核酸与蛋白质序列分析(2)课件

1、2021-11-101E-mail: 2021-11-102第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析2021-11-103第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析第二节第二节 蛋白质序列分析蛋白质序列分析一、蛋白质的基本结构和功能蛋白质的基本结构和功能二、蛋白质的组成及基本性质分析二、蛋白质的组成及基本性质分析三、蛋白质结构预测三、蛋白质结构预测四、蛋白质特殊结构或结构特征的分析四、蛋白质特殊结构或结构特征的分析2021-11-104第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析一、蛋白质的基本结

2、构和功能蛋白质的基本结构和功能1、蛋白质的功能、蛋白质的功能酶的催化作用酶的催化作用 物质运载和贮存作用物质运载和贮存作用营养存贮作用营养存贮作用 运动协调作用运动协调作用 机械支持作用机械支持作用免疫保护作用免疫保护作用信号接受与传导作用信号接受与传导作用 生长和分化控制作用生长和分化控制作用2021-11-105第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析2、氨基酸 氨基酸（氨基酸（amino acid）是蛋白质的基本结构单）是蛋白质的基本结构单位位 NH2 H C COOH R 氨基酸通式2021-11-106第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析氨基酸名氨

3、基酸名称称英文缩写英文缩写简简 写写氨基酸名称氨基酸名称英文缩英文缩写写简简 写写甘氨酸GlyG丝氨酸SerS丙氨酸AlaA苏氨酸ThrT缬氨酸ValV天冬酰胺AsnN异亮氨酸IleI谷酰胺GlnQ亮氨酸LeuL酪氨酸TyrY苯丙氨酸PheF组氨酸HisH脯氨酸ProP天冬氨酸AspD甲硫氨酸MetM谷氨酸GluE色氨酸TrpW赖氨酸LysK半胱氨酸CysC精氨酸ArgR20种标准氨基酸的英文简写2021-11-107第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析对于对于2020种标准的氨基酸，按照侧链化学性种标准的氨基酸，按照侧链化学性质不同，可以分为以下三组：质不同，可以分为以下

4、三组： 极性氨基酸（容易与水分子形成氢键极性氨基酸（容易与水分子形成氢键 ）Ser、Thr、Cys、Asn、Gln、His、Tyr、Trp 带电氨基酸带电氨基酸Arg、Lys（+）和）和Asp、Glu（-） 疏水性的氨基酸疏水性的氨基酸Ala、Val、Leu、Ile、Phe、Pro和和Met2021-11-108第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析甘氨酸（甘氨酸（Gly）的侧链只有一个氢原子，是最简单）的侧链只有一个氢原子，是最简单的氨基酸，具有独特的性质，可以单作为第四类，的氨基酸，具有独特的性质，可以单作为第四类，也可以归于第一类。也可以归于第一类。含有芳香性侧链含有芳

5、香性侧链 Phe、Tyr、Trp、His侧链为醇或酚的氨基酸有侧链为醇或酚的氨基酸有 Ser、Thr、Tyr可以形成氢键可以形成氢键 Arg、Lys、Asp、Glu、Ser、Thr、Asn、Gln、His、 Tyr及及Trp 2021-11-109第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析3、蛋白质的结构层次、蛋白质的结构层次（1）蛋白质的一级结构蛋白质的一级结构 （primary structure）蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基酸的序列酸的序列 2021-11-1010第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析2021-11-1

6、011第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析肽键的形成2021-11-1012第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质一级结构还包括二硫键的位置蛋白质一级结构还包括二硫键的位置2021-11-1013指蛋白质多肽链本身的折叠和盘绕的方式。指蛋白质多肽链本身的折叠和盘绕的方式。 第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析二级结构主要有以下几种形式：二级结构主要有以下几种形式：（i） 螺旋螺旋（ii） 折叠折叠 平行折叠平行折叠 反平行折叠反平行折叠（iii） -转角转角 连接作用连接作用（iv）无规卷曲）无规卷曲-没有确定规律性的肽链构象，但

7、没有确定规律性的肽链构象，但仍然是紧密有序的稳定结构仍然是紧密有序的稳定结构 （v）无序结构）无序结构（2） 蛋白质的二级结构 （secondary structure)2021-11-1014第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质的蛋白质的 螺旋结构螺旋结构2021-11-1015第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析2021-11-1016第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质的蛋白质的 折叠结构折叠结构2021-11-1017第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析平行平行-折叠折叠反平行反平行-折叠折叠2

