(自动比对、人工校正)、树构建方法的选择、进化树的建立、进化树评估、进化树重建分析步骤、1。当距离法的适用序列具有高度相似性时，2。最大相似性(MP)当适用的序列具有高相似性时3。最大似然(ML)可用于任何相关的序列集1。基于序列距离特征的计算速度2 3基于序列离散特征的计算速度：距离法最大简约最大似然法，系统发生树重构的基本方法，系统进化树重建分析过程，合理的外群直向同源序列，点阵列动态规划串方法，与系统发生树构建相关的软件，ClustalX(序列比对软件)模型试验“作为任何文本描述的开始(习惯上用“”作为开始)，用于序列标记。从第二行开始，序列本身只允许使用给定的核苷酸或氨基酸编码符号。构建我们自己的Fasta文件，可以直接从数据库中下载，但是有时我们需要根据实际需求构建我们自己的Fasta文件。如果你有序列要用来建立系统发生树，你可以建立自己的文件，如右图所示。文件以文件名的格式保存。txt。首先，我们将下载我们需要的序列。解释了/,的例子。下载文件后，我们将使用预先准备的序列。Fasta文件是用ClustalX1.83直接打开的，该示例说明，在执行多序列比较之前，我们需要对软件进行一些设置。1.选择文档完成对齐选项卡2。选择输出信息，Physique软件：Physique Mega软件：FASTA，序列比较后，比较结果会自动跳出。在保存的路径中，获取预设的保存格式。班纳病毒。fastabanavirus。phy，mega(分子进化遗传分析)这个软件是一个免费的软件包，由Kumar和其他人编写，用于分子进化遗传分析。它可以系统地分析DNA、mRNA、氨基酸序列和遗传距离。在树的构建方法中，提供了最常用的方法：最大似然法、最大似然法、最小二乘法和最大似然法。还可以对获得的树进行bootstrap值测试和标准误差估计可靠性测试。优点是：易于使用最新版本下载/地址：http:/，示例解释_MEGA软件构建系统进化树，示例说明，接下来我们将介绍如何使用MEGA构建系统进化树，首先请使用MEGA软件打开我们之前保留的Fasta文件，此时将有两个窗口，选择文件标签- ConvertfileformattoMega。给出相应的文件路径后，单击“确定”显示该文件已被- ConvertfileformattoMega格式，单击“确定”保存该文件，记住路径，解释示例，单击“以兆格式加载分析序列”，解释示例，选择数据类型，我们在本测试中使用了核苷酸序列。根据实际情况，我们将在这里选择是选项，示例说明，下一步是进入树构建的最后阶段，我们将在普利茅斯选择树构建方法，我们将在这里选择NJ方法。设置参数后，单击计算。蛋白质序列通常是错误的。对于核苷酸序列，通常使用P-距离模型。举例说明。根据Mega计算，最终得到序列中的进化关系。如果节点的BootstrapValue70我们认为这个分支是可靠的，嘿。输入*。PHY文件只是由路径生成的；为了避免繁琐的输入路径，文件可以直接复制到零件2文件夹。第二步：点击【