生物医药信息学

生物医药信息学BiomedicalInformatics,课程主要内容,绪论（文献信息检索基础）中文医学数据库检索英文医学数据库检索引文数据库检索网络信息检索综合检索与利用,学习要求,掌握文献信息检索的基本原理掌握基本检索技能熟悉常用的生物医药数据库能够按照要求进行检索，完成检索报告，并对文献进行初步分析,考核方式：完成检索报告,考试范围：检索基本原理基本检索技能检索应用地点：机房笔试时间：最后一次课（随堂上机检索）,第一章绪论,问题,什么叫文献检索？为什么要进行文献检索？如何进行生物医药文献检索？,第一节、基本概念,知识信息文献,信息Information,指物质存在与运动的方式与状态的表现形式或反映，是现实世界事物的反映它提供了客观世界事物的消息、知识，是事物的普遍属性一般指数据、消息中所包含的意义，它可以使信息中所描述的事件的不肯定性减少Allideas,facts,andimaginativeworksofthemindwhichhavebeencommunicated,recorded,publishedand/ordistributedformallyorinformallyinanyformat.,信息Information,Informationisatermwithmanymeaningsdependingoncontext,butisasarulecloselyrelatedtosuchconceptsasmeaning,knowledge,instruction,communication,representation,andmentalstimulus.Simplystated,informationisamessagereceivedandunderstood.Intermsofdata,itcanbedefinedasacollectionoffactsfromwhichconclusionsmaybedrawn.Therearemanyotheraspectsofinformationsinceitistheknowledgeacquiredthroughstudyorexperienceorinstruction.Butoverall,informationistheresultofprocessing,manipulatingandorganizingdatainawaythataddstotheknowledgeofthepersonreceivingit./wiki/Information,a(1):knowledgeobtainedfrominvestigation,study,orinstruction(2):intelligence,news(3):facts,datab:theattributeinherentinandcommunicatedbyoneoftwoormorealternativesequencesorarrangementsofsomething(asnucleotidesinDNAorbinarydigitsinacomputerprogram)thatproducespecificeffectsc(1):asignalorcharacter(asinacommunicationsystemorcomputer)representingdata(2):something(asamessage,experimentaldata,orapicture)whichjustifieschangeinaconstruct(asaplanortheory)thatrepresentsphysicalormentalexperienceoranotherconstructd:aquantitativemeasureofthecontentofinformation;specifically:anumericalquantitythatmeasurestheuncertaintyintheoutcomeofanexperimenttobeperformedhttp:/www.merriam-,Knowledgederivedfromstudy,experience,orinstruction.Knowledgeofspecificeventsorsituationsthathasbeengatheredorreceivedbycommunication;intelligenceornews.Seesynonymsatknowledge.Acollectionoffactsordata:statisticalinformation.Theactofinformingortheconditionofbeinginformed;communicationofknowledge:Safetyinstructionsareprovidedfortheinformationofourpassengers.Anumericalmeasureoftheuncertaintyofanexperimentaloutcome.,信息的基本属性,客观存在性可知性可传递性,知识Knowledge,知识是抽象化的信息知识就是力量知识在不断发展更新知识需要通过学习才能掌握语言的重要性,文献Literature,用一定方式记录在特定载体上，并能起到存储和传播信息和知识作用的一切载体文献是记录有知识的一切载体内容（新/旧；理论/实践；概括/具体）符号（文字/图像/视频）载体（简/帛/纸/胶片/磁盘/光盘）形态（书/期刊/电子书）,检索Retrieval,利用一定工具或系统，按照特定要求，从存储的信息集合（数据库）中找出所需信息的过程。广义的检索还包括将信息组织成数据库的过程。