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文档简介

1、中英联合实验室中英联合实验室 基因的转录调控基因的转录调控 中英联合实验室中英联合实验室 原核生物与真核生物基因表达方式的主要区别原核生物与真核生物基因表达方式的主要区别 原核生物:基因的转录与原核生物:基因的转录与mRNA的翻译的翻译偶联偶联,转,转 录与翻译录与翻译同步同步进行,不存在进行,不存在mRNA的加工问题;的加工问题; 真核生物:真核生物: 转录与翻译在转录与翻译在空间空间上是上是隔离隔离的,转录在的,转录在细胞核细胞核中进行,中进行, 转录的产物转录的产物加工加工后输出到细胞质,由游离在后输出到细胞质,由游离在细胞质细胞质中中 或定位于内质网上的或定位于内质网上的核糖体核糖体将

2、将mRNA译成蛋白质译成蛋白质 转录初级产物要经过许多加工与修饰才能成为转录初级产物要经过许多加工与修饰才能成为成熟成熟的的 mRNA ,未成熟的,未成熟的mRNA不能输出细胞核。不能输出细胞核。 中英联合实验室中英联合实验室 一一.原核基因的转录调控原核基因的转录调控 转录起始调控转录起始调控 组成型调控,主要依赖于组成型调控,主要依赖于启动子启动子的结构;的结构; 调节型控制,主要依赖于调节型控制,主要依赖于调控蛋白调控蛋白的活性。的活性。 转录延伸与终止调控转录延伸与终止调控 中英联合实验室中英联合实验室 组成型调控:组成型调控:启动子启动子决定基因转录起始的决定基因转录起始的基准基准水

3、平水平 RNA聚合酶:核心酶与聚合酶:核心酶与 因子 -35盒框盒框主要影响主要影响因子的识别以及聚合酶附着的速率因子的识别以及聚合酶附着的速率 -10盒框盒框与转录起始复合物从封闭状态转向开放状态有关与转录起始复合物从封闭状态转向开放状态有关 下游下游50bp内的核苷酸顺序内的核苷酸顺序 中英联合实验室中英联合实验室 一一.原核基因的转录调控原核基因的转录调控 调节型控制调节型控制 负调控:负调控:阻遏物阻遏物与与DNA 分子结合分子结合 阻碍阻碍RNA聚合聚合 酶转录酶转录 使基因处于关闭使基因处于关闭 状态;状态; 正调控:正调控:诱导物诱导物通常与通常与 蛋白质结合蛋白质结合 形成一种

4、形成一种激激 活子活子复合物复合物 与基因启动与基因启动 子子DNA序列结合序列结合 激活基激活基 因起始转录因起始转录 使基因处于使基因处于 表达状态。表达状态。 中英联合实验室中英联合实验室 一一.原核基因的转录调控原核基因的转录调控 大肠杆菌乳糖操纵子模型大肠杆菌乳糖操纵子模型 -结构基因结构基因(structural gene, SG) :操纵元中被:操纵元中被 调控的编码蛋白质的基因调控的编码蛋白质的基因 -启动子启动子(promoter,P): 是指能被是指能被RNA聚合酶识别、聚合酶识别、 结合并启动基因转录的一结合并启动基因转录的一 段段DNA序列。序列。 -操纵基因操纵基因(

5、operator,O): 是指能被调控蛋白特异性是指能被调控蛋白特异性 结合的一段结合的一段DNA序列。序列。 中英联合实验室中英联合实验室 转录延伸转录延伸 转录延伸时转录延伸时RNA聚合酶沿模板链滑行,始终保持着一聚合酶沿模板链滑行,始终保持着一 个向前移动的个向前移动的转录泡转录泡,12-20bp RNA聚合酶一边在前面解开双螺旋,同时又在后面将聚合酶一边在前面解开双螺旋,同时又在后面将 双螺旋回复双螺旋回复 合成速率:合成速率:RNA 40bp/s,氨基酸,氨基酸 12个个/s 转录终止:热力学最佳状态转录终止:热力学最佳状态 内终止子:大肠杆菌中促使转录终止的内终止子:大肠杆菌中促使

