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文档简介

如何构建系统进化树,YZU.TRY,系统发生树（英文：Phylogenetictree）又称为演化树（evolutionarytree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。,MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的软件。现主要介绍使用Mega6.0构建系统进化树的方法。供大家参考。用MEGA构建进化树有以下步骤：1、测序：将克隆扩增测序得到的基因进行测序。2、NCBI上做Blast/blast/Blast.cgi比对找到相似度最高的几个基因，将这几个基因的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSATA格式，整合在一个*.txt文档中。,3、比对序列，比对结果转化为*.meg格式用Mega6.0的ClustalW做多序列联配，比对结果用*.meg格式保存。或者用ClustalX软件进行比对，比对结果保存为*.aln,再用Mega6.0转化为*.meg格式。4、构建系统进化树打开保存的*.meg格式文件，选择邻接法构建系统发育进化树。,以外米缀蛾的cds为例，点击cds，出现下图。,点击FASTA，出现下图。,该图为外米缀蛾的FASTA格式，如何保存见下图,一般情况下点击该页的右上角有send图标，选择后点击createfile即可下载。Txt可以打开。该图显示的是序列全长的FASTA格式下载。,因为我采取基于氨基酸序列比对，所以选择codingsequences和fastaprotein，下载编码区氨基酸序列。,文件名未下载时不要更改，下下来之后再更改,将所有下载下来的fasta格式序列用记事本打开，集中到一个记事本里,MEGA6可以识别fasta格式文件。如图，将全部-基因.txt重命名为全部-基因.fasta,选择打开方式为MEGA6，打开全部-基因.fasta，自动跳出序列窗口用ClustalW做多序列联配,以.meg格式保存结果,回到MEGA主窗口打开所保存的文件（.meg）,点击按钮打开文件窗口,显示保守位点显示变异位点,回到MEGA主窗口构建进化树,当前打开的文件,选择邻接法建树,选择Bootstrap检验,设定完成，点compute，开始计算得到进化树构建的结果。,双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部斜体，要么全部不斜体，无法只让拉丁文斜体,双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部斜体，要么全部不斜体，无法只让拉丁文斜体,系统发育进化树优化后，复制黏贴到WORD里，用Microsoft
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