,第二节、信息资源的类型,一、按照载体类型分类,二、按照出版形态分类,图书Books,参考型（三次文献）字典、词典、年鉴、手册、百科全书等内容精炼、浓缩、可靠阅读型科技专著、教科书、论文集、普及读物等内容全面、系统,国际标准书号,InternationalStandardBookNumber,ISBNISBN7-117-06925-2第一段：代表国家、地区、语种，如0，1英，2法，3德，4日，7中第二段：出版者号,由国家或地区ISBN中心分配；第三段：书名号，由出版者按出版顺序所给第四段：校验位唯一性、专属性,期刊Periodicals,有固定的名称（刊名）、相对固定的版式、篇幅和内容范围，按一定的卷期号或年月顺序号连续出版每期发表多个作者的多篇文章，内容不重复、新颖信息量大，是最重要的信息源,期刊名称可出现如下字样：,杂志Journal(s)(of)(6542)学报Acta(529)通报Bulletin(918)年刊Annals(131)会刊Proceedings(225)综述(述评)Reviews(1101)进展Progress(Advances,Frontiers)inISSN,最早的期刊(1665)：PhilosophicalTransactionofRoyalSociety19世纪初叶：约100种19世纪初叶：约1000种1900年：约5000种1967年：26000种1970年：约50000种,会议文献(Proceedings),会议文献一般是指在学术会议上宣读的论文或书面发言。会议论文集分“会前”和“会后”两大类会前：（预印本）ProgramandAbstracts(议程及发言摘要）会后：期刊增刊（专辑）(Specialissue)专题论文集（会议录）连续出版物（或作为丛书之一）科技报告,报道会议消息的期刊：WorldMeeting(美国）CallsforPapers（美国）ScientificMeetings（美国）InternationalCongressCalendar（比利时）检索学术会议文献的期刊：USConferencePapersIndexUSIndextoScientificandTechnicalProceedings即ISTPCN中国学术会议文献通报,专利(Patent),专利文献一般是指发明专利说明书。在实行专利制度的国家里，发明者为获得专利权，向专门的专利机构递交的阐述发明内容的法律文件，称为专利说明书(Specification),科技报告(TechnicalReport),科技报告主要是在“二战”期间迅速发展起来的一种独立的科技文献类型。著名的科技报告：AD报告：ArmedServiceTechnicalInformationAgencyDocumentPB报告：PublicationBoardNASA报告：NationalAeronautics（2）对每条款目进行标引，形成检索标识，以作为排序与检出的依据;（3）将全部款目有序化组织成为一个有机整体，使之易于存取（排序）;（4）编制与提供多种检索手段，以便从各个角度查检文献（检索）。,特点,收录文献的有限性报道文献的时滞性文献标引深度的有限性,二、检索工具的种类,1)按著录形式分为：（1）题录式（2）文摘式（3）全文式,1）题录型检索工具,这种类型的文献款目只记录或描述文献的外部特征。通常有文献名称、著者姓名、来源出处等。题录型检索工具在名称中常出现“目录”（catalogue）、“索引”（index)等字样。如：中文科技资料目录、美国医学索引,文摘是在题录的基础上再加文献的内容摘要构成的文献款目。文摘型检索工具在名称中常有“文摘”、“abstract”、“digest”、“excerpta”等字样。如生物学文摘、化学文摘、中国生物医学文摘数据库等,2）文摘型检索工具,3）全文型检索工具,是指计算机检索系统中全文数据库。如中国学术期刊全文数据库、万方全文数据库、重庆维普全文数据库、ovid全文数据库等,按载体和出版形式分：,（1）书本式（2）卡片式（3）机读式,按文献收录范围分,综合性检索工具：如科学引文索引、全国报刊索引等专业性检索工具：化学文摘和生物学文摘等专题性检索工具：如中药炮制研究文献目录单一性检索工具：只收录某一特定类型的文献，如专利文献通报、医药卫生,三、文献检索基本方法与步骤,（1）常用法a顺查法b倒查法c抽查法（2）追溯法（3）分段法,1.查全率与查准率的概念查全率是指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量与系统文献库中相关文献总量的比率，它反映该系统文献库中实有的相关文献量在多大程度上被检索出来。查全率R100%漏检率O100%,四、文献检索效果评价,查准率是指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量与检出文献总量的比率，它反映每次从该系统文献库中实际检出的全部文献中有多少是相关的。查准率P100%误检率N100%,如图所示:P高则R底；R高则P底要取得较好的检索效果应兼顾二者一般：查全率为6070；查准率为：4050,R,P,0,检索效率的基本特性,影响查全率的因素,(1)文献库收录文献不全；索引词汇缺乏控制和专指性；词表结构不完整；词间关系模糊或不正确；标引不详或标引前后不一致；标引人员遗漏了原文的重要概念或用词不当等。,（2）从情报检索来看检索策略过于简单；选词和进行逻辑组配不当；检索途径和方法太少；检索人员业务不熟练和缺乏耐心；检索系统不具备截词功能和反馈功能，检索时不能全面地描述检索要求等。,影响查准率的因素,索引词不能准确描述文献主题和检索要求；组配规则不严密；选词及词间关系不正确；标引过于详尽；组配错误；检索时所用检索词（或检索式）专指度不够，检索面宽于检索要求；检索系统不具备逻辑“非”功能和反馈功能；检索式中允许容纳的词数量有限；截词部位不当，检索式中使用逻辑“或”不当,提高查全率的基本方法,扩大检索课题的目标，使用主要概念，排除次要概念跨库检索逐步扩大检索途径的检索范围取消限定条件降低检索词的专指度，可从词表或检出文献中选一些上位词或相关词补充到检索式外文单词使用截词检索，使用前截词、后截词及中间截词等逐步扩大算符的检索范围，逐步提高查全率的算符依次是：位置算符w,nw,near逻辑算符and,or,提高查准率的方法,精确确定检索课题的目标,使用专业词汇选择专业检索工具逐步缩小检索途径的检索范围用不太常用的检索途径例如信息类型、语种、地理范围、年代范围、作者或号码作为限定条件提高检索词的专指度，增加或换用下位词和专指度较强的自由词逐步缩小算符的检索范围，逐步提高查分准率的算符依次是：