6、转录终止的DNA位置有一位置有一 段反向段反向回文回文顺序,其后紧接一串腺嘌呤核苷酸(顺序,其后紧接一串腺嘌呤核苷酸(A-U配配 对,稳定性较差)。内终止子指导合成的对,稳定性较差)。内终止子指导合成的RNA产物与产物与 模板结合不稳定模板结合不稳定 Rho依赖型依赖型: Rho-解旋酶,使解旋酶,使DNA与与RNA之间的配之间的配 对碱基分开。形成发夹结构,但不太稳定,其后也缺对碱基分开。形成发夹结构,但不太稳定,其后也缺 少一串少一串腺嘌呤腺嘌呤,借助,借助Rho 中英联合实验室中英联合实验室 中英联合实验室中英联合实验室 转录延伸与终止调控转录延伸与终止调控 抗终止抗终止antiterm

7、ination:RNA聚合酶遇到终止聚合酶遇到终止 信号时可无视其存在继续前进,信号时可无视其存在继续前进, 直至第二个终直至第二个终 止信号出现。同一启动子下数个基因。止信号出现。同一启动子下数个基因。RNA聚聚 合酶是否停止,需要借助一个抗终止子蛋白。合酶是否停止,需要借助一个抗终止子蛋白。 衰减衰减(attenuation) ,主要涉及与氨基酸合成,主要涉及与氨基酸合成 有关的操纵基因。色氨酸操纵基因启动子下游有关的操纵基因。色氨酸操纵基因启动子下游 有一段有一段引导顺序引导顺序(50-60bp有有2个色氨酸密码个色氨酸密码 子),子),终止信号终止信号位于位于100-140bp之间,可

8、形成之间,可形成 发夹结构,但取决于聚合酶与核糖体之间的相发夹结构,但取决于聚合酶与核糖体之间的相 对位置。对位置。 中英联合实验室中英联合实验室 中英联合实验室中英联合实验室 中英联合实验室中英联合实验室 二二.真核基因的转录调控真核基因的转录调控 RNA聚合酶聚合酶 依赖于依赖于DNA的的RNA聚合酶聚合酶 依赖于依赖于RNA的的RNA聚合酶:与某些病毒基因组聚合酶:与某些病毒基因组 的复制与表达有关的复制与表达有关 独立于模板的独立于模板的RNA聚合酶:聚合酶:poly(A)聚合酶)聚合酶 RNA聚合酶聚合酶、RNA聚合酶聚合酶 、RNA聚合酶聚合酶 中英联合实验室中英联合实验室 二二.

9、真核基因的转录调控真核基因的转录调控 转录因子转录因子 真核真核RNA聚合酶不能直接接触启动子,必须依赖聚合酶不能直接接触启动子,必须依赖转录转录 因子因子在启动子区构筑在启动子区构筑“平台平台”后,才可进入启动子区,后,才可进入启动子区, 参与转录起始复合物的组装参与转录起始复合物的组装 原核原核RNA聚合酶与启动子亲和力强,几乎所有启动子聚合酶与启动子亲和力强,几乎所有启动子 的转录起始的转录起始基准基准水平都相对较高;真核转录起始水平都相对较高;真核转录起始基准基准 水平都很低水平都很低 普遍性转录因子普遍性转录因子:将:将RNA聚合酶定位在核心启动子,聚合酶定位在核心启动子, 是转录起

10、始复合物的组成成员是转录起始复合物的组成成员 激活转录因子激活转录因子:影响转录起始复合物的组装及转录速:影响转录起始复合物的组装及转录速 率,决定某一基因是否表达。率,决定某一基因是否表达。 中英联合实验室中英联合实验室 中英联合实验室中英联合实验室 每一个真核生物基因组由成千上万个基因每一个真核生物基因组由成千上万个基因 构成构成 看家基因看家基因始终处于活化状态始终处于活化状态 大多数基因在时间上和空间上大多数基因在时间上和空间上选择性选择性表达,表达, 生物体才能够有条不紊生长发育生物体才能够有条不紊生长发育 时间:时间:发育阶段发育阶段 空间:空间:组织、器官组织、器官 二二.真核基

