基因组学作业 - Copy

1、小肠结肠炎耶尔森氏菌外膜蛋白小肠结肠炎耶尔森氏菌外膜蛋白AilAil的生的生 物信息学分析物信息学分析 制作人：苟小兰 专 业：遗传学 主要内容 外膜蛋白OMP研究目的、意义及进展 Y. enterocolitica Ail核酸序列的简单分 析 Y. enterocolitica Ail编码蛋白序列的简 单分析 一、一、 OMP研究目的、意义及进展 研究意义及进展： 1、随着抗生素在水产养殖中的滥用，细菌的耐药性日趋严 重，相比之下对高效疫苗的研发也就越发重要。 2、目前，已有学者对耶尔森氏菌属外膜蛋白Ail进行了致病 性、作用靶位点及在免疫中的防护作用等研究。 3、Ail作为耶尔森氏菌属一种

2、特定的外膜蛋白，对其结构信 息尚报道较少。 目的：本次以小肠结肠炎耶尔森氏菌外膜蛋白Ail基 因序列为基础，对此进行一系列生物信息学分析， 期望能对该蛋白的特性和功能有一定了解。为进一 步对疫苗的研制提供理论依据。 二、二、Y. enterocolitica Y. enterocolitica AilAil核酸序列的简单核酸序列的简单 分析分析 1 序列拼接 序列拼接常用软件： （1）BiolignBiolign （2）CAPCAP （3）SeqmanSeqman （4）ContigExpressContigExpress 以ContigExpressContigExpress为例： 载入目的

3、序列、进行拼接、导出拼接后序列。 2 核酸序列的同源性分析 基于NCBI/BlastNCBI/Blast软件的序列同源性分析 /blast/blast. cgi 比对结果 3 核酸序列组成分析 （1）基于BiolignBiolign软件四种碱基类型的统计 A or C （2）核酸序列的限制性酶切图谱（部分） （3）核酸序列的开放阅读框架分析 基于NCBI/ORF finderNCBI/ORF finder的ORFORF分析 /gorf/gorf.h tml （4）核酸序列翻译成蛋白质序列 结

4、合GENESCANGENESCAN工具与BioEditBioEdit软件将核酸序列翻 译成蛋白质 /GENSCAN.html 利用GENESCANGENESCAN工具分析 核酸翻译结果 利用BioEditBioEdit软件对核酸进行分析结果 翻译后氨基酸数量 小结 1、该基因序列中A+T含量较高。 2、该基因序列存在多个酶切位点。 3、在384-320之间的序列存在能翻译成178个 氨基酸。 三、三、Y. enterocolitica Y. enterocolitica OMPOMP编码蛋白序列的编码蛋白序列的 简单分析简单分析 1 编码蛋白质基本性质 （

5、1）蛋白质的理化性质分析 结合EXPASY/ ProtParamEXPASY/ ProtParam及BioEditBioEdit软件分析氨基酸及原子组 成、等电点、消光系数等。 /protparam/ （2）编码蛋白酶切位点分析 基于Expasy/ PeptideCutterExpasy/ PeptideCutter软件 /peptide_cutter （3）亲疏水性分析 平均平均疏水性疏水性值为值为- 0.111，整个蛋白，整个蛋白 表现为亲水性。表现为亲水性。 （4）编码蛋白跨膜区分析 结合TMHMMTMHMM

6、与与HMMTOPHMMTOP工具对膜区进行分析 http:/www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ http:/www.enzim.hu/hmmtop/server/hmmtop.cgi 预测结果表明该蛋 白于624区域预存 在一个跨膜螺旋 （5）编码蛋白信号肽预测分析 基于SignalP 4.0SignalP 4.0软件对信号肽进行预测 http:/www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 该编码蛋白存在信 号肽，剪切位点位 于2324之间 Mean S=0.8060.5 2 蛋白质二级结构预测 （1）基于PredictProteinPr

7、edictProtein软件 // 螺旋，折叠， 转角，无规则卷曲（coils） 以及模序（motif）等局部结构组件构成了蛋质 基本的二级结构。 （1）PROF 二级结构预测结果 螺旋占螺旋占11.8%11.8%，折叠占，折叠占50%50%，环占，环占38.2%38.2% 二硫键位子预测位子预测 （2）二硫键位子预测 （3）模体搜索结果 （2）蛋白质结构域预测 基于InterProInterPro 数据库分析蛋白序列的功能功能、结结 构构和进化单元进化单元 http:/www.ebi.ac.uk/interpro/ （1）保守区分析 保守区位置保守区位置 （2）蛋白家族信息 结构链接结构链接 在其他物种中的分布 4 蛋白质三维结构预测