8、021-11-1018第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（3）蛋白质的超二级结构 是介于蛋白质二级结构和三级结构之间的空间结构,指相邻的二级结构单元组合在一起，彼此相互作用，排列形成规则的、在空间结构上能够辨认的二级结构组合体，并充当三级结构的构件（block building）。 其基本形式有型、型和型等。 （super secondary structure） 2021-11-1019第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质超二级结构2021-11-1020第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（4）蛋白质的三级结构 （tert

9、iary structure） 在二级结构基础上的肽链再折叠形成的构象。在二级结构基础上的肽链再折叠形成的构象。2021-11-1021第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（5）蛋白质的四级结构 (quarternary structure)具有二条或二条以上独立三级结构的多肽链组成的蛋白质，具有二条或二条以上独立三级结构的多肽链组成的蛋白质，其多肽链间通过次级键相互组合而形成的空间结构称为蛋其多肽链间通过次级键相互组合而形成的空间结构称为蛋白质的四级结构。其中，每个具有独立三级结构的多肽链白质的四级结构。其中，每个具有独立三级结构的多肽链单位称为亚基单位称为亚基(subu

10、nit)。 2021-11-1022第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（6）蛋白质各级结构及功能的关系一级结构是决定高级结构一级结构是决定高级结构- -一级结构是高级结构的基础一级结构是高级结构的基础-氨基酸序列决定蛋白质中任一氨基酸相邻的氨氨基酸序列决定蛋白质中任一氨基酸相邻的氨基酸，也就决定了各氨基酸影响最大的环境条件基酸，也就决定了各氨基酸影响最大的环境条件-蛋白质折叠类型与氨基酸组成有关蛋白质折叠类型与氨基酸组成有关l蛋白质空间结构是其行驶生物功能所必需的蛋白质空间结构是其行驶生物功能所必需的l系统归纳蛋白质序列与结构及功能的关系，系统归纳蛋白质序列与结构及功能的

11、关系，是当前生物信息学的重要任务，也是蛋白质是当前生物信息学的重要任务，也是蛋白质结构和功能预测的基础。结构和功能预测的基础。2021-11-1023第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（7 7）蛋白质三维结构分类）蛋白质三维结构分类 按模体（按模体（motif）分为家族、超家族和亚家族）分为家族、超家族和亚家族模体模体(motif)(motif)的概念的概念 - -属于蛋白质的超二级结构，属于蛋白质的超二级结构， - -由由2 2个或个或2 2个以上具有二级结构的的肽段，个以上具有二级结构的的肽段， - -在空间上相互接近，形成特殊的空间构象，在空间上相互接近，形成特殊的

12、空间构象， - -发挥专一的生物功能，发挥专一的生物功能， - -一种类型的模体总有其特征性的氨基酸序列。一种类型的模体总有其特征性的氨基酸序列。利用序列模体和结构模体数据库查询蛋白质家利用序列模体和结构模体数据库查询蛋白质家族关系，可以推断新序列的结构和功能族关系，可以推断新序列的结构和功能PROSITE:功能性模体数据库http:/2021-11-1024第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（7 7）蛋白质三维结构分类）蛋白质三维结构分类具有相似氨基酸序列的蛋白质，可能起源于共同具有相似氨基酸序列的蛋白质，可能起源于共同的祖先，具有共同的或近似的功能的祖先，具有共同的或

13、近似的功能 按序列近似程度划分按序列近似程度划分 - 亚家族：几乎完全相同的序列，其中每一对匹配亚家族：几乎完全相同的序列，其中每一对匹配 好的氨基酸序列含有好的氨基酸序列含有90%或更多相同氨基酸或更多相同氨基酸 - 家族：一组功能上非常相似的蛋白质，其中每一家族：一组功能上非常相似的蛋白质，其中每一 对蛋白质含有对蛋白质含有50%以上相同氨基酸以上相同氨基酸 - 超家族：一组进化上相关的蛋白质超家族：一组进化上相关的蛋白质2021-11-1025第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析二、蛋白质的组成及基本性质预测二、蛋白质的组成及基本性质预测1、分子量及等电点、分子量及等

14、电点（1）网上计算（2）软件计算2021-11-1026第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（1）、分子量及等电点网上计算）、分子量及等电点网上计算 选择选择Compute pI/Mw tool，进入分析页面，进入分析页面，将蛋白质序列以将蛋白质序列以FASTA格式输入分析框内，进格式输入分析框内，进行计算行计算/tools/ ExPASy（Expert Protein Analysis System）: 蛋白质分析专家系统蛋白质分析专家系统 ComputepI/MWComputepI/MW：是：是ExPASyExPASy工具包中的程序