11、因的转录调控真核基因的转录调控 中英联合实验室中英联合实验室 二二.真核基因的转录调控真核基因的转录调控 真核基因表达调控的层次真核基因表达调控的层次 DNA和染色体水平的调控和染色体水平的调控 基因扩增、基因丢失、基因重排、基因修饰、基因封闭等。基因扩增、基因丢失、基因重排、基因修饰、基因封闭等。 转录水平的调控转录水平的调控 转录的起始、延伸和终止等。转录的起始、延伸和终止等。 转录后转录后RNA前体加工及转运的调控前体加工及转运的调控 基因在核中转录而在胞浆中翻译,转录后需经剪切、拼接、编辑、基因在核中转录而在胞浆中翻译,转录后需经剪切、拼接、编辑、 修饰和转运等过程。修饰和转运等过程。

12、 翻译水平的调控。翻译水平的调控。 翻译后水平的调控。翻译后水平的调控。 翻译产物剪切、修饰、构象形成、转运和装配等。翻译产物剪切、修饰、构象形成、转运和装配等。 mRNA降解的调控降解的调控 细胞内有控制细胞内有控制mRNA寿命的机制。寿命的机制。 中英联合实验室中英联合实验室 中英联合实验室中英联合实验室 二二.真核基因的转录调控真核基因的转录调控 1. DNA和染色体水平的调控和染色体水平的调控 DNA水平规律性变化也参与了生物体发育的调节。水平规律性变化也参与了生物体发育的调节。 染色质结构与基因活化(基因封闭)染色质结构与基因活化(基因封闭) 核基质附着区与基因表达核基质附着区与基因

13、表达 基因丢失基因丢失 基因扩增基因扩增 基因重排基因重排 基因修饰基因修饰 中英联合实验室中英联合实验室 二二.真核基因的转录调控真核基因的转录调控 染色质结构与基因活化染色质结构与基因活化 染色质染色质:间期细胞内遗传物质的存在形式,由间期细胞内遗传物质的存在形式,由DNA、 组蛋白、非组蛋白及少量组蛋白、非组蛋白及少量RNA组成的线性结构组成的线性结构 染色质结构的变化与基因能否表达紧密联系,基因要染色质结构的变化与基因能否表达紧密联系,基因要 得以表达,就必须处在特定的染色质结构变化区得以表达,就必须处在特定的染色质结构变化区。 真核基因组真核基因组DNA与组蛋白结合成与组蛋白结合成核

14、小体核小体,进一步形成,进一步形成 更高级的染色质结构,染色质中更高级的染色质结构,染色质中DNA和组蛋白的结构和组蛋白的结构 状态影响转录。在常染色质中表达的基因如移到异染状态影响转录。在常染色质中表达的基因如移到异染 色质则不表达;紧密的染色质结构阻止基因表达。色质则不表达;紧密的染色质结构阻止基因表达。 中英联合实验室中英联合实验室 组蛋白组蛋白是带正电荷的是带正电荷的 碱性蛋白质,可与碱性蛋白质,可与 DNA链上带负电荷的链上带负电荷的 磷酸基相结合,从而磷酸基相结合,从而 封闭封闭了了DNA分子,妨分子,妨 碍基因转录。活跃转碍基因转录。活跃转 录的染色质区段中录的染色质区段中H1

15、水平降低。水平降低。 中英联合实验室中英联合实验室 活化染色质的结构活化染色质的结构 染色体染色体DNA凝缩程度凝缩程度比染色质高得多比染色质高得多 DNA的复制和转录的复制和转录发生于发生于间期染色质间期染色质 间期染色质按间期染色质按结构结构分为分为常染色质常染色质和和异染色质异染色质, 异染色质呈高度凝集状态,无转录活性异染色质呈高度凝集状态,无转录活性 间期染色质按间期染色质按功能功能分为分为活性染色质活性染色质(active chromatin)和和非活性染色质非活性染色质(in active chromatin 活性染色质活性染色质:具有转录活性的常染色质:具有转录活性的常染色质

16、非活性染色质非活性染色质:不进行转录的染色质,包括异染色:不进行转录的染色质,包括异染色 质和部分常染色质。质和部分常染色质。 中英联合实验室中英联合实验室 DNase I 超敏感位点超敏感位点 活性染色质区活性染色质区,基因转录活性区或潜在基因转录活性区或潜在 的转录活性区的转录活性区,可通过检测染色质对,可通过检测染色质对 DNase I的敏感度来决定的敏感度来决定 DNase I超敏感位点超敏感位点即即活跃基因活跃基因的所在的所在 超敏感位点的变化性超敏感位点的变化性:不同发育阶段、:不同发育阶段、 不同组织中,不同组织中,超敏感位点超敏感位点是不同的,随是不同的,随 发育阶段的变化,染

