




已阅读5页,还剩31页未读, 继续免费阅读
版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领
文档简介
.,1,蛋白质与DNA的相互作用刘兴汉哈尔滨医科大学生物化学与分子生物学教研室,.,2,分类:与单链RNA结合与茎环结构结合与双链DNA结合:普遍性结合特异性结合,.,3,蛋白质与DNA结合的特性:1.DNA识别部位有二度对称性。蛋白质一般是有二度对称结构的二聚体,两个单体具有旋转对称性,与硷基的旋转对称吻合。2.蛋白质和DNA的接触区只在DNA的一侧。3.在结合过程中,蛋白质和DNA都有构像改变。4.普遍性结合:蛋白质中带正电荷氨基酸与DNA骨架的磷酸基团形成离子键。5.特异性结合:识别螺旋区内氨基酸与DNA特定硷基接触。,.,4,蛋白质与DNA的普遍性结合中DNA特点:蛋白质与DNA主链骨架接触,大多数涉及磷酸二酯键中的氧原子。与DNA硷基序列特异性无关结构的匹配性:旋转对称性特定距离的相反电荷形成氢键基团排布上的匹配形成足够大的范德华力,.,5,1.蛋白质和DNA都存在0.7nm的重复距离DNA双螺旋单链相邻磷酸基团间的距离是0.7nm。折叠,N原子间距离是0.7nm伸展折叠C间距离是0.7nm螺旋,Arg和Lys被另外三个残基隔开,带正电荷侧链的距离是0.7nm.2.DNA对称性平移对称:GCATCTGCATCTCGTAGACGTAGA,.,6,二重轴对称GCATCTTCTACGCGTAGAAGATGC二重旋转对称GCATCTAGATGCCGTAGATCTACG旋转对称GCATCTCGTACACGTAGAGCATGT,.,7,蛋白质与DNA特异性结合中DNA特点:大沟内存在特异性识别信息氨基酸与碱基对共平面氨基酸和碱基对之间形成氢键,.,8,.,9,.,10,N,N,O,H,N,N,N,H,N,N,O,N,H,C,O,O,C,C,N,H,H,N,H,H,H,Glu,Agr,H,.,11,蛋白质与DNA普遍结合中蛋白质特点:-折叠结构的带正电荷残基与磷酸集团结合可能是通过识别小沟结构实现1.富含脯氨酸和碱性氨基酸组蛋白有重复的SPKKSer/Thr-Pro-Lys/ArgLys/ArgPRGRP序列与A-T碱基对结合KPRGRPK序列也能与小沟A-T结合2.碱性螺旋组蛋白H1C端57个氨基酸Lys和Gly,Lys在螺旋两侧,Gly夹在中间,.,12,3.蛋白磷酸化作用SPXX:Ser磷酸化TPKK:Tyr磷酸化磷酸化后和DNA结合能力下降磷酸化失去氢键,.,13,蛋白质与DNA特异性结合中蛋白质特点:1.蛋白质多形成二聚体,.,14,HTH复合物,.,15,.,16,同源盒结构,.,17,亮氨酸拉链结构,NH2,COOH,碱性氨基酸Agr和Lys,.,18,锌指结构,Agr和G形成氢键,.,19,.,20,细胞核蛋白质的提取收集细胞,洗去血清和培养基裂解细胞:TritonX-100NP-40去胞浆成分裂解细胞核:高浓度KCl:600mM变更缓冲液浓度,.,21,快速抽提裂解液:提取液:10mMHRPES250mMTris1mMEDTA60mMKCl60mMKCl1mMDTT1mMDTT1mMPMSF1mMPMSFpH7.90.5%NP-40pH7.9,.,22,1X107细胞,100ul裂解液、冰浴5分钟、离心,沉淀,用不含NP-40的裂解液洗一次,100ul提取缓冲液,干冰异丙醇速冻,反复冻融3次,离心,沉淀800C保存,.,23,凝胶滞后试验,.,24,1.蛋白质和DNA结合复合物半衰期短电泳缓冲液低离子强度凝胶的笼效应2.探针以20-200bp为宜。过小不利于蛋白结合,过大增加非特异性结合。3.用竞争性抑制检测DNA与蛋白质结合的特异性4.加3ugPoly(dI-dC)减少非特异性结合5.超级凝胶电泳增强蛋白质的凝胶阻滞作用6.只能确定结合,无法确定序列,.,25,DNA足迹分析,.,26,DNA足迹分析,.,27,1.DNAase随机水解核苷酸磷酸二酯键每一个DNA分子最好只切一次2.蛋白质与DNA结合保护DNA不被切割3.