15、，计工具包中的程序，计 算输入序列等电点和分子量的工具。算输入序列等电点和分子量的工具。 2021-11-1027第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析2021-11-1028第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析2021-11-1029第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析2021-11-1030第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（2）、分子量及等电点软件计算可以进行分子量及等电点软件计算的一些软件可以进行分子量及等电点软件计算的一些软件OMIGA DNAMAN BIOEDITANTHEPROT5.0 2021-11

16、-1031第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析 2、蛋白质辩识根据蛋白氨基酸组成根据蛋白氨基酸组成 AAcompIdent：利用未知蛋白的氨基酸组成确认具有相同利用未知蛋白的氨基酸组成确认具有相同 组成的已知蛋白组成的已知蛋白 /tools/aacomp/ 二维凝胶电泳数据库 SWISS-2DPAGE 质谱分析 PEPMAPPER http:/wolf.bms.umist.ac.uk/mapper/2021-11-1032第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析3、蛋白质酶切分析 PeptideCutter： -预测一个

17、给定的蛋白质序列的蛋白质水解或裂解位点预测一个给定的蛋白质序列的蛋白质水解或裂解位点以及化学切割位点以及化学切割位点 /tools/peptidecutter/ PeptideMass -针对肽段谱图分析实验分析蛋白质在各种针对肽段谱图分析实验分析蛋白质在各种蛋白酶蛋白酶或化或化学试剂作用下的内切产物。学试剂作用下的内切产物。 2021-11-1033第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析PeptideCutter2021-11-1034第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析2021-11-1035第六章、核酸和蛋白质序

18、列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析4、蛋白质疏水性分析ProtScale /tools/protscale.html软件分析-BioEdit-DNAMAN2021-11-1036第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质疏水性图谱2021-11-1037第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析三、蛋白质的结构预测三、蛋白质的结构预测预测.-Gly-Ala-Glu-Phe-.学习分类规则聚类分析提取样本螺旋2021-11-1038第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质结构预测问题蛋白质结构预测问题

19、序列序列结构结构功能功能2021-11-1039第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析.-Gly-Ala-Glu-Phe-.FUNCTION！解决方法解决方法2021-11-1040第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析寻找一种从蛋白质的氨基酸线性序列寻找一种从蛋白质的氨基酸线性序列到蛋白质所有原子三维坐标的一种映射到蛋白质所有原子三维坐标的一种映射 2021-11-1041第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析 蛋白质结构预测主要有两大类方法：蛋白质结构预测主要有两大类方法：（1 1）理论分析方法）理论分析方法 通过理论计算（如分子力学、

20、分子动力学通过理论计算（如分子力学、分子动力学计算）进行结构预测。计算）进行结构预测。（2 2）统计的方法）统计的方法 - - 对已知结构的蛋白质进行统计分析，建立对已知结构的蛋白质进行统计分析，建立序列到结构的映射模型，进而对未知结构的序列到结构的映射模型，进而对未知结构的蛋白质根据映射模型直接从氨基酸序列预测蛋白质根据映射模型直接从氨基酸序列预测结构。结构。 - - 包括：包括： 经验性方法经验性方法 结构规律提取方法结构规律提取方法 同源模型化方法同源模型化方法2021-11-1042第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析1. 蛋白质二级结构预测蛋白质二级结构预测 蛋白

21、质序列蛋白质序列 二级结构二级结构2021-11-1043第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析蛋白质的二级结构预测的基本依据是：蛋白质的二级结构预测的基本依据是： 每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级结构的倾向。结构的倾向。二级结构预测问题是模式分类问题二级结构预测问题是模式分类问题二级结构预测的目标：二级结构预测的目标：判断每一段中心的残基是否处于判断每一段中心的残基是否处于 螺旋、螺旋、 折叠、转角（或其它状态）之一的二级结构折叠、转角（或其它状态）之一的二级结构态，即三态。态，即三态。 2021-11-1044第六章、核酸和蛋白

22、质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析QLMGERIRARRKKLKQLMGAERIRARRKKLKNoImage（a）（b）2021-11-1045第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析延 伸 螺 旋 核 延 伸2021-11-1046第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析二级结构预测的方法大体分为三代：二级结构预测的方法大体分为三代： - - 第一代是基于单个氨基酸残基统计分析第一代是基于单个氨基酸残基统计分析 从有限的数据集中提取各种残基形成特定二级从有限的数据集中提取各种残基形成特定二级结构的倾向，以此作为二级结构预测的依据结构的倾向，以此作为二级结