17、色质结构发生改变发育阶段的变化,染色质结构发生改变 中英联合实验室中英联合实验室 中英联合实验室中英联合实验室 玉米玉米Sh基因基因在转录起始点附近,即在转录起始点附近,即 +150、-550及及-1050位点处有位点处有 DNase I超敏感位点,但在胚中出超敏感位点,但在胚中出 现了现了-350新位点,原有的新位点,原有的-550和和- 1050位点消失位点消失 当处于当处于休眠休眠时,时,所有的超敏感位点所有的超敏感位点 均消失均消失 中英联合实验室中英联合实验室 蛋白质修饰与活性染色质结构形成蛋白质修饰与活性染色质结构形成 高等真核生物高等真核生物染色质染色质由蛋白质与由蛋白质与DNA

18、组成,蛋组成,蛋 白质与白质与DNA的比例为的比例为2:1 蛋白质修饰蛋白质修饰:组蛋白和非组蛋白组蛋白和非组蛋白,构成染色质,构成染色质 的蛋白质发生的蛋白质发生修饰修饰时,改变染色质的时,改变染色质的构型构型,结,结 构变化影响基因转录活性构变化影响基因转录活性 组蛋白修饰组蛋白修饰:包括乙酰化、磷酸化和甲基化;:包括乙酰化、磷酸化和甲基化; 活化染色质往往是活化染色质往往是高度乙酰化高度乙酰化的的 非组蛋白非组蛋白中主要有多种参与核酸代谢和修饰的中主要有多种参与核酸代谢和修饰的 酶类,有些是具有重要调控作用的酶类,有些是具有重要调控作用的反式作用因反式作用因 子子;高迁移率蛋白高迁移率蛋

19、白HMG,与活性染色质结合,与活性染色质结合, 与转录效率升高相关联;小麦中发现的与转录效率升高相关联;小麦中发现的 HMG14、HMG17、HMG20和和HMG24 中英联合实验室中英联合实验室 核基质附着区与基因表达核基质附着区与基因表达 染色质中由染色质中由DNA和组蛋白和组蛋白形成的形成的环式结构环式结构 与与核基质核基质相连,形成放射环模式,这种相相连,形成放射环模式,这种相 互作用影响着基因表达互作用影响着基因表达 中英联合实验室中英联合实验室 核基质核基质(nuclear matrix)或称或称核骨架核骨架 (nucleoskeleton) 真核细胞核内的网络结构,指除核被膜、染

20、真核细胞核内的网络结构,指除核被膜、染 色质、核纤层及核仁以外的核内网架体系色质、核纤层及核仁以外的核内网架体系。 染色质用盐、中性去垢剂和染色质用盐、中性去垢剂和DNase等化学方法等化学方法 和电泳等物理方法提取后残剩的结构和电泳等物理方法提取后残剩的结构 核基质的组成较为复杂,主要组分有三类:核基质的组成较为复杂,主要组分有三类: 非组蛋白性纤维蛋白,占非组蛋白性纤维蛋白,占96%以上,以上,少量少量 RNA和和DNA, 少量磷脂(少量磷脂(1.6%)和糖类)和糖类 (0.9%)。)。 中英联合实验室中英联合实验室 染色质结合在核骨架上染色质结合在核骨架上 中英联合实验室中英联合实验室

21、非组蛋白性纤维蛋白非组蛋白性纤维蛋白:分子量:分子量40-60KD,其中,其中 相当一部分是含硫蛋白,其二硫键具有维持核相当一部分是含硫蛋白,其二硫键具有维持核 骨架结构完整性的作用;还有骨架结构完整性的作用;还有10多种次要蛋白多种次要蛋白 质,包括质,包括肌动蛋白肌动蛋白、波形蛋白波形蛋白、三种支架蛋白三种支架蛋白 (SC、SC、SC,SC是是DNA拓朴异拓朴异 构酶构酶) 少量少量RNA和和DNA:RNA对维持核骨架的三维对维持核骨架的三维 结构是必需的,而结构是必需的,而DNA称为称为基质附着区基质附着区 (matrix associated regions, MARs),通),通 常

