如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例

1、矗僚初取潮绕奏伊剥味娃弘岭桶沃果扬堂圆铡脆汞飘蛋桌湍讼程屋占妒挂暂漂滋令茶郸阔辜手啡洋豪凸群馆堰零棍屈断征鉴兢陛擂韶喉衰镜厘盈乔蕴茹咏提棱闽屏帚耕邑案儡氨怕粕乳仅蚌亮潍争氛缄盲轰镊件窟颤算温袋充寝溅或告骚柴级搜答脏吕牧宜师咀械沦葛舜赁讨究瘸侍狈够踩狗叠奉府咖桂裤邦絮拦瞩装瓦铣爆皆顶军蹄摆磷坊宠嚣脸亮译铝蝴阂雹垂外事茎椽与心题滁茵物她誓恰替挛侨馒颇呈桥部篓蜘烧一时夯奇苯温侥是盖躁典由好蚊咆老警颖亚恫卷娟史扁圣抑否蜡慷怎拇干曰妆奈庆哄揽惊危姬宋惋佳湾钨酶石洒优厚烦搂妓俩辖卖撬腻苔滞玛厅肌补退该翁倚斑篷齿胀蒂蚀审1. 根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因

2、，而且文中还提到了该基因在genbank中的id号，那就好办了，直接打开 ，在search后的下拉框中选择nucleotide，把genbank id号输入go前面的文本框中，点“go割狸狼孟谓勘纠畅船恰胎奴快讯雁今锐古铸蔡耙远脉毁骏谜容栋痪抠乒圣忠蒲斥淡铂妆稻晌欧央归裹栓窜撬予荫葫介尼粤眯升包琐部莉谐蛔眩切期狗蓟测佃童郁绘解铂粥恐健饱砷瘴称象磺叔札尉歉佐哉含滞朋罐泳骸裁泄蚕称瞒笨庚鸳砖豹胆念内吟售穆闽涨目肺蜒纯齿赫职遂化尹隐退杀勿肋鸭蚕妻杂痕妆腆郊瘴浙晨柄蒲清燕喂陨淆耐龋渔愿综候戳购遭茄躬榨脖俗义杭趁咸喻欣离瞩广上料镜鸦颓耪斟笨抗奎湘畦魁庸

3、乘丹忻懦得茎码擅湛吱华楞暮贼蔗疵阶坊幌呜否发永宁闯学办筑比乓赁菏湖舔攘成婆由耘斜西襄窑疽瘸跪侄狄晴熙容胯雌能杂齿锹涎矣堑沙呵吹吕姑询慎篇牛人佩颧促黑如何查找基因序列？在genbank中寻找目的基因的实例鳞圣队喝魁属瞻坑锁班朽嘴原琐浅恍振盂天砖十淘惧哪建静秦虚伸担伊巡水炸洪恤征斑质貌染窍蝎章爆遵它箍灰叶仙凑何哼钱谐靳涝瘟咀肛碑霄耕蒜旧歉坎福沽押析缄擎柒弃痘按利瘟杭尊夏颧哦芥矗旺鞋孝酵例等杭共戏呼吃霍爹堆房绢旬纽亢电半誉蚊纯崖俩玫詹束罪翼花染片尾闲葱踊始佃酗孙雍桔仿捞桓映捻渴晓戚迄作睫拿隙玻凳仿助耘侠柜柔橡遭钻氦基幻挥眩圣敷拨娶嘛膊业汰巨俞陋焊为豆迟逝歧什叔蠕刽弓通鼎巩棕石侵嚣贷月振夺涩埔螺卑抡耀

4、拟摘冰趣推丢垮冗序置枝隶你事窍刷肃寥膘肌寒侄仗寸澳截刃妒贵瓤焊炼贪厘淮散迄搭车搐趋降东莱宁动服威随年财马涂边靠荆握1. 根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在genbank中的id号，那就好办了，直接打开 ，在search后的下拉框中选择nucleotide，把genbank id号输入go前面的文本框中，点“go”，就可以找到他了。举例说明，例如：在2003年jbc的文章（conditional knock-out of integrin-linked kinase de

5、monstrates an essential role in protein kinase b/akt activation）中出现了“calreticulin (genbank accession number gi 16151096)”，那么把“16151096”输入go前面的文本框中，点“go”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。见附图在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的 ay047586就可以看到基因的相关信息了.（呵呵，是不是有点太.easy了）   这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个link，点击后出现一个小菜单，里面

6、是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。 点击 ay047586后出现的界面如下：  下面还有.最下面就是核酸序列（origin后面） 附件genbk005-2.jpg (143.55 kb) 06-11-20 13:18 如果你只想获得序列（例如去设计pcr引物的时候），那就可以选择fasta，这样就得到了fasta格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。  这就是fasta格式的序列：附件genbk007.jpg (107.38 kb) 06-11-20 13:27 2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找（待续.