23、构预测的依据。 - - 第二代预测方法是基于氨基酸片段的统计第二代预测方法是基于氨基酸片段的统计分析分析 a a）统计的对象是氨基酸片段；）统计的对象是氨基酸片段； b b）片段的长度通常为）片段的长度通常为11-2111-21； c c）片段体现了中心残基所处的环境）片段体现了中心残基所处的环境 d d）在预测中心残基的二级结构时，以残基在特定）在预测中心残基的二级结构时，以残基在特定环境形成特定二级结构的倾向作为预测依据环境形成特定二级结构的倾向作为预测依据 - - 第三代方法（考虑多条序列）第三代方法（考虑多条序列） a）运用长程信息和蛋白质序列的进化信息）运用长程信息和蛋白质序列的进化

24、信息 b）准确度有了比较大的提高）准确度有了比较大的提高2021-11-1047n 蛋白质二级结构的组成规律性比较强蛋白质二级结构的组成规律性比较强n 三种基本二级结构平均占氨基酸残基的三种基本二级结构平均占氨基酸残基的85%n 各种二级结构非均匀地分布在蛋白质中各种二级结构非均匀地分布在蛋白质中第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（1 1）经验参数法（）经验参数法（Chou-FasmanChou-Fasman法）法）2021-11-1048第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析- 有些蛋白质中含有大量的有些蛋白质中含有大量的 螺旋螺旋 如血红蛋白和肌红蛋

25、白如血红蛋白和肌红蛋白- 一些蛋白质中则不含或者仅含很少的一些蛋白质中则不含或者仅含很少的 螺旋螺旋 如铁氧蛋白如铁氧蛋白- - 有些蛋白质的二级结构以有些蛋白质的二级结构以 折叠为主折叠为主 如免疫球蛋白如免疫球蛋白 例：肽链例：肽链Ala(A)-Glu(E)-Leu(L)-Met(MAla(A)-Glu(E)-Leu(L)-Met(M) ) 倾向于形成倾向于形成 螺旋螺旋 肽链肽链Pro(P)-Gly(G)-Tyr(Y)-Ser(SPro(P)-Gly(G)-Tyr(Y)-Ser(S) )则则不会形成不会形成 螺旋螺旋 2021-11-1049第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白

26、质序列分析n 每种氨基酸出现在各种二级结构中倾向或者频每种氨基酸出现在各种二级结构中倾向或者频 率是不同的率是不同的 例如：例如：GluGlu主要出现在主要出现在 螺旋中螺旋中 AspAsp和和GlyGly主要分布在转角中主要分布在转角中 ProPro也常出现在转角中，但是绝不会出也常出现在转角中，但是绝不会出 现在现在 螺旋中螺旋中n 可以根据每种氨基酸残基形成二级结构的倾向可以根据每种氨基酸残基形成二级结构的倾向性或者统计规律进行二级结构预测性或者统计规律进行二级结构预测2021-11-1050第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析 经验参数法由经验参数法由Chou Ch

27、ou 和和FasmanFasman在在7070年代年代提出来提出来 是一种基于单个氨基酸残基统计的经是一种基于单个氨基酸残基统计的经验预测方法。通过统计分析，获得的每验预测方法。通过统计分析，获得的每个残基出现于特定二级结构构象的倾向个残基出现于特定二级结构构象的倾向性因子，进而利用这些倾向性因子预测性因子，进而利用这些倾向性因子预测蛋白质的二级结构蛋白质的二级结构。 2021-11-1051第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析一个氨基酸残基的构象倾向性因子定义为一个氨基酸残基的构象倾向性因子定义为Pi = Ai / Ti (i= ,c, t)式中下标式中下标i表示构象态表

28、示构象态如如 螺旋、螺旋、折叠、转角、无规卷曲等；折叠、转角、无规卷曲等；Ti是所有被统计残基处于构象态是所有被统计残基处于构象态i的比例；的比例；Ai是第是第A种残基处于构象态种残基处于构象态i 的比例；的比例；Pi大于大于1.0表示该残基倾向于形成二级结构表示该残基倾向于形成二级结构构象构象i，小于，小于1.0则表示倾向于形成其它构则表示倾向于形成其它构象。象。 2021-11-1052第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析2021-11-1053第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析发现关于二级结构的经验规则发现关于二级结构的经验规则 基本思想是在序列