22、为富含常为富含AT的区域。的区域。 中英联合实验室中英联合实验室 核骨架的功能核骨架的功能 为为DNA的复制提供支架的复制提供支架,DNA是以复制环的形式锚定是以复制环的形式锚定 在核骨架上的,核骨架上有在核骨架上的,核骨架上有DNA复制所需要的酶,如:复制所需要的酶,如: DNA聚合酶聚合酶、DNA引物酶、引物酶、DNA拓朴异构酶拓朴异构酶II等。等。 DNA的自主复制序列(的自主复制序列(ARS)也是结合在核骨架上。)也是结合在核骨架上。 基因转录加工的场所基因转录加工的场所,RNA的转录同样需要的转录同样需要DNA锚定锚定 在核骨架上才能进行,核骨架上有在核骨架上才能进行,核骨架上有RN

23、A聚合酶的结合聚合酶的结合 位点,使之固定于核骨架上,位点,使之固定于核骨架上,RNA的的合成合成是在核骨架是在核骨架 上进行的。新合成的上进行的。新合成的RNA也结合在核骨架上,并在这也结合在核骨架上,并在这 里进行里进行加工和修饰加工和修饰。 与染色体构建有关与染色体构建有关 中英联合实验室中英联合实验室 基质附着区基质附着区MARs 与核基质特异结合的与核基质特异结合的DNA序列,序列,非编码非编码 序列序列,富含,富含AT。 通过与核基质的结合,使染色质形成独通过与核基质的结合,使染色质形成独 立的立的环状结构环状结构,调控基因的转录和表达调控基因的转录和表达 减少由于位置效应引起的减

24、少由于位置效应引起的转基因沉默转基因沉默, 提高转基因表达水平提高转基因表达水平、消除消除转基因个体转基因个体 间间表达水平的差异表达水平的差异 中英联合实验室中英联合实验室 边界边界MARs:染色质环附着到处于两个固定染色质环附着到处于两个固定 边界之间的核基质,形成两个边界之间的核基质,形成两个边界边界MARs 调节调节MARs:染色质环通过第:染色质环通过第3个移动点即个移动点即 转录或复制位点附着到核基质部分,成为转录或复制位点附着到核基质部分,成为调节调节 MARs,它促使转录活化子接近基因启动子,它促使转录活化子接近基因启动子, 形成由形成由MAR、核基质和活化子三者组成的三、核基

25、质和活化子三者组成的三 元复合体,使转录处于一个元复合体,使转录处于一个稳定的环境稳定的环境中。中。 边界边界MARs以外的染色质为关闭状态的染色以外的染色质为关闭状态的染色 质,阻碍基因表达,而处在两质,阻碍基因表达,而处在两边界边界MARs之间之间 的染色质为开放染色质区域,有利于基因表达的染色质为开放染色质区域,有利于基因表达 中英联合实验室中英联合实验室 中英联合实验室中英联合实验室 大豆大豆 中英联合实验室中英联合实验室 MARs在基因表达中的作用在基因表达中的作用 边界元件作用边界元件作用(boundary-element role),确,确 定独立的基因调节区域;定独立的基因调节

26、区域; 染色质调节作用染色质调节作用(chromatin-regulation role), 作为刺激或阻遏基因表达的顺式作用元件,促作为刺激或阻遏基因表达的顺式作用元件,促 进调节蛋白的结合和作用;进调节蛋白的结合和作用; 作为作为DNA复制起点复制起点的组成起作用;的组成起作用; MAR对于有丝分裂对于有丝分裂中期染色体中期染色体的组装并的组装并保持保持 一定一定形状形状是重要的。是重要的。 中英联合实验室中英联合实验室 二二.真核基因的转录调控真核基因的转录调控 基因丢失基因丢失 基因丢失是在有些基因丢失是在有些低等真核生物低等真核生物的个体发育过程的个体发育过程 中中,细胞分化时一些不

