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文档简介

1、Haploview 安装使用说明 131017 Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件，该软件具有如下功能： 1.连锁不平衡与单倍型分析 2.单倍型人群频率估算 3.SNP与单倍型关系分析 4.相互关系的排列测验 5.可以从HapMap上直接下载基因型信息 Part 1 安装 1、软件： 1） Haploview必须在JAVA环境下才能运行，因此在安装该软件之前，必须先安装一个“JAVA” 2）java安装完之后需要改变环境变量Java_home变量：C:Program Files (x86)Javajre6Classpath变量：C:Program Files (x86)Javaj

2、re6libdt.jar;C:Program Files (x86)Javajre6libtools.jar;C:Program Files (x86)Javajre6binPath变量：C:Program Files (x86)Javajre6bin 3）检验java环境是否安装完成 开始-运行-键入“cmd” 键入命令java _version,java,javac几个命令，出现画面，说明环境变量配置成功 4）安装haploview软件2、haploview使用1）寻找tag snp进入hapmap：/LD Plot 表示该基因所以

3、snp 的的连锁情况，各个方块的颜色由浅至深（白红），表示连锁程度由低到高，深红色表示完全连锁。2)连锁不平衡和单倍体分析 Data file需要输入的数据格式要求6列 1列：家系的ID，如果你分析的是无关个体，建议用自然序号1,2,3.来替代。 2列：个体的ID，做无关个体的研究则每个个体的编号不能重复 3列，4列：分别表示父亲的ID 、母亲的ID，做无关个体的研究，则第三列，第四列都赋值为0。 5列：个体的性别信息。1代表男性，2代表女性。 6列：个体的患病状态。0表示疾病状态未知；1表示个体未患病，2代表个体患病。 7列之后，每两列代表一个SNP位点 ，由于不能识别A/C/G/T，只能用数字表示： 1代表碱基代表碱基A；2代表碱基代表碱基C；3代表碱基代表碱基G；4代表碱基代表碱基T。 缺失数据用缺失数据用0表示。表示。 在excel表格中整理的有关myd88的snp数据，将其copy至txt文档中，将txt文档命名为Myd88.txt之后更改扩展名为myd88.ped整理myd88有关snp位点，

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