29、中寻找规则二级结构的成基本思想是在序列中寻找规则二级结构的成 核位点和终止位点。核位点和终止位点。 扫描输入的氨基酸序列，利用一组规则发现可能成为特扫描输入的氨基酸序列，利用一组规则发现可能成为特定二级结构成核区域的短序列，然后对于成核区域进行定二级结构成核区域的短序列，然后对于成核区域进行扩展，不断扩大成核区域，直到倾向性因子小于扩展，不断扩大成核区域，直到倾向性因子小于1.01.0为止。为止。 规则：规则：（a a）螺旋规则螺旋规则 （b b）折叠规则折叠规则 （c c）转角规则）转角规则 （d d）重叠规则）重叠规则 2021-11-1054第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白

30、质序列分析（a a）螺旋规则螺旋规则 沿蛋白质序列寻找沿蛋白质序列寻找螺旋核螺旋核 - 相邻的相邻的6个残基中如果有至少个残基中如果有至少4个残基倾向个残基倾向 于形成于形成螺旋，则认为是螺旋核。螺旋，则认为是螺旋核。 从螺旋核向两端延伸从螺旋核向两端延伸 - 直至四肽片段的直至四肽片段的螺旋倾向性因子的平均螺旋倾向性因子的平均 值值P 1.03，则预，则预测为螺旋。测为螺旋。 2021-11-1055第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（b b）折叠规则折叠规则 相邻相邻5个残基中若有个残基中若有3个倾向于形成个倾向于形成折叠，则折叠，则 认为是折叠核。认为是折叠核。 折

31、叠核向两端延伸直至折叠核向两端延伸直至4个残基的平均折叠倾个残基的平均折叠倾向性因子向性因子P 1.05，则预测为，则预测为折叠。折叠。2021-11-1056第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（c c）转角规则）转角规则转角的模型为四肽转角的模型为四肽若位置专一性转角形成几率若位置专一性转角形成几率 四肽片段四肽片段Pt的平均值大于的平均值大于1.0，并且，并且Pt 的均的均值同时大于值同时大于P 的均值以及的均值以及P 的均值，则可的均值，则可以预测这样连续的以预测这样连续的4个残基形成转角。个残基形成转角。 2021-11-1057第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章

32、、核酸和蛋白质序列分析(iv) (iv) 重叠规则重叠规则 对于螺旋和折叠的重叠区域，按对于螺旋和折叠的重叠区域，按Pa和和P 的的相对大小进行预测相对大小进行预测若若Pa大于大于P ，则预测为螺旋；，则预测为螺旋；反之，预测为折叠。反之，预测为折叠。2021-11-1058第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（2 2）GORGOR（Garnier-Osguthorpe-RobsonGarnier-Osguthorpe-Robson）方法）方法 是一种基于信息论和贝叶斯统计学的方法 GOR将蛋白质序列当作一连串的信息值来处理 GOR方法不仅考虑被预测位置本身氨基酸残基种类的

33、影响，而且考虑相邻残基种类对该位置构象的影响. GOR方法可预测蛋白质二级结构为螺旋、折叠或转角的准确率约为65%2021-11-1059第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析2021-11-1060第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析（3 3）同源分析法）同源分析法 将待预测的片段与数据库中已知二将待预测的片段与数据库中已知二级结构的片段进行相似性比较，利用打级结构的片段进行相似性比较，利用打分矩阵计算出相似性得分，根据相似性分矩阵计算出相似性得分，根据相似性得分以及数据库中的构象态，构建出待得分以及数据库中的构象态，构建出待预测片段的二级结构。预测片段

34、的二级结构。 该方法对数据库中同源序列的存在该方法对数据库中同源序列的存在非常敏感，若数据库中有相似性大于非常敏感，若数据库中有相似性大于30%30%的序列，则预测准确率可大大上升。的序列，则预测准确率可大大上升。2021-11-1061第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析假设已知二级结构的氨基酸片段假设已知二级结构的氨基酸片段T=STNGIYW T的二级结构的二级结构为为CHHHHHT H代表代表 螺旋，螺旋， T代表转角，代表转角， C代表无规卷曲代表无规卷曲待预测二级结构的氨基酸片段待预测二级结构的氨基酸片段U=ATSGVFL序列比对：序列比对：T = S T N G I Y WU = A T S G V F L直接将直接将T的构象态赋予的构象态赋予U 2021-11-1062第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析 更为合理的方法：更为合理的方法：是将待预测二级结构的蛋白质是将待预测二级结构的蛋白质U U与多个同源与多个同源序列进行多重比对，对于序列进行多重比对