27、需要的基因被消除的现象。,细胞分化时一些不需要的基因被消除的现象。 例如马蛔虫受精卵中只有例如马蛔虫受精卵中只有1对染色体对染色体,而其生殖细而其生殖细 胞保持着完整基因组,在体细胞分化中,染色体胞保持着完整基因组,在体细胞分化中,染色体 破碎成很多片段的小染色体。破碎成很多片段的小染色体。 中英联合实验室中英联合实验室 二二.真核基因的转录调控真核基因的转录调控 基因扩增基因扩增 基因扩增使细胞在短期内产生大量专一基因产物基因扩增使细胞在短期内产生大量专一基因产物 以满足生长发育的需要。以满足生长发育的需要。 成熟红细胞可转录出大量珠蛋白成熟红细胞可转录出大量珠蛋白mRNA。这主要是由。这主

28、要是由 于红细胞的珠蛋白基因拷贝数增加的结果。于红细胞的珠蛋白基因拷贝数增加的结果。 非洲爪蟾卵母细胞非洲爪蟾卵母细胞rRNA的的DNA水平调节。爪蟾在卵水平调节。爪蟾在卵 裂期和胚胎期需大量蛋白质,裂期和胚胎期需大量蛋白质,rDNA原有拷贝为原有拷贝为500个,个, 在卵母细胞发育过程中,由于在卵母细胞发育过程中,由于rDNA的扩增使核仁数达的扩增使核仁数达 几百个。几百个。rDNA的拷贝数可由原来单个核仁中的的拷贝数可由原来单个核仁中的500个个 扩增到扩增到2106个。卵母细胞一旦成熟,多余的个。卵母细胞一旦成熟,多余的rDNA将将 逐步降解。逐步降解。 中英联合实验室中英联合实验室 二

29、二.真核基因的转录调控真核基因的转录调控 基因重排基因重排 u 非定向重排非定向重排 如转座子在染色体上的移动,转座子如转座子在染色体上的移动,转座子 的插入可激活或抑制某些基因。的插入可激活或抑制某些基因。 u 定向重排与变换定向重排与变换 可使一个基因从远离其启动子的位置可使一个基因从远离其启动子的位置 移到启动子附近位点而被启动。移到启动子附近位点而被启动。 小鼠免疫球蛋白结构基因的表达。小鼠免疫球蛋白结构基因的表达。 免疫球蛋白肽链由可变区(免疫球蛋白肽链由可变区(V区)、恒区)、恒 定区(定区(C区)及两者之间上游连接区区)及两者之间上游连接区 (J区)组成。区)组成。V基因、基因、

30、C基因和基因和J基因基因 在小鼠胚胎细胞中相距较远。当免疫在小鼠胚胎细胞中相距较远。当免疫 细胞分化时,通过染色体定向重排把细胞分化时,通过染色体定向重排把3 个远离的基因连在一起,从而使细胞个远离的基因连在一起,从而使细胞 分化成专化的免疫细胞。结果使多个分化成专化的免疫细胞。结果使多个 基因经重组编码一条肽链。基因经重组编码一条肽链。V、C、J 基因的不同组合造成了抗体的多样性。基因的不同组合造成了抗体的多样性。 中英联合实验室中英联合实验室 二二.真核基因的转录调控真核基因的转录调控 基因修饰基因修饰 基因修饰发生在基因修饰发生在DNA水平,主要包括水平,主要包括甲基化修饰甲基化修饰 及

31、及转座子插入转座子插入等。真核等。真核DNA中的胞嘧啶约有中的胞嘧啶约有5% 被甲基化为被甲基化为5-甲基胞嘧啶甲基胞嘧啶(5-methylcytidine, m5C),而活跃转录的,而活跃转录的DNA序列中胞嘧啶甲基化序列中胞嘧啶甲基化 程度常较低。甲基化最常发生在某些基因程度常较低。甲基化最常发生在某些基因5侧区侧区 的的CpG序列中。序列中。 中英联合实验室中英联合实验室 影响蛋白质与影响蛋白质与DNA的相互作用:原核生物的相互作用:原核生物 中,当中,当DNA被甲基转移酶修饰时,防止了被甲基转移酶修饰时,防止了 DNA为相关内切酶切割;高等真核生物中,为相关内切酶切割;高等真核生物中, 胞嘧啶的甲基化能抑制调节蛋白与之结合;胞嘧啶的甲基化能抑制调节蛋白与之结合; 无论是在活体或离体状态下,基因启动子无论是在活体或离体状态下,基因启动子 和编码区的甲基化可能和编码区的甲基化可能抑制转录抑制转录; DNA甲基化影响甲基化影响DNA复制复制; 影响影响染色

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