电泳用的是变性凝胶:相差一个核苷酸DNA彼此分开蛋白质从DNA分子上脱落4.可确定与蛋白质结合的DNA序列5.DNA序列是固定的,.,28,.,29,随机PCR,凝胶阻滞试验:蛋白质和DNA结不结合,不能确定结合的序列DNA足迹分析:蛋白质结合DNA的序列不能确定序列硷基变化对结合的影响随机PCR:结合序列硷基变化对结合的影响,.,30,寡核苷酸设计与合成:1.AAGAATTCNNNNNNNNNGGATCCAA2.引物合成3.标准结合反应寡核苷酸的合成4.电泳回收,.,31,探针标记:合成的含随机序列的单链寡核苷酸3引物32PdCTPdNTP(不包括dCTP)Klenow酶电泳纯化,.,32,凝胶阻滞试验纯化探针1.蛋白质与标准结合寡核苷酸结合蛋白质与随机寡核苷酸结合电泳(样品隔开,防污染)2.凝胶回收3.酚、氯仿去蛋白4.PCR(底物加32PdCTP)5.PCR产物再做凝胶阻滞试验,反复纯化,.,33,特异结合序列的克隆和序列分析:酶切随机核苷酸序列与质粒重组用引物对质粒序列进行分析N1N2N3N4N5A14/0.3213/0.304/0.115/0.1114/0.32C9/0.2112/0.2723/0.5226/0.597/0.16G4/0.016/0.146/0.149/0.2119/0.43T17/0.3913/0.3011/0.254/0.014/0.01T/AA/T/CCCG/A超过50%:确定不可替换25-50%:两种硷基可替换小于25%:没有硷基特异性,.,34,SouthWestern杂交试验,确
温馨提示
- 1. 本站所有资源如无特殊说明,都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
- 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等,如果需要附件,请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
- 3. 本站RAR压缩包中若带图纸,网页内容里面会有图纸预览,若没有图纸预览就没有图纸。
- 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
- 5. 人人文库网仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑,并不能对任何下载内容负责。
- 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容,请与我们联系,我们立即纠正。
- 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。
最新文档
- 长春师范高等专科学校《城市基础设施规划》2023-2024学年第二学期期末试卷
- 优化方案.新高考.地理二轮专题复习课件.专题一地球地图
- 英语(人教版必修4)课件Unit3Period4Writing
- 高中一轮复习地理鲁教版课件第4部分第十四单元第三讲经济发达地区的可持续发展以珠江三角洲地区为例
- 人教版高一政治必修一课件生活中产品价格上升的现象
- 消防背景课件
- 2025年零售行业会员积分政策创新与顾客忠诚度提升效果研究
- 德育与学科教学的融合
- 消防紧急救助小组课件
- 加固可行性研究报告中的技术可行性分析与验证
- 提高处方合格率管理
- 云南教育强省建设规划纲要(2024-2035年)知识培训
- 山体护坡施工技术方案
- QC/T 1211-2024乘用车车门内开拉手总成
- 2025年江苏省建筑安全员A证考试题库及答案
- 对外投资合作国别(地区)指南 -科威特-20250106-00615
- 丝绸产业品牌建设-洞察分析
- 【机器人】2021年全球外骨骼机器人产业研究报告-CBInsights
- 智慧燃气系统建设方案
- 2024年浙江绍兴诸暨市交通运输局下属事业单位招聘编外用工6人历年管理单位遴选500模拟题附带答案详解
- 学校保安保洁及宿管服务投标方案(技术方案)
评论
0/150
提交评论