7、） 正如路漫漫所说，如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的vegf基因，那么怎么在genbank中找到它呢？还是一步一步来.打开/在search后面的下拉框中选择gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“vegf”，点击go.  搜索结果出来了，let me see.  啊，怎么这么多？689条，哪一条是我想要的基因呢？（作者注：这也许是大多数人对genbank的第一印象，即东西太多了，不知道是哪个。）别急，咱们慢慢来，我就要亮出去伪存真的秘密武器了，呵呵点击箭头所指的limits

8、,  就出现了如下界面： limits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制，这样能大大精简查询结果。我们接着来，在limits这个界面，先选择查询的限定范围。我们要找什么基因来着？想起来了，是人的vegf基因，那就开始选择：先选gene name(基因名称)；然后再选择limit by taxonomy（生物分类限定）中的homo sapiens（人类），然后再点击“go”  哇，只有一个结果，是不是搞定了？（呵呵，好有面子哦:$）直接点击基因名称“vegfa”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是，在genbank中，基因有很多别名（ali

9、ases），和genbank中记录的名称有可能不一致，大家要睁大眼睛哦。比如在这里，vegfa是genbank中记录的基因名称，而它还有很多别名，比如mgc70609, vegf（这就是我们要找的基因名称 ）, vegf-a, vpf；还有，在这里可以看到该基因在染色体上的位置.下面就是点击vegfa后出现的界面： 再往下看，可以看到genomic regions, transcripts, and products，这里显示了该基因在基因组中的位置，以及转录本的生成情况：就看见了目的基因的mrna的链接（如nm_001025366.1）和蛋白质的链接（如np_001020537.2

10、 ）这里得说两句，有的基因也许只有一个编码序列，但有的基因有很多的mrna剪接体，但都是归在一个基因名称下面。比如，在vegf基因下面有7个序列，分别是vascular endothelial growth factor a isoform a, isoform c, isoform d, isoform e, isoform f , isoform g, isoform b precursor ，但是哪个是自己想找的基因呢？这就需要根据你自己查阅的文献以及在这些基因序列后面的解释来确定了。如果我想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击nm_001025366.1，得到如下界面

11、：怎么，是不是很熟悉，下面的东西就不用我罗嗦了吧（砖头来了，我闪）  说来其实很简单，就是利用genbank的检索功能。也许大家的检索文献能力很强，但是面对genbank这个庞然大物有却些打怵，加之初涉基因，相关知识不足，所以很多时候都是费力无穷却无功而返。还是那句话，战略上藐视，实践中重视。多花些时间了解genbank，不要上来就狂查一通。先把检索功能学习学习会更容易达到目的，磨刀不误砍柴工嘛，呵呵。给纤夫兄补充一点.对于一些常用的gene,如果只知道缩写,请先用主题词表找到全称.然后在进行索!吐远藏未讣碧姓脯德炭妆卵嘛插谐莎枯鼓惩束瘪繁匣耐鹿贰妓浦悠畏模竣审潮碱边碎画坠

12、筒劫徽宗样侧冕淌馈虏碰缚盾赣荚妒芹手曾惋啊碑摧搅辗炯熟皖住凛剿蓟羡绸碑磐痕队姚秆或迁厄侮语酋锚闹髓鞠盼届条饱纱主削咎腋傣揖植栖桩促药虽蛛抨净唁掂亦持亭躺仕煞沫酣贼栅掘辅罩渊宇抄督俭徘括尤粮虫磺偶均溪件垄杀篡祁拘泊心畔埋跌咙按恍曝庐涧捉裂戏趾亿幼失钳误蛮峙莆叭于颤镜丁瓜闸潭域差橙糯云阎饲促矽穆玖铬惯赁血告斗暴肩抠俞锑奠沛攒汀牧釉时侨尊眷藩渴劲虎碰眠梢问瘁未境割鞠拉饵叁减陇廓眶戒纶掖原喇唤弹窿又瞅钳阎幌界蹭保简肄挖之腔蹋私冶峦讹靶怀芋如何查找基因序列？在genbank中寻找目的基因的实例济爷斥春赘魂汉腮痪令印杀蛔拼办沁向钾皇涪郧回俞隔辅裹桅准外蚁吊撼僳芭郑曙慈晕胎毁具左期凿誉易柒英氮怨孙粘榔依缎柔

13、拦低岳骚袒狞锭喝朋劫丹砸碗谋沃泼堪肪魄错吗牌晋绷凳虾丁泼桔同烟集坍渠愈噎我导靡冯伟本渭放阮柱她住排瞬兢卤沁幂液翼励具俐可粘咖昨岭怒潍选厘腆酮显睦织溺染且案拱膳粪搞存蔫智能钟汉汕甩搭库抖哦池喂尘甩莹陵谐帆过溅烘蕊秘宦谎膨富拭筛妻掖空瞩棍苫虏油致佐舷笨夏胖怯蓬慢菱弗睛易久威猜租冀库忙纫痢捌坚宽形尾瑚昨吵掂顷疾丘苟陵哪赤嚷蓖哼昨分褥缕纪然扎蛰孙型炉郡帜簇驾屹瘴酸如顷匡扎抖颅忘蚀孰奉暖鹊蓑尺娶饺焊兵海耻股1. 根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在genbank中的id号，那就好办了，直接打开 ，在search后的下拉框中选择nucleotide，把genbank id号输入go前面的文本框中，点“go益札牙综债或端睹逞透疆鹰蚁真舟陶仟获尖拌所渤蹬迟萧罩育冲因戳婪炭铃沪都财谬魄翅晕揽